This research was supported by funds to FD. MM was supported by an IGERT Fellowship under National Science Foundation Grant No. 0903622. The authors wish to thank the Dolcos Lab members for assistance with data collection and preparation.

1.. Amygdala <ol><li> AMY Anterior Dilimleri <ol><li> Frontal ve temporal lob arasındaki beyaz madde bağlantısı sürekli ve 30 görünür olduğu limen insula başlangıçta göründüğü AMY ilk dilim tanımlayın. Koronal görünümünde, AMY inferolateralinden sınır olarak açısal paket kullanın. </li><li> AMY görünümü için bir dönüm noktası olarak optik kiazma bulun. Çevredeki unkusun onun erken dilimler halinde AMY ayırt etmek için eksenel ve sagital görünümleri kullanın. Entorhinal alanı 32 hariç tutmak için eksensel görünümünde AMY etrafında beyaz madde yolu takip edin. </li><li> Posterior hareket eden, ön ek yeri AMY tipik şekli görülebilir her iki hemisferde 28, boyunca sürekli olduğu, birinci dilim tanımlar. Süperomedial sınırına semianular sulcu fundusundan hayali bir çizgi olarak entorinal sulkusu kullanarak AMY saat yönünün tersine Tracegeri entorinal sulkus inferomedyal sınır olarak AMY, lateral sınırı olarak zamansal kök, ve alt ucuna beyaz madde boyunca s izleme 31 tamamlamak için. </li></ol></li><li> AMY posterior Dilimleri <ol><li> AMY HC ve her ikisi de aynı dilim (ler) de görebilir, bu seviyede unutmayın. </li><li> Hala koronal görünümünde, unsinat girusun, tümsek ve yanal (ventrikül mevcut değilse veya Alveus) yapısı lateral ventrikül 36 temporal boynuzun medial uzantısı üstündür AMY son dilim tespit HC başının. Doğru ve tutarlı takibi için sagital ve aksiyel görüşlerini edin. </li><li> Insulanın alt dairesel sulkusun fundustan de globus pallidus ve putamenin gri madde ayıran AMY 31, üstün sınır olarak optik yollarına hayali bir çizgi çizin. </li><li> Birlikte Tracesemilunar süperomedial sınır olarak girus ve unsinat girus 32 hariç. Lateral ventrikül alt boynuz ve yanal tarif için zamansal kök kullanın. </li></ol></li><li> Anterior-posterior yönde AMY ardışık Dilimleri <ol><li> Sistematik Yukarıdaki ilgili yönergeleri kullanarak AMY dilim-dilim iz. AMY en azından ön kısmı, ön-en dilim için aynı sınırları kullanır; tersine, AMY arka kısmında, posterior en dilim için aynı sınırları kullanın. </li><li> Tanımlamak ve daha fazla AMY sınırları rafine yardımcı eksenel ve sagital görüşlerini istihdam devam ediyor. </li></ol></li></ol> 2. Hippocampus <ol><li> HC yerelleştirme <ol><li> Lateral ventrikül temporal boynuz AMY inferolateralinden sınırında göründüğünde HC izleme başlayın. Lateral ventrikül temporal boynuz önceki dilimleri üzerinde zaten varsa, o inci dikkatHC e başlaması daha sonra yan ventrikül büyütme ve süperolaterale germe zamansal boynuz ile belirtilir. </li><li> Lateral ventrikül 31 trigonuna inferomedyal, son görünümü ile HC izleme End. Her zaman HC ve sınırlarını yerelleştirilmesine yardımcı olmak için alternatif görüşlere kullanmaktadır. </li></ol></li><li> HC Sınır Tanımlar <ol><li> Temporal boynuz karşı yanal HC tasvir. Lateral ventrikül temporal boynuz yeterli hissedilir olmadığı durumlarda, segmentasyon voksellerin bir satır dışlamak bunu belirtmek için. </li><li> Inferiorda, PHG&#39;nin gelen HC ayırmak için ventrikül boşluğuna açısal demeti (veya onun hayali uzantısı) kullanın. Üstün sınır olarak fimbrial birlikte alveus kullanın. Boyunca aynı tanımlara kullanarak HC izleyin. </li><li> Ayrıca, mediale PHG&#39;nin beyaz cevher paket, superiorda hizalanana sınırları şekilde segmentasyon içine subikulum dahilunkusun eğri ve HC 37 öncelikle ile yatay olarak uzanır. Kalkarin sulcus müdahale edene kadar posteriora aydınger, bu tanımları korumak. </li></ol></li><li> HC kaydederek Bölümleri <ol><li> Baş, gövde ve kuyruk: HC üç segmente ayrılabilir unutmayın. </li><li> HC kuyruk görünümünü belirtmek için tipik olarak forniksin CRU görünümü ile denk boyutunda HC vücuda HC kafa geçişi ve hızlı artan ve genişleme, işaretlemek için uncal tepe görünümünü kullanın 23,30,38. </li></ol></li><li> Aşağıdaki yapıları izlerken özellikle dikkat edin. <ol><li> Segmentasyon posterior unkusun içerir. </li><li> Bu düşük çözünürlüklü görüntülerde mümkün olmayabilir rağmen, koronal dilimleri üzerinde segmentasyon Alveus yukarıdaki koroid pleksus Gözardı. </li><li> C kuyruk dahil önlemek için iki alternatif görünümü bakınızaudate ve HC kuyruğun üstün yönü de pulvinar. </li><li> Başlangıçta Fasciola cinerea ve daha fazlasına göre hipokampal kuyruk ayrılır forniksin arasında krusun seviyesinde onun ortaya çıkması belirterek fasiküler girusun oluşumunu önlemek posteriora Kalkarin sulcus 32 üstün gri madde haline gelir. </li></ol></li></ol><img alt="Şekil 2," fo:content-width="4in" src="/files/ftp_upload/50991/50991fig2highres.jpg" width="400" /> Şekil 2. Beyinde gerçek konumunu gösteren, mevcut protokolü kullanılarak takip MTL, ve büyük yapılar arasında göreli konumlarının temsili bir sagital dilim, yani, AMY (kırmızı), HC (mavi), PRC (sarı), ERC (pembe) ve ÖYK (yeşil). 3.. Parahipokampal Gyrus <ol><li> PHG&#39;nin kaydederek Bölümleri <ol><li> Not PHG&#39;nin caanterior PHG (yani, ÇHC ve ERC) ve posterior PHG&#39;nin (yani, ÖYK): n iki ana bölüme ayrılabilir. </li><li> Anterior segment olduğunu unutmayın, ÇHC ERC daha önce görünür ve tüm kurs boyunca yanal bunu yanları. </li><li> ERC kaybolduktan sonra, ÇHC PHG&#39;nin yerini bir araya toplayan ve 3 mm için devam ettiğini unutmayın. </li><li> Bu segment ötesinde, birinci basamak sonuna kadar 30 PHG&#39;nin genişliği boyunca alır posterior PHG, iz. </li></ol></li><li> PHG&#39;nin ön Dilimleri <ol><li> CS 25,39 görünümü ile ÇHC ilk dilim tanımlayın. Schwalbe iki giruslar varsa ERC başlamasından önce, CS yanal bankanın medial kenarından yanal Schwalbe en girusun fundus ya da medial birinin bu için PRC iz ya da orta noktası Bu girus 25,39 yokluğunda temporopolar dorsal yüzeyi. </li><li> ERC 5 mm bir iz başlayınnterior 40,41 insula Limen için. </li><li> Üstün sonunda 40 olarak medial temporopolar sulkusun fundus ve AMY görüntülendikten sonra yarım halka sulkusun fundus veya yarım halka sulkus ise açısal paket hayali uzantısı ventrikül boşluğu karşılayan noktasını kullanarak ERC izleme devam 25 farksız. Doğrudan ventriküler kavite veya Pial yüzeyini karşılamak için inferiorda uzanır unutmayın. </li><li> ÇHC ve ERC arasındaki sınır dilim dilim değişebilir. <ol><li> CS (≥ 1.5 cm) derinlikte olduğu zaman, yanal banka 25 orta noktasına, bu sulkusa medial bankanın medial kenarından PRC iz. </li><li> Normal bir CS (1-1.5 cm derinliğinde) ile durumda, sulkusa 25&#39;in yanal bankanın medial ucuna teminat sulkus medial bankanın orta noktasından alanı olarak PRC iz. </li><li> With a &lt;em&gt; sığ CS (&lt;1 cm), fusiform girus 25 taç orta bu sulkusun fundustan PRC iz. </li></ol></li><li> CS fundusdan çıkan küçük girus ile, genellikle uncal tepe seviyesinde, kesildiğinde, yanal sulkus 25&#39;in dibine PRC iz. Eklemek veya ROI için hedefe göre beyaz madde içermemektedir. </li><li> Uncal apeks veya 42 intralimbicus girusun sonuna kadar 1.5 mm posterior kadar ERC Trace. </li><li> Mediale onun ikincisi için tanımları uncal apeks 4,5 mm posterior kadar geçerli olmaya devam fesih, ya da 42 intralimbicus girusun bitiminden sonra ERC yer işgal ÇHC izleme uzatın. PRC daha sonra birinci basamak 25,30 ile ikame edilir. </li></ol></li><li> PHG&#39;nin posterior Dilimleri <ol><li> 4 mm posterior t kadar, ÇHC sonuna dilim arka üzerinde TSH&#39;nin iz başlayınO HC kuyruk 32 sonuna. Literatürden alternatif tanımlar tartışma kısmında tarif edilmiştir. Yine, içeren veya amacına bağlı olarak beyaz madde içermemektedir. </li><li> ERC kaybolduktan sonra ÇHC arka kısmında açıklandığı aynı yöntemi kullanarak birinci basamak sağlık tasvir. Göründüğü kez de üstün sınır olarak singulumun beyaz madde kullanın. Sulkus 30 alt kenarına superomedial TSH&#39;nin kısıtlar Kalkarin sulkus, görünümü kadar bu şekilde izleme devam edin. </li><li> Mini-sulcus, Kalkarin sulkusun çıkmasından önce görünür segmentasyon içinde dahil, fakat Kalkarin sulkustan farklılaşan dikkatli olmalıdır. </li></ol></li></ol>

The authors have no conflicts of interest to declare.

Geleneksel olarak, manuel segmentasyon birçok araştırmacı tarafından altın standart olarak kabul edilmiştir. Bununla birlikte, tek tek yapıların kesin bir tarif MTL yapıların son derece değişken morfolojisi ile komplike ve çevresindeki sinir dokusu ve nöral olmayan alanlara karşı bu yapıların genellikle zayıf bir MRI kontrast tarafından edilmiştir. Tarihsel olarak, bazı MTL yapılar için literatürde çakışan açıklamalar olmuştur. 40,41 kesintiye gibi PRC segmentlere, bazı duruml...

A correction was made to <a href="/video/50991">A Comprehensive Protocol for Manual Segmentation of the Medial Temporal Lobe Structures</a>. Table 1 and its legend were updated. References 10 and 14 were also updated.
The references were updated from:
<ol start="10">
<li>Wager, T. D. &amp; Smith, E. E. Neuroimaging studies of working memory: a meta-analysis. Cognitive, Affective &amp; Behavioral Neuroscience. 3(4), 255-274 (2003).</li>
</ol>
<ol start="14">
<li>Scheltens, Ph, et al. Atrophyofmedialtemporallobeson MRIin 'probable' Alzheimer's disease and normal ageing: diagnostic value and neuropsychological correlates. Journal of Neurology, Neurosurgery, and Psychiatry. 55(10), 967-972, (1992).</li>
</ol>
to:
<ol start="10">
<li>Wager, T. D., Phan, K. L., Liberzon, I., &amp; Taylor, S. F. Valence, gender, and lateralization of functional brain anatomy in emotion: a meta-analysis of findings from neuroimaging. Neuroimage. 19 (3), 513-31, doi:10.1016/S1053-8119(03)00078-8 (2003).</li>
</ol>
<ol start="14">
<li>de Leon, M. J. et al. Imaging and CSF studies in the preclinical diagnosis of Alzheimer's disease. Annals of the New York Academy of Sciences. 1097, 114-145, doi:10.1196/annals.1379.012 (2007).</li>
</ol>
Table 1 had its legend updated from:
Table 1. Representative volumetric results of the bilateral AMY and the HC of a single subject, from manual tracing using the present protocol and automatic segmentation. Automatic segmentation has underestimated the volume of each of the four structures compared. Corrected volume was calculated as the ratio between Voxel volume and Intracranial volume (ICV). For this subject, ICV = 1446616.73 mm3.
to:
Table 1. Representative volumetric results of the bilateral AMY and the HC of a single subject, from manual tracing using the present protocol and automatic segmentation. Automatic segmentation has misestimated the volume of each of the four structures compared. Corrected volume was calculated as the ratio between Voxel volume and ICV. For this subject, ICV = 1599482.11 mm3. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50991/50991table1.jpg" target="_blank">Please click here to view a larger version of this figure.</a>

A correction was made to <a href="/video/50991">A Comprehensive Protocol for Manual Segmentation of the Medial Temporal Lobe Structures</a>. Table 1 and its legend were updated. References 10 and 14 were also updated.

Erratum: A Comprehensive Protocol for Manual Segmentation of the Medial Temporal Lobe Structures

Medial temporal lob (MTL), duyusal bilginin 1 entegrasyonu en üst düzeyde bir varsayımsal alanı, hedeflenen analizler sık sık konu olmuştur. Örneğin, hipokampus ve ilişkili parahipokampal alanlarda yaygın olarak hafıza araştırma 2-5 incelenmiştir. Ayrıca, amigdala rolü sık sık duygu işleme ve duygu-biliş etkileşimleri 6-11 inceleyen araştırmalarda vurgulanmıştır. Son zamanlarda, çeşitli MTL bölgelerde de 12 özellikleri, kişilik bireysel varyasyon bu ve diğer beyin bölgelerinin yapısı ve fonksiyonu bağlantılar kişilik nörobilim, ortaya çıkan alanında dikkat aldık. MTL yapıların anatomi ve fonksiyonunu değerlendirmek spesifik yapısal ve işlevsel anomaliler MTL farklı yapılarında oluşabilir dejeneratif hastalıkların teşhisi kolaylaştırmak önemli olabilir. Örneğin, Alzheimer hastalığında (AD), önemli birentorinal korteks ve hipokampus kupa 13,14 görülebilir ve hipokampus atrofi MS 15 hafif bilişsel bozukluk geçişi tahmin edebilirsiniz. Otomatik segmentasyon algoritmaları son zamanlarda kortikal ve subkortikal yapıları segmentlere için popüler olmuştur, ancak herhangi bir araç gibi, bu programlar kaçınılmaz olarak bazı durumlarda hatalarla karşılaşabilirsiniz. Bu gibi durumlarda, bir araştırmacı bilgisi ve MTL yapıların anatomik sınırları tanımak için kurallar her ikisi ile donatılmış olmalıdır. Kaybolmamış Literatürde eğilimi hipokampus 16-19 odaklanma eğilimi birçok protokol ile, bireysel MTL altbölgeler 16-21 hedef olmuştur. MTL izleme için kullanılabilir yayınlanan kılavuzların çoğunun aksine, mevcut protokolü bütün MTL altbölgeler net lokalizasyonu için izin kurallar kapsamlı bir kümesi sağlar. Aşağıdaki MTL yapılar izleme için kurallar açıklanmaktadır: amigdala (AMY), hipokamp (HC), peririnal korteks (PRC), entorinal korteks (ERC) ve parahipokampal korteks (TSH). AMY ve HC ilk takip edilir, ve sonra parahipokampal girus (PHG) yapılar tarafından takip edilmektedir. Genel bir terim HC uygun HC kapsar HC oluşumu, subikulum ve uncus 22-24 arka bölümüne değinmek için kullanılmaktadır unutmayın. Ayrıca, PHG iki parça, ön kısmın ve arka kısmın ayrılabilir unutmayın. PHG&#39;nin ön kısmı içinde, bundan başka, sırasıyla olan kortikal alanlar PRC ve ERC tekabül eden lateral ve medial anterior PHG, ayrılabilir. Birinci basamak, PHG&#39;nin posterior bölümünün kortikal alan, uygun parahipokampal korteks karşılık gelir. Basit nedenlerden dolayı, biz posterior PHG&#39;nin başvurmak için PRC ve ERC lateral ve medial anterior PHG&#39;nin başvurmak için terimlerini kullanarak, ve birinci basamak olacaktır. BÖLÜMLEREher yapı için ntation bir anterior-posterior/rostro-caudal sonra koronal düzlemde dilim-dilim gerçekleştirilen fiili izleme tarafından takip edilir ilgili diğer yerler ile birlikte anterior ve posterior sınırları kaba lokalizasyonu, ile başlar yönü. Tüm durumlarda, sagital ve aksiyel kesitler yakından anatomik sınırları ve yerlerinden yerelleştirme yardımcı izlenir. Bu tür izleme kılavuzlar için olan ihtiyaç da otomatik ve manuel bölümleme protokollerin çıkışı arasındaki olası farklar gösteren Şekillerde gösterilmiştir. Mevcut görsel bir biçimde MTL yapıların her açıklayan bir protokol avantajı sınır tanımları etkileyebilir anatomi (örneğin, kollateral sulkus [CS] derinlik) değişimleri, çevredeki anatomi (bağlamında tarif edilebilir olmasıdır, örneğin , ÇHC ve ERC medial ve lateral sınırları CS 25 derinliğine bağlı olarak yer değişir </skadar&gt;). Bu, yalnızca tek ya da ayrı ayrı yapılar izleri, ve bildiğimiz kadarıyla, böyle bir görsel kapsamlı kılavuz yok deneyimsiz bir izleyici veya deneyimli bir izleyici için açık ya da anlaşılır olmayabilir. Mevcut protokol önceki bir soruşturma yapısal manyetik rezonans (MR) görüntüleme son gelişmelere izin yüksek çözünürlüklü beyin görüntüleri uyarlanmış, duygu 26 hafıza artırıcı etkisine MTL altbölgeler ayırıcı katkıları belirlenmesinde MTL izleme için kullanılan kurallar açık bir sunumudur . Izleme 3T MR tarayıcı kullanarak, (24 yaş, kadın) sağlıklı gönüllüden alınan taramalar üzerinde gösterilmiştir. AC-PC için satın alma açısı paralel anatomik görüntüler 3D MPRAGE (Voxel büyüklüğü = 1 x 0.5 x 0.5 mm; TE = 2.26 msn;; FOV = 256 x 256 mm TR = 1.800 milisaniye) olarak elde edildi. Görüntü verisi gibi eğik yönlendirilmesi gibi farklı bir satın alma açısı ile satın alınması durumunda, veri belgeli olmalıdırAC-PC&#39;ye paralel veya dik yönelime ridded, anatomik dönüm açıklamaları uygun tercüme böyle. Görüntüler daha sonra manuel izleme segmentasyon yazılım içine 27 Nifti biçimine ve giriş tercüme edilmiştir. Mevcut protokolde kullanılan tarama verileri Kurumsal Değerlendirme Kurulu tarafından onaylanan çalışmanın bir parçası ve yazılı rızası alınmak koşuluyla gönüllü olarak toplandı. Bu yapıların 18-22,28-31 yanı sıra anatomik analizler ve atlasların 23,32,33 gelen çeşitli ayrı izleme protokolleri bilgi çizerek, mevcut protokol literatürle tutarsızlıkları ele kurallar kapsamlı bir set sunuyor. Ekteki görsel malzeme ile tamamlanan bu çalışma MTL yapıların daha net anlaşılmasını sağlamak, ve MTL izleme birincil yöntem olarak ya da bir supplementa olarak da, manuel segmentasyon benimseyerek gelecekteki araştırmaların ilgi uyandırmak bekleniyorotomatik segmentasyon için ry yöntemi. MTL anatomisini anlamak için bir, doğru, sezgisel ve kullanışlı rehber sunarak, bu protokol araştırmacılar sadece bazı MTL yapılar özel analizler için hedeflenen bile, onların komşu yapılara göre tüm MTL alt bölgesinin konumunu belirlemenize yardımcı olacaktır. Bu yerelleştirme doğruluğunu artırmak değil, aynı zamanda izleyicileri MTL oldukça muhtemeldir morfolojik varyasyon, durumlarında bilinçli kararlar vermenize yardımcı olacaktır. Bu kurallar sağlıklı grupta hacim analiz ve beyin anormallik algılama, hem de fonksiyonel, anatomik için lokalize prosedürler ve analizler tractographic, aşağıdakileri içeren MTL yapısal ve / veya fonksiyonel MRI tahlillerini içeren aratmak için uygulanabilir. Mevcut protokolü de büyük anatomik oluşumlar nispeten korunmuş ise, hasta (atrofi örneğin, hastalar) için MTL yapıların segmentasyonu bilgilendirmek için kullanılabilir. Klinik konuyu Takips &#39;veri atrofi ve / veya anatomik değişikliklerin şiddetine bağlı olarak, ek zaman ve çaba alabilir. Bu yatırım getirisi tanımlarken girus ve korteks arasındaki ayrımı dikkate almak önemlidir. Korteks madde sadece gri ifade ederken anatomik, burada girus, beyaz madde ve gri madde hem de ifade eder. ROI kullanım amacına bağlı olarak, bölütlemelerle beyaz madde içeren ya da dışarıda olabilir. Biz, her seferinde bir sekans dahilinde gerçekleştirilebilir için izleme, alt yapı ile alt yapı, bir yarı küre önerilir. Bazı yazılım paketleri 34 sonraki dilimleri, sürecini hızlandırır bir özellik üzerine yapıştırılan bir dilim üzerinde belirtilen sınırların izleme için izin verir. Bu gerektiği gibi (anatomik işaretlerini tespit örneğin,) iki taraf arasında tutarlılık kontrol etmek için, karşı yarımkürede başvurmak her zaman tavsiye edilir. Iki yarımkürede içinde aynı yapıların alternatif, paralel izlemeler de gerçekleştirilebilir. Ne olursa olsun işlemi tamamlandıktan sonra aydınger, sıralı veya paralel olup olmadığı, izleyiciler sonu sonucu çift kontrol edin ve gerektiği gibi ayarlamalar yapmak, her iki yarımkürede ve çoklu uçak görüşlerini referans olmalıdır. İzleyicinin deneyim ve görüntüleme verileri çözünürlüğüne bağlı olarak, sağlıklı konu veri MTL manuel segmentasyon içinde, 3-4 saat için, bir acemi tracer&#39;ın durumunda, 8-10 saat veya daha fazla sürebilir deneyimli biri vaka. <img alt="Şekil 1" fo:content-width="4in" src="/files/ftp_upload/50991/50991fig1highres.jpg" width="400" /> Mevcut protokolünü kullanarak takip MTL Şekil 1.. 3D bakış. Burada gösterilen Yapıları AMY (kırmızı), HC (mavi), PRC (sarı), ERC (pembe) ve ÖYK (Yeşil) .

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="836">
	<tbody>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">ITK-SNAP</td>
			<td>ITK-SNAP Team at University of Pennsylvania and University of Utah</td>
			<td>ITK-SNAP v2.2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">FSL</td>
			<td>Functional Magnetic Resonance Imaging of the Brain (FMRIB) Analysis Group</td>
			<td>FSL v4.1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">3T Siemens Trio MR Scanner</td>
			<td>Siemens</td>
			<td>3T Trio</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a comprehensive protocol for manual segmentation of the medial temporal lobe structures

Amigdala, hipokampus ve ilişkili parahipokampal bölgeleri (entorinal peririnal, ve uygun parahipokampal): Mevcut kağıt medial temporal lob (MTL) oluşan beyin bölgelerinin dizi manuel izleme için kapsamlı bir protokol tanımlamaktadır. Mevcut diğer birçok izleme protokollerinden farklı olarak, genellikle belli MTL alanlarda (örneğin, amigdala ve / veya hipokampus) odaklanarak, mevcut izleme kurallar tarafından benimsenen bütünleştirici bakış açısı, tüm MTL altbölgeler net lokalizasyonu için izin verir. Kaybolmamış izleme protokoller ayrı ayrı çeşitli MTL yapıları, histolojik raporları ve beyin atlas hedefleyen ve açıklayıcı görsel materyallerin tamamlayıcı ile dahil çeşitli kaynaklardan gelen bilgileri entegre ederek, mevcut protokol anlamak için, doğru, sezgisel ve kullanışlı bir kılavuz sağlar MTL anatomi. Bu tür izleme kurallar için ihtiyaçAyrıca otomatik ve manuel segmentasyon protokolleri arasındaki olası farklılıklar gösteren tarafından vurgulanmıştır. Bu bilgi yapısal MRG soruşturmaları sadece araştırma içeren doğru uygulanabilir ama aynı zamanda hem sağlıklı ve klinik gruplarda anatomik tanımlanan ROI&#39;ler yapısal-işlevsel kolokalizasyon ve fMRI sinyal çıkarma, olabilir.

Manuel ve Otomatik segmentasyonu arasındaki olası farklar İllüstrasyon AMY, HC, PRC, ERC ve birinci basamak sağlık için el bölümleme bir 3 boyutlu modeli, Şekil 1 &#39;de gösterilmiştir ve bu bölümleme bir sagital kesit, Şekil 2&#39; de gösterilmiştir. Manuel ve otomatik arasında mümkün olan en uç farklılıklar gösteren amacıyla traseleri, hatalı otomatik segmentasyon ile temsili bir konu gelen AMY dilimleri (aşağ?...

Watch this Scientific Journal Video about A Comprehensive Protocol for Manual Segmentation of the Medial Temporal Lobe Structures at JoVE.com

A Comprehensive Protocol for Manual Segmentation of the Medial Temporal Lobe Structures

The present work provides a comprehensive set of guidelines for manually tracing the medial temporal lobe (MTL) structures. This protocol can be applied to research involving structural and/or combined structural-functional magnetic resonance imaging (MRI) investigations of the MTL, in both healthy and clinical groups.

Medial Temporal Lob Yapıların El segmentasyonu için Kapsamlı Protokolü

The present paper describes a comprehensive protocol for manual tracing of the set of brain regions comprising the medial temporal lobe (MTL): amygdala, ...

a-comprehensive-protocol-for-manual-segmentation-medial-temporal-lobe

Research

JoVE Journal

Neuroscience

20.1K Görüntüleme.  University of Illinois Urbana-Champaign. The present work provides a comprehensive set of guidelines for manually tracing the medial temporal lobe (MTL) structures. This protocol can be applied to research involving structural and/or combined structural-functional magnetic resonance imaging (MRI) investigations of the MTL, in both healthy and clinical groups.

Video: A Comprehensive Protocol for Manual Segmentation of the Medial Temporal Lobe Structures

The NeuroStar TMS Device: Conducting the FDA Approved Protocol for Treatment of Depression

The Neuronetics NeuroStar Transcranial Magnetic Stimulation (TMS) System is a class II medical device that produces brief duration, pulsed magnetic fields. These rapidly alternating fields induce electrical currents within localized, targeted regions of the cortex which are associated with various physiological and functional brain changes.1,2,3
In 2007, O'Reardon et al., utilizing the NeuroStar device, published the results of an industry-sponsored, multisite, randomized, sham-stimulation controlled clinical trial in which 301 patients with major depression, who had previously failed to respond to at least one adequate antidepressant treatment trial, underwent either active or sham TMS over the left dorsolateral prefrontal cortex (DLPFC). The patients, who were medication-free at the time of the study, received TMS five times per week over 4-6 weeks.4
The results demonstrated that a sub-population of patients (those who were relatively less resistant to medication, having failed not more than two good pharmacologic trials) showed a statistically significant improvement on the Montgomery-Asberg Depression Scale (MADRS), the Hamilton Depression Rating Scale (HAMD), and various other outcome measures. In October 2008, supported by these and other similar results5,6,7, Neuronetics obtained the first and only Food and Drug Administration (FDA) approval for the clinical treatment of a specific form of medication-refractory depression using a TMS Therapy device (FDA approval K061053).
In this paper, we will explore the specified FDA approved NeuroStar depression treatment protocol (to be administered only under prescription and by a licensed medical profession in either an in- or outpatient setting).

In this article, we examine the methodology and considerations relevant to the FDA approved depression treatment protocol using the Neuronetics NeuroStar TMS device.

NeuroStar TMS Aygıt: FDA yürütülmesi Depresyon Tedavisinde Protokolü Onaylandı

The Neuronetics NeuroStar Transcranial Magnetic Stimulation (TMS) System is a class II medical device that produces brief duration, pulsed magnetic ...

Nörobilim

Calcium Imaging of Odor-evoked Responses in the Drosophila Antennal Lobe

The antennal lobe is the primary olfactory center in the insect brain and represents the anatomical and functional equivalent of the vertebrate olfactory bulb1-5. Olfactory information in the external world is transmitted to the antennal lobe by olfactory sensory neurons (OSNs), which segregate to distinct regions of neuropil called glomeruli according to the specific olfactory receptor they express. Here, OSN axons synapse with both local interneurons (LNs), whose processes can innervate many different glomeruli, and projection neurons (PNs), which convey olfactory information to higher olfactory brain regions.
Optical imaging of the activity of OSNs, LNs and PNs in the antennal lobe - traditionally using synthetic calcium indicators (e.g. calcium green, FURA-2) or voltage-sensitive dyes (e.g. RH414) - has long been an important technique to understand how olfactory stimuli are represented as spatial and temporal patterns of glomerular activity in many species of insects6-10. Development of genetically-encoded neural activity reporters, such as the fluorescent calcium indicators G-CaMP11,12 and Cameleon13, the bioluminescent calcium indicator GFP-aequorin14,15, or a reporter of synaptic transmission, synapto-pHluorin16 has made the olfactory system of the fruitfly, Drosophila melanogaster, particularly accessible to neurophysiological imaging, complementing its comprehensively-described molecular, electrophysiological and neuroanatomical properties2,4,17. These reporters can be selectively expressed via binary transcriptional control systems (e.g. GAL4/UAS18, LexA/LexAop19,20, Q system21) in defined populations of neurons within the olfactory circuitry to dissect with high spatial and temporal resolution how odor-evoked neural activity is represented, modulated and transformed22-24.
Here we describe the preparation and analysis methods to measure odor-evoked responses in the Drosophila antennal lobe using G-CaMP25-27. The animal preparation is minimally invasive and can be adapted to imaging using wide-field fluorescence, confocal and two-photon microscopes.

Calcium Imaging of Odor-evoked Responses in the Drosophila Antennal Lobe

We describe an established technique to measure and analyze odor-evoked calcium responses in the antennal lobe of living Drosophila melanogaster.

Koku-uyarılmış Cevaplarının Kalsiyum Görüntüleme Drosophila Antennal Lob

The antennal lobe is the primary olfactory center in the insect brain and represents the anatomical and functional equivalent of the vertebrate olfactory ...

Preparation of Parasagittal Slices for the Investigation of Dorsal-ventral Organization of the Rodent Medial Entorhinal Cortex

Computation in the brain relies on neurons responding appropriately to their synaptic inputs. Neurons differ in their complement and distribution of membrane ion channels that determine how they respond to synaptic inputs. However, the relationship between these cellular properties and neuronal function in behaving animals is not well understood. One approach to this problem is to investigate topographically organized neural circuits in which the position of individual neurons maps onto information they encode or computations they carry out1. Experiments using this approach suggest principles for tuning of synaptic responses underlying information encoding in sensory and cognitive circuits2,3.
The topographical organization of spatial representations along the dorsal-ventral axis of the medial entorhinal cortex (MEC) provides an opportunity to establish relationships between cellular mechanisms and computations important for spatial cognition. Neurons in layer II of the rodent MEC encode location using grid-like firing fields4-6. For neurons found at dorsal positions in the MEC the distance between the individual firing fields that form a grid is on the order of 30 cm, whereas for neurons at progressively more ventral positions this distance increases to greater than 1 m. Several studies have revealed cellular properties of neurons in layer II of the MEC that, like the spacing between grid firing fields, also differ according to their dorsal-ventral position, suggesting that these cellular properties are important for spatial computation2,7-10.
Here we describe procedures for preparation and electrophysiological recording from brain slices that maintain the dorsal-ventral extent of the MEC enabling investigation of the topographical organization of biophysical and anatomical properties of MEC neurons. The dorsal-ventral position of identified neurons relative to anatomical landmarks is difficult to establish accurately with protocols that use horizontal slices of MEC7,8,11,12, as it is difficult to establish reference points for the exact dorsal-ventral location of the slice. The procedures we describe enable accurate and consistent measurement of location of recorded cells along the dorsal-ventral axis of the MEC as well as visualization of molecular gradients2,10. The procedures have been developed for use with adult mice (&gt; 28 days) and have been successfully employed with mice up to 1.5 years old. With adjustments they could be used with younger mice or other rodent species. A standardized system of preparation and measurement will aid systematic investigation of the cellular and microcircuit properties of this area.

We describe procedures for preparation and electrophysiological recording from brain slices that maintain the dorsal-ventral axis of the medial entorhinal cortex (MEC). Because neural encoding of location follows a dorsal-ventral organization within the MEC, these procedures facilitate investigation of cellular mechanisms important for navigation and memory.

Kemirgen Medial entorinal Korteksin dorsal-ventral Örgütü Soruşturma parasagital Dilimleri hazırlanması

Computation in the brain relies on neurons responding appropriately to their synaptic inputs. Neurons differ in their complement and distribution of ...

Manual Drainage of the Zebrafish Embryonic Brain Ventricles

Cerebrospinal fluid (CSF) is a protein rich fluid contained within the brain ventricles. It is present during early vertebrate embryonic development and persists throughout life. Adult CSF is thought to cushion the brain, remove waste, and carry secreted molecules1,2. In the adult and older embryo, the majority of CSF is made by the choroid plexus, a series of highly vascularized secretory regions located adjacent to the brain ventricles3-5. In zebrafish, the choroid plexus is fully formed at 144 hours post fertilization (hpf)6. Prior to this, in both zebrafish and other vertebrate embryos including mouse, a significant amount of embryonic CSF (eCSF) is present . These data and studies in chick suggest that the neuroepithelium is secretory early in development and may be the major source of eCSF prior to choroid plexus development7.
eCSF contains about three times more protein than adult CSF, suggesting that it may have an important role during development8,9. Studies in chick and mouse demonstrate that secreted factors in the eCSF, fluid pressure, or a combination of these, are important for neurogenesis, gene expression, cell proliferation, and cell survival in the neuroepithelium10-20. Proteomic analyses of human, rat, mouse, and chick eCSF have identified many proteins that may be necessary for CSF function. These include extracellular matrix components, apolipoproteins, osmotic pressure regulating proteins, and proteins involved in cell death and proliferation21-24. However, the complex functions of the eCSF are largely unknown.
We have developed a method for removing eCSF from zebrafish brain ventricles, thus allowing for identification of eCSF components and for analysis of the eCSF requirement during development. Although more eCSF can be collected from other vertebrate systems with larger embryos, eCSF can be collected from the earliest stages of zebrafish development, and under genetic or environmental conditions that lead to abnormal brain ventricle volume or morphology. Removal and collection of eCSF allows for mass spectrometric analysis, investigation of eCSF function, and reintroduction of select factors into the ventricles to assay their function. Thus the accessibility of the early zebrafish embryo allows for detailed analysis of eCSF function during development.

We present a method to collect cerebrospinal fluid (CSF) and to create a system which lacks CSF within the embryonic zebrafish brain ventricular system. This allows for further examination of CSF composition and its requirement during embryonic brain development.

Zebra balığı Embriyonik Beyin Ventrikül Manuel Drenaj

Cerebrospinal fluid  (CSF) is a protein rich fluid contained within the brain ventricles. It is  present during early vertebrate embryonic development and ...

Identification of Olfactory Volatiles using Gas Chromatography-Multi-unit Recordings (GCMR) in the Insect Antennal Lobe

All organisms inhabit a world full of sensory stimuli that determine their behavioral and physiological response to their environment. Olfaction is especially important in insects, which use their olfactory systems to respond to, and discriminate amongst, complex odor stimuli. These odors elicit behaviors that mediate processes such as reproduction and habitat selection1-3. Additionally, chemical sensing by insects mediates behaviors that are highly significant for agriculture and human health, including pollination4-6, herbivory of food crops7, and transmission of disease8,9. Identification of olfactory signals and their role in insect behavior is thus important for understanding both ecological processes and human food resources and well-being.
	To date, the identification of volatiles that drive insect behavior has been difficult and often tedious. Current techniques include gas chromatography-coupled electroantennogram recording (GC-EAG), and gas chromatography-coupled single sensillum recordings (GC-SSR)10-12. These techniques proved to be vital in the identification of bioactive compounds. We have developed a method that uses gas chromatography coupled to multi-channel electrophysiological recordings (termed 'GCMR') from neurons in the antennal lobe (AL; the insect's primary olfactory center)13,14. This state-of-the-art technique allows us to probe how odor information is represented in the insect brain. Moreover, because neural responses to odors at this level of olfactory processing are highly sensitive owing to the degree of convergence of the antenna's receptor neurons into AL neurons, AL recordings will allow the detection of active constituents of natural odors efficiently and with high sensitivity. Here we describe GCMR and give an example of its use.
	Several general steps are involved in the detection of bioactive volatiles and insect response. Volatiles first need to be collected from sources of interest (in this example we use flowers from the genus Mimulus (Phyrmaceae)) and characterized as needed using standard GC-MS techniques14-16. Insects are prepared for study using minimal dissection, after which a recording electrode is inserted into the antennal lobe and multi-channel neural recording begins. Post-processing of the neural data then reveals which particular odorants cause significant neural responses by the insect nervous system.
	Although the example we present here is specific to pollination studies, GCMR can be expanded to a wide range of study organisms and volatile sources. For instance, this method can be used in the identification of odorants attracting or repelling vector insects and crop pests. Moreover, GCMR can also be used to identify attractants for beneficial insects, such as pollinators. The technique may be expanded to non-insect subjects as well.

Identification of Olfactory Volatiles using Gas Chromatography-Multi-unit Recordings GCMR in the Insect Antennal Lobe

Olfactory cues mediate many different behaviors in insects, and are often complex mixtures comprised of tens to hundreds of volatile compounds. Using gas chromatography with multi-channel recording in the insect antennal lobe, we describe a method for the identification of bioactive compounds.

Böcek antennal Lob Gaz Kromatografisi-Multi-ünite Recordings (GCMR) kullanarak Olfaktör Uçuculuk tanımlanması

All  organisms inhabit a world full of sensory stimuli that determine their  behavioral and physiological response to their environment. Olfaction is ...

High-resolution In Vivo Manual Segmentation Protocol for Human Hippocampal Subfields Using 3T Magnetic Resonance Imaging

The human hippocampus has been broadly studied in the context of memory and normal brain function and its role in different neuropsychiatric disorders has been heavily studied. While many imaging studies treat the hippocampus as a single unitary neuroanatomical structure, it is, in fact, composed of several subfields that have a complex three-dimensional geometry. As such, it is known that these subfields perform specialized functions and are differentially affected through the course of different disease states. Magnetic resonance (MR) imaging can be used as a powerful tool to interrogate the morphology of the hippocampus and its subfields. Many groups use advanced imaging software and hardware (&#62;3T) to image the subfields; however this type of technology may not be readily available in most research and clinical imaging centers. To address this need, this manuscript provides a detailed step-by-step protocol for segmenting the full anterior-posterior length of the hippocampus and its subfields: cornu ammonis (CA) 1, CA2/CA3, CA4/dentate gyrus (DG), strata radiatum/lacunosum/moleculare (SR/SL/SM), and subiculum. This protocol has been applied to five subjects (3F, 2M; age 29-57, avg. 37). Protocol reliability is assessed by resegmenting either the right or left hippocampus of each subject and computing the overlap using the Dice&#39;s kappa metric. Mean Dice&#39;s kappa (range) across the five subjects are: whole hippocampus, 0.91 (0.90-0.92); CA1, 0.78 (0.77-0.79); CA2/CA3, 0.64 (0.56-0.73); CA4/dentate gyrus, 0.83 (0.81-0.85); strata radiatum/lacunosum/moleculare, 0.71 (0.68-0.73); and subiculum 0.75 (0.72-0.78). The segmentation protocol presented here provides other laboratories with a reliable method to study the hippocampus and hippocampal subfields in vivo using commonly available MR tools.

High-resolution In Vivo Manual Segmentation Protocol for Human Hippocampal Subfields Using 3T Magnetic Resonance Imaging

The goal of this manuscript is to study the hippocampus and hippocampal subfields using MRI. The manuscript describes a protocol for segmenting the hippocampus and five hippocampal substructures: cornu ammonis (CA) 1, CA2/CA3, CA4/dentate gyrus, strata radiatum/lacunosum/moleculare, and subiculum.

Yüksek çözünürlük<em&gt; İn Vivo</em&gt; 3T Manyetik Rezonans Görüntüleme kullanma İnsan hipokampal alanlar için Manuel Segmentasyon Protokolü

The human hippocampus has been broadly studied in the context of memory and normal brain function and its role in different neuropsychiatric disorders has ...

A Simple One-step Dissection Protocol for Whole-mount Preparation of Adult Drosophila Brains

There is an increasing interest in using Drosophila to model human brain degenerative diseases, map neuronal circuitries in adult brains, and study the molecular and cellular basis of higher brain functions. A whole-mount preparation of adult brains with well-preserved morphology is critical for such whole brain-based studies, but can be technically challenging and time-consuming. This protocol describes an easy-to-learn, one-step dissection approach of an adult fly head in less than 10 s, while keeping the intact brain attached to the rest of the body to facilitate subsequent processing steps. The procedure helps remove most of the eye and tracheal tissues normally associated with the brain that can interfere with the later imaging step, and also places less demand on the quality of the dissecting forceps. Additionally, we describe a simple method that allows convenient flipping of the mounted brain samples on a coverslip, which is important for imaging both sides of the brains with similar signal intensity and quality. As an example of the protocol, we present an analysis of dopaminergic (DA) neurons in adult brains of WT (w1118) flies. The high efficacy of the dissection method makes it particularly useful for large-scale adult brain-based studies in Drosophila.

A Simple One-step Dissection Protocol for Whole-mount Preparation of Adult Drosophila Brains

The adult Drosophila brain is a valuable system for studying neuronal circuitry, higher brain functions, and complex disorders. An efficient method to dissect whole brain tissue from the small fly head will facilitate brain-based studies. Here we describe a simple, one-step dissection protocol of adult brains with well-preserved morphology.

Basit Bir adım Yetişkin Tüm montaj Hazırlama Diseksiyon Protokolü<em&gt; Drosophila</em&gt; Brain

There is an increasing interest in using Drosophila to model human brain degenerative diseases, map neuronal circuitries in adult brains, and study the ...

Exposure of the Pig CNS for Histological Analysis: A Manual for Decapitation, Skull Opening, and Brain Removal

Pigs have become increasingly popular in large-animal translational neuroscience research as an economically and ethically feasible substitute to non-human primates. The large brain size of the pig allows the use of conventional clinical brain imagers and the direct use and testing of neurosurgical procedures and equipment from the human clinic. Further macroscopic and histological analysis, however, requires postmortem exposure of the pig central nervous system (CNS) and subsequent brain removal. This is not an easy task, as the pig CNS is encapsulated by a thick, bony skull and spinal column. The goal of this paper and instructional video is to describe how to expose and remove the postmortem pig brain and the pituitary gland in an intact state, suitable for subsequent macroscopic and histological analysis.

The goal of this paper and instructional video is to describe how to expose and remove the postmortem pig brain and pituitary gland in an intact state, suitable for subsequent macroscopic and histological analysis.

Histolojik Analiz Domuz MSS Pozlama: Decapitation, Kafatası Açılış İçin El Kitabı ve Beyin Kaldırma

Pigs have become increasingly popular in large-animal translational neuroscience research as an economically and ethically feasible substitute to ...

The Power of Interstimulus Interval for the Assessment of Temporal Processing in Rodents

Temporal processing deficits have been implicated as a potential elemental dimension of higher-level cognitive processes, commonly observed in neurocognitive disorders. Despite the popularization of prepulse inhibition (PPI) in recent years, many current protocols promote using a percent of control measure, thereby precluding the assessment of temporal processing. The present study used cross-modal PPI and gap prepulse inhibition (gap-PPI) to demonstrate the benefits of employing a range of interstimulus intervals (ISIs) to delineate effects of sensory modality, psychostimulant exposure, and age. Assessment of sensory modality, psychostimulant exposure, and age reveals the utility of an approach varying the interstimulus interval (ISI) to establish the shape of the ISI function, including increases (sharper curve inflections) or decreases (flattening of the response amplitude curve) in startle amplitude. Additionally, shifts in peak response inhibition, suggestive of a differential sensitivity to the manipulation of ISI, are often revealed. Thus, the systematic manipulation of ISI affords a critical opportunity to evaluate temporal processing, which may reveal the underlying neural mechanisms involved in neurocognitive disorders.

Temporal processing, a preattentive process, may underlie deficits in higher-level cognitive processes, including attention, commonly observed in neurocognitive disorders. Using prepulse inhibition as an exemplar paradigm, we present a protocol for manipulating interstimulus interval (ISI) to establish the shape of the ISI function to provide an assessment of temporal processing.

Interstimulus Aralık kemirgenler zamansal işleme değerlendirilmesi için güç

Temporal processing deficits have been implicated as a potential elemental dimension of higher-level cognitive processes, commonly observed in ...

Stochastic Noise Application for the Assessment of Medial Vestibular Nucleus Neuron Sensitivity In Vitro

Galvanic vestibular stimulation (GVS) has been shown to improve balance measures in individuals with balance or vestibular impairments. This is proposed to be due to the stochastic resonance (SR) phenomenon, which is defined as application of a low-level/subthreshold stimulus to a non-linear system to increase detection of weaker signals. However, it is still unknown how SR exhibits its positive effects on human balance. This is one of the first demonstrations of the effects of sinusoidal and stochastic noise on individual neurons. Using whole-cell patch clamp electrophysiology, sinusoidal and stochastic noise can be applied directly to individual neurons in the medial vestibular nucleus (MVN) of C57BL/6 mice. Here we demonstrate how to determine the threshold of MVN neurons in order to ensure the sinusoidal and stochastic stimuli are subthreshold and from this, determine the effects that each type of noise has on MVN neuronal gain. We show that subthreshold sinusoidal and stochastic noise can modulate the sensitivity of individual neurons in the MVN without affecting basal firing rates.

Galvanic vestibular stimulation in humans exhibits improvements in vestibular function. However, it is unknown how these effects occur. Here, we describe how to apply sinusoidal and stochastic electrical noise and evaluate appropriate stimulus amplitudes in individual medial vestibular nucleus neurons in the C57BL/6 mouse.

Medial Vestibüler Nükleus Nöron Duyarlılığının Değerlendirilmesi İçin Stokaştik Gürültü Uygulaması In Vitro

Galvanic vestibular stimulation (GVS) has been shown to improve balance measures in individuals with balance or vestibular impairments. This is proposed ...