Isolering af celler med morfologisk og rumlig information fra orale submucøse fibroseprøver ved laserfangstmikrodissektion

Oral submucøs fibrose (OSF) er en almindelig type potentielt ondartet lidelse i mundhulen. Atrofi af epitel og fibrose af lamina propria og submucosa findes ofte på histopatologiske dias. Epiteldysplasi, epitelatrofi og senescerende fibroblaster er blevet foreslået at være forbundet med den ondartede transformation af OSF. På grund af heterogeniteten af potentielt maligne orale lidelser og oralt pladecellekarcinom er det imidlertid vanskeligt at identificere de specifikke molekylære mekanismer for malign transformation i OSF. Her præsenterer vi en metode til at opnå et lille antal epitel- eller mesenkymale celler, der bærer morfologiske data og rumlig information ved laserfangstmikrodissektion på formalinfikserede paraffinindlejrede vævsdias. Ved hjælp af et mikroskop kan vi præcist fange mikroskala (~ 500 celler) dysplastisk eller atrofisk epitelvæv og fibrotisk subepitelvæv. De ekstraherede celler kan evalueres ved genom- eller transkriptomsekventering for at erhverve genomiske og transkriptomiske data med morfologisk og rumlig information. Denne tilgang fjerner heterogeniteten af bulk OSF-vævsekventering og interferensen forårsaget af celler i ikke-læsionerede områder, hvilket muliggør præcis rumlig omics-analyse af OSF-væv.