Novos recursos no Visual Dynamics 3.0

Summary

O Visual Dynamics é uma ferramenta de código aberto que acelera implementações e aprendizado em simulação de dinâmica molecular usando Gromacs. O protocolo apresentado irá guiá-lo através das etapas para realizar uma simulação proteína-ligante preparada no ACPYPE com facilidade e etapas gerais para outros modelos de simulação.

Abstract

A Dinâmica Visual (VD) é uma ferramenta web que visa facilitar o uso e a aplicação da Dinâmica Molecular (MD) executada no Gromacs, permitindo que usuários sem familiaridade computacional executem simulações de curta duração para fins de validação, demonstração e ensino. É verdade que os métodos quânticos são os mais precisos. No entanto, atualmente não há viabilidade computacional para realizar os experimentos que o MD realiza. A ferramenta descrita aqui tem recebido melhorias contínuas ao longo dos últimos dois anos. Este protocolo descreverá o que é necessário para executar uma simulação em VD com um complexo proteína-ligante previamente preparado em ACPYPE e algumas direções gerais sobre os outros modelos de simulação disponíveis. Para a simulação detalhada, será utilizada a proteína ligadora de FK506 de Plasmodium vivax complexada com o inibidor D5 (PDB ID: 4mgv), e todos os arquivos utilizados serão fornecidos. Observe que este protocolo dirá todas as opções a serem usadas para alcançar os mesmos resultados apresentados, mas essas opções não são necessariamente as únicas disponíveis.

Introduction

De acordo com a definição da IUPAC, MD é o procedimento de simulação que consiste em calcular o movimento de átomos em uma molécula ou de átomos individuais ou moléculas em sólidos, líquidos e gases, de acordo com as leis do movimento de Newton. As forças que atuam sobre os átomos, necessárias para simular seu movimento, são comumente calculadas usando campos de força da mecânica molecular¹. Pode ser aplicado a qualquer fenômeno que busque extrair informações em nível molecular e muitas vezes atômico².

A DM é uma das técnicas incorporadas à bioinformática, especificamente à bioinformática estr....

Protocol

1. Acesso ao software e registro de novo usuário

1. Visite a página da Web do Visual Dynamics (VD). Clique no ícone +Registrar no canto superior direito para criar uma conta. Registre-se para usar o software.
   NOTA: Somente endereços de e-mail institucionais são permitidos. O usuário receberá uma notificação por e-mail assim que seu registro for aprovado.
2. Clique em Login no canto superior direito para acessar a tela de login do sistema. Preenc.......

Discussion

Automatizar processos não é fácil, mas também é menos difícil do que reprogramar um sistema do zero. Gromacs é atualmente o software de simulação molecular mais popular e é constantemente atualizado. O Departamento de Química Biofísica da Universidade de Groningen inicialmente o desenvolveu, e agora é mantido pelo Laboratório de Ciências da Vida da Universidade de Estocolmo⁴³.

Para qualquer novo usuário, aprender técnicas de simulação é uma longa jor.......

Materials

Name	Company	Catalog Number	Comments
ACPYPE Server	Bio2Byte		Available at https://www.bio2byte.be/acpype/
GRACE software	Plasma Laboratory at the Weizmann Institute of Science		Available at https://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/
GROMACS software	GROMACS Team		Installation instructions at https://manual.gromacs.org/current/install-guide/index.html
The structure of the FK506-binding protein From Plasmodium vivax complexed with the inhibitor D5	RCSB Protein Data Bank		Available at https://www.rcsb.org/structure/4mgv Already contains the ligand complexed to the macromolecule.