1 Başlamak için, 2 geleneksel Çin Tıbbı Sistemleri 3 Farmakoloji veritabanını açın. 4 Kimyasal isim arama kutusunu kullanarak, 5 seçilen bileşen isimlerini arayın 6 ilgili 3B yapı dosyalarını 7 Mol2 formatında indirmek için. 8 Anahtar hedeflerin kristal yapılarını indirmek için, 9 RCSB Protein veritabanını açın.
10 Arama kutusunda, 11 hedef adlarını 12 arayın ve karşılık gelen 13 kristal yapı dosyasını PDB formatında indirin. 14 Malzemeleri ve hedef yapı dosyalarını 15 analiz yazılımına aktarın. 16 Su moleküllerini silmek için Düzenle'ye ve ardından Suyu Sil'e tıklayın.
17 Hidrojen eklemek için Düzenle, Hidrojen ve Ekle'ye tıklayın. 18 Malzemeleri ligand olarak ayarlayın. 19 Reseptör 20 olarak tüm hedefleri seçin ve kör yerleştirme gerçekleştirin.
21 Moleküler kenetlenme aralığını belirlemek için, 22 sırayla reseptörü ve ligandı seçin. 23 Izgara kutusunu 24 tüm modeli içerecek şekilde ayarlamak için Izgara'ya ve ardından Izgara Kutusu'na tıklayın. 25 Mevcut ızgara kutusu durumunu 26 kaydetmek için Dosya ve Kapat'a tıklayın ve dosyaları GPF formatında kaydedin.
27 Şimdi Çalıştır ve Otomatik Izgara Dört'ü Çalıştır'a tıklayın, 28 Parametre Dosya Adı'na tıklayın ve GFP dosyasını seçmek için Gözat, 29'a tıklayın. 30 Ardından Başlat düğmesine tıklayın. 31 Moleküler yerleştirme için, 32 otomatik belge dördünü açın ve yerleştirme, Makromolekül, 33'e tıklayın ve reseptörü seçmek için katı dosya adını ayarlayın.
34 Ardından Yerleştirme, Ligand'a tıklayın ve açın, 35 veya ligandı seçmeyi seçin. 36 Şimdi çalışma algoritmalarını ayarlamak için Yerleştirme 37 ve Arama Parametreleri'ne tıklayın. 38 Ardından, yerleştirme parametrelerini ayarlamak için Yerleştirme ve Yerleştirme Parametreleri 39'a tıklayın.
40 DPF dosyasını seçin ve başlat düğmesine tıklayın. 41 Dosyaları DPF biçiminde kaydedin. 42 Analyze (Analiz Et), Docking, 43'e tıklayın ve DLG dosyasını seçmek için açın.
44 Ardından reseptörü açmak için Analiz ve Makromolekül 45'e tıklayın. 46 Şimdi Analiz, Onaylar ve Oynat'a tıklayın, 47 sonuçları analiz etmek için enerjiye göre sıralanmıştır. 48 Son olarak, Oynat'ı Ayarla'ya tıklayın, 49 ve sonuçları PDBQT formatında kaydetmek için karmaşık yazın.
50 Yerleştirme dosyalarını PyMOLE'a aktarın, 51 ardından ligandı seçin ve ligandlar 54 ile dış ortam arasındaki hidrojen bağlarını görüntülemek için Eylem, Bul, 52 Polar Sözleşmeler ve diğer atomlara ve nesneye 53 tıklayın. 55 Rengi değiştirmek için tek bir C harfine tıklayın. 56 Eylem ve Nesneyi Ayıkla'yı tıklatın.
57 Göster'e tıklayın, ardından Çubuklar'a, 58 reseptörün çubuk yapısını göstermek için, 59 ligandlara 60 bağlı kalıntıları tanımlayın ve çubuk yapısını gösterin. 61 Ardından Sihirbaz ve Ölçüm 62'ye tıklayın ve sırayla iki atoma tıklayın. 63 Kalıntıların etiketini göstermek için Etiket'e ve ardından Kalıntı'ya tıklayın.
64 Gerekirse, arka plan rengini ve saydamlığını ayarlayın. 65 Son olarak, Dosya'ya ve ardından Resmi Dışa Aktar 66'ya tıklayın. 67 Atopik dermatit grubunda, 68 GEO veri tabanı analizi, P-P-A-R-G, E-G-F-R, T-N-F 70 ve P-T-P-R-C MMP dokuz, MAPK 14, 71 ve CASP 3'ün yukarı regüle edildiğini ortaya koydu.
72 Yerleştirme analizi, aktif SDG bileşenleri 74 ile potansiyel hedef proteinler 75 arasındaki etkileşimi 73 doğruladı ve anal egzama tedavisinde önemli rollerini gösterdi. 76 İndigo ve Berberrubine, enerjinin MOL başına eksi beş kilodan daha az kalorisi ile güçlü bağlanma aktivitesi 77 gösterdi ve 78 terapötik potansiyellerini vurguladı.
