Nuevas características de Visual Dynamics 3.0

Visual Dynamics (VD) es una herramienta web que tiene como objetivo facilitar el uso y la aplicación de la Dinámica Molecular (MD) ejecutada en Gromacs, permitiendo a los usuarios sin familiaridad computacional ejecutar simulaciones de corto tiempo con fines de validación, demostración y enseñanza. Es cierto que los métodos cuánticos son los más precisos. Sin embargo, actualmente no existe factibilidad computacional para llevar a cabo los experimentos que realiza MD. La herramienta descrita aquí ha recibido mejoras continuas en el transcurso de los últimos años. Este protocolo describirá lo que se necesita para ejecutar una simulación en VD con un complejo proteína-ligando previamente preparado en ACPYPE y algunas instrucciones generales sobre los otros modelos de simulación disponibles. Para la simulación detallada, se utilizará la proteína de unión FK506 de Plasmodium vivax complejada con el inhibidor D5 (PDB ID: 4mgv) y se proporcionarán todos los archivos utilizados. Tenga en cuenta que este protocolo indicará todas las opciones que se utilizarán para lograr los mismos resultados presentados, pero estas opciones no son necesariamente las únicas disponibles.