הייצור של התקן דו-שכבתי מבוסס פולידימתילסילוקסאן (PDMS) לייצור ספריות קומבינטוריות בתחליבים של מים בשמן (תקעים) מוצג כאן. החומרה והתוכנה הדרושים לאוטומציה של ייצור תקעים מפורטים בפרוטוקול, ומודגם גם ייצור ספרייה כמותית של תקעים פלואורסצנטיים.
מיקרופלואידיקה טיפתית היא כלי רב-תכליתי המאפשר ביצוע מספר רב של תגובות בתאי ננוליטר מובחנים מבחינה כימית. מערכות כאלה שימשו לתמצת מגוון תגובות ביוכימיות - מדגירה של תאים בודדים ועד יישום תגובות PCR, מגנומיקה לסינתזה כימית. צימוד התעלות המיקרופלואידיות עם שסתומי הבקרה מאפשר שליטה על פתיחתן וסגירתן, ובכך מאפשר ייצור מהיר של ספריות קומבינטוריות בקנה מידה גדול המורכבות מאוכלוסיית טיפות בעלות הרכבים ייחודיים. במאמר זה מוצגים פרוטוקולים לייצור ותפעול של התקן מיקרופלואידי דו-שכבתי מבוסס PDMS מונחה לחץ, שניתן להשתמש בו ליצירת ספריות קומבינטוריות של תחליבים של מים בשמן הנקראות תקעים. על ידי שילוב תוכנות וחומרה מיקרופלואידית, ניתן לשלוט ולתפעל את זרימת הנוזלים הרצויים במכשיר כדי ליצור ספריות תקע קומבינטוריות ולשלוט בהרכב ובכמות של אוכלוסיות התקעים המרכיבות. פרוטוקולים אלה יזרזו את תהליך יצירת המסכים הקומבינטוריים, במיוחד כדי לחקור תגובה תרופתית בתאים מביופסיות של חולי סרטן.
מיקרופלואידיקה מאפשרת מניפולציה של כמויות קטנות של נוזלים במיקרו-ערוצים1. היקף הפעולה של התקנים מיקרופלואידים טיפוסיים הוא עשרות עד מאות מיקרומטרים המאפשרים מזעור של תגובות כימיות וביולוגיות, ובכך מאפשרים לבצע תגובות כאלה עם כמויות קטנות יחסית של ריאגנטים. בתחילה, התקנים microfluidic היו מיוצרים עם חומרים כגון סיליקון2 וזכוכית3. למרות שהם עדיין בשימוש4, הם מציבים בעיות מסוימות, כגון תאימות ממס, עלות ייצור גבוהה, וקשיים בשילוב בקרות עבור זרימת נוזלים 5,6. מתודולוגיות ייצור מבוססות PDMS, המכונות ליתוגרפיה רכה, מציעות חלופה זולה לאב טיפוס מהיר של התקנים7 ודרך לייצר התקנים רב-שכבתיים מורכבים8. הוספת שסתומים ומשאבות להתקני PDMS מאפשרת את היכולת לשלוט בניתוב ובמהירות הנוזלים במכשירים 9,10. פותחו מספר שיטות לתכנון והפעלה של מיקרו-שסתומים באופן הפיך או בלתי הפיך - לדוגמה, שסתומים דו-מתכתיים העשויים סיליקון ואלומיניום, המופעלים תרמית11 או שימוש בגז שנוצר מתגובה אלקטרוכימית כדי להסיט קרום סיליקון ניטריד12. Gu et al. מדגימים את השימוש בפינים המכניים של צג ברייל כדי להפעיל לחץ על מיקרו-ערוצים כדי לווסת זרימה13. קבוצה אחת של מיקרו-שסתומים שצברה פופולריות היא השסתומים הפנאומטיים מבוססי PDMS שפותחה על ידי קבוצת סטיבן קווייק14. בדרך כלל, שסתומים כאלה מורכבים משני microchannels orthogonal - ערוץ זרימה ערוץ בקרה. עם הפעלת לחץ על תעלת הבקרה, קרום PDMS דק מסיט את תעלת הזרימה, סוגר אותה ובכך קוטע את זרימת הנוזל. לאחר הדיכאון, הממברנה נרגעת, ובכך פותחת את ערוץ הזרימה ומאפשרת את חידוש זרימת הנוזלים. שסתומי PDMS מאפשרים בכך ויסות זרימה בצורה חזקה והפיכה מכיוון שניתן ללחוץ על תעלת הבקרה ולהוריד אותה מספר פעמים15. בנוסף, מכיוון ששסתומים כאלה יכולים להיות מופעלים על ידי הפעלת לחץ, הם פותחים אפיקים לבקרה דיגיטלית ואוטומציה16. יתר על כן, מכיוון שהם מאותו חומר, ניתן לשלב אותם בצורה חלקה בייצור התקנים מבוססי PDMS באמצעות טכניקות ליתוגרפיה רכה 8,17,18. תכונות אלה הופכות את שסתומי PDMS לבחירה אטרקטיבית לוויסות זרימה בהתקנים מיקרופלואידים. תורסן ועמיתיו השתמשו בעיקרון של שסתומים כאלה כדי לתכנן מרבב זורם - מערך קומבינטורי של שסתומים פנאומטיים - כדי לטפל בכמעט אלף ערוצי זרימת קלט עם עשרים ערוצי בקרה19. עיקרון זה הורחב לניתוב סלקטיבי של נוזלים לכימוסטטים מיקרופלואידים בתוך שבב, כך שניתן לבצע תגובות ייחודיות בו זמנית בכל כור 20,21,22,23. עם זאת, מיקרו-ריאקטורים כאלה, בעוד שהם שימושיים באופטימיזציה של השימוש בריאגנטים מוגבלים, אינם יכולים להקביל תגובות מרובות ואינם מספיקים למחקרים בעלי תפוקה גבוהה.
מיקרופלואידיקה טיפתית היא תת-קטגוריה של מיקרופלואידיקה הכוללת ייצור טיפות באמצעות מניפולציה של זרימת נוזל רב-פאזית בלתי ניתנת לערבוב בהתקנים מיקרופלואידים24. היווצרות טיפות כרוכה בפירוק של נוזל רציף על ידי הכנסת נוזל בלתי ניתן להפרעה, וכתוצאה מכך צביטה עקב חוסר יציבות באנרגיה הבין-פנים ובהיווצרות תחליב25. חומרים פעילי שטח מסייעים ביצירת טיפות מעוגלות כאשר תחליבים עוזבים את המיקרו-ערוץ על ידי ייצוב האנרגיות הבין-פנים26. טיפות גדולות יותר, הנקראות תקעים, הן פחות יציבות וניתן לאסוף אותן בתא אחיזה (כגון אורך צינורות) כמערך של תאים מימיים המרווחים מכל צד על ידי נוזל אחד או יותר בלתי ניתנים לערבוב27. בנוסף למזעור ומידור, מיקרופלואידיקה טיפתית מציעה גם תפוקה מוגברת של תגובות ביולוגיות, שכן ניתן לייצר מספר רב של טיפות חד-פיזור - שכל אחת מהן משמשת כננו-ריאקטור28. טיפות, לאחר שנוצרו, יכולות גם להיות נתונות למניפולציות נוספות, כגון פיצול29,30, היתוך31,32, מיון33,34 והרכבה למבנים מסדר גבוה יותר35,36. מיקרופלואידיקה טיפתית חוללה מהפכה במספר תחומים וטכנולוגיות מדעיות - מ-PCR37 לשעתוק חד-תאי38, מגילוי תרופות39,40 לווירולוגיה41, מריצוף הדור הבא42 לסינתזה כימית43.
שילוב של ליתוגרפיה רכה מבוססת PDMS ומיקרו-שסתומים עם טכנולוגיית טיפות הוא שילוב רב עוצמה המאפשר ויסות זרימת נוזלים במיקרו-ערוצים ולאחר מכן שליטה על תכולת הטיפות. בהתאם לפתיחה וסגירה של תעלות, ניתן לייצר אוכלוסיות נפרדות של טיפות, כל אחת עם הרכב מסוים. פלטפורמה כזו יכולה למזער, למדר ולהקביל תגובות ביוכימיות ולכן להיות טכניקה שימושית לסינון קומבינטורי44. סינון קומבינטורי היא שיטה בעלת תפוקה גבוהה ליצירת עשרות אלפי שילובים של ריאגנטים נבחרים ליצירת ספריות המורכבות מאוכלוסיות בודדות של הרכב ידוע. בדיקות סקר קומבינטוריות שימשו לגילוי השפעות סינרגטיות בין תרופות ואנטיביוטיקה לעיכוב גדילה חיידקי45. בתחום הטיפול בסרטן נעשה שימוש בבדיקות סקר קומבינטוריות לבדיקת שילובים של תרופות אנטי סרטניות לחולה נתון ובכך לקדם טיפול מותאם אישית46,47. Mathur ואחרים בנו על טכנולוגיה זו על ידי שילוב גישת ברקוד DNA קומבינטורית להערכת שינויי שעתוק בבדיקת תרופות בתפוקה גבוהה48. לפיכך, סינון קומבינטורי הוא טכנולוגיה רבת עוצמה אך מתהווה, ויש צורך בפיתוח טכנולוגיות מיקרופלואידיות מגוונות כדי לבצע ולהקל על הליכי סינון כאלה.
מטרתו של כתב יד זה היא להציג מערכת שלמה של פרוטוקולים לייצור התקן מיקרופלואידי דו-שכבתי המסוגל ליצור ספרייה קומבינטורית של תקעי מים בשמן ולתאר את החומרה והתוכנה הדרושות להפעלת מכשיר כזה. זרימת הנוזל מווסתת באמצעות שסתומים פניאומטיים מבוססי PDMS מבוקרי לחץ, אשר בתורם נשלטים על ידי תוכנית LabVIEW מותאמת אישית. זרימת ריאגנטים במכשיר מושגת באמצעות משאבות לחץ זמינות מסחרית. מוצג אב טיפוס בעל שמונה כניסות שבו נוצר תקע על ידי תכולתם של שלושה כניסות, שכל אחת מהן מכילה מגיב מימי. הפאזה המימית פוגשת פאזת שמן רציפה, ותקעים מיוצרים בצומת T בתדר של 0.33 הרץ. תפקוד המערכת מודגם על ידי הפקת ספרייה כמותית המכילה שלוש אוכלוסיות שונות של תקעים פלואורסצנטיים. טכנולוגיה זו ומערכת פרוטוקולים תסייע לזרז את הייצור של ספריות קומבינטוריות למטרות סינון בתפוקה גבוהה.
1. ליתוגרפיה רכה
הערה: המכשיר המיקרופלואידי מורכב משתי שכבות, שכבת זרימה ושכבת בקרה (איור 1A), וכל שכבה מעוצבת מפרוסות בדוגמה נפרדת באמצעות photoresist חיובי ושלילי בהתאמה (עיין בטבלת החומרים לפרטים על photoresist ומפתחים).
2. הגדרת חומרה
הערה: סכמה של החיבורים להתקן המיקרופלואידי מוצגת באיור 1B , ומימוש של סכימה כזו באמצעות החומרה הדרושה מוצג באיור 2.
3. הגדרת התקן מיקרופלואידי
אחד המאפיינים המכריעים של השבב המיקרופלואידי הם שסתומי PDMS ויכולתם לווסת את זרימת הנוזלים התאפיינה בכך שהיא משפיעה על הפרדיגמה התפעולית של המכשיר. לשם כך, קצב הזרימה של מים מזוקקים (שנמדד באמצעות חיישן קצב זרימה מסחרי) דרך תעלות הכניסה נרשם כפונקציה של לחצי כניסה שונים תוך הפעלת לחץ תקופתי (3.5 בר עבור 2000 מילישניות) והפחתת לחץ (1000 מילישניות) על שסתומי PDMS (איור 6A). נצפה כי השסתומים היו מסוגלים לווסת את זרימת הנוזל עד כ 800 mbar של לחץ קלט, כפי שצוין על ידי הירידה בקצב הזרימה לאפס כאשר השסתומים מופעלים (איור 6 B-D). זה מאמת את השימוש בשסתומים מבוססי PDMS כאלה כדי לווסת את זרימת הריאגנטים בתוך הערוצים. יתר על כן, ב- 1200 mbar, לחץ הכניסה גבוה מכדי שהשסתומים יוכלו לווסת את הזרימה, כפי שניתן לראות בכך שקצב הזרימה אינו יורד לאפס (איור 6E). בעוד שניתן לשנות את משך הלחץ והדיכאון של שסתומי PDMS, חושב קצב השינוי של זרימת הנוזלים בתנאים הנוכחיים של לחץ (2000 מילישניות) ודיכוי (1000 מילישניות). עבור לחץ כניסה של 400 mbar, ניתן להפעיל ולכבות את הזרימה בקצב של 1.26 הרץ ו-1.44 הרץ בהתאמה (איור 6C).
איטרציות קודמות של התקן מיקרופלואידי קומבינטורי דומה בעל תפוקה גבוהה שילבו גם תעלת פסולת המוצמדת לכל ערוץ זרימה46,47. מכשירים אלה הופעלו במשטר קצב זרימה קבוע (שבו ריאגנטים הוזרקו למכשיר בקצב זרימה קבוע ולא בלחץ קבוע), ותעלות הפסולת תוכנתו להיפתח כאשר תעלות הכניסה המתאימות להן נסגרו כדי להקל על הצטברות לחץ. תעלות כאלה, למרות שהן שימושיות, גורמות לאובדן ריאגנטים מכיוון שתכולת תעלת הפסולת אינה תורמת להיווצרות תקעים. כמו כן, נדרשות גם תעלות בקרה נוספות - ובכך משאבות נוספות - כדי לווסת את פתיחתן וסגירתן של תעלות הפסולת. באב הטיפוס המוצג כאן הוסרו תעלות הפסולת, ונקבעה פרדיגמה מבצעית המאפשרת צמצום בזבוז ריאגנטים וצמצום המורכבות התכנונית והתפעולית. זה כרוך בהזרקת ריאגנטים מימיים במצב לחץ קבוע בניגוד למצב קצב זרימה קבוע. כדי להבין טוב יותר את שני המשטרים, הוערך הקשר בין הלחץ לקצב הזרימה בתעלות במהלך הפעלת השסתומים בכל אחד מהמקרים (באמצעות אותו מערך כפי שמוצג באיור 6A), שתוצאותיו מוצגות באיור 7. באיור 7A נמדד קצב הזרימה של מים מזוקקים בעת הזרקה בלחץ קבוע (300 mbar) ונצפה כי במהלך הפעלת השסתום, קצב הזרימה יורד לאפס ועם הלחץ על השסתום קצב הזרימה חוזר לרמות שלפני ההפעלה. עם זאת, במשטר קצב זרימה קבוע, שבו הלחץ בתעלות נרשם תוך הזרקת המים המזוקקים בקצב זרימה קבוע (2.5 מיקרוליטר/דקה; איור 7B), הפעלת השסתומים לא הביאה לסגירה מוחלטת של הכניסה - עדות לכך היא שקצב הזרימה לא ירד לאפס - ונצפתה הצטברות של לחץ בתעלה. זהו הלחץ שמשתחרר על ידי פתיחת תעלות פסולת. מכיוון שמשטר לחץ קלט קבוע מאפשר את הפעלת המכשיר ללא לחץ אחורי בעת הפעלת השסתום, ובכך שולל את הצורך בתעלות פסולת, אומץ משטר זה להפעלת השבב המיקרופלואידי.
כדי להדגים את הפונקציונליות של המכשיר המיקרופלואידי, נוצרה ספרייה קומבינטורית כמותית של תקעים פלואורסצנטיים. לשמונה הכניסות של המכשיר, שלושה ריאגנטים מימיים - פלואורסצאין (50 מיקרומטר) בארבעה פתחים (I1אני3, אני5, אני7), מים מזוקקים בשלושה פתחים (I4אני6, אני8), פתח אחד עם צבע כחול (I2; לשמש כברקוד) - ושני ריאגנטים של שמן - שמן מופלר (FC-40) ושמן מינרלי (MO) בכניסות O1 ו-O2בהתאמה - היו מחוברים לחשמל (איור 1A, איור 8A). השמן המופלר משמש כשלב המוביל בו מתפזרים התקעים המימיים, והשמן המינרלי מסייע ליציבות התקע וממזער הידבקות של תכולת התקע לדפנות, ובכך ממזער זיהום צולב בין תקעים46. עם שלושה פתחים התורמים להרכב אוכלוסיית תקע יחידה, תצורה זו יכולה ליצור שלוש אוכלוסיות פלואורסצנטיות נפרדות: FFF - המורכב מפלואורסצאין משלושה ערוצים, FFW - המורכב מפלואורסצאין משני ערוצים, ומים מערוץ אחד, ו- FWW - המורכב מפלואורסצאין מתעלה אחת ומים משני ערוצים. עם התקנה זו, ישנם 12 תנאים נפרדים (אוכלוסיות תקעים המיוצרים עם שילוב מובהק של שלושה כניסות) שיכולים לייצר תקעי FWW, 18 תנאים נפרדים שיכולים לייצר תקעי FFW, וארבעה תנאים נפרדים שיכולים לייצר תקעי FFF. לכן, השבב תוכנת לייצר את 34 התנאים השונים הללו עם חמישה תקעי שכפול שונים כל אחד, יחד עם חמישה העתקים של תקעי ברקוד המפרידים ביניהם. מומלץ לשלב את אוכלוסיות התקעים הפלואורסצנטיים באוכלוסיית ברקוד, כלומר קבוצה של תקעים צבעוניים (רצוי שאינם פלואורסצנטיים) (במקרה זה נוצרים על ידי פתיחת תעלות הכניסה המתאימות לצבע הכחול ושתי תעלות מים מזוקקות) הנראות לעין בלתי. זה מאפשר למשתמש לפקח על ייצור התקע עבור בעיות כגון פירוק תקע או היתוך ומסייע בניתוח במורד הזרם של תקעים. לכן, סך של 340 תקעים - 170 תקעים ניסיוניים ו -170 תקעי ברקוד המפרידים בין התנאים השונים - נוצרו ונאספו בצינורות PTFE, שמדגם מהם מוצג ב איור 8B. זמן הדיכאון וזמן הלחץ נקבעו על 1000 מילישניות ו -2000 מילישניות, בהתאמה. נותחו הפלואורסצנטיות של התקעים והשתנותם בתוך ועל פני תנאי הניסוי השונים, שתוצאותיהם מוצגות ב איור 8ג,ד. איור 8ג מציג את הפלואורסצנטיות לכל מסגרת של קובץ .avi שנוצר בשלב 3.4.6, המדגיש את 34 תנאי הניסוי הנדונים בחשבון (מסומן בקו כחול). הערך הפלואורסצנטי הממוצע של פסגות בתנאי מוצג באדום, והקווים המקווקווים מציינים את שגיאת התקן בתוך תנאי זה. גבהי הפסגות של כל התקעים בכל אוכלוסייה, המתקבלים על ידי הפחתת הפלואורסצנטיות הבסיסית מהפלואורסצנטיות המרבית שהתגלתה בכל פסגה, שורטטו ב איור 8D. השיא האחרון בכל מצב הוזנח לצורך החישובים מכיוון שהיה תקע מזוהם עקב ערבוב ריאגנטים בצומת T (מכיוון שהפלואורסצנטיות של התקעים נרשמה בסדר הפוך של ייצור תקעים, התקע הראשון באוכלוסייה במהלך הייצור הוא התקע האחרון באוכלוסייה במהלך הניתוח). ניכר כי גובה תקעי ה- FWW הוא כשליש (ממוצע = 40.9, סטיית תקן = 3.1) וזה של תקעי ה- FFW הוא כשני שלישים (ממוצע = 78.4, סטיית תקן = 5) מגובה תקעי ה- FFF (ממוצע = 117, סטיית תקן = 10). תוצאות אלה תואמות את הפרופורציות הצפויות של פלואורסצנטיות באוכלוסיות שונות של תקעי FFF/FFW/FWW, מה שמדגיש את עמידות המכשיר ותפקודו.
איור 1: סכמה של תכנון ההתקן וההגדרה המיקרופלואידית. (A) שכבת הזרימה של השבב מוצגת בכחול ושכבת הבקרה מוצגת באדום. בסך הכל שמונה ריאגנטים מימיים ייחודיים יכולים לזרום דרך הפתחים (I1-8) לכיוון צומת T, שם הם פוגשים את פאזות השמן מפתחי הנפט (O1-2) ליצירת תקעים הנאספים בשקע. כל ערוץ זרימת כניסה נמצא תחת שליטה של ערוץ בקרה ייחודי (C1-8). (B) סכימה של השבב המיקרופלואידי יחד עם חיבורי הצינור לכניסות, לתעלות הבקרה ולריאגנטים של השמן מוצגת יחד עם צינורות היציאה. חצים מציינים את כיוון זרימת הנוזל בצינורית. הכניסה מציגה את עקרון העבודה של שסתומי PDMS. קווים מקווקווים מציינים ששכבת הבקרה נמצאת מתחת לשכבת הזרימה. נתון זה שונה מ Dubuc et al49. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.
איור 2: סכמה של הגדרת החומרה לייצור תקעים. משאבות הלחץ שולטות בזרימת ריאגנטים (הן מימיים והן שמן) בתעלות הכניסה, ושסתומי הסולנואיד שולטים בהפעלת שסתומי PDMS. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.
איור 3: תוכנית הממשק הראשית לשליטה במכשיר המיקרופלואידי. תוכנית מותאמת אישית זו מאפשרת לחץ ידני של שסתומים פניאומטיים בודדים (לוח לבן). הוא גם מאפשר ביצוע ניסוי שלם (לוח כחול) שבו הוא מקבל קובץ .csv עם אוכלוסיות התקע הרצויות ופרמטרים נחוצים כגון לחץ שסתומים וזמני דיכוי ומציג את מצב ביצוע הניסוי, כולל אילו ערוצי בקרה מופעלים לחץ ולא, בזמן אמת. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.
איור 4: הפעלת שסתום מונחה לחץ. תמונות מיקרוסקופ שדה בהיר של (A) שסתום PDMS (אופקי) מדוכא וערוץ הכניסה (אנכי) פתוח ו-(B) שסתום PDMS בלחץ וסוגר את תעלת הכניסה. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.
איור 5: סכמה של הגדרת רישום הנתונים. צינורות האיסוף מחוברים למזרק עם שמן, המודבק למשאבה. התקעים מוטסים דרך צינורות האיסוף, ותמונות/סרטונים מצולמים באמצעות מיקרוסקופ פלואורסצנטי. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.
איור 6: השפעת הפעלת השסתום על קצב הזרימה בלחץ כניסה נתון. (A) סכמה של מערך החומרה המשמש לניטור קצב הזרימה בתעלות המיקרופלואידיות. תגובת קצב הזרימה בערוצים כאשר היא מופעלת בלחצי כניסה שונים של (B) 200 mbar, (C) 400 mbar, (D) 800 mbar ו-(E) 1200 mbar. משך הפעלת השסתום מוצג באזור המוצלל באדום. מים מזוקקים שימשו לכל הניסויים. סטיית תקן של שלוש מדידות בלתי תלויות מוצגת על ידי האזור המוצלל הירוק. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.
איור 7: הקשר בין לחץ וקצב זרימה של ריאגנטים בתעלות הכניסה בעת הפעלת השסתום. (A) בשסתום משטר לחץ כניסה קבוע (300 mbar) קצב הזרימה יורד לאפס עם הפעלת השסתום. (B) במשטר קצב זרימה קבוע (2.5 מיקרוליטר/דקה) הפעלת השסתום גורמת להצטברות לחץ מהירה בתעלה עד לשחרור השסתום. משך הפעלת השסתום מוצג באזור המוצלל באדום. מים מזוקקים שימשו לכל הניסויים. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.
איור 8: ייצור אוכלוסיות תקעים פלואורסצנטיים. (A) סכמה של מערך הניסוי המתאר את החיבור של ריאגנטים שונים למכשיר. קיצורים: F = פלואורסצאין, W = מים מזוקקים, B = צבע מאכל כחול, FC-40 = שמן מופלר, ו-MO = שמן מינרלי. (B) תמונה לדוגמה של צינורות איסוף המכילים תקעים. (C) נתונים גולמיים המתקבלים מהניתוח מראים את עוצמת הפלואורסצנטיות הממוצעת שנמדדה באזור עניין מסוים (ROI) לעומת מספר המסגרת של קובץ הווידאו. קווים אדומים מציגים את הממוצע של שיא הפלואורסצנטיות עבור כל תנאי (אוכלוסיית התקעים המיוצרים בשילוב ספציפי של שלושה כניסות), והקווים המקווקווים מציגים את שגיאת התקן המתאימה. (ד) קופסאות בגובה הפסגות בתנאים השונים. נקודות מתאימות לפסגות בודדות, תיבות לכל תנאי נעות בין הרביעון הראשון לשלישי של התפלגות הפסגות המתאימות, והקו העבה משמש לערך החציוני. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.
קובץ משלים 1: תוכנית הממשק הראשית להפעלת המכשיר. ממשק הבקרה ללחץ ידני של ערוצי הבקרה והפעלת ניסוי אוטומטי במכשיר שמונה כניסות. אנא לחץ כאן כדי להוריד קובץ זה.
קובץ משלים 2: תוכנית ממשק ראשית חלופית להפעלת המכשיר. ממשק הבקרה להפעלת התקן שמונה כניסות ללא פונקציית ברקוד. אנא לחץ כאן כדי להוריד קובץ זה.
קובץ משלים 3: תת-תוכנית LabVIEW עם משתנים גלובליים. SubVI של תוכנית הממשק הראשי רישום והצגת מצב המשתנים הגלובליים בתוכנית הממשק הראשית, כלומר ערוצי הבקרה. אנא לחץ כאן כדי להוריד קובץ זה.
קובץ משלים 4: תוכנית LabVIEW לשמירת ערכים של משתנים גלובליים. SubVI של תוכנית הממשק הראשי השומר את המצב הנוכחי של השסתומים כמערך, אשר ישמש כדי לשמור על אותו מצב של השסתומים במקרה של המשתמש להיות לא פעיל במשך יותר מ -30 שניות. אנא לחץ כאן כדי להוריד קובץ זה.
קובץ משלים 5: פרוטוקול בקרת שידור (TCP) תוכנית LabVIEW. SubVI לשמירה על חיבור TCP בין תוכנית הממשק הראשית לבקר WAGO. אנא לחץ כאן כדי להוריד קובץ זה.
קובץ משלים 6: משתנה גלובלי TCP LabVIEW תת-תוכנית. תוכנית לאחסון משתנה פלט TCP. אנא לחץ כאן כדי להוריד קובץ זה.
קובץ משלים 7: קלט לביצוע ניסוי אוטומטי. קובץ .csv מקודד הרכב, רצף והעתקים של אוכלוסיות תקעים לביצוע ניסויים לייצור תקעים פלואורסצנטיים כמותיים, כמפורט במאמר זה. אנא לחץ כאן כדי להוריד קובץ זה.
קובץ משלים 8: סקריפט Python לניתוח אוכלוסיית תקעים פלואורסצנטיים. סקריפט Python מותאם אישית לקריאת ערכי פלואורסצנטיות מהקלטת תקעים (קובץ .avi). אנא לחץ כאן כדי להוריד קובץ זה.
קובץ משלים 9: פלט ניתוח פלואורסצנטי של תקעים. פלט מסקריפט Python המכיל ערכי פלואורסצנטיות עבור החזר השקעה של 5x5 מהקלטת התקעים. אנא לחץ כאן כדי להוריד קובץ זה.
קובץ משלים 10: תוכנית R לקריאת קובץ פלט. תוכנית מותאמת אישית המשמשת בעבודה זו לקריאת ערכי הפלואורסצנט של הפלט ולהתוויית נתונים גולמיים, גבהי שיא וסטיות תקן. אנא לחץ כאן כדי להוריד קובץ זה.
קובץ משלים 11: פונקציות R לניתוח והתוויית נתונים פלואורסצנטיים. פונקציות R מותאמות אישית המשמשות ל- 1. גזור את הנתונים הגולמיים של ערכי הפלואורסצנט, 2. הגדר תנאי ניסוי שונים, 3. לזהות שיאים מהתנאים הנתונים, 4.להתוות את הנתונים הגולמיים ואת התנאים שזוהו חופפים, ו 5. התווה את הפסגות שזוהו והנתונים הגולמיים חפפו. אנא לחץ כאן כדי להוריד קובץ זה.
במאמר זה הוצגה סדרה של פרוטוקולים לייצור ותפעול של התקן מיקרופלואידי מבוסס PDMS לייצור אוטומטי של ספריות קומבינטוריות בתאי מים בשמן הנקראים תקעים. השילוב של מיקרופלואידיקה עם טכנולוגיית טיפות מספק טכניקה רבת עוצמה לתמצת כמות קטנה של ריאגנטים במספר רב של תאים, ובכך פותח אפיקים לסינון קומבינטורי בקנה מידה גדול.
בעבר, תוארו מספר טכנולוגיות ליצירת תאים מובחנים מבחינה כימית באמצעות מיקרופלואידיקה, כל אחת עם היתרונות והמגבלות שלה. Kulesa et al.50, תיארו אסטרטגיה לתמצת תאים עם ברקודים בטיפות באמצעות לוחות microtiter ומיזוג טיפות אלה באמצעות שדה חשמלי כדי ליצור ספרייה קומבינטורית. בעוד גישה כזו יכולה ליצור הרבה שילובים של טיפות, היא מוגבלת על ידי הצורך בשלבי טיפול ידניים בזרימת העבודה. Tomasi et al.51 פיתחו פלטפורמה מיקרופלואידית כדי למזג טיפה המכילה ספרואיד (צברי תאים צפים חופשיים) עם טיפת גירוי, ובכך לאפשר מניפולציה של מיקרו-סביבה ספרואידית. שיטה זו מאפשרת לחקור תופעות חשובות כגון אינטראקציות תא-תא והשפעת תרופות, אך היא בעלת תפוקה נמוכה יחסית. Eduati et al.46 ו- Utharala et al.47 פיתחו פלטפורמה מבוססת שסתומים מיקרופלואידים שיכולה ליצור ספריות קומבינטוריות בעלות תפוקה גבוהה באופן אוטומטי. עם זאת, במחקרים אלה, השסתומים מופעלים באמצעות התקן ברייל, מה שמחייב שלבי יישור מסורבלים בין המיקרו-שסתום לבין השבב המיקרופלואידי. תכונה מרכזית של המערכת המתוארת במאמר זה היא יישום של שסתומי PDMS פנאומטיים כדי לווסת את זרימת הנוזל בתעלות הקלט. מכיוון ששסתומים אלה מבוססים על PDMS, ניתן לשלב אותם בצורה חלקה למדי בשלבי הייצור של השבב המיקרופלואידי. בנוסף, הם אפשרות פשוטה יחסית לשלוט על זרימת הנוזלים בתעלות הכניסה, שכן הם יכולים להיות מופעלים על ידי הפעלת לחץ דרך מקור גז חיצוני. לבסוף, ניתן לתכנת את משך ורצף הלחץ והדיכאון של שסתומים אלה, ובכך להפוך את הייצור של אוכלוסיות נפרדות של תקעים לאוטומטי באופן בתפוקה גבוהה. תכונה חשובה נוספת היא השימוש במשטרי לחץ קבועים להזרקת ריאגנטים דרך המפרצון, המאפשר לבטל את הסכמתך לשלב תעלות פסולת כדי להקל על כל הצטברות לחץ המתעוררת במשטר קצב זרימה קבוע. זה מפשט את תכנון המכשיר, מפחית את הצורך בשסתומים וחומרה נוספים כדי לשלוט בשסתומים של ערוץ הפסולת, וממזער בזבוז מגיבים.
בעוד הייצור של מכשירים עם PDMS הוא יחסית לא מסובך, יישום של התקנים כאלה דורש שימוש באביזרי חומרה נרחבים כגון שסתומי סולנואיד פנאומטיים (כדי לשלוט על ההפעלה של שסתומי PDMS), משאבות לחץ (כדי לשלוט על זרימת ריאגנטים כניסה ושמן) ותוכנות (כדי לווסת את שסתומי הסולנואידים). למרות שהם מייצגים השקעה משמעותית, התקנה כזו מספקת עקביות ואמינות לפעולה מוצלחת של המכשיר. בנוסף, רכיבי החומרה והארכיטקטורה המתוארים בפרוטוקול זה מוגדרים באופן מודולרי. לכן, ניתן להשתמש בחלופות עבור מודולים מסוימים כדי להפחית עלויות או להתאים אותם לצורך ספציפי. לדוגמה, קיים מגוון משאבות שניתן להשתמש בהן על בסיס שירות, תקציב, זמינות ונוחות 52,53,54. ניתן לשלב רכיבים נוספים כגון מאגרי נוזלים ומווסתי טמפרטורה עבור ריאגנטים רגישיםלכניסה 23. יתר על כן, ניתן להגדיל או להקטין עיצוב זה כדי לענות על צרכים מדעיים ספציפיים. לדוגמה, במאמר זה מתואר אב טיפוס בעל שמונה כניסות המאפשר לשלב שמונה ריאגנטים ייחודיים ליצירת תקעים. ניתן לשדרג זאת להתקן בעל 16 כניסות המאפשר מספר גדול יותר של כניסות ושילובים גדולים יותר שלהן. כתוצאה מכך, הוא יזדקק לתעלות בקרה נוספות ושסתומי סולנואיד כדי לטפל בפתחים, אך אב טיפוס כזה מאפשר ליצור ספריות קומבינטוריות גדולות ומגוונות יותר. לבסוף, במאמר זה, כל אוכלוסיית תקע נוצרת על ידי פתיחה של שלושה מתוך שמונת הפתחים המימיים של המכשיר המיקרופלואידי. נצפה כי עבור תצורה כזו, לחץ של כ 200 mbar עבור ריאגנטים שמן ו 400 mbar עבור ריאגנטים מימיים תואם משטר של ייצור תקע, אשר מונע אך ורק על ידי הפעלת שסתום. כאשר הופעלו לחצים גבוהים יותר על השמן, נצפתה התפרקות של תקעים, והפעלת לחצים נמוכים יותר הובילה לאיחוי של תקעים. משטר הלחץ האופטימלי לייצור תקע תלוי במגוון רחב של גורמים, כגון מספר הכניסות התורמות להיווצרות תקע, אופי וצמיגות הנוזלים ומידות התעלות, ויש לייעל אותו בעת הצורך.
אחד החסרונות של פעולה במשטר לחץ קבוע הוא שלנוזלים בעלי צמיגות שונה יש קצבי זרימה שונים תחת לחץ קבוע. לכן, יש לוודא כי ריאגנטים מימיים הזורמים דרך המפרצונים הם בעלי צמיגות דומה. השימוש בנוזלים בעלי צמיגויות שונות ישפיע לא רק על זרימת הנוזלים בתעלות הכניסה אלא גם על היווצרות התקע בצומת T, ובכך יפגע בהרכב אוכלוסיות התקעים. חסרון נוסף הוא זיהום אוכלוסיית תקע מגיבים שיוריים בצומת T. כאשר המכשיר עובר בין ייצור של אוכלוסיות תקע שונות, התקע הראשון/האחרון ברצף של כל אוכלוסייה נוטה להיות מזוהם על ידי האוכלוסייה הקודמת או הבאה. ניתן להתגבר על כך על ידי ייצור עותקים משוכפלים נוספים של כל אוכלוסייה והנחת התקע המזוהם במהלך הניתוח. לבסוף, קיים גם פוטנציאל לשונות בין מכשירים בודדים הנובעת מחוסר עקביות בייצור ו / או במקורות חיצוניים (תנודות לחץ). ניתן להקל על בעיה זו על ידי שימוש חוזר בשבב מיקרופלואידי יחיד מספר פעמים והבטחת הפעלה מלאה של ספריה קומבינטורית על שבב יחיד כדי למזער את ההשפעה של חוסר עקביות אלה.
המכשיר המיקרופלואידי והמערך הנלווה של פרוטוקולים תפעוליים המוצגים במאמר זה שימשו להדגמת הייצור של ספרייה קומבינטורית כמותית של תקעים. פלטפורמה זו יכולה, אם כן, ליצור במהירות ספריות קומבינטוריות של אוכלוסיות תקע נפרדות באופן בתפוקה גבוהה. כתוצאה מכך, טכנולוגיות כאלה יכולות לשמש למגוון מטרות הקרנה, כולל, אך לא רק, סינון תרופתי קומבינטורי על דגימות ביופסיה של מטופל - לפיו מספר קטן של תאים שנשלפו מביופסיה יכולים להיות מופצים במספר רב של טיפות ומטופלים בשילוב גדול של התרופה האנטי סרטנית כדי לייעל את הטיפול הפרטני בדגימת חולה נתונה - ולכן להאיץ טיפול מותאם אישית בסרטן46, 48,55.
F. E. הוא פרילנסר עבור TheraMe! א.ג. המחברים מצהירים כי אין להם אינטרסים כלכליים מתחרים.
ברצוננו להודות לסטייסי מרטינה מ-NanoLab TuE על עזרתה בתצהיר אדי HMDS. מחקר זה מומן על ידי המכון למערכות מולקולריות מורכבות (ICMS) ב- TU/e ועל ידי הארגון ההולנדי למחקר מדעי (NWO) תוכנית הכבידה IMAGINE! (פרויקט מספר 24.005.009).
Name | Company | Catalog Number | Comments |
1,1,3,3 tetramethyldisiloxane | Merck Life Science NV | MFCD00008256 | |
4 channel digital input/output module | WAGO Kontakttechnik GmbH | 750-504 | |
Acetone | Boom Labs | BOOMSKEUZW3 | |
Analysis Software | Eindhoven University of Technology | https://github.com/SysBioOncology/BilayerMicrofluidicsAnalysis_JoVE | |
AZ 40XT 11D | Merck Life Science NV | 212299 | Positive photoresist |
AZ 726 MIF developer | Merck Life Science NV | 10055824960 | Developer for positive photoresist |
Biopsy Punch, Rapid Core | World Precision Instruments Germany, GMBH | 504529 | 0.75 mm ID, W/Plunge |
Blue food dye | PME | FC1036 | |
Controller end module | WAGO Kontakttechnik GmbH | 750-600 | |
Ethernet Controller | WAGO Kontakttechnik GmbH | 750-881 | |
FC-40 | Merck Millipore | F9755-100ML | |
Fluigent flow unit | Fluigent | FLU-S-D | |
Fluigent pressure system | Fluigent | MFCS-EZ | 0 - 2 bar |
Fluorescein | Merck Life Science NV | MFCD00005050 | |
Hot plate | Torrey Pines Scientific | HP61 | |
Inverted microscope | Nikon Instruments | Eclipse Ti-E | |
Isopropanol | Boom Labs | BOOMSKEUZE3 | |
LabVIEW (Software Version 20) | Eindhoven University of Technology | https://github.com/SysBioOncology/BilayerMicrofluidicsAnalysis_JoVE/tree/main/LabVIEW_8_inlet_device_ VERSION_1 | All files have been saved for LabVIEW version 20. It is advised to use this version or higher to open the files. |
Luer stubs | Instech Laboratories, Inc. | LS23 | 23 ga, 0.5" |
Male Luer to barb connectors | Cole Parmer | 45505-32 | 3/32" ID |
MasterFlex PTFE tubing | Avator/VWR | 48634 | |
Microscope Slides | VWR | 470150-480 | |
Microscope slides, Plain | Corning | 2947-75X50 | |
Mineral Oil | Merck Millipore | 330760-1L | |
mr DEV 600 | Micro resist Technology | R815100 | Developer for negative photoresist |
Oven | Thermo Scientific | Heraeus T6P 50045757 | |
Oxygen plasma asher | Quorum Technologies | K1050X | |
Photomask | CAD/Art Services, Inc. | ||
Photomask Design | Eindhoven University of Technology (Adapted from Merten Lab, EPFL) | https://github.com/SysBioOncology/BilayerMicrofluidicsAnalysis_JoVE/blob/main/8_inlet_JoVE_device_design.dwg | |
Pneumatic valve array | FESTO | 1x 8 valve array, Normally closed valves | |
Silicon Wafers | Silicon Materials | <1-0-0>, 100 mm diameter, 525 μm thickness | |
Single edge blades | GEM Scientific | ||
Soft tubing | Fluigent | 1 mm ID, 3 mm OD | |
Spin coater | Laurell Technologies Corporation | WS-650MZ-23NPPB | |
Stereo microscope | Olympus Corporation | SZ61 | |
SU-8 3050 | Kayakli Advanced Materials | Y311075 1000L1GL | Negative photoresist |
Sylgard 184 Silicone Elastomer Kit (PDMS) | Dow | 1317318 | |
Syringe | B Braun Injekt - F Fine Dosage Syringe | 10303002 | |
UV-LED exposure system | Idonus | UV-EXP150S-SYS | |
Vacuum pump | Vacuumbrand GmbH | MD1C | |
Weighing scales | Sartorius | M-prove |
Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article
Request PermissionThis article has been published
Video Coming Soon
ABOUT JoVE
Copyright © 2025 MyJoVE Corporation. All rights reserved