Isolering av celler med morfologisk och rumslig information från orala submukösa fibrosprover genom laserfångstmikrodissektion

Oral submukös fibros (OSF) är en vanlig typ av potentiellt malign sjukdom i munhålan. Atrofi av epitel och fibros av lamina propria och submucosa finns ofta på histopatologiska objektglas. Epitelial dysplasi, epitelial atrofi och senescenta fibroblaster har föreslagits vara associerade med den maligna omvandlingen av OSF. På grund av heterogeniteten hos potentiellt maligna orala sjukdomar och orala skivepitelcancer är det dock svårt att identifiera de specifika molekylära mekanismerna för malign transformation vid OSF. Här presenterar vi en metod för att erhålla ett litet antal epitelceller eller mesenkymala celler som bär morfologiska data och rumslig information genom laserinfångning av mikrodissektion på formalinfixerade paraffininbäddade vävnadsglas. Med hjälp av ett mikroskop kan vi exakt fånga dysplastisk eller atrofisk epitelvävnad i mikroskala (~500 celler) och fibrotisk subepitelvävnad. De extraherade cellerna kan utvärderas genom genom- eller transkriptomsekvensering för att samla in genomiska och transkriptomiska data med morfologisk och rumslig information. Detta tillvägagångssätt tar bort heterogeniteten hos bulksekvensering av OSF-vävnad och den interferens som orsakas av celler i icke-lesionerade områden, vilket möjliggör exakt rumslig omics-analys av OSF-vävnad.