Name: analyzing gene expression from marine microbial communities using environmental transcriptomics
Uploaded: 2009-02-18T00:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics at JoVE.com

تم توفير التمويل بواسطة غوردون وبيتي مور منح المؤسسة والمؤسسة الوطنية للعلوم منح MCB - 0702125.

العمل مع الجيش الملكي النيبالي لأن RNases موجودة في كل مكان وmRNAs تتحلل بسرعة ، والاحتياطات القياسية للعمل في بيئة خالية ريبونوكلياز يجب اتباعها ، وينبغي معالجتها أو الحفاظ على العينات في أقرب وقت ممكن لجمع التالية. <p class="jove_content" style...

<ol>
	<li>Liang, P., Pardee, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Science. 257 (5072), 967-967 (1992).</li><li>Belasco, J. G., Belasco, J. G., Brawerman, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+messenger+RNA+stability.">Control of messenger RNA stability.</a> , 3-11 (1993).</li><li>Poretsky, R. S., Bano, N., Buchan, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> 71 (7), 4121-4121 (2005).</li><li>Gelder, R. N. V., von Zastrow, M. E., Yool, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Natl. Acad. Sci. USA. 87 (5), 1663-1663 (1990).</li><li>Margulies, M., Egholm, M., Altman, W. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Nature. 437 (7057), 376-376 (2005).</li><li>Frias-Lopez, J., Shi, Y., Tyson, G. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Natl. Acad. Sci. USA. 105 (10), 3805-3805 (2008).</li><li>Poretsky, R. S., Hewson, I., Sun, S., Allen, A. E., Zehr, J. P., Moran, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Environ Microbiol. 11 (6), 1358-1375 (2009).</li></ol>

وقد أصبح التحقيق في التعبير الجيني للمجتمعات الميكروبية الطبيعية شيوعا في السنوات الأخيرة كوسيلة لاستكشاف الأدوار البيئية ووظائف الكائنات الحية الدقيقة. استعملت في تآلف مع الكشف والتقدير الكمي ، وتوصيف الكائنات المجهرية البحرية ، ويمكن استخدام تحليل التعبير الجي...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>PowerSoil Bead Tubes</td>
<td>kit</td>
<td>MoBio</td>
<td>12866-25-PBT</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNeasy Mini Kit</td>
<td>kit</td>
<td>QIAGEN</td>
<td>74104</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>TURBO DNA-free</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1907</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>mRNA-ONLY Prokaryotic mRNA Isolation Kit</td>
<td>kit</td>
<td>Epicentre</td>
<td>MOP51010/MOP51024</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MICROBExpress Bacterial mRNA Enrichment Kit</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1905</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MICROBEnrich kit</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1901</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MessageAmp II-Bacteria RNA Amplification Kit</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1790</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Universal RiboClone cDNA Synthesis System</td>
<td>kit</td>
<td>Promega</td>
<td>C4360</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Wizard DNA Clean-Up System</td>
<td>kit</td>
<td>Promega</td>
<td>A7280</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

analyzing gene expression from marine microbial communities using environmental transcriptomics

مماثلة لmetagenomics ، transcriptomics البيئية (metatranscriptomics) باسترداد ومتواليات mRNAs البيئية فيف من الجراثيم دون معرفة مسبقة لما الجينات قد يكون التعبير عن المجتمع. وبالتالي فإنه يوفر وجهة نظر غير منحازة أكثر على التعبير الجيني المجتمع<em&gt; في الموقع</em&gt;. البروتوكولات البيئية transcriptomics صعبة من الناحية الفنية منذ mRNAs بروكاريوتيك عموما تفتقر إلى بولي (A) التي تجعل من ذيول عزلة حقيقية النواة رسائل واضحة نسبيا<sup&gt; 1</sup&gt; ولأن من نصف سكان العالم يعيشون قصيرة نسبيا من mRNAs<sup&gt; 2</sup&gt;. بالإضافة إلى ذلك ، mRNAs هي اقل بكثير من وفرة في rRNAs مقتطفات الحمض النووي الريبي مجموع ، وبالتالي خلفية الرنا الريباسي يثقل كاهل كثير من الأحيان إشارات مرنا. ومع ذلك ، فقد تم مؤخرا التقنيات للتغلب على بعض هذه الصعوبات المتقدمة. وقد وصفت مؤخرا إجراء تحليل transcriptomes البيئية من خلال إنشاء مكتبات استنساخ باستخدام بادئات عشوائية لعكس تدوين وتضخيم mRNAs البيئية كان ناجحا في البيئتين الطبيعية المختلفة ، ولكن النتائج التي كانت متحيزة اختيار عشوائي الاشعال تستخدم لبدء تجميع [كدنا]<sup&gt; 3</sup&gt;. التقدم في تضخيم خطي مرنا يغني عن الحاجة إلى الاشعال عشوائية في خطوة التضخيم وتجعل من الممكن استخدام مواد أقل بدءا خفض الوقت اللازم للتجهيز وجمع عينات من الحمض النووي الريبي ، وبالتالي الحد من تدهور<sup&gt; 4</sup&gt;.<em&gt; في المختبر</emطرق النسخ&gt; مرنا لتضخيم تنطوي polyadenylating ومرنا وإدماج المروج T7 إلى نهاية 3 من النص. ويمكن بعد ذلك تضخيم الحمض النووي الريبي (آرنا) يمكن تحويلها إلى مضاعفة [كدنا] تقطعت به hexamers العشوائية والتسلسل مباشرة pyrosequencing<sup&gt; 5</sup&gt;. أظهر أول استخدام لهذه الطريقة في محطة الوها فائدتها للتميز الميكروبية التعبير الجيني المجتمع<sup&gt; 6</sup&gt;.

Watch this Scientific Journal Video about Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics at JoVE.com

Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics

نقدم طريقة لتوليد [كدنا] من مرنا البيئية. بشكل عام ، يتم تجميعها أولا من مجموع الحمض النووي الريبي والبيئة ، ويتم إزالة بشكل انتقائي الرنا الريباسي ، يتم تضخيمه بشكل انتقائي مرنا ، والتسلسل [كدنا] توليفها من تجمع مرنا المخصب. متواليات يمكن استردادها المشروح باستخدام معيار تقنيات المعلوماتية الحيوية لتحديد الجينات التي أعرب عنها.

تحليل الجينات من المجتمعات الميكروبية البحرية باستخدام Transcriptomics البيئية

Analogous to metagenomics, environmental transcriptomics (metatranscriptomics) retrieves and sequences environmental mRNAs from a microbial assemblage ...

Research

JoVE Journal

Biology

Microbial Communities in Nature and Laboratory - Interview

المجتمعات الميكروبية في الطبيعة ومختبر -- مقابلة

Biology of Microbial Communities  - Interview

بيولوجيا المجتمعات الميكروبية -- مقابلة

Bacterial Gene Expression Analysis Using Microarrays

التحليل الجرثومي التعبير الجيني عن طريق ميكروأرس]

The Preparation of Primary Hematopoietic Cell Cultures From Murine Bone Marrow for Electroporation

التحضير لزراعة الخلايا المكونة للدم الابتدائية من نخاع عظام الفئران لElectroporation

It is becoming increasingly apparent that electroporation is the most effective way to introduce plasmid DNA or siRNA into primary cells. The Gene Pulser ...

Using the Gene Pulser MXcell Electroporation System to Transfect Primary Cells with High Efficiency

باستخدام الجينات Electroporation MXcell بولسير النظام لTransfect الخلايا الأولية ذات الكفاءة العالية

Using an Automated Cell Counter to Simplify Gene Expression Studies: siRNA Knockdown of IL-4 Dependent Gene Expression in Namalwa Cells

باستخدام خلية مكافحة الآلي لتبسيط دراسات التعبير الجيني : ضربة قاضية سيرنا من IL - 4 التعبير الجيني في الخلايا التابعة Namalwa

The use of siRNA mediated gene knockdown is continuing to be an important tool in studies of gene expression.  siRNA studies are being conducted not only ...

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

إعادة إعماره في المختبر من أحدث T. castaneum تيلوميراز

Efforts to isolate the catalytic subunit of telomerase, TERT, in sufficient quantities for structural studies, have been met with limited success for more ...

Extraction of High Molecular Weight DNA from Microbial Mats

استخراج الحمض النووي عالية الوزن الجزيئي من ماتس الميكروبية

Successful and accurate analysis and interpretation of metagenomic data is dependent upon the efficient extraction  of high-quality, high molecular weight ...

Concentration of Metabolites from Low-density Planktonic Communities for Environmental Metabolomics using Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy

تركيز من الأيضات من المجتمعات العوالق منخفض الكثافة لالايض البيئية باستخدام التحليل الطيفي بالرنين المغناطيسي النووي

Environmental metabolomics is an emerging field that is promoting new understanding in how organisms respond to and interact with the environment and each ...

Using SecM Arrest Sequence as a Tool to Isolate Ribosome Bound Polypeptides

باستخدام SecM تسلسل توقيف كأداة لعزل البروتينية منضم ريبوسوم

Extensive research has provided ample evidences suggesting that protein folding in the cell is a co-translational process1-5. However, the exact pathway ...