Name: analyzing gene expression from marine microbial communities using environmental transcriptomics
Uploaded: 2009-02-18T00:00:00
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Die Finanzierung wurde von der Gordon and Betty Moore Foundation Zuschüsse und der National Science Foundation Grant MCB-0702125 zur Verfügung gestellt.

Arbeiten mit RNA Da RNasen sind allgegenwärtig und mRNAs abgebaut schnell, Standard-Vorsichtsmaßnahmen für die Arbeit in einer Ribonuklease-freie Umgebung zu beachten und Proben sollten verarbeitet oder konserviert werden so bald wie möglich nach der Entnahme. Teil 1: Environmental RNA Collection (entworfen, um Biomasse in der 0,2 bis 3,0 mu m Kornfraktion sammeln) Zubehör benötigt: Masterflex-Schlauch <br ...

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	<li>Liang, P., Pardee, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Science. 257 (5072), 967-967 (1992).</li><li>Belasco, J. G., Belasco, J. G., Brawerman, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+messenger+RNA+stability.">Control of messenger RNA stability.</a> , 3-11 (1993).</li><li>Poretsky, R. S., Bano, N., Buchan, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> 71 (7), 4121-4121 (2005).</li><li>Gelder, R. N. V., von Zastrow, M. E., Yool, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Natl. Acad. Sci. USA. 87 (5), 1663-1663 (1990).</li><li>Margulies, M., Egholm, M., Altman, W. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Nature. 437 (7057), 376-376 (2005).</li><li>Frias-Lopez, J., Shi, Y., Tyson, G. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Natl. Acad. Sci. USA. 105 (10), 3805-3805 (2008).</li><li>Poretsky, R. S., Hewson, I., Sun, S., Allen, A. E., Zehr, J. P., Moran, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Environ Microbiol. 11 (6), 1358-1375 (2009).</li></ol>

Die Untersuchung der Genexpression durch natürliche mikrobielle Gemeinschaften hat sich in den letzten Jahren häufig als Mittel, um die ökologische Rolle und Funktion von Mikroorganismen zu entdecken. In Kombination mit dem Nachweis, Quantifizierung und Charakterisierung von marinen Mikroorganismen, können Analysen der Genexpression verwendet werden, um Phylogenie Link in natürlicher mikrobieller Gemeinschaften funktionieren. Viele Techniken der gezielten funktionellen Genexpression beruhen auf spezifischen Sonden ...

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		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>PowerSoil Bead Tubes</td>
<td>kit</td>
<td>MoBio</td>
<td>12866-25-PBT</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNeasy Mini Kit</td>
<td>kit</td>
<td>QIAGEN</td>
<td>74104</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>TURBO DNA-free</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1907</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>mRNA-ONLY Prokaryotic mRNA Isolation Kit</td>
<td>kit</td>
<td>Epicentre</td>
<td>MOP51010/MOP51024</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MICROBExpress Bacterial mRNA Enrichment Kit</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1905</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MICROBEnrich kit</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1901</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MessageAmp II-Bacteria RNA Amplification Kit</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1790</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Universal RiboClone cDNA Synthesis System</td>
<td>kit</td>
<td>Promega</td>
<td>C4360</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Wizard DNA Clean-Up System</td>
<td>kit</td>
<td>Promega</td>
<td>A7280</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

analyzing gene expression from marine microbial communities using environmental transcriptomics

Analog zu Metagenomik, Umwelt Transkriptomik (metatranscriptomics) abruft und Sequenzen Umwelt mRNAs aus einer mikrobiellen Assemblage ohne vorherige Kenntnis, welche Gene die Gemeinde könnte zum Ausdruck. So bietet die unvoreingenommene Sicht auf Gemeinschaft Genexpression<em&gt; In situ</em&gt;. Environmental Transkriptomik Protokolle sind technisch schwierig, da prokaryotische mRNAs in der Regel die Poly (A)-Enden, die Isolation zu machen von eukaryotischen Nachrichten relativ einfach mangelnde<sup&gt; 1</sup&gt; Und wegen der relativ kurzen Halbwertszeiten von mRNAs<sup&gt; 2</sup&gt;. Darüber hinaus mRNAs viel seltener als rRNAs in Gesamt-RNA extrahiert werden, damit eine rRNA Hintergrund oft überfordert mRNA-Signale. Allerdings haben Techniken zur Überwindung einiger dieser Schwierigkeiten vor kurzem entwickelt worden. Ein Verfahren zur Analyse von Umwelt-Transkriptomen durch die Schaffung von Klon-Bibliotheken unter Verwendung zufälliger Primer Reverse Transkription und verstärken Umwelt mRNAs wurde kürzlich beschrieben, wurde in zwei verschiedenen natürlichen Umgebungen erfolgreich, aber die Ergebnisse waren durch die Wahl des zufälligen Primer verwendet, um cDNA-Synthese zu initiieren voreingenommen<sup&gt; 3</sup&gt;. Advances in lineare Verstärkung der mRNA überflüssig machen random Primer bei der Amplifikation Schritt und machen es möglich, weniger Ausgangsmaterial verwenden Verringerung der Erfassung und Verarbeitung von Proben und minimiert dadurch RNA-Abbau<sup&gt; 4</sup&gt;.<em&gt; In-vitro-</em&gt; Transkription Methoden zur Amplifikation mRNA beinhalten polyadenylating der mRNA wurden, mit einem T7-Promotor auf die 3 Ende des Transkripts. Amplified RNA (aRNA) kann dann auf den cDNA Doppelzimmer mit zufälligen Hexameren und direkt sequenziert von Pyrosequenzierung<sup&gt; 5</sup&gt;. Eine erste Anwendung dieser Methode an der Station ALOHA demonstriert seine Nützlichkeit für die Charakterisierung von mikrobiellen Gemeinschaft Genexpression<sup&gt; 6</sup&gt;.

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Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics

Wir stellen eine Methode zur Erzeugung von cDNA aus Umwelt-mRNA. In der Regel Gesamt-RNA zunächst aus der Umgebung gesammelt, rRNA selektiv entfernt, mRNA wird selektiv verstärkt und cDNA aus der angereicherten mRNA-Pool synthetisiert wird sequenziert. Recovered Sequenzen annotiert werden unter Verwendung von Standard Bioinformatik Techniken, um die exprimierten Gene zu identifizieren.

Analyse von Genexpressionsdaten aus marinen mikrobiellen Gemeinschaften mit Environmental Transcriptomics

Analogous to metagenomics, environmental transcriptomics (metatranscriptomics) retrieves and sequences environmental mRNAs from a microbial assemblage ...

Research

JoVE Journal

Biology

Microbial Communities in Nature and Laboratory - Interview

Mikrobielle Gemeinschaften in Natur und Labor - Interview

Forschung

Biologie

Biology of Microbial Communities  - Interview

Biologie mikrobieller Gemeinschaften - Interview

Bacterial Gene Expression Analysis Using Microarrays

Bakterielle Gene Expression Analysis Using Microarrays

The Preparation of Primary Hematopoietic Cell Cultures From Murine Bone Marrow for Electroporation

Die Herstellung von primären hämatopoetischen Zellkulturen aus Knochenmark der Maus für die Elektroporation

It is becoming increasingly apparent that electroporation is the most effective way to introduce plasmid DNA or siRNA into primary cells. The Gene Pulser ...

Using the Gene Pulser MXcell Electroporation System to Transfect Primary Cells with High Efficiency

Mit dem Gene Pulser MXcell Elektroporation System zur Primary Cells mit hohem Wirkungsgrad zu transfizieren

Using an Automated Cell Counter to Simplify Gene Expression Studies: siRNA Knockdown of IL-4 Dependent Gene Expression in Namalwa Cells

Verwendung eines automatisierten Cell Counter zu Genexpressionsstudien Simplify: siRNA Knockdown von IL-4 abhängige Genexpression in Namalwalzellen

The use of siRNA mediated gene knockdown is continuing to be an important tool in studies of gene expression.  siRNA studies are being conducted not only ...

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

In vitro Rekonstitution der Active T. castaneum Telomerase

Efforts to isolate the catalytic subunit of telomerase, TERT, in sufficient quantities for structural studies, have been met with limited success for more ...

Extraction of High Molecular Weight DNA from Microbial Mats

Extraktion von DNA mit hohem Molekulargewicht von mikrobiellen Matten

Successful and accurate analysis and interpretation of metagenomic data is dependent upon the efficient extraction  of high-quality, high molecular weight ...

Concentration of Metabolites from Low-density Planktonic Communities for Environmental Metabolomics using Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy

Konzentration der Metabolite von Low-Density-Planktonic Gemeinschaften für Umweltforschung Metabolomics mit Kernresonanzspektroskopie

Environmental metabolomics is an emerging field that is promoting new understanding in how organisms respond to and interact with the environment and each ...

Using SecM Arrest Sequence as a Tool to Isolate Ribosome Bound Polypeptides

Mit SECM Arrest Sequenz als Werkzeug zum Ribosom gebunden Polypeptide isolieren

Extensive research has provided ample evidences suggesting that protein folding in the cell is a co-translational process1-5. However, the exact pathway ...