Bu araştırma grants-in-aid Milli Eğitim Bakanlığı, kültür, spor, bilim ve teknoloji (MEXT) Japonya dan tarafından finanse edildi (NOS 15K 00408, 24659011, 24640156, 245900425 ve 22390005 Shin Aoki için), Tokyo biyokimyasal araştırma hibe tarafından Vakfı, Tokyo, Japonya ve Stratejik Araştırma alanları için TUS (Tokyo Üniversitesi bilim) Fonu tarafından. Noriko Sawabe (Eczacılık Bilimleri Fakültesi, Tokyo Üniversitesi bilim) NMR spectra, Fukiko Hasegawa (Eczacılık Bilimleri Fakültesi, Tokyo Üniversitesi bilim) ölçümleri için kütle ölçüleri için teşekkür etmek istiyorum Spectra ve elemental analizler ölçümleri için Tomoko Matsuo (Fen ve teknoloji, Tokyo Üniversitesi Bilim Araştırma Enstitüsü).

Not: Bir önceki kağıt51de tüm deneysel veriler [NMR, kızılötesi spectroscopies (IR), kitle spectroscopies (MS), optik rotasyonlar ve elemental analizler veri] sentezlenen bileşiklerin bildirildi.
1. O- glikozilasyon reaksiyonlar için yordamı
<ol><li>Bileşik α/β-12 (Tablo 1'deki giriş 12) sentezi Not: Tablo 1 1-13 girişlerinde benzer bir yordam kullanılarak yapılmıştır.<ol>
<li>
2', 3'-diol ribonucleoside40 geçici koruma
		<ol>
<li>Bir 10 mL armut biçimli şişesi (1 cep şişesi) dağıtılması mannosyl donör α -9 (28,4 mg, 0.0486 mmol)52, uridine 10 (7,9 mg, 0.0324 mmol) ve 4-(trifluoromethyl) phenylboronic asit 11 c (9,3 mg, 0.0490 mmol) içinde susuz pyridine (0,40 mL). Not: 1.1.3.1 adımda tepki karışım kabı 2 (bir 10 mL iki boyunlu yuvarlak alt şişe ile ona bağlı bir septum) transfer edileceği, armut biçimli bir 10 mL şişe kullanımı önerilir moleküler içeren toz Sita.</li>
			<li>(1.1.1.1. adımda elde.) tepki karışımı susuz pyridine (0.40 mL, 3 x) ve susuz 1,4-dioxane (0.40 mL, 3 x), oda sıcaklığında yaklaşık 40 ° C ile birlikte herhangi bir su kaldırmak için buharlaşır.</li>
			<li>(1.1.1.2. adımda elde.) Kalıntı susuz 1,4-dioxane (0,32 mL) içinde dağıtılması ve boronic ester (geçici koruma) oluşturmak 1 h için onun reflü sıcaklığında tepki karışımı ilave edin.</li>
			<li>Bir vakum pompası tarafından takip bir rotary evaporatör kullanarak solvent kaldırın.</li>
		</ol>
</li>
		<li>
Moleküler elekler aktivasyonu
		<ol>
<li>Bir 10 mL iki boyunlu yuvarlak alt şişeye (şişeye 2) bağlı bir septum ile 4 ekleyin Å moleküler elekler toz (64 mg). Not: Uygun moleküler elekler (Å Asetonitril için) için 3 ve 4 Å 1,4-dioxane, diklorometan ve propionitrile Glikozilasyon için kullanılan çözücü göre seçilmelidir.</li>
			<li>Moleküler elekler atmosferik basınç altında bir mikrodalga ısı ve onları bir vakum pompası (3 x) tarafından tahliye düşük basınç altında serin ve daha sonra düşük basınç altında ısı silahla hava argon gazı ile birkaç kez değiştirirken kuru onları.</li>
		</ol>
</li>
		<li>
Glikozilasyon
		<ol>
<li>Adım 1.1.1.4 kalıntısı geçiyoruz. şişeye propionitrile (0,64 mL) 1 veya diğer maddeleri ve bu çözüm şişeye 2 transfer. Not: Asetonitril, 1,4-dioxane, diklorometan ve propionitrile kullanılan yazılar 1-7 ve 9, giriş 10, giriş 11 ve girişleri 8, 12 ve 13, anılan sıraya göre.</li>
			<li>Şişeye 2 0,5 h-40 ° C'ye soğutma tarafından takip için oda sıcaklığında tepki karışımı ilave edin Not: Sıcaklık (diklorometan ve propionitrile için-40 ° C), oda sıcaklığında için 1,4-dioxane ve -20 ° C için Asetonitril Glikozilasyon için kullanılan çözücü göre değiştirildi.</li>
			<li>Gümüş triflate (49,9 mg, 0.194 mmol) ve p -toluenesulfenyl klorür (12,8 µL, 0.0968 mmol) 1.1.3.2. adımda kullanılan aynı sıcaklıkta tepki karışıma ekleyin.</li>
			<li>1,5 saat için aynı sıcaklıkta tepki karışımı ilave edin.</li>
			<li>Reaksiyon hekzan/etil asetat ile ince katmanlı Kromatografi (TLC) tarafından kontrol [3/glikosil bağış kontrol etmek için 1 (v/v)] [saklama faktörü (Rf) (donör α -9) 0.63 =] ve kloroform/metanol ile [10/1 (v/v))] glikosil kontrol etmek alıcısı ve ürünleri [Rf (alıcısı 10) 0.03, Rf (istenen ürün) = 0,50 =].</li>
			<li>Reaksiyon karışımı ile doymuş sulu sodyum bikarbonat (1.0 mL) gidermek, kloroform (2.0 mL) ile sulandırmak, CELITEile çözünmez malzemeyi kaldır ve dikkatle CELITE kloroform (20 mL) ile yıkayın.</li>
			<li>Filtrate (organik katman) doymuş sulu sodyum bikarbonat (20 mL, 3 x) ve 100 mL HCI'yi huni kullanarak tuzlu su (20 mL) ile yıkayın.</li>
			<li>Sodyum sülfat ile elde edilen organik katman kuru, çözünmez malzemeleri filtre ve rotary evaporatör kullanarak filtrate konsantre ol.</li>
			<li>Kabaca sütun Kromatografi tarafından kalan kalıntıları arındırmak [silika jel, kloroform/metanol = 1/0 - 50/1 (v/v)] ham 5' göze-O-(6"-O- asetil-2", 3", 4"- tri-Ey- Benzil-α/β-ᴅ-mannopyranosyl) Üridin içeren bir yan (15,2 mg, renksiz şurubu) küçük miktarı.</li>
		</ol>
</li>
		<li>
Asetilasyon
		<ol>
<li>5 mL şişede susuz pyridine (0.20 mL) 1.1.3.9 adımda hazırlanan elde edilen ham bileşik geçiyoruz.</li>
			<li>N,NEkle-dimetil-4-aminopyridine (katalitik tutar) ve asetik anhidrit (20.4 µL, 0.0216 mmol: 10 eşdeğerleri üzerinde ham bileşik dayalı) 0 ° C'de çözüm için</li>
			<li>0,5 h bir oda sıcaklığına ısınmaya tarafından takip için aynı sıcaklıkta tepki karışımı ilave edin.</li>
			<li>Gecede karıştırma sonra TLC ile tepki kloroform/metanol ile kontrol [30/1 (v/v)] [Rf (α/β-12) 0.45 =].</li>
			<li>Kloroform (20 mL) ile reaksiyon karışımı sulandırmak.</li>
			<li>Organik katman 1 M hidroklorik asit (20 mL, 3 x), doymuş sulu sodyum bikarbonat (20 mL, 3 x) ve 100 mL HCI'yi huni kullanarak tuzlu su (20 mL) ile yıkayın.</li>
			<li>Sodyum sülfat ile elde edilen organik katman kuru, çözünmez malzemeleri filtre ve rotary evaporatör kullanarak filtrate konsantre ol.</li>
			<li>Sütun Kromatografi tarafından kalan kalıntıları arındırmak [silika jel, kloroform/metanol = 1/0 - 90/1 (v/v)] α/β vermek-12 (15,8 mg, %61, α/β = 1.6/1, renksiz amorf katı).</li>
		</ol>
</li>
	</ol></li>
	<li>Bileşikler β-22 β-30 (Tablo 2) ve β-33 (Tablo 3) sentezi Not: Bir sentez β-22-β-30ve β-33benzer bir yordam kullanılarak gerçekleştirilmiştir.<ol><li>Bileşik β-22 (Tablo 2'deki giriş 1) sentezi
		<ol>
<li>
2', 3'-diol ribonucleoside, geçici koruma
			<ol>
<li>Bir 10 mL armut biçimli şişesi (3 cep şişesi) dağıtılması adenozin 13 (20.4 mg, 0.0763 mmol), galactosyl donör β -21 (80,4 mg, 0,114 mmol)53ve 4-(trifluoromethyl) phenylboronic asit 11 c (21,7 mg, 0,114 mmol) içinde susuz pyridine (0,76 mL). Not: tepki karışımı şişesi 4 (bir 10 mL iki boyunlu yuvarlak alt şişe ile ona bağlı bir septum) transfer edileceği Çünkü armut biçimli bir 10 mL şişe kullanılması tavsiye edilir moleküler içeren Sita toz adımda 1.2.1.3.1.</li>
				<li>(1.2.1.1.1 adımda elde.) tepki karışımı susuz pyridine (0,76 mL, 3 x) ve susuz 1,4-dioxane (0,76 mL, 3 x), oda sıcaklığında yaklaşık 40 ° C ile birlikte herhangi bir su kaldırmak için buharlaşır.</li>
				<li>(1.2.1.1.2 adımda elde.) Kalıntı susuz 1,4-dioxane (0,76 mL) içinde dağıtılması ve boronic ester (geçici koruma) oluşturmak 1 h için onun reflü sıcaklığında tepki karışımı ilave edin.</li>
				<li>Bir vakum pompası tarafından takip bir rotary evaporatör kullanarak solvent kaldırın.</li>
			</ol>
</li>
			<li>
Moleküler elekler aktivasyonu
			<ol>
<li>Bir 10 mL iki boyunlu yuvarlak alt şişeye (şişesi 4) bağlı bir septum ile 4 ekleyin Å moleküler elekler toz (150 mg).</li>
				<li>Moleküler elekler atmosferik basınç altında bir mikrodalga ısı ve onları bir vakum pompası (3 x) tarafından tahliye düşük basınç altında serin ve daha sonra düşük basınç altında ısı silahla hava argon gazı ile birkaç kez değiştirirken kuru onları.</li>
			</ol>
</li>
			<li>
Glikozilasyon
			<ol>
<li>Adım 1.2.1.1.4 kalıntısı geçiyoruz. şişeye propionitrile (1,50 mL) 3 içinde ve bu çözüm şişesi 4 transfer.</li>
				<li>0,5 h,-40 ° C'ye soğutma tarafından takip için oda sıcaklığında tepki karışımı ilave edin</li>
				<li>Aynı sıcaklıkta tepki karışıma gümüş triflate (117,6 mg, 0,458 mmol) ve p- toluenesulfenyl klorür (30.3 µL, 0,229 mmol) 1.2.1.3.2 adımda belirtildiği gibi ekleyin.</li>
				<li>1,5 saat için aynı sıcaklıkta tepki karışımı heyecan.</li>
				<li>TLC ile tepki hekzan/etil asetat ile kontrol [2/glikosil bağış kontrol etmek için 1 (v/v)] [Rf (donör β -21) 0.62 =] ve kloroform/metanol ile [10/kontrol glikosil alıcısı ve ürün [Rf (alıcısı 13-1 (v/v)] ) 0,05, Rf (istenen ürün) = 0,30 =].</li>
				<li>Reaksiyon karışımı ile doymuş sulu sodyum bikarbonat (2.0 mL) gidermek, kloroform (3,0 mL) ile sulandırmak, CELITEaracılığıyla çözünmez malzemeyi kaldır ve dikkatle kloroform (30 mL) ile CELITE yıkayın.</li>
				<li>Filtrate (organik katman) doymuş sulu sodyum bikarbonat (30 mL, 3 x) ve 100 mL HCI'yi huni kullanarak tuzlu su (30 mL) ile yıkayın.</li>
				<li>Sodyum sülfat ile elde edilen organik katman kuru, çözünmez malzemeleri filtre ve rotary evaporatör kullanarak filtrate konsantre ol.</li>
				<li>Sütun Kromatografi tarafından kalan kalıntıları arındırmak [silika jel, kloroform/metanol = 1/0 - 30/1 (v/v)] β -22 (27,4 mg, %42, renksiz katı) göze.</li>
			</ol>
</li>
		</ol></li>
		<li>Bileşik β-23 (Tablo 2'deki giriş 2) sentezi
		<ol>
<li>Kuralları kullanarak 14 (28,4 mg, 0.0765 mmol)54, β -21 (80,5 mg, 0.115 mmol), 11 c (21,8 mg, 0.115 mmol) tepki, p- toluenesulfenyl klorür (30.3 µL, 0,229 mmol), gümüş triflate (117.8 mg, 0,458 mmol), susuz 1,4-dioxane (0,76 mL), susuz propionitrile (1,50 mL) ve 4 Å moleküler elekler (150 mg). Sütun Kromatografi tarafından elde edilen kalıntı arındırmak [silika jel, kloroform/metanol = 1/0 - 50/1 (v/v)] β-23 (21,9 mg, %30, renksiz katı) vermek. TLC: Rf (β -23) 0,37 = [kloroform/metanol 10/1 (v/v) =].</li>
		</ol></li>
		<li>Bileşik β-24 (Tablo 2'deki giriş 3) sentezi
		<ol>
<li>Kuralları kullanarak 15 (21.6 mg, 0.0763 mmol), β -21 (80,5 mg, 0.115 mmol), 11 c (21,8 mg, 0.115 mmol), p- toluenesulfenyl klorür (30.3 µL, 0,229 mmol), gümüş triflate (117,6 mg, 0,458 mmol), susuz 1,4-dioxane () tepki 0,76 mL), susuz propionitrile (1,50 mL) ve 4 Å moleküler elekler (150 mg). Sütun Kromatografi tarafından elde edilen kalıntı arındırmak [silika jel, kloroform/metanol = 1/0 - 8/1 (v/v)] β -24 (8.1 mg, %12, renksiz katı) vermek. TLC: Rf (β -24) 0,20 = [kloroform/metanol 10/1 (v/v) =].</li>
		</ol></li>
		<li>Bileşik β-25 (Tablo 2 giriş 4) sentezi
		<ol>
<li>Kuralları kullanarak 16 (27.0 mg, 0.0764 mmol)55, β -21 (80,5 mg, 0.115 mmol), 11 c (21,8 mg, 0.115 mmol) tepki, p- toluenesulfenyl klorür (30.3 µL, 0,229 mmol), gümüş triflate (117.8 mg, 0,458 mmol), susuz 1,4-dioxane (0,76 mL), susuz propionitrile (1,50 mL) ve 4 Å moleküler elekler (150 mg). Sütun Kromatografi tarafından elde edilen kalıntı arındırmak [silika jel, kloroform/metanol = 1/0 - 20/1 (v/v)] β -25 (31,4 mg, %44, renksiz katı) vermek. TLC: Rf (β -25) 0,27 = [kloroform/metanol 10/1 (v/v) =].</li>
		</ol></li>
		<li>Bileşik β-26 (Tablo 2'deki giriş 5) sentezi
		<ol>
<li>Kuralları kullanarak 10 (18,6 mg, 0.0762 mmol), β -21 (80,4 mg, 0,114 mmol), 11 c (21,7 mg, 0,114 mmol), p- toluenesulfenyl klorür (30.3 µL, 0,229 mmol), gümüş triflate (117,6 mg, 0,458 mmol), susuz 1,4-dioxane () tepki 0,76 mL), susuz propionitrile (1,50 mL) ve 4 Å moleküler elekler (150 mg). Sütun Kromatografi tarafından elde edilen kalıntı arındırmak [silika jel, kloroform/metanol = 1/0 - 40/1 (v/v)] β -26 (26,1 mg, %42, renksiz katı) vermek. TLC: Rf (β -26) 0.45 = [kloroform/metanol 10/1 (v/v) =].</li>
		</ol></li>
		<li>Bileşik β-27 (Tablo 2'deki giriş 6) sentezi
		<ol>
<li>Kuralları kullanarak 17 (19,7 mg, 0.0763 mmol), β -21 (80,5 mg, 0.115 mmol), 11 c (21,8 mg, 0.115 mmol), p- toluenesulfenyl klorür (30.3 µL, 0,229 mmol), gümüş triflate (117,6 mg, 0,458 mmol), susuz 1,4-dioxane () tepki 0,76 mL), susuz propionitrile (1,50 mL) ve 4 Å moleküler elekler (150 mg). Sütun Kromatografi tarafından elde edilen kalıntı arındırmak [silika jel, kloroform/metanol = 1/0 - 40/1 (v/v)] β -27 (33,8 mg, %53, renksiz katı) vermek. TLC: Rf (β -27) 0,50 = [kloroform/metanol 10/1 (v/v) =].</li>
		</ol></li>
		<li>Bileşik β-28 (Tablo 2'deki giriş 7) sentezi
		<ol>
<li>Kuralları kullanarak 18 (20,0 mg, 0.0763 mmol), β -21 (80,4 mg, 0,114 mmol), 11 c (21,7 mg, 0,114 mmol), p- toluenesulfenyl klorür (30.3 µL, 0,229 mmol), gümüş triflate (117,6 mg, 0,458 mmol), susuz 1,4-dioxane () tepki 0,76 mL), susuz propionitrile (1,50 mL) ve 4 Å moleküler elekler (150 mg). Sütun Kromatografi tarafından elde edilen kalıntı arındırmak [silika jel, kloroform sonra etil asetat/kloroform 1/1 (v/v) =] β-28 (38.8 mg, %61, renksiz katı) vermek. TLC: Rf (β -28) 0,33 = [kloroform/metanol 10/1 (v/v) =].</li>
		</ol></li>
		<li>Bileşik β-29 (Tablo 2'deki giriş 8) sentezi
		<ol>
<li>Kuralları kullanarak 19 (18,5 mg, 0.0761 mmol), β -21 (80,4 mg, 0,114 mmol), 11 c (21,7 mg, 0,114 mmol), p- toluenesulfenyl klorür (30.3 µL, 0,229 mmol), gümüş triflate (117,6 mg, 0,458 mmol), susuz 1,4-dioxane () tepki 0,76 mL), susuz propionitrile (1,50 mL) ve 4 Å moleküler elekler (150 mg). Sütun Kromatografi tarafından elde edilen kalıntı arındırmak [silika jel, kloroform/metanol = 1/0 - 10/1 (v/v)] β -29 (34.1 mg, %55, renksiz katı) vermek. TLC: Rf (β -29) 0.25 = [kloroform/metanol 10/1 (v/v) =].</li>
		</ol></li>
		<li>Bileşik β-30 (Tablo 2 giriş 9) sentezi
		<ol>
<li>Kuralları kullanarak 20 (26,6 mg, 0.0766 mmol)56, β -21 (80.6 mg, 0.115 mmol), 11 c (21,8 mg, 0.115 mmol) tepki, p- toluenesulfenyl klorür (30.3 µL, 0,229 mmol), gümüş triflate (117.8 mg, 0,458 mmol), susuz 1,4-dioxane (0,76 mL), susuz propionitrile (1,50 mL) ve 4 Å moleküler elekler (150 mg). Sütun Kromatografi tarafından elde edilen kalıntı arındırmak [silika jel, kloroform/metanol = 1/0 - 50/1 (v/v)] β -30 (28.0 mg, %40, renksiz katı) vermek. TLC: Rf (β -30) 0.48 = [kloroform/metanol 10/1 (v/v) =].</li>
		</ol></li>
		<li>Bileşik β-33 (giriş 1 Tablo 3'de) sentezi
		<ol>
<li>Kuralları kullanarak 18 (20,0 mg, 0.0762 mmol), β -31 (80,4 mg, 0,114 mmol)57, 11 c (21,7 mg, 0,114 mmol) tepki, p- toluenesulfenyl klorür (30.3 µL, 0,229 mmol), gümüş triflate (117,6 mg, 0,458 mmol), susuz 1,4-dioxane (0,76 mL), susuz propionitrile (1,50 mL) ve 4 Å moleküler elekler (150 mg). Sütun Kromatografi tarafından elde edilen kalıntı arındırmak [silika jel, kloroform/metanol = 1/0 - 30/1 (v/v)] β -33 (34,5 mg, %54, renksiz katı) vermek. TLC: Rf (β -33) 0,33 = [kloroform/metanol 10/1 (v/v) =].</li>
		</ol></li>
	</ol></li>
</ol>2. deprotection β-28 (Şekil 2)
<ol><li>5 mL şişede β -28 (25,2 mg, 0.0300 mmol) ve metanol (2.0 mL)5810 M methylamine ekleyin.</li>
	<li>0 ° c 2 h oda sıcaklığına ısınmaya tarafından takip için tepki karışımı ilave edin.</li>
	<li>13 h için karışımı karıştırma sonra TLC ile tepki kloroform/metanol ile kontrol [10/1 (v/v)] [Rf (β -35) 0,20 =].</li>
	<li>Rotary evaporatör kullanarak tepki karışımı konsantre.</li>
	<li>Su (15 mL) elde edilen kalıntı dağıtılması ve diklorometan (15 mL, 3 x) katmanı sulu yıkama 50 mL HCI'yi huni kullanarak.</li>
	<li>Rotary evaporatör kullanarak sulu katman konsantre.</li>
	<li>Partiye Hazırlık yüksek performanslı sıvı kromatografi tarafından (HPLC) kalan kalıntıları arındırmak [sütun: (octadecylsilane) sütun ODS (20Φ x 250 mm), eluent: su (%0,1 [v/v] trifluoroacetic asit içerir), akış hızı: 8.0 mL/dk, algılama: 266 nm, Sıcaklık: 25 ° C, saklama süresi: 20 dk] β -35 (7,9 mg, %62, renksiz amorf katı)59vermek.</li>
</ol>3. NMR çalışmaları çevrimsel Boronic Ester (Şekil 3 ve 4)
<ol><li>
Hazırlık ve 36 ölçümü
	<ol>
<li>10 mL şişeye, armut biçimli Üridin 10 (34,3 mg, 0,140 mmol) ve 4-(trifluoromethyl) çözmek phenylboronic asit 11 c (40.0 mg, 0.211 mmol) içinde susuz pyridine (1.00 mL).</li>
		<li>Reaksiyon karışımı susuz pyridine (1.00 mL, 3 x) ve susuz 1,4-dioxane (1.00 mL, 3 x), oda sıcaklığında yaklaşık 40 ° C ile birlikte herhangi bir su kaldırmak için buharlaşır.</li>
		<li>Kalıntı susuz 1,4-dioxane (1,40 mL) içinde dağıtılması ve boronic ester (geçici koruma) oluşturmak 1 h için onun reflü sıcaklığında tepki karışımı ilave edin.</li>
		<li>5 mL flakon tepki karışıma (0,14 mL) dağıtmak.</li>
		<li>Çözücü bir vakum pompası tarafından takip bir rotary evaporatör kullanarak 5 mL flakon kaldırın.</li>
		<li>Asetonitril -d3 (0,64 mL) elde edilen kalıntı 36 geçiyoruz.</li>
		<li>1H, 11B ve 19F NMR spectroscopies bir kuvars NMR tüp 25 ° C'de kullanarak ölçmek</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Hazırlık ve 38 ölçümü
	<ol>
<li>11 c (40.0 mg, 0.211 mmol) tepki karışımı 38 hazırlamak adım 3.1 benzer işlem kullanmakta.</li>
	</ol>
</li>
</ol>

Yazarlar ifşa gerek yok.

Bu yazının amacı sıkıcı koruma grubunun manipülasyon olmadan korunmasız ribonucleosides kullanarak disaccharide nükleozitler hazırlamak için uygun bir sentetik Yöntem göstermektir. Biz burada regioselective O- glycosylations, nükleozit ile geçici 2', 3'-diol koruma çevrimsel boronic ester (Şekil 1B)51tarafından rapor.
Çevrimsel boronic ester ara hazırlanması önemli adımlardan biridir...

Conjugates bir nükleozit ve karbonhidrat yan vardır disaccharide nükleozitler bağlı yolu ile bir O-glycosidic bağ, doğal olarak meydana gelen karbonhidrat türevleri1,2 değerli bir sınıf teşkil ,3,4,5,6,7. Örneğin, tRNA (transfer ribonükleik asit) ve poly(ADP-ribose) biyolojik oluştururlar içinde dahil edilmiştir (ADP adenozin nükleotittir =), yanı sıra bazı antibakteriyel ajanları ve diğer biyolojik olarak aktif maddeler (Örneğin, adenophostins, amicetins, ezomycin)5,6,8,9,10,11,12,13, 14,15,16,17,18,19. Bu nedenle, disaccharide nükleozitler ve onların türevleri ilaç bulma araştırma için kurşun bileşikleri olması bekleniyor. Metodolojisi disaccharide nükleozitler sentezi için üç kategoride sınıflandırılır; enzimatik O- glikozilasyon20,21, kimyasal N- glikozilasyon5,9,16,22,23, 24ve kimyasal O- glikozilasyon7,9,14,16,18,19,24, 25,26,27,28,29,30,31,32,33, 34,35,36,37. Özellikle, kimyasal O- glikozilasyon stereoselective sentezi ve disaccharide nükleozitler büyük ölçekli sentezi için verimli bir yöntem olacaktır. Önceki araştırma O- glikozilasyon 2'-deoxyribonucleoside 2 thioglycosyl donör 1 p- toluenesulfenyl klorür ve gümüş triflate, bileşimini kullanarak, affords göstermiştir istenen disaccharide nükleozit 3 (resim 1A; AR aril ve PG = koruma grubu =)38.
Bu sonuçlar O- glikozilasyon ribonucleosides p- toluenesulfenyl klorür/gümüş triflate organizatörü sistemi uygulayarak, geliştirmeye karar verdi. Ise O- glikozilasyon kısmen korunmuş ribonucleosides, çeşitli örnekler gösterdi7,9,14,16,18,olabilirdi19 ,24,32,33,34,35,36,37, korumasız veya geçici olarak korunan kullanımı ribonucleosides O- Glikozilasyon için glikosil alıcısı olarak negligibly bildirilmiştir. Bu nedenle, regioselective O- glikozilasyon, korumasız veya geçici olarak korunan ribonucleosides gelişimi ribonucleosides grubu işlemler koruma olmadan daha faydalı bir sentetik yöntemi sağlar. Regioselective O- glikozilasyon ribonucleosides, elde etmek için biz üzerinde bor bileşikleri, çünkü odaklı regio - ve/veya stereoselective asilasyonu, alkillenme, silylation ve karbonhidrat glikozilasyon çeşitli örnekler türevleri destekli tarafından boronic veya borinic asit-si olmak be39,40,41,42,43,44,45 bildirdi ,46,47,48,49,50. Bu makalede, biz regioselective O- glikozilasyon ribonucleosides yolu ile boronic ester ara 5'-hidroksil grubu, kullanan disaccharide nükleozitler sentezi için yordamı göstermek. Burada sunulan stratejisinde boronic ester ara 6 ribonucleoside 4 , regioselective O- glikozilasyon sağlayan boronic asit ile 5, esterleşme tarafından tanınan disaccharide nükleozit 8 (Şekil 1B)51vermek 5'-hidroksil grubuyla thioglycosyl donör 7 . Ayrıca boronic ester oluşumu gözlemlemek için nükleer manyetik rezonans (NMR) spektroskopisi tarafından ribonucleoside ve boronic asit etkileşimi okudu. Boronic ester ve glikozilasyon tepki yapmak esterleşme boronic ester ve glikosil donör hidroliz önlemek için susuz koşulları gerektirir. Bu makalede, araştırmacılar ve öğrenciler Kimya hem de diğer araştırma alanlarında başarılı glikozilasyon reaksiyonlar için susuz koşulları elde etmek için tipik yordamlar gösterir.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:847px;" width="847">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">Silver trifluoromethanesulfonate</td>
			<td style="width:255px;">Nacalai Tesque</td>
			<td style="width:119px;">34945-61</td>
			<td style="width:232px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:241px;">Phenylboronic acid (contains varying amounts of anhydride)</td>
			<td style="width:255px;">Tokyo Chemical Industry</td>
			<td style="width:119px;">B0857</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">p-Methoxyphenylboronic acid</td>
			<td style="width:255px;">Wako Pure Chemical Industries</td>
			<td style="width:119px;">321-69201</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:241px;">4-(Trifluoromethyl)phenylboronic acid (contains varying amounts of anhydride)</td>
			<td style="width:255px;">Tokyo Chemical Industry</td>
			<td style="width:119px;">T1788</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:241px;">2,4-Difluorophenylboronic acid (contains varying amounts of anhydride)</td>
			<td style="width:255px;">Tokyo Chemical Industry</td>
			<td style="width:119px;">D3391</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:241px;">Cyclopentylboronic acid (contains varying amounts of Anhydride)</td>
			<td style="width:255px;">Tokyo Chemical Industry</td>
			<td style="width:119px;">C2442</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:241px;">4-Nitrophenylboronic acid (contains varying amounts of anhydride)</td>
			<td style="width:255px;">Tokyo Chemical Industry</td>
			<td style="width:119px;">N0812</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:241px;">4-Hexylphenylboronic acid (contains varying amounts of anhydride)</td>
			<td style="width:255px;">Tokyo Chemical Industry</td>
			<td style="width:119px;">H1489</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">Adenosine</td>
			<td style="width:255px;">Merck KGaA</td>
			<td style="width:119px;">862.</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">Guanosine</td>
			<td style="width:255px;">Acros Organics</td>
			<td align="right" style="width:119px;">411130050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">Cytidine</td>
			<td style="width:255px;">Tokyo Chemical Industry</td>
			<td style="width:119px;">C0522</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">Uridine</td>
			<td style="width:255px;">Tokyo Chemical Industry</td>
			<td style="width:119px;">U0020</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">5-Fluorouridine</td>
			<td style="width:255px;">Tokyo Chemical Industry</td>
			<td style="width:119px;">F0636</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">5-Methyluridine</td>
			<td style="width:255px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">M-9885</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:241px;">Methylamine (40% in Methanol,&#160;ca. 9.8mol/L)</td>
			<td style="width:255px;">Tokyo Chemical Industry</td>
			<td style="width:119px;">M1016</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">N,N-dimethyl-4-aminopyridine</td>
			<td style="width:255px;">Wako Pure Chemical Industries</td>
			<td style="width:119px;">044-19211</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">Acetic anhydride</td>
			<td style="width:255px;">Nacalai Tesque</td>
			<td style="width:119px;">00226-15</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">Pyridine, Dehydrated</td>
			<td style="width:255px;">Wako Pure Chemical Industries</td>
			<td style="width:119px;">161-18453</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">Acetonitrile</td>
			<td style="width:255px;">Kanto Chemical</td>
			<td style="width:119px;">01031-96</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">1,4-Dioxane</td>
			<td style="width:255px;">Nacalai Tesque</td>
			<td style="width:119px;">13622-73</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">Dichloromethane</td>
			<td style="width:255px;">Wako Pure Chemical Industries</td>
			<td style="width:119px;">130-02457</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">Propionitrile</td>
			<td style="width:255px;">Wako Pure Chemical Industries</td>
			<td style="width:119px;">164-04756</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">Molecular sieves 4A powder</td>
			<td style="width:255px;">Nacalai Tesque</td>
			<td style="width:119px;">04168-65</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">Molecular sieves 3A powder</td>
			<td style="width:255px;">Nacalai Tesque</td>
			<td style="width:119px;">04176-55</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">Celite 545RVS</td>
			<td style="width:255px;">Nacalai Tesque</td>
			<td style="width:119px;">08034-85</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">Acetonitrile-D3 (D,99.8%)</td>
			<td style="width:255px;">Cambridge Isotope Laboratories</td>
			<td style="width:119px;">DLM-21-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">Trifluoroacetic acid</td>
			<td style="width:255px;">Nacalai Tesque</td>
			<td style="width:119px;">34831-25</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;width:241px;">TLC Silica gel 60 F254</td>
			<td style="width:255px;">Merck KGaA</td>
			<td style="width:119px;">1.05715.0001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">Chromatorex</td>
			<td style="width:255px;">Fuji Silysia Chemical</td>
			<td style="width:119px;">FL100D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">Sodium hydrogen carbonate</td>
			<td style="width:255px;">Wako Pure Chemical Industries</td>
			<td style="width:119px;">191-01305</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">Hydrochloric acid</td>
			<td style="width:255px;">Wako Pure Chemical Industries</td>
			<td style="width:119px;">080-01061</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">Sodium sulfate</td>
			<td style="width:255px;">Nacalai Tesque</td>
			<td style="width:119px;">31915-96</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">Chloroform</td>
			<td style="width:255px;">Kanto Chemical</td>
			<td style="width:119px;">07278-81</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">Sodium chloride</td>
			<td style="width:255px;">Wako Pure Chemical Industries</td>
			<td style="width:119px;">194-01677</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">Methanol</td>
			<td style="width:255px;">Nacalai Tesque</td>
			<td style="width:119px;">21914-74</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">JEOL Always 300</td>
			<td style="width:255px;">JEOL</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Measurement of NMR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">Lamda 400</td>
			<td style="width:255px;">JEOL</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Measurement of NMR</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:241px;">PerkinElmer Spectrum 100 FT-IR Spectrometer</td>
			<td style="width:255px;">Perkin Elmer</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Measurement of IR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">JEOL JMS-700</td>
			<td style="width:255px;">JEOL</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Measurement of MS</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">PerkinElmer CHN 2400 analyzer</td>
			<td style="width:255px;">Perkin Elmer</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Measurement of elemental analysis</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">JASCO P-1030 digital polarimeter</td>
			<td style="width:255px;">JASCO</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Measurement of optical rotation</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:241px;">JASCO PU-2089 Plus intelligent HPLC pump</td>
			<td style="width:255px;">JASCO</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>For HPLC</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:241px;">Jasco UV-2075 Plus Intelligent UV/Vis Detector</td>
			<td style="width:255px;">JASCO</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>For HPLC</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">Rheodyne Model 7125 Injector</td>
			<td style="width:255px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td align="right" style="width:119px;">58826</td>
			<td>For HPLC</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">Chromatopac C-R8A</td>
			<td style="width:255px;">Shimadzu</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>For HPLC</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">Senshu Pak Pegasil ODS</td>
			<td style="width:255px;">Senshu Scientific</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>For HPLC</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">p-Toluenesulfenyl&#160;chloride</td>
			<td style="width:255px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Prepared&#160; Ref. 38</td>
		</tr>
		<tr height="60">
			<td height="60" style="height:60px;width:241px;">Phenyl 6-O-acetyl-2,3,4-tri-O-benzyl-1-thio-a-D-mannopyranoside (a-9)</td>
			<td style="width:255px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Prepared&#160; Ref. 52</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:241px;">4-Metylphenyl 2,3,4,6-tetra-O-benzoyl-1-thio-b-D-galactopyranoside (b-21)</td>
			<td style="width:255px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Prepared&#160; Ref. 53</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:241px;">4-Metylphenyl 2,3,4,6-tetra-O-benzoyl-1-thio-b-D-glucopyranoside (b-31)</td>
			<td style="width:255px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Prepared&#160; Ref. 57</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:241px;">4-Metylphenyl 2,3,4,6-tetra-O-benzoyl-1-thio-a-D-Mannopyranoside (a-32)</td>
			<td style="width:255px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Prepared&#160; Ref. 67</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">6-N-Benzoyladenosine (14)</td>
			<td style="width:255px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Prepared&#160; Ref. 54</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">2-N-Isobutyrylguanosine (16)</td>
			<td style="width:255px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Prepared&#160; Ref. 55</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:241px;">4-N-Benzoylcytidine (20)</td>
			<td style="width:255px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Prepared&#160; Ref. 56</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

regioselective o-glycosylation of nucleosides via the temporary 2',3'-diol protection by a boronic ester for the synthesis of disaccharide nucleosides

Moieties disaccharide ve nükleobazından oluşur, disaccharide nükleozitler doğal ürünler çok yönlü bioactivities sahip değerli bir grup olarak bilinmektedir. Kimyasal O- glikozilasyon disaccharide nükleozitler sentezlemek için yaygın olarak yararlı bir strateji olsa da, glikosil bağış ve alıcısı gibi yüzeylerde hazırlanması sıkıcı koruma grubu manipülasyonlar ve bir saflaştırma gerektirir Sentetik her adım. Bu arada, birkaç araştırma grubu bu boronic bildirdin ve borinic esterleri bir koruma veya aktive regio - ve/veya stereoselective asilasyonu, alkillenme, silylation ve glikozilasyon ulaşmak için karbonhidrat türevleri grup olarak hizmet vermektedir. Bu makalede, biz regioselective O- glikozilasyon, korumasız ribonucleosides boronic asit kullanan yordamı göstermek. Esterleşme, 2' 3'-diol ribonucleosides boronic asit ile geçici koruma diol ve aşağıdaki O- glikozilasyon glikosil donör huzurunda p- toluenesulfenyl klorür ve gümüş triflate, izni yapar regioselective tepki disaccharide nükleozitler göze 5'-hidroksil grubunun. Bu yöntem guanozin, adenozin sitidin Üridin 5-metyluridine ve 5-fluorouridine gibi çeşitli nükleozitler için uygulanabilir. Bu makale ve beraberindeki video korumasız nükleozit, O- Glikozilasyon için yararlı (görsel) bilgi ve kendi analogları disaccharide nükleozitler, hem de biyolojik olarak ilgili çeşitli sentezi için temsil eder türevleri.

O- glikozilasyon Üridin 10 thiomannoside α -9 ile sonuçları Tablo 160,61' özetlenir. 1. giriş, O- glikozilasyon 10 α -9 yokluğunda boronic asit türevleri, karmaşık bir karışımı oluşumunda sonuçlandı. Giriş 2'de, 10 phenylboronic asit 11a karışık ve pyridine ve 1,4-dioxane il...

Watch this Scientific Journal Video about Regioselective O-Glycosylation of Nucleosides via the Temporary 2',3'-Diol Protection by a Boronic Ester for the Synthesis of Disaccharide Nucleosides at JoVE

Regioselective O-Glycosylation of Nucleosides via the Temporary 2',3'-Diol Protection by a Boronic Ester for the Synthesis of Disaccharide Nucleosides

Burada, bir geçici koruma ribonucleosides ile regioselective O- glikozilasyon tarafından iletişim kuralları disaccharide nükleozitler sentezi için mevcut onların 2', döngüsel bir boronic ester kullanan 3'-diol moieties. Bu yöntem Adenozin, guanozin sitidin Üridin 5-methyluridine ve ilgili disaccharide nükleozitler vermek 5-fluorouridine gibi birkaç korumasız nükleozitler uygulanır.

Regioselective O- glikozilasyon nükleozitler üzerinden geçici 2', 3'-Diol koruması tarafından Boronic Ester Disaccharide nükleozitler sentezi için

Disaccharide nucleosides, which consist of disaccharide and nucleobase moieties, have been known as a valuable group of natural products having ...

regioselective-o-glycosylation-nucleosides-via-temporary-2-3-diol

Research

JoVE Journal

Chemistry

Regioselective O-Glycosylation of Nucleosides via the Temporary 2',3'-Diol Protection by a Boronic Ester for the Synthesis of Disaccharide Nucleosides

8.6K Görüntüleme.  Tokyo University of Science. Burada, bir geçici koruma ribonucleosides ile regioselective O- glikozilasyon tarafından iletişim kuralları disaccharide nükleozitler sentezi için mevcut onların 2', döngüsel bir boronic ester kullanan 3'-diol moieties. Bu yöntem Adenozin, guanozin sitidin Üridin 5-methyluridine ve ilgili disaccharide nükleozitler vermek 5-fluorouridine gibi birkaç korumasız nükleozitler uygulanır.

Video: Regioselective O-Glycosylation of Nucleosides via the Temporary 2',3'-Diol Protection by a Boronic Ester for the Synthesis of Disaccharide Nucleosides

Anticancer Metal Complexes: Synthesis and Cytotoxicity Evaluation by the MTT Assay

Titanium (IV) and vanadium (V) complexes are highly potent anticancer agents. A challenge in their synthesis refers to their hydrolytic instability; therefore their preparation should be conducted under an inert atmosphere. Evaluation of the anticancer activity of these complexes can be achieved by the MTT assay.
The MTT assay is a colorimetric viability assay based on enzymatic reduction of the MTT molecule to formazan when it is exposed to viable cells. The outcome of the reduction is a color change of the MTT molecule. Absorbance measurements relative to a control determine the percentage of remaining viable cancer cells following their treatment with varying concentrations of a tested compound, which is translated to the compound anticancer activity and its IC50 values. The MTT assay is widely common in cytotoxicity studies due to its accuracy, rapidity, and relative simplicity.
Herein we present a detailed protocol for the synthesis of air sensitive metal based drugs and cell viability measurements, including preparation of the cell plates, incubation of the compounds with the cells, viability measurements using the MTT assay, and determination of IC50 values.

A method for synthesis of air-sensitive titanium and vanadium anticancer agents is described, along with the evaluation of their cytotoxic activity towards human cancer cell line by the MTT Assay.

MTT deneyi ile sentez ve Sitotoksisite Değerlendirilmesi: Anticancer Metal Kompleksleri

Titanium (IV) and vanadium (V) complexes are highly potent anticancer agents. A challenge in their synthesis refers to their hydrolytic instability; ...

Kimya

Formation of Ordered Biomolecular Structures by the Self-assembly of Short Peptides

In nature, complex functional structures are formed by the self-assembly of biomolecules under mild conditions. Understanding the forces that control self-assembly and mimicking this process in vitro will bring about major advances in the areas of materials science and nanotechnology. Among the available biological building blocks, peptides have several advantages as they present substantial diversity, their synthesis in large scale is straightforward, and they can easily be modified with biological and chemical entities1,2. Several classes of designed peptides such as cyclic peptides, amphiphile peptides and peptide-conjugates self-assemble into ordered structures in solution. Homoaromatic dipeptides, are a class of short self-assembled peptides that contain all the molecular information needed to form ordered structures such as nanotubes, spheres and fibrils3-8. A large variety of these peptides is commercially available.
This paper presents a procedure that leads to the formation of ordered structures by the self-assembly of homoaromatic peptides. The protocol requires only commercial reagents and basic laboratory equipment. In addition, the paper describes some of the methods available for the characterization of peptide-based assemblies. These methods include electron and atomic force microscopy and Fourier-Transform Infrared Spectroscopy (FT-IR). Moreover, the manuscript demonstrates the blending of peptides (coassembly) and the formation of a &#34;beads on a string&#34;-like structure by this process.9 The protocols presented here can be adapted to other classes of peptides or biological building blocks and can potentially lead to the discovery of new peptide-based structures and to better control of their assembly.

This paper describes the formation of highly ordered peptide-based structures by the spontaneous process of self-assembly. The method utilizes commercially available peptides and common lab equipment. This technique can be applied to a large variety of peptides and may lead to the discovery of new peptide-based assemblies.

Kısa Peptidlerinin Self-meclisi tarafından Sıralı Biyomoleküler Yapıların Oluşumu

In nature, complex functional structures are formed by the self-assembly of biomolecules under mild conditions. Understanding the forces that control ...

Split-and-pool Synthesis and Characterization of Peptide Tertiary Amide Library

Peptidomimetics are great sources of protein ligands. The oligomeric nature of these compounds enables us to access large synthetic libraries on solid phase by using combinatorial chemistry. One of the most well studied classes of peptidomimetics is peptoids. Peptoids are easy to synthesize and have been shown to be proteolysis-resistant and cell-permeable. Over the past decade, many useful protein ligands have been identified through screening of peptoid libraries. However, most of the ligands identified from peptoid libraries do not display high affinity, with rare exceptions. This may be due, in part, to the lack of chiral centers and conformational constraints in peptoid molecules. Recently, we described a new synthetic route to access peptide tertiary amides (PTAs). PTAs are a superfamily of peptidomimetics that include but are not limited to peptides, peptoids and N-methylated peptides. With side chains on both &#945;-carbon and main chain nitrogen atoms, the conformation of these molecules are greatly constrained by sterical hindrance and allylic 1,3 strain. (Figure 1) Our study suggests that these PTA molecules are highly structured in solution and can be used to identify protein ligands. We believe that these molecules can be a future source of high-affinity protein ligands. Here we describe the synthetic method combining the power of both split-and-pool and sub-monomer strategies to synthesize a sample one-bead one-compound (OBOC) library of PTAs.

Peptide tertiary amides (PTAs) are a superfamily of peptidomimetics that include but are not limited to peptides, peptoids and N-methylated peptides. Here we describe a synthetic method which combines&#160;both split-and-pool and sub-monomer strategies to synthesize a one-bead one-compound library of PTAs.

Split-ve-havuz Sentezi ve Peptit Tersiyer Amid Kütüphanesi Karakterizasyonu

Peptidomimetics are great sources of protein ligands. The oligomeric nature of these compounds enables us to access large synthetic libraries on solid ...

Synthesis and Purification of Iodoaziridines Involving Quantitative Selection of the Optimal Stationary Phase for Chromatography

The highly diastereoselective preparation of cis-N-Ts-iodoaziridines through reaction of diiodomethyllithium with N-Ts aldimines is described. Diiodomethyllithium is prepared by the deprotonation of diiodomethane with LiHMDS, in a THF/diethyl ether mixture, at -78 &#176;C in the dark. These conditions are essential for the stability of the LiCHI2 reagent generated. The subsequent dropwise addition of N-Ts aldimines to the preformed diiodomethyllithium solution affords an amino-diiodide intermediate, which is not isolated. Rapid warming of the reaction mixture to 0 &#176;C promotes cyclization to afford iodoaziridines with exclusive cis-diastereoselectivity. The addition and cyclization stages of the reaction are mediated in one reaction flask by careful temperature control.
Due to the sensitivity of the iodoaziridines to purification, assessment of suitable methods of purification is required. A protocol to assess the stability of sensitive compounds to stationary phases for column chromatography is described. This method is suitable to apply to new iodoaziridines, or other potentially sensitive novel compounds. Consequently this method may find application in range of synthetic projects. The procedure involves firstly the assessment of the reaction yield, prior to purification, by 1H NMR spectroscopy with comparison to an internal standard. Portions of impure product mixture are then exposed to slurries of various stationary phases appropriate for chromatography, in a solvent system suitable as the eluent in flash chromatography. After stirring for 30 min to mimic chromatography, followed by filtering, the samples are analyzed by 1H NMR spectroscopy. Calculated yields for each stationary phase are then compared to that initially obtained from the crude reaction mixture. The results obtained provide a quantitative assessment of the stability of the compound to the different stationary phases; hence the optimal can be selected. The choice of basic alumina, modified to activity IV, as a suitable stationary phase has allowed isolation of certain iodoaziridines in excellent yield and purity.

A protocol for the diastereoselective one-pot preparation of cis-N-Ts-iodoaziridines is described. The generation of diiodomethyllithium, addition to N-Ts aldimines and cyclization of the amino gem-diiodide intermediate to iodoaziridines is demonstrated. Also included is a protocol to rapidly and quantitatively assess the most appropriate stationary phase for purification by chromatography.

Sentez ve Kromatografi için optimal sabit faz kantitatif seçimi dahil edilmesi Iodoaziridines saflaştırılması

The highly diastereoselective preparation of cis-N-Ts-iodoaziridines through reaction of diiodomethyllithium with N-Ts aldimines is described. ...

HKUST-1 as a Heterogeneous Catalyst for the Synthesis of Vanillin

Vanillin (4-hydoxy-3-methoxybenzaldehyde) is the main component of the extract of vanilla bean. The natural vanilla scent is a mixture of approximately 200 different odorant compounds in addition to vanillin. The natural extraction of vanillin (from the orchid Vanilla planifolia, Vanilla tahitiensis and Vanilla pompon) represents only 1% of the worldwide production and since this process is expensive and very long, the rest of the production of vanillin is synthesized. Many biotechnological approaches can be used for the synthesis of vanillin from lignin, phenolic stilbenes, isoeugenol, eugenol, guaicol, etc., with the disadvantage of harming the environment since these processes use strong oxidizing agents and toxic solvents. Thus, eco-friendly alternatives on the production of vanillin are very desirable and thus, under current investigation. Porous coordination polymers (PCPs) are a new class of highly crystalline materials that recently have been used for catalysis. HKUST-1 (Cu3(BTC)2(H2O)3, BTC = 1,3,5-benzene-tricarboxylate) is a very well known PCP which has been extensively studied as a heterogeneous catalyst. Here, we report a synthetic strategy for the production of vanillin by the oxidation of trans-ferulic acid using HKUST-1 as a catalyst.

The conversion of trans-ferulic acid to vanillin was achieved by heterogeneous catalysis. HKUST-1 was employed in this synthesis and the essential step in the catalytic process was the generation of unsaturated metal sites. Thus, when the catalyst was activated under vacuum, full vanillin conversion (yield of 95%) was obtained.

HKUST-1 vanilin Sentezi için bir heterojen katalizör halinde

Vanillin (4-hydoxy-3-methoxybenzaldehyde) is the main component of the extract of vanilla bean. The natural vanilla scent is a mixture of approximately ...

Synthesis of Protein Bioconjugates via Cysteine-maleimide Chemistry

The chemical linking or bioconjugation of proteins to fluorescent dyes, drugs, polymers and other proteins has a broad range of applications, such as the development of antibody drug conjugates (ADCs) and nanomedicine, fluorescent microscopy and systems chemistry. For many of these applications, specificity of the bioconjugation method used is of prime concern. The Michael addition of maleimides with cysteine(s) on the target proteins is highly selective and proceeds rapidly under mild conditions, making it one of the most popular methods for protein bioconjugation.
We demonstrate here the modification of the only surface-accessible cysteine residue on yeast cytochrome c with a ruthenium(II) bisterpyridine maleimide. The protein bioconjugation is verified by gel electrophoresis and purified by aqueous-based fast protein liquid chromatography in 27% yield of isolated protein material. Structural characterization with MALDI-TOF MS and UV-Vis is then used to verify that the bioconjugation is successful. The protocol shown here is easily applicable to other cysteine - maleimide coupling of proteins to other proteins, dyes, drugs or polymers.

Synthesis of Protein Bioconjugates via Cysteine-maleimide Chemistry

This protocol details the important steps required for the bioconjugation of a cysteine containing protein to a maleimide, including reagent purification, reaction conditions, bioconjugate purification and bioconjugate characterization.

Protein Bioconjugatlar sentezi<em&gt; yoluyla</em&gt; Sistein-maleimid Kimya

The chemical linking or bioconjugation of proteins to fluorescent dyes, drugs, polymers and other proteins has a broad range of applications, such as the ...

Facile Synthesis of Worm-like Micelles by Visible Light Mediated Dispersion Polymerization Using Photoredox Catalyst

Presented herein is a protocol for the facile synthesis of worm-like micelles by visible light mediated dispersion polymerization. This approach begins with the synthesis of a hydrophilic poly(oligo(ethylene glycol) methyl ether methacrylate) (POEGMA) homopolymer using reversible addition-fragmentation chain-transfer (RAFT) polymerization. Under mild visible light irradiation (&#955; = 460 nm, 0.7 mW/cm2), this macro-chain transfer agent (macro-CTA) in the presence of a ruthenium based photoredox catalyst, Ru(bpy)3Cl2 can be chain extended with a second monomer to form a well-defined block copolymer in a process known as Photoinduced Electron Transfer RAFT (PET-RAFT). When PET-RAFT is used to chain extend POEGMA with benzyl methacrylate (BzMA) in ethanol (EtOH), polymeric nanoparticles with different morphologies are formed in situ according to a polymerization-induced self-assembly (PISA) mechanism. Self-assembly into nanoparticles presenting POEGMA chains at the corona and poly(benzyl methacrylate) (PBzMA) chains in the core occurs in situ due to the growing insolubility of the PBzMA block in ethanol. Interestingly, the formation of highly pure worm-like micelles can be readily monitored by observing the onset of a highly viscous gel in situ due to nanoparticle entanglements occurring during the polymerization. This process thereby allows for a more reproducible synthesis of worm-like micelles simply by monitoring the solution viscosity during the course of the polymerization. In addition, the light stimulus can be intermittently applied in an ON/OFF manner demonstrating temporal control over the nanoparticle morphology.

This article describes a process for producing polymeric self-assembled nanoparticles using visible light mediated dispersion polymerization. Using low energy visible light to control the polymerization allows for the reproducible formation of self-assembled worm-like micelles at high solids content.

Photoredox Katalizörü kullanarak görünür ışık aracılığı ile dispersiyon polimerleştirilmesi ile solucan gibi miseller Facile sentezi

Presented herein is a protocol for the facile synthesis of worm-like micelles by visible light mediated dispersion polymerization. This approach begins ...

Hydroquinone Based Synthesis of Gold Nanorods

Gold nanorods are an important kind of nanoparticles characterized by peculiar plasmonic properties. Despite their widespread use in nanotechnology, the synthetic methods for the preparation of gold nanorods are still not fully optimized. In this paper we describe a new, highly efficient, two-step protocol based on the use of hydroquinone as a mild reducing agent. Our approach allows the preparation of nanorods with a good control of size and aspect ratio (AR) simply by varying the amount of hexadecyl trimethylammonium bromide (CTAB) and silver ions (Ag+) present in the "growth solution". By using this method, it is possible to markedly reduce the amount of CTAB, an expensive and cytotoxic reagent, necessary to obtain the elongated shape. Gold nanorods with an aspect ratio of about 3 can be obtained in the presence of just 50 mM of CTAB (versus 100 mM used in the standard protocol based on the use of ascorbic acid), while shorter gold nanorods are obtained using a concentration as low as 10 mM.

This paper describes a protocol for the synthesis of gold nanorods, based on the use of hydroquinone as reducing agent, plus the different mechanisms for controlling their size and aspect ratio.

Altın nanorods hidrokinon Esaslı Sentezi

Gold nanorods are an important kind of nanoparticles characterized by peculiar plasmonic properties. Despite their widespread use in nanotechnology, the ...

Protocol for the Solid-phase Synthesis of Oligomers of RNA Containing a 2'-O-thiophenylmethyl Modification and Characterization via Circular Dichroism

Solid-phase synthesis has been used to obtain canonical and modified polymers of nucleic acids, specifically of DNA or RNA, which has made it a popular methodology for applications in various fields and for different research purposes. The procedure described herein focuses on the synthesis, purification, and characterization of dodecamers of RNA 5&#39;-[CUA CGG AAU CAU]-3&#39; containing zero, one, or two modifications located at the C2&#39;-O-position. The probes are based on 2-thiophenylmethyl groups, incorporated into RNA nucleotides via standard organic synthesis and introduced into the corresponding oligonucleotides via their respective phosphoramidites. This report makes use of phosphoramidite chemistry via the four canonical nucleobases (Uridine (U), Cytosine (C), Guanosine (G), Adenosine (A)), as well as 2-thiophenylmethyl functionalized nucleotides modified at the 2&#39;-O-position; however, the methodology is amenable for a large variety of modifications that have been developed over the years. The oligonucleotides were synthesized on a controlled-pore glass (CPG) support followed by cleavage from the resin and deprotection under standard conditions, i.e., a mixture of ammonia and methylamine (AMA) followed by hydrogen fluoride/triethylamine/N-methylpyrrolidinone. The corresponding oligonucleotides were purified via polyacrylamide electrophoresis (20% denaturing) followed by elution, desalting, and isolation via reversed-phase chromatography (Sep-pak, C18-column). Quantification and structural parameters were assessed via ultraviolet-visible (UV-vis) and circular dichroism (CD) photometric analysis, respectively. This report aims to serve as a resource and guide for beginner and expert researchers interested in embarking in this field. It is expected to serve as a work-in-progress as new technologies and methodologies are developed. The description of the methodologies and techniques within this document correspond to a DNA/RNA synthesizer (refurbished and purchased in 2013) that uses phosphoramidite chemistry.

Protocol for the Solid-phase Synthesis of Oligomers of RNA Containing a 2'-O-thiophenylmethyl Modification and Characterization via Circular Dichroism

This article provides a detailed procedure on the solid-phase synthesis, purification, and characterization of dodecamers of RNA modified at the C2&#39;-O-position. UV-vis and circular dichroism photometric analyses are used to quantify and characterize structural aspects, i.e., single-strands or double-strands.

Bir 2&#39;-amino asit içeren RNA Oligomerlerinin Katı Faz Sentezi Protokolü<em&gt; Ç</em&gt; Tiyofenilmetil Değiştirme ve Sirküler Dikroizm ile Karakterizasyonlar

Solid-phase synthesis has been used to obtain canonical and modified polymers of nucleic acids, specifically of DNA or RNA, which has made it a popular ...

Synthesis of Substrate-Bound Au Nanowires Via an Active Surface Growth Mechanism

Advancing synthetic capabilities is important for the development of nanoscience and nanotechnology. The synthesis of nanowires has always been a challenge, as it requires asymmetric growth of symmetric crystals. Here, we report a distinctive synthesis of substrate-bound Au nanowires. This template-free synthesis employs thiolated ligands and substrate adsorption to achieve the continuous asymmetric deposition of Au in solution at ambient conditions. The thiolated ligand prevented the Au deposition on the exposed surface of the seeds, so the Au deposition only occurs at the interface between the Au seeds and the substrate. The side of the newly deposited Au nanowires is immediately covered with the thiolated ligand, while the bottom facing the substrate remains ligand-free and active for the next round of Au deposition. We further demonstrate that this Au nanowire growth can be induced on various substrates, and different thiolated ligands can be used to regulate the surface chemistry of the nanowires. The diameter of the nanowires can also be controlled with mixed ligands, in which another &#34;bad&#34; ligand could turn on the lateral growth. With the understanding of the mechanism, Au nanowire-based nanostructures can be designed and synthesized.

We report a solution-based method to synthesize substrate-bound Au nanowires. By tuning the molecular ligands used during the synthesis, the Au nanowires can be grown from various substrates with different surface properties. Au nanowire-based nanostructures can also be synthesized by adjusting the reaction parameters.