Name: analyzing gene expression from marine microbial communities using environmental transcriptomics
Uploaded: 2009-02-18T00:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics at JoVE.com

Финансирование было предоставлено Гордона и Бетти Мур Фонд грантов и Национального научного фонда грант MCB-0702125.

Работа с РНК Потому что РНКаз вездесущи и мРНК быстро разлагаться, стандартные меры предосторожности при работе в рибонуклеазы среде, свободной должны соблюдаться и образцы должны быть обработаны и сохранены как можно скорее после сбора. Часть 1: Экол...

<ol>
	<li>Liang, P., Pardee, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Science. 257 (5072), 967-967 (1992).</li><li>Belasco, J. G., Belasco, J. G., Brawerman, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+messenger+RNA+stability.">Control of messenger RNA stability.</a> , 3-11 (1993).</li><li>Poretsky, R. S., Bano, N., Buchan, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> 71 (7), 4121-4121 (2005).</li><li>Gelder, R. N. V., von Zastrow, M. E., Yool, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Natl. Acad. Sci. USA. 87 (5), 1663-1663 (1990).</li><li>Margulies, M., Egholm, M., Altman, W. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Nature. 437 (7057), 376-376 (2005).</li><li>Frias-Lopez, J., Shi, Y., Tyson, G. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Natl. Acad. Sci. USA. 105 (10), 3805-3805 (2008).</li><li>Poretsky, R. S., Hewson, I., Sun, S., Allen, A. E., Zehr, J. P., Moran, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Environ Microbiol. 11 (6), 1358-1375 (2009).</li></ol>

Исследование экспрессии генов с природными микробных сообществ стало обычным в последние годы как средство для изучения экологической роли и функции микроорганизмов. Используется в сочетании с обнаружения, количественное определение и характеристику морских микроорганизмов, анали...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>PowerSoil Bead Tubes</td>
<td>kit</td>
<td>MoBio</td>
<td>12866-25-PBT</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNeasy Mini Kit</td>
<td>kit</td>
<td>QIAGEN</td>
<td>74104</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>TURBO DNA-free</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1907</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>mRNA-ONLY Prokaryotic mRNA Isolation Kit</td>
<td>kit</td>
<td>Epicentre</td>
<td>MOP51010/MOP51024</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MICROBExpress Bacterial mRNA Enrichment Kit</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1905</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MICROBEnrich kit</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1901</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MessageAmp II-Bacteria RNA Amplification Kit</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1790</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Universal RiboClone cDNA Synthesis System</td>
<td>kit</td>
<td>Promega</td>
<td>C4360</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Wizard DNA Clean-Up System</td>
<td>kit</td>
<td>Promega</td>
<td>A7280</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

analyzing gene expression from marine microbial communities using environmental transcriptomics

По аналогии с metagenomics, экологические транскриптомику (metatranscriptomics) получает и последовательностей мРНК из экологических микробных сборки без предварительного знания того, что гены сообщество могло бы быть выражение. Таким образом он обеспечивает самый объективный взгляд на сообщество экспрессии генов<em&gt; На месте</em&gt;. Экологические протоколы транскриптомику технически трудно, так как прокариотических мРНК как правило, не поли (А) хвосты, которые делают изоляцию эукариотических сообщения относительно простой<sup&gt; 1</sup&gt; И из-за относительно короткий период полураспада мРНК<sup&gt; 2</sup&gt;. Кроме того, мРНК гораздо менее распространены, чем рРНК в общей сложности экстракты РНК, таким образом, фон рРНК часто подавляет мРНК сигналов. Тем не менее, методы для преодоления некоторых из этих трудностей были недавно разработаны. Процедура анализа экологических transcriptomes путем создания клонов библиотеки с использованием случайных праймеров для обратной транскрипции и усиления экологического мРНК был недавно описан был успешным в двух различных природных средах, но результаты были настроены подбором случайных праймеров используется для инициации синтеза кДНК<sup&gt; 3</sup&gt;. Достижения в области линейного усиления мРНК устранить необходимость для случайных праймеров в усилении шагом и позволяет использовать меньше исходного материала уменьшения сбора и время обработки проб и таким образом минимизируя деградацию РНК<sup&gt; 4</sup&gt;.<em&gt; В пробирке</em&gt; Транскрипции методы для усиления мРНК привлекать polyadenylating мРНК и включения промоутер T7 на 3 конце стенограммы. Усиленный РНК (АРНА) может быть преобразовано в двухцепочечной кДНК с использованием случайных гексамеров и непосредственно путем последовательной пиросеквенирования<sup&gt; 5</sup&gt;. Первое использование этого метода на станции ALOHA продемонстрировала свою полезность для характеристики микробного сообщества экспрессии генов<sup&gt; 6</sup&gt;.

Watch this Scientific Journal Video about Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics at JoVE.com

Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics

Мы представляем способ генерации кДНК из экологических мРНК. В целом, общая РНК впервые собраны из окружающей среды, рРНК выборочно удалить, мРНК селективно усиливается, и кДНК синтезировали из пула мРНК обогащенного последовательности. Восстановленные последовательности могут быть аннотированный биоинформатики с использованием стандартных методов выявления выразил генов.

Анализ экспрессии генов из морских микробных сообществ использованием экологических транскриптомику

Analogous to metagenomics, environmental transcriptomics (metatranscriptomics) retrieves and sequences environmental mRNAs from a microbial assemblage ...

Research

JoVE Journal

Biology

Microbial Communities in Nature and Laboratory - Interview

Микробных сообществ в природе и лаборатории - Интервью

Biology of Microbial Communities  - Interview

Биология микробных сообществ - Интервью

Bacterial Gene Expression Analysis Using Microarrays

Бактериальный анализ экспрессии генов Использование Microarrays

The Preparation of Primary Hematopoietic Cell Cultures From Murine Bone Marrow for Electroporation

Подготовка первичных гемопоэтических клеточных культур из костного мозга мышей для Электропорация

It is becoming increasingly apparent that electroporation is the most effective way to introduce plasmid DNA or siRNA into primary cells. The Gene Pulser ...

Using the Gene Pulser MXcell Electroporation System to Transfect Primary Cells with High Efficiency

Использование генной Pulser MXcell Электропорация системы для трансфекции первичных элементов с высоким КПД

Using an Automated Cell Counter to Simplify Gene Expression Studies: siRNA Knockdown of IL-4 Dependent Gene Expression in Namalwa Cells

Использование автоматизированных счетчиков сотовый для упрощения исследования экспрессии генов: миРНК Нокдаун ИЛ-4 зависимости экспрессии генов в клетках Namalwa

The use of siRNA mediated gene knockdown is continuing to be an important tool in studies of gene expression.  siRNA studies are being conducted not only ...

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

В пробирке восстановление активность Т. castaneum Теломераза

Efforts to isolate the catalytic subunit of telomerase, TERT, in sufficient quantities for structural studies, have been met with limited success for more ...

Extraction of High Molecular Weight DNA from Microbial Mats

Добыча высокомолекулярных ДНК Вес от микробных матах

Successful and accurate analysis and interpretation of metagenomic data is dependent upon the efficient extraction  of high-quality, high molecular weight ...

Concentration of Metabolites from Low-density Planktonic Communities for Environmental Metabolomics using Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy

Концентрация метаболита с низкой плотностью планктонных сообществ экологической метаболомики использованием ядерного магнитного резонанса

Environmental metabolomics is an emerging field that is promoting new understanding in how organisms respond to and interact with the environment and each ...

Using SecM Arrest Sequence as a Tool to Isolate Ribosome Bound Polypeptides

Использование МЭСМ последовательности арест как средство изолировать Рибосома связанных полипептидов

Extensive research has provided ample evidences suggesting that protein folding in the cell is a co-translational process1-5. However, the exact pathway ...