Name: analyzing gene expression from marine microbial communities using environmental transcriptomics
Uploaded: 2009-02-18T00:00:00
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O financiamento foi fornecido pela The Gordon e Betty Moore Foundation concede e da National Science Foundation conceder MCB-0702125.

Trabalhando com RNA RNases porque são ubíquos e mRNAs degradam rapidamente, precauções padrão para trabalhar em um ambiente livre de ribonuclease devem ser seguidos e as amostras devem ser processados ​​ou conservados, assim como a recolha seguintes possível. Parte 1: Environmental RNA Collection (concebido para recolher a biomassa na fração de tamanho 0,2-3,0 mm) Suprimentos necessários: Tubulação...

<ol>
	<li>Liang, P., Pardee, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Science. 257 (5072), 967-967 (1992).</li><li>Belasco, J. G., Belasco, J. G., Brawerman, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+messenger+RNA+stability.">Control of messenger RNA stability.</a> , 3-11 (1993).</li><li>Poretsky, R. S., Bano, N., Buchan, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> 71 (7), 4121-4121 (2005).</li><li>Gelder, R. N. V., von Zastrow, M. E., Yool, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Natl. Acad. Sci. USA. 87 (5), 1663-1663 (1990).</li><li>Margulies, M., Egholm, M., Altman, W. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Nature. 437 (7057), 376-376 (2005).</li><li>Frias-Lopez, J., Shi, Y., Tyson, G. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Natl. Acad. Sci. USA. 105 (10), 3805-3805 (2008).</li><li>Poretsky, R. S., Hewson, I., Sun, S., Allen, A. E., Zehr, J. P., Moran, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Environ Microbiol. 11 (6), 1358-1375 (2009).</li></ol>

A investigação da expressão gênica por comunidades microbianas naturais tem se tornado comum nos últimos anos como um meio para explorar os papéis e funções ecológicas dos microrganismos. Usado em combinação com a detecção, quantificação e caracterização de microrganismos marinhos, análises de expressão gênica pode ser usada para ligar filogenia para funcionar em comunidades microbianas naturais. Muitas técnicas para orientar a expressão do gene funcional contar com sondas específicas ou conjuntos...

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		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>PowerSoil Bead Tubes</td>
<td>kit</td>
<td>MoBio</td>
<td>12866-25-PBT</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNeasy Mini Kit</td>
<td>kit</td>
<td>QIAGEN</td>
<td>74104</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>TURBO DNA-free</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1907</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>mRNA-ONLY Prokaryotic mRNA Isolation Kit</td>
<td>kit</td>
<td>Epicentre</td>
<td>MOP51010/MOP51024</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MICROBExpress Bacterial mRNA Enrichment Kit</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1905</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MICROBEnrich kit</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1901</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MessageAmp II-Bacteria RNA Amplification Kit</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1790</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Universal RiboClone cDNA Synthesis System</td>
<td>kit</td>
<td>Promega</td>
<td>C4360</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Wizard DNA Clean-Up System</td>
<td>kit</td>
<td>Promega</td>
<td>A7280</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

analyzing gene expression from marine microbial communities using environmental transcriptomics

Análogo a metagenômica, transcriptômica ambiental (metatranscriptómica) recupera e seqüências de mRNAs ambientais a partir de um assemblage microbiana sem o conhecimento prévio do que genes a comunidade pode estar expressando. Assim, ele fornece a perspectiva mais imparcial sobre a expressão gênica comunidade<em&gt; In situ</em&gt;. Protocolos ambientais transcriptômica são tecnicamente difícil, uma vez mRNAs procarióticos geralmente falta a poli (A) caudas que fazem o isolamento de mensagens eucarióticas relativamente simples<sup&gt; 1</sup&gt; E por causa da meia vida relativamente curto de mRNAs<sup&gt; 2</sup&gt;. Além disso, mRNAs são muito menos abundante do que rRNAs em extratos totais de RNA, assim, um fundo rRNA muitas vezes supera os sinais de mRNA. No entanto, as técnicas para superar algumas dessas dificuldades têm sido recentemente desenvolvidos. Um procedimento para analisar transcriptomes ambiental através da criação de bibliotecas clone usando primers aleatórios para reverter-transcrever e amplificar mRNAs ambiental foi descrita recentemente foi bem sucedido em dois diferentes ambientes naturais, mas os resultados foram influenciados pela seleção dos primers aleatórios usado para iniciar a síntese de cDNA<sup&gt; 3</sup&gt;. Avanços na amplificação linear de mRNA evitaria a necessidade de primers aleatórios na etapa de amplificação e tornar possível a utilização de menos material de partida diminuindo o tempo de coleta e processamento de amostras e, assim, minimizar a degradação do RNA<sup&gt; 4</sup&gt;.<em&gt; In vitro</em&gt; Métodos de transcrição para RNAm ampliando envolvem polyadenylating o mRNA e incorporando um promotor T7 na extremidade 3 do transcrito. RNA amplificado (ARNA) pode então ser convertido em cDNA dupla fita usando hexâmeros aleatória e diretamente sequenciado por pyrosequencing<sup&gt; 5</sup&gt;. A primeira utilização deste método na Estação ALOHA demonstrado a sua utilidade para a caracterização de expressão gênica comunidade microbiana<sup&gt; 6</sup&gt;.

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Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics

Nós apresentamos um método para gerar cDNA de mRNA ambiental. Em geral, o total de RNA é a primeira coletados do ambiente, rRNA é seletivamente removido, mRNA é seletivamente amplificado, e cDNA sintetizado a partir do pool de mRNA enriquecido é seqüenciado. Seqüências recuperadas podem ser anotados usando técnicas padrão de bioinformática para identificar os genes expressos.

Analisando Expressão Gênica de comunidades microbianas Marinha usando transcriptômica Ambiental

Analogous to metagenomics, environmental transcriptomics (metatranscriptomics) retrieves and sequences environmental mRNAs from a microbial assemblage ...

Research

JoVE Journal

Biology

Microbial Communities in Nature and Laboratory - Interview

Comunidades microbianas na Natureza e Laboratório - Entrevista

Biologia

Biology of Microbial Communities  - Interview

Biologia de comunidades microbianas - Entrevista

Bacterial Gene Expression Analysis Using Microarrays

Análise de Expressão Gênica Utilizando bacteriana Microarrays

The Preparation of Primary Hematopoietic Cell Cultures From Murine Bone Marrow for Electroporation

Elaboração de culturas de células primárias hematopoéticas de medula óssea de camundongos para Eletroporação

It is becoming increasingly apparent that electroporation is the most effective way to introduce plasmid DNA or siRNA into primary cells. The Gene Pulser ...

Using the Gene Pulser MXcell Electroporation System to Transfect Primary Cells with High Efficiency

Usando o Sistema de Eletroporação Gene Pulser MXcell para transfectar pilhas com Alta Eficiência

Using an Automated Cell Counter to Simplify Gene Expression Studies: siRNA Knockdown of IL-4 Dependent Gene Expression in Namalwa Cells

Usando um contador de células automatizadas para simplificar Estudos da Expressão Gênica: Knockdown siRNA de Expressão IL-4 Gene Dependente em células NAMALWA

The use of siRNA mediated gene knockdown is continuing to be an important tool in studies of gene expression.  siRNA studies are being conducted not only ...

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

Na reconstituição in vitro da atividade T. Telomerase castaneum

Efforts to isolate the catalytic subunit of telomerase, TERT, in sufficient quantities for structural studies, have been met with limited success for more ...

Extraction of High Molecular Weight DNA from Microbial Mats

Extração de DNA de alto peso molecular de Esteiras Microbianas

Successful and accurate analysis and interpretation of metagenomic data is dependent upon the efficient extraction  of high-quality, high molecular weight ...

Concentration of Metabolites from Low-density Planktonic Communities for Environmental Metabolomics using Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy

Concentração de metabólitos de comunidades de baixa densidade fitoplanctônicas para Metabolomics ambiental utilizando Espectroscopia de Ressonância Magnética Nuclear

Environmental metabolomics is an emerging field that is promoting new understanding in how organisms respond to and interact with the environment and each ...

Using SecM Arrest Sequence as a Tool to Isolate Ribosome Bound Polypeptides

Usando Seqüência de Detenção SECM como uma ferramenta para isolar Ribossomos Polipeptídeos encadernados

Extensive research has provided ample evidences suggesting that protein folding in the cell is a co-translational process1-5. However, the exact pathway ...