Başlamak için, lekeli SW1222'den türetilmiş organoid örneklerini 10x'te bir epifloresan mikroskobu ile görüntüleyin. Yalnızca Rhod ve DAPI kanallarını kullanın. ImageJ yazılımını başlatın ve eklentiye ve ardından makrolara tıklayın.
Ardından ImageJ ROI dönüştürücüyü çalıştırmak için çalıştırın. py dosyasını Cell Pose GitHub sitesinden indirebilirsiniz. Bir pencere göründüğünde, kolon organoid klasöründen ilk dosyayı seçin ve aç'a tıklayın.
Ardından seg'i seçin. ilk dosyaya karşılık gelen npy dosyasını açın ve Aç'a tıklayın. Ardından, ROI yöneticisi penceresinde tümünü seç'e basın ve ölç'e basın.
Şimdi, dosyaları kaydedin ve ardından sonuçları kaydetmek için sonuçlar penceresinde farklı kaydet'e tıklayın. Kolon organoid lümen klasöründeki aynı görüntü için görüntü dönüştürmeyi tekrarlayın. Ardından, Origin Pro yazılımını yükleyin, verilere tıklayın, ardından içe aktarma sihirbazını bulmak için dosyayı içe aktar'a tıklayın.
Aynı görüntü için organoid ve lümen şeklindeki özelliklere karşılık gelen her iki CSV dosyasını da seçin. Her lümen ölçümünü karşılık gelen koloni ile eşleştirmek için lümen şeklindeki özellikleri koloni sonuçları sütununa kopyalayın. Yeni bir sütunda, karşılık gelen koloninin göreli lümen alanını elde etmek için lümen ve koloni alanlarını bölün.
Her koloninin daireselliğine ve lümen alanına karşılık gelen sütunu seçin. Ardından, sırayla arsa, temel 2B ve dağılıma tıklayın. Arsa penceresine sağ tıklayın ve arsa detaylarını seçin.
Centroid pro sekmesine tıklayın ve alt küme için merkez noktasını göster, veri noktalarına bağlan ve elips göster seçeneklerini seçin. 2D olarak kültürlenen hücreler, koloni döngüselliğinde çok yüksek bir varyasyona sahipti. Matrigel'de kültürlenen hücreler, lümenin nispi boyutu için daha geniş bir dağılıma sahipti.
