Başlamak için, immün boyalı HCC bölümlerinin görüntülerini elde edin. QuPath 0.4.3'ü indirin ve açın. exe dosyasını bilgisayarınıza yükleyin.
QuPath projelerini düzenlemek için uygun bir ada sahip yeni bir klasör oluşturun. Yazılımın sol üst köşesindeki proje oluştur düğmesine tıklayın ve yeni oluşturulan klasörü seçin. Ardından taranan görüntüleri QuPath yazılım penceresine sürükleyin.
Yeni bir pencere göründüğünde, görüntü türünü ayarla'yı seçin ve H-DAB'yi tıklayın, ardından içe aktar'ı tıklayın. İçe aktarılan görüntüleri görüntülemek için, menünün sol penceresindeki listeyi kontrol edin ve açmak için bir görüntüye çift tıklayın. Ana menüden dosyayı seçin ve görüntüleri proje olarak kaydetmeye devam edin.
Tümör bölgesine açıklama eklemek için ana menüdeki fırça veya değnek araçlarını seçin. Süreksiz tümör bölgeleri durumunda, her bölgeye ayrı ayrı açıklama ekleyin. Tüm bölgeleri seçerken kontrol tuşunu basılı tutun.
Ardından sağ tıklayın ve çoklu düzenle'yi seçin ve seçili birleştirme'yi seçin. Ardından, ana menüde otomatikleştir'e tıklayın ve komut dosyası düzenleyicisini göster'i seçin. Gerekli komut dosyasını kopyalayın, komut dosyası düzenleyicisine yapıştırın ve ardından çalıştır'a tıklayın.
Alternatif olarak, kötü huylu hücre yuvalarını ve bitişik tümör olmayan dokuyu ayıran bir kenarlığı doğru bir şekilde çizmek için ana menüden çoklu çizgi aracını seçin. Ardından ana menüden kenarlığı seçin, nesneleri seçin, ek açıklamayı tıklayın ve ek açıklamaları genişlet'i seçin. Genişleme yarıçapını 500 mikrometreye ayarlayın ve hat kapağı için düz olanı seçin.
İç mekanı çıkarın ve ebeveyne kısıtlamanın etkinleştirildiğinden emin olun. Şimdi yeni oluşturulan ek açıklamaya sağ tıklayın. Tek düzenle'yi seçin ve böl'ü seçin.
Açıklamalı bölgeleri doğru bir şekilde adlandırmak için, soldaki listede ek açıklamaya sağ tıklayın. Set özelliklerini seçin ve iç ve dış kenar boşluğu bölgeleri için uygun adları girin. Kalan tümör alanını tümör merkezi olarak tanımlayın.
Daha önce gösterildiği gibi dış kenara bitişik 500 mikrometre genişliğinde peritümör alanını uzatın. Ayrıntılı piksel analizi için ana menüden dikdörtgen aracını seçin. Ardından, ayırt edilecek tüm piksel türlerini kapsayan bir bölgeye açıklama ekleyin.
Ardından, ana menüye gidin. Analiz et'i seçin ve ön işleme'ye tıklayın. Ardından leke vektörünü tahmin et'i tıklayın.
Görsel leke düzenleyiciyi etkinleştirdikten sonra otomatik'i seçin ve Tamam'ı tıklayın. Tahmini leke vektörünü H-DAB olarak adlandırın. Piksel analizi için alternatif bir yöntem, hematoksilen ile boyanmış bir çekirdeğin küçük bir bölümünü vurgulamak için ana menüden dikdörtgen aracının kullanılmasını içerir.
Ardından, soldaki menüye erişin ve resmi seçin. Ardından birinci lekeye çift tıklayın ve evet'i seçin. Yine, DAB ile pozitif boyamayı gösteren küçük bir bölgeye açıklama eklemek için dikdörtgen aracını kullanın.
Bundan sonra, soldaki menüden görüntüyü seçin ve ikinci lekeye çift tıklayın, ardından evet'e tıklayın. Ana menüden pozitif bağışıklık hücrelerinin alan fraksiyonunu değerlendirmek için sınıflandır seçeneğine tıklayın, piksel sınıflandırmasını seçin ve eşikleyici oluştur'a tıklayın. Bundan sonra, çözünürlüğü yüksek olarak ayarlayın, DAB kanalını seçin ve 0,5 sigma ile bir Gauss ön filtresi uygulayın.
Eşiği 0,2 ile 0,3 arasında ayarlayın. Eşiğin üzerindeki pikselleri pozitif ve eşiğin altındaki pikselleri negatif olarak tanımlayın. Bölge seçimi için herhangi bir ek açıklamayı seçin.
Sınıflandırıcıya bir ad verin. Ardından kaydet, ölç ve tamam'ı tıklayın. Bulguları belgelemek için, sol taraftaki menüde görüntülenen sonuçları kopyalayın ve bunları bir elektronik tabloya aktarın.
Alternatif bir yöntem olarak üst ana menüden ölçüyü seçin. Ardından ek açıklama ölçülerini göster'i seçin. Panoya kopyala'yı seçin ve ayrıntılı bir kayıt için bu sonuçları bir elektronik tabloya yapıştırın.
Son olarak, resme sağ tıklayın, çoklu görünüme gidin ve resmi kapatmak için görüntüleyiciyi kapat'a tıklayın. CD117 proteini ağırlıklı olarak tümör stroması ve paravasküler boşluklardaki yuvarlak hücrelerin sitoplazmik zarlarında gözlendi. CD117 pozitif hücreler ayrıca tümör kapsüllerinde ve dış kenar ve paratümörün paravasküler alanlarında da gözlendi.
NKp46 proteini esas olarak sinüzoid benzeri boşluklardaki yuvarlak hücrelerin sitoplazmik zarlarında, tümör merkezinin stromasında ve iç kenarda gözlendi. Nkp46 pozitif hücreler, tümör yuvalarının etrafındaki kapsüllerde ve dış kenar ve peritümör bölgelerindeki portal yolların stromasında gözlendi. CD1a proteini çoğunlukla yuvarlak hücrelerin sitoplazmik zarlarında, dağınık halde veya tümör merkezi ve iç kenar bölgelerindeki stroma ve sinüzoid benzeri boşluklardaki agregalarda gözlendi.
CD1a-pozitif hücreler paratümör bölgesindeki sinüzoidlerde ve biliyer epitelde bulundu.
