Başlamak için Visual Dynamics veya VD web sayfasını açın ve sistem oturum açma ekranına erişmek için oturum aç'a tıklayın. Giriş yaptıktan sonra simülasyon gönderim alanına, eğitimlere ve kullanım istatistiklerine erişilebilir. APO enzimleri simülasyon gönderimi için, kenar çubuğundaki yeni simülasyona tıklayın ve APO düğmesine tıklayın.
Ücretsiz protein 4mgv'yi yükleyin. pdb dosyasını açın ve AMBER94 Kuvvet alanını seçin. TIP3P su modelini ve ardından Kübik kutuyu seçin.
Protein ile kutu kenarı arasında 0,5 nanometre mesafe seçin. Simülasyonu yürütmek için sunucularımızda çalıştır seçeneğini işaretleyin. UCSF Chimera'yı kullanarak, protein ligand kompleksini 4mgv açın.
pdv, kalıntı'ya tıklayın ve kodu D5I olarak ayarlayın. Ardından dosya altında, PDB'yi kaydet'e tıklayın, yalnızca seçili atomları kaydet'i seçin, dosya adını ligand olarak ayarlayın. PDB yazın ve Kaydet'e tıklayın.
Bio2Byte ACPYPE sunucusuna gidin ve oluşturulan ligandı gönderin. Çıktı dosyalarından pdb dosyası. Yeni simülasyona ve ardından protein ligandına tıklayın.
Ücretsiz protein 4mgv'yi yükleyin. pdb dosyasını açın ve ACPYPE'de hazırlanan ligand dosyalarını seçin ve ardından MBER94 Kuvvet Alanı'nı seçin. TIP3P su modelini ve ardından Kübik kutuyu seçin ve protein ile kutu kenarı arasında 0,5 nanometre mesafeyi seçin.
Simülasyonu yürütmek için sunucularımızda çalıştır seçeneğini işaretleyin. Kenar çubuğundaki simülasyonlarım'a tıklayın ve ardından kullanılan simülasyon yapılandırma dosyalarını indirmek için MDP dosyalarını indir'e tıklayın. Platform tarafından yürütülen komutların listesini indirmek için komutlara tıklayın ve GMX komut çıktılarını içeren LOG dosyasını indirmek için GROMACS Log'a tıklayın.
GMX komutları tarafından oluşturulan dosyaları indirmek için sonuçlara tıklayın ve son olarak, her bir simülasyon adımını görüntü ve XVG formatında bilgisayara analiz etmek için grafikleri indirmek için şekil grafiklerine tıklayın. Protein omurgası, 2.5 angstromdan daha az bir kök ortalama kare sapması sergiledi ve süre yarıçapı, proteinin beş nanosaniye simülasyonu sırasında X, Y ve Z koordinatlarında kompaktlığını koruduğunu gösterdi. Protein yapısındaki her bir amino asidin ortalama dalgalanma mesafesi, kök ortalama kare dalgalanması ile gösterildiği gibi, beş nanosaniye simülasyonu boyunca tutarlı kalmıştır.
Sistem, enerji minimizasyonu işlemi sırasında nanometre başına mol başına 1000 kilojoule'den daha az bir maksimum kuvvetle stabilize edildi.
