Новые возможности Visual Dynamics 3.0

Summary

Visual Dynamics — это инструмент с открытым исходным кодом, который ускоряет реализацию и обучение в области моделирования молекулярной динамики с помощью Gromacs. Представленный протокол с легкостью проведет вас через этапы выполнения моделирования белка-лиганда, подготовленного в ACPYPE, и общие шаги к другим имитационным моделям.

Abstract

Visual Dynamics (VD) — это веб-инструмент, предназначенный для облегчения использования и применения молекулярной динамики (MD), выполняемой в Gromacs, позволяя пользователям, не знакомым с вычислениями, запускать кратковременные симуляции для проверки, демонстрации и обучения. Действительно, квантовые методы являются наиболее точными. Тем не менее, в настоящее время нет вычислительной возможности для проведения экспериментов, которые выполняет MD. Описанный здесь инструмент постоянно совершенствовался в течение последних нескольких лет. В этом протоколе будет описано, что необходимо для запуска моделирования в VD с комплексом белок-лиганд, предварительно приготовленным в ACPYPE, а также некоторые общие указания по другим доступным имитационным моделям. Для детального моделирования будет использован FK506-связывающий белок из Plasmodium vivax в комплексе с ингибитором D5 (PDB ID: 4mgv), а также будут предоставлены все используемые файлы. Обратите внимание, что этот протокол сообщит все варианты, которые следует использовать для достижения тех же представленных результатов, но эти варианты не обязательно являются единственными доступными.

Introduction

Согласно определению ИЮПАК, МД — это процедура моделирования, которая заключается в вычислении движения атомов в молекуле или отдельных атомов или молекул в твердых телах, жидкостях и газах в соответствии с законами движения Ньютона. Силы, действующие на атомы, необходимые для моделирования их движения, обычно рассчитываются с использованием силовых полей из молекулярной механики¹. Он может быть применен к любому явлению, которое стремится извлечь информацию на молекулярном, а часто и атомном уровне^.

МД является одним из методов, включенных в биоинформатику, в частности в структурную биоинформ....

Protocol

1. Доступ к программному обеспечению и регистрация нового пользователя

1. Посетите веб-страницу Visual Dynamics (VD). Нажмите на значок +Регистрация в правом верхнем углу, чтобы создать учетную запись. Зарегистрируйтесь для использования программного обеспечения.
   ПРИМЕЧА.......

Discussion

Автоматизировать процессы непросто, но и менее сложно, чем перепрограммировать систему с нуля. Gromacs в настоящее время является самым популярным программным обеспечением для молекулярного моделирования, и оно постоянно обновляется. Первоначально его разработал факультет биофизическо.......

Materials

Name	Company	Catalog Number	Comments
ACPYPE Server	Bio2Byte		Available at https://www.bio2byte.be/acpype/
GRACE software	Plasma Laboratory at the Weizmann Institute of Science		Available at https://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/
GROMACS software	GROMACS Team		Installation instructions at https://manual.gromacs.org/current/install-guide/index.html
The structure of the FK506-binding protein From Plasmodium vivax complexed with the inhibitor D5	RCSB Protein Data Bank		Available at https://www.rcsb.org/structure/4mgv Already contains the ligand complexed to the macromolecule.