Genome-wide Analysis using ChIP to Identify Isoform-specific Gene Targets

Recruitment of transcriptional and epigenetic factors to their targets is a key step in their regulation. Prominently featured in recruitment are the ...

University of Illinois Chicago - UIC

&#x89C6;&#x7F51;&#x819C;&#x6BCD;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7624;&#x86CB;&#x767D; (pRB) &#x4E0E;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7684;&#x5404;&#x79CD;&#x4EA4;&#x4E92;&#x6765;&#x4ECB;&#x5BFC;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5468;&#x671F;&#x64A4;&#x51FA;&#x548C;&#x5206;&#x5316;&#x3002;RB &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D; 2 (RBP2) &#x5DF2;&#x88AB;&#x8BC1;&#x660E;&#x4E3A;&#x5173;&#x952E;&#x6548;&#x5E94;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x529B;&#x6C42;&#x901A;&#x8FC7;&#x4F7F;&#x7528;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x5206;&#x6790;&#x548C;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x8C31;&#x7684;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x6765;&#x786E;&#x5B9A;&#x7531; RBP2 &#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8C03;&#x63A7;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x63CF;&#x8FF0; RBP2 &#x663E;&#x793A;&#x5B58;&#x5728;&#x7684; H3K4me3 &#x7684;&#x9AD8;&#x76F8;&#x5173;&#x6027;&#x548C;&#x5176;&#x9776;&#x57FA;&#x56E0;&#x53EF;&#x5206;&#x4E3A;&#x4E24;&#x4E2A;&#x529F;&#x80FD;&#x4E0D;&#x540C;&#x7C7B;&#xFF1A; &#x72EC;&#x7ACB;&#x7684;&#x5206;&#x5316;&#x548C;&#x5206;&#x5316;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;&#x524D;&#x4E00;&#x79CD;&#x88AB;&#x4E30;&#x5BCC;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#xFF0C;&#x5BF9;&#x5176;&#x8FDB;&#x884C;&#x7F16;&#x7801;&#xFF0C;&#x800C;&#x540E;&#x8005;&#x7531;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5468;&#x671F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8BC1;&#x660E; RBP2 &#x5728;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x751F;&#x7269;&#x53D1;&#x751F;&#x5B66;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D;&#x6D89;&#x53CA;&#x7684; H3K4me3 &#x4FEE;&#x6539;&#x6838;&#x5C0F;&#x4F53;&#x8C03;&#x8282;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;RBP2 &#x8017;&#x5C3D;&#x540E;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x53D8;&#x5316;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x63CF;&#x8FF0;&#x57FA;&#x56E0;&#x5E26;&#x6709;&#x7B7E;&#x540D;&#x7684;&#x5206;&#x5316;&#x63A7;&#x5236;&#xFF0C;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x4E8E; pRB &#x5F15;&#x5165;&#x540E;&#x770B;&#x5230;&#x7684;&#x53D8;&#x5316;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5F97;&#x51FA;&#x7684;&#x7ED3;&#x8BBA;&#x5728;&#x5206;&#x5316;&#xFF0C;RBP2 &#x65BD;&#x52A0;&#x5BF9;&#x5176;&#x53D1;&#x8D77;&#x4EBA;&#x4E0E;&#x76F4;&#x63A5;&#x4EA4;&#x4E92;&#xFF0C;&#x901A;&#x8FC7;&#x591A;&#x4E2A;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x6291;&#x5236;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;

H3K4 &#x7EC4;&#x86CB;&#x767D;&#x8131; RBP2 &#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5206;&#x6790;&#x63ED;&#x793A;&#x4E86;&#x63A7;&#x5236;&#x5206;&#x5316;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x3002;

Retinoblastoma protein (pRB) mediates cell-cycle withdrawal and differentiation by interacting with a variety of proteins. RB-Binding Protein 2 (RBP2) has been shown to be a key effector. We sought to determine transcriptional regulation by RBP2 genome-wide by using location analysis and gene expression profiling experiments. We describe that RBP2 shows high correlation with the presence of H3K4me3 and its target genes are separated into two functionally distinct classes: differentiation-independent and differentiation-dependent genes. The former class is enriched by genes that encode mitochondrial proteins, while the latter is represented by cell-cycle genes. We demonstrate the role of RBP2 in mitochondrial biogenesis, which involves regulation of H3K4me3-modified nucleosomes. Analysis of expression changes upon RBP2 depletion depicted genes with a signature of differentiation control, analogous to the changes seen upon reintroduction of pRB. We conclude that, during differentiation, RBP2 exerts inhibitory effects on multiple genes through direct interaction with their promoters.

Genome-wide analysis of the H3K4 histone demethylase RBP2 reveals a transcriptional program controlling differentiation.

Prot&#xE9;ine du r&#xE9;tinoblastome (pRB) sert d&#x26;#39;interm&#xE9;diaire du cycle cellulaire de retrait et de la diff&#xE9;renciation en interagissant avec une vari&#xE9;t&#xE9; de prot&#xE9;ines. RB-Binding Protein 2 (RBP2) a &#xE9;t&#xE9; montr&#xE9; pour &#xEA;tre un effecteur cl&#xE9;. Nous avons cherch&#xE9; &#xE0; d&#xE9;terminer la r&#xE9;gulation transcriptionnelle par RBP2 l&#x26;#39;&#xE9;chelle du g&#xE9;nome en utilisant une analyse emplacement et des exp&#xE9;riences de profilage d&#x26;#39;expression g&#xE9;nique. Nous d&#xE9;crivons ce que RBP2 montre une forte corr&#xE9;lation avec la pr&#xE9;sence de H3K4me3 et ses g&#xE8;nes cibles sont s&#xE9;par&#xE9;s en deux classes bien distinctes: fonctionnellement les g&#xE8;nes de diff&#xE9;renciation ind&#xE9;pendants et de la diff&#xE9;renciation-d&#xE9;pendante. La premi&#xE8;re classe est enrichi par des g&#xE8;nes qui codent pour des prot&#xE9;ines mitochondriales, tandis que le second est repr&#xE9;sent&#xE9; par le cycle cellulaire des g&#xE8;nes. Nous d&#xE9;montrons le r&#xF4;le de RBP2 dans la biogen&#xE8;se mitochondriale, ce qui implique le r&#xE8;glement H3K4me3 modifi&#xE9;s nucl&#xE9;osomes. Analyse de l&#x26;#39;expression des g&#xE8;nes changements sur RBP2 &#xE9;puisement repr&#xE9;sent&#xE9;s avec une signature de contr&#xF4;le de diff&#xE9;renciation, analogues &#xE0; des changements observ&#xE9;s sur la r&#xE9;introduction de pRB. Nous concluons que, lors de la diff&#xE9;renciation, RBP2 exerce des effets inhibiteurs sur des g&#xE8;nes multiples &#xE0; travers une interaction directe avec leurs promoteurs.

L&#x26;#39;&#xE9;chelle du g&#xE9;nome Analyse de la H3K4 D&#xE9;m&#xE9;thylase Histone RBP2 r&#xE9;v&#xE8;le un programme transcriptionnel contr&#xF4;le de la diff&#xE9;renciation

Retinoblastom-Protein (pRB) vermittelt die Zellzyklus R&uuml;ckzug und Differenzierung durch Interaktion mit einer Vielzahl von Proteinen. RB-Binding Protein 2 (RBP2) hat sich ein wichtiger Effektor werden gezeigt. Wollten wir mit Standort-Analyse und Gen-Ausdruck Profilerstellung Experimente transkriptionelle Regulation von RBP2 genomweiten bestimmen. Wir beschreiben, dass RBP2 hohe Korrelation mit der Anwesenheit des H3K4me3 zeigt und seiner Zielgene werden in zwei funktionell unterschiedliche Klassen unterteilt: unabh&auml;ngig von Differenzierung und Differenzierung-abh&auml;ngigen Gene. Die erstgenannte Klasse wird durch Gene bereichert, die mitochondriale Proteine codieren, und letzteres durch Zellzyklus Gene dargestellt. Wir demonstrieren die Rolle des RBP2 bei mitochondrialen Biogenese, die Regulierung der H3K4me3 ver&auml;nderten Nucleosomes beinhaltet. Analyse der Ausdruck &Auml;nderungen auf RBP2 Ersch&ouml;pfung dargestellt Gene mit einer Signatur der Differenzierung Kontrolle, analog zu den &Auml;nderungen, die nach Wiedereinf&uuml;hrung der pRB gesehen. Wir schlie&szlig;en, dass w&auml;hrend der Differenzierung, RBP2 hemmende Wirkung auf mehrere Gene durch direkte Interaktion mit ihren F&ouml;rderern aus&uuml;bt.

Genomweiten Analyse der H3K4 Histon Demethylase RBP2 zeigt ein transkriptionelle Programm steuern Differenzierung.

Proteina retinoblastoma (pRB) media ritiro del ciclo cellulare e la differenziazione di interagire con una variet&agrave; di proteine. RB-Binding Protein 2 (RBP2) ha dimostrato di essere una chiave effettrici. Abbiamo cercato di determinare la regolazione trascrizionale da RBP2 genome-wide utilizzando posizione analisi e gene analisi di espressione esperimenti. Descriviamo che RBP2 Mostra alta correlazione con la presenza di H3K4me3 e suoi geni bersaglio sono divisi in due classi funzionalmente distinte: geni di differenziazione-dipendente e indipendente dalla differenziazione. La prima classe &egrave; arricchita da geni che codificano le proteine mitocondriali, mentre quest&#39;ultima &egrave; rappresentata da geni del ciclo cellulare. Dimostriamo il ruolo di RBP2 nella biogenesi mitocondriale, che coinvolge il regolamento dei nucleosomes H3K4me3 modificato. Analisi dei cambiamenti di espressione alla deplezione RBP2 raffigurato geni con una firma di controllo di differenziazione, analoga ai cambiamenti visti sulla reintroduzione del pRB. Possiamo concludere che, durante la differenziazione, RBP2 esercita effetti inibitori sui geni multipli attraverso l&#39;interazione diretta con i loro promotori.

Analisi genome-wide il demethylase istone H3K4 RBP2 rivelano un programma trascrizionale controllo della differenziazione.

&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x3055;&#x307E;&#x3056;&#x307E;&#x306A;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x7DB2;&#x819C;&#x82BD;&#x7D30;&#x80DE;&#x816B;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#xFF08;PRB&#xFF09;&#x3092;&#x4EF2;&#x4ECB;&#x3059;&#x308B;&#x7D30;&#x80DE;&#x5468;&#x671F;&#x306E;&#x64A4;&#x9000;&#x3068;&#x5206;&#x5316;&#x3002; RB-&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;2&#xFF08;RBP2&#xFF09;&#x306F;&#x30AD;&#x30FC;&#x30A8;&#x30D5;&#x30A7;&#x30AF;&#x30BF;&#x30FC;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x5834;&#x6240;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x3068;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x5B9F;&#x9A13;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;RBP2&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x3067;&#x8EE2;&#x5199;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3057;&#x3088;&#x3046;&#x3068;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5206;&#x5316;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3057;&#x306A;&#x3044;&#x3068;&#x5206;&#x5316;&#x4F9D;&#x5B58;&#x6027;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#xFF1A;&#x6211;&#x3005;&#x306F;RBP2&#x306F;H3K4me3&#x3068;&#x3057;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x6A19;&#x7684;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x3068;&#x9AD8;&#x3044;&#x76F8;&#x95A2;&#x306F;&#x3001;2&#x3064;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x306B;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x306B;&#x5206;&#x96E2;&#x3055;&#x308C;&#x8868;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5F8C;&#x8005;&#x306F;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x5468;&#x671F;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3067;&#x8868;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x524D;&#x8005;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x306F;&#x3001;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2;&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3092;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3067;&#x6FC3;&#x7E2E;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;H3K4me3&#x3068;&#x4FEE;&#x98FE;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x898F;&#x5236;&#x3092;&#x4F34;&#x3046;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2;&#x751F;&#x5408;&#x6210;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;RBP2&#x306E;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; pRB&#x306E;&#x518D;&#x5C0E;&#x5165;&#x306B;&#x898B;&#x3089;&#x308C;&#x308B;&#x5909;&#x5316;&#x306B;&#x985E;&#x4F3C;&#x3057;&#x305F;&#x5206;&#x5316;&#x5236;&#x5FA1;&#x306E;&#x30B7;&#x30B0;&#x30CD;&#x30C1;&#x30E3;&#x3092;&#x6301;&#x3064;RBP2&#x67AF;&#x6E07;&#x63CF;&#x304B;&#x308C;&#x305F;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306B;&#x5FDC;&#x3058;&#x3066;&#x767A;&#x73FE;&#x5909;&#x5316;&#x306E;&#x89E3;&#x6790;&#x3001;&#x3002;&#x79C1;&#x9054;&#x306F;&#x5206;&#x5316;&#x306E;&#x904E;&#x7A0B;&#x3067;&#x3001;RBP2&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x3068;&#x306E;&#x76F4;&#x63A5;&#x7684;&#x306A;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x6291;&#x5236;&#x52B9;&#x679C;&#x3092;&#x767A;&#x63EE;&#x3059;&#x308B;&#x3001;&#x3068;&#x7D50;&#x8AD6;&#x4ED8;&#x3051;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;

H3K4&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3;&#x8131;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;RBP2&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x306A;&#x89E3;&#x6790;&#x306F;&#x3001;&#x5206;&#x5316;&#x3092;&#x5236;&#x5FA1;&#x3059;&#x308B;&#x8EE2;&#x5199;&#x30D7;&#x30ED;&#x30B0;&#x30E9;&#x30E0;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;

Retinoblastoma &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; (pRB) &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC138;&#xD3EC; &#xC8FC;&#xAE30; &#xCCA0;&#xC218;&#xC640; &#xCC28;&#xBCC4;&#xD654;&#xB97C; &#xC911;&#xC7AC; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. RB &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; 2 (RBP2) &#xD0A4; &#xC774;&#xD399;&#xD130; &#xB418;&#xB3C4;&#xB85D; &#xD45C;&#xC2DC; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC704;&#xCE58; &#xBD84;&#xC11D;&#xACFC; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC2DD; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xD504;&#xB85C; &#xD30C;&#xC77C;&#xB9C1;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; RBP2 &#xAC8C;&#xB188; &#xC804;&#xCCB4;&#xC5D0;&#xC758; &#xD55C; transcriptional &#xADDC;&#xC81C;&#xB97C; &#xD655;&#xC778; &#xD558;&#xACE0;&#xC790; &#xD588;&#xB2E4;. RBP2 h3k4me3&#xC758; &#xC874;&#xC7AC;&#xC640; &#xB192;&#xC740; &#xC0C1;&#xAD00; &#xAD00;&#xACC4;&#xB97C; &#xD45C;&#xC2DC; &#xD558; &#xACE0; &#xB300;&#xC0C1; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC11C;&#xB85C; &#xB2E4;&#xB978; 2 &#xAC1C;&#xC758; &#xC885;&#xB958;&#xB85C; &#xAD6C;&#xBD84; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC124;&#xBA85;: &#xBD84;&#xD654; &#xBC0F; &#xBD84;&#xD654; &#xC885;&#xC18D; &#xC720;&#xC804;&#xC790;. &#xC804; &#xD074;&#xB798;&#xC2A4;&#xB294; &#xD6C4;&#xC790; &#xC138;&#xD3EC; &#xC8FC;&#xAE30; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD45C;&#xD604; &#xD558;&#xB294; &#xBC18;&#xBA74; &#xBBF8;&#xD1A0; &#xCF58; &#xB4DC;&#xB9AC; &#xC544; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC778;&#xCF54;&#xB529;&#xD558;&#xB294; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xB18D;&#xCD95;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. H3K4me3 &#xC218;&#xC815; nucleosomes&#xC758; &#xADDC;&#xC815;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; &#xBBF8;&#xD1A0; &#xCF58; &#xB4DC;&#xB9AC; &#xC544; &#xC18D; rbp2&#xC758; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. RBP2 &#xACE0;&#xAC08; &#xC2DC; &#xC2DD; &#xBCC0;&#xD654;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xCC28;&#xBCC4;&#xD654; &#xCEE8;&#xD2B8;&#xB864; Prb&#xC758; reintroduction &#xB530;&#xB77C; &#xBCF8; &#xBCC0;&#xD654;&#xC5D0; &#xC720;&#xC0AC;&#xD55C; &#xC11C;&#xBA85;&#xC73C;&#xB85C; &#xADF8;&#xB824;&#xC838; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294;, &#xCC28;&#xBCC4;&#xD654;, &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; RBP2 &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xBC1C;&#xAE30;&#xC778;&#xC640; &#xC9C1;&#xC811; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC5B5;&#xC81C; &#xD6A8;&#xACFC; &#xBBF8;&#xCE58;&#xB294; &#xACB0;&#xB860;.

H3K4 &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4; demethylase rbp2&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; &#xBD84;&#xC11D; transcriptional &#xD504;&#xB85C;&#xADF8;&#xB7A8;&#xC744; &#xCC28;&#xBCC4;&#xD654; &#xC81C;&#xC5B4;&#xB97C; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900;&#xB2E4;.

Prote&#xED;na retinoblastoma (pRB) es un mediador del ciclo celular retirada y la diferenciaci&#xF3;n mediante la interacci&#xF3;n con una variedad de prote&#xED;nas. RB-Binding Protein 2 (RBP2) ha demostrado ser una tecla efector. Hemos tratado de determinar la regulaci&#xF3;n transcripcional por RBP2 todo el genoma mediante el uso de an&#xE1;lisis de la ubicaci&#xF3;n y los experimentos de expresi&#xF3;n g&#xE9;nica de perfiles. Se describe que RBP2 muestra alta correlaci&#xF3;n con la presencia de H3K4me3 y sus genes diana se separan en dos clases distintas: funcionalmente independientes genes diferenciaci&#xF3;n-dependiente y diferenciaci&#xF3;n. La clase anterior se enriquece con los genes que codifican prote&#xED;nas mitocondriales, mientras que el segundo est&#xE1; representado por los genes del ciclo celular. Se demuestra el papel de RBP2 en la biog&#xE9;nesis mitocondrial, lo que implica la regulaci&#xF3;n de H3K4me3 modificados nucleosomas. An&#xE1;lisis de la expresi&#xF3;n de los cambios sobre el agotamiento de los genes RBP2 representados con una firma de control de la diferenciaci&#xF3;n, de forma an&#xE1;loga a los cambios observados en la reintroducci&#xF3;n del PRB. Llegamos a la conclusi&#xF3;n de que, durante la diferenciaci&#xF3;n, RBP2 ejerce efectos inhibitorios sobre varios genes a trav&#xE9;s de la interacci&#xF3;n directa con sus promotores.

Dannielle C. DeWaal

Department of Biochemistry and Molecular Genetics

University of Illinois Chicago - UIC

Genome-wide Analysis using ChIP to Identify Isoform-specific Gene Targets

Dannielle C. DeWaal

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University of Illinois Chicago - UIC

Genome-wide Analysis using ChIP to Identify Isoform-specific Gene Targets

Department of Biochemistry and Molecular Genetics