1 Başlamak için, masaüstünde Cytoscape 3.9.1 yazılımını2 başlatın ve anüs egzamasının çekirdek proteinlerini içeren tsv dosyasını 3 içe aktarın. 4 Ağ düğümlerinin rengini, yazı tipini ve boyutunu optimize etmek için kontrol panelindeki 5 stil çubuğuna tıklayın. 6 Ağ topolojisi analizi için, 7 ağ analiz işlevini kullanın.
8 Hub genlerini elde etmek için CytoHubba 9'u kullanın ve ilaç bileşeni hastalık hedef ağını oluşturun. 10 Metascape web sitesini açın. 11 Bir dosya seçin veya iletişim kutusuna 12 bir gen listesi yapıştırın ve gönder düğmesine tıklayın.
13 Ardından H.sapiens'i hem tür 14 olarak girişte hem de tür olarak analiz, 15 olarak seçin ve özel analiz işlevini etkinleştirin. 16 Zenginleştirme seçeneğinde, 17 GO moleküler fonksiyonlarını, GO biyolojik süreçlerini, 18 GO hücresel bileşenini ve KEGG Pathway veritabanını seçin. 19 Seçici GO kümelerini seç, 20'yi işaretleyin ve zenginleştirme analizi düğmesine tıklayın.
21 İlerleme çubuğunun tamamlanmasının ardından, 22 bir analiz raporu sayfası başlatın ve zenginleştirme sonuçlarını almak için 23'e tıklayın. 24 25'i aramak ve GEO gen çipi veritabanını analiz etmek için GEO2R aracını açın. 26 GEO veritabanı web sitesini açın.
27 Ardından anahtar kelimeyi veya GEO erişimini 28 girin ve arama düğmesine tıklayın. 29 En iyi eşleşen sonucu, 30'u seçin ve referans serisini bulun. 31 Şimdi GEO2R aracı web sitesinde, 32 GEO erişim kutusuna 33 referans serisini girin ve ayarla düğmesine tıklayın.
34 Deney grubu olarak atopik dermatiti seçin 35 ve kontrol grubu olarak atopik olmayan kontrolü seçin. 36 Analiz düğmesine tıklayın ve sonuçların görünmesini bekleyin. 59 ana hedefin 37 KEGG ve GO zenginleştirme analizi, 38'i 218 yol ve 3.000'den fazla biyolojik süreç tanımladı, 39'u SKH ve anal egzamada önemli yolları vurguladı.
Biyolojik süreçler, hücre bileşimi, 41 ve moleküler fonksiyon 42 üzerine 40 GO analizi, SKH ve anal egzamada ortak hedefleri vurgulamıştır. 43 İlgili biyolojik fonksiyonlar arasında peptidil-tirozin 44 fosforilasyonu ve hücre-hücre yapışmasının düzenlenmesi yer aldı.
