Name: analyzing gene expression from marine microbial communities using environmental transcriptomics
Uploaded: 2009-02-18T00:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics at JoVE.com

Finansiering gavs av The Gordon och Betty Moore Foundation och National Science Foundation MCB-0.702.125.

Arbeta med RNA Eftersom RNaser finns överallt och mRNA snabb nedbrytning, standard försiktighetsåtgärder för att arbeta i en ribonukleas-fri miljö måste följas och prover bör behandlas eller bevaras så snart som möjligt efter insamlingen. Del 1: Environmental RNA Collection (för att samla in biomassa i 0,2-3,0 ìm Partikelstorleksfraktioner) Förbrukningsmaterial som behövs: Masterflex slang S...

<ol>
	<li>Liang, P., Pardee, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Science. 257 (5072), 967-967 (1992).</li><li>Belasco, J. G., Belasco, J. G., Brawerman, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+messenger+RNA+stability.">Control of messenger RNA stability.</a> , 3-11 (1993).</li><li>Poretsky, R. S., Bano, N., Buchan, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> 71 (7), 4121-4121 (2005).</li><li>Gelder, R. N. V., von Zastrow, M. E., Yool, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Natl. Acad. Sci. USA. 87 (5), 1663-1663 (1990).</li><li>Margulies, M., Egholm, M., Altman, W. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Nature. 437 (7057), 376-376 (2005).</li><li>Frias-Lopez, J., Shi, Y., Tyson, G. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Natl. Acad. Sci. USA. 105 (10), 3805-3805 (2008).</li><li>Poretsky, R. S., Hewson, I., Sun, S., Allen, A. E., Zehr, J. P., Moran, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Environ Microbiol. 11 (6), 1358-1375 (2009).</li></ol>

Undersökningen av genuttryck av naturliga mikrobiella samhällen har blivit vanligt på senare år som ett sätt att utforska den ekologiska roller och funktioner av mikroorganismer. Används i kombination med att upptäcka, kvantifiering och karakterisering av marina mikroorganismer kan analyser av genuttryck användas för att länka fylogeni att fungera i naturliga mikrobiella samhällen. Många metoder för inriktning funktionell genuttryck beroende på specifika prober eller ställer primer avsedd för gener känd...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>PowerSoil Bead Tubes</td>
<td>kit</td>
<td>MoBio</td>
<td>12866-25-PBT</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNeasy Mini Kit</td>
<td>kit</td>
<td>QIAGEN</td>
<td>74104</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>TURBO DNA-free</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1907</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>mRNA-ONLY Prokaryotic mRNA Isolation Kit</td>
<td>kit</td>
<td>Epicentre</td>
<td>MOP51010/MOP51024</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MICROBExpress Bacterial mRNA Enrichment Kit</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1905</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MICROBEnrich kit</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1901</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MessageAmp II-Bacteria RNA Amplification Kit</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1790</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Universal RiboClone cDNA Synthesis System</td>
<td>kit</td>
<td>Promega</td>
<td>C4360</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Wizard DNA Clean-Up System</td>
<td>kit</td>
<td>Promega</td>
<td>A7280</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

analyzing gene expression from marine microbial communities using environmental transcriptomics

Analogt med metagenomik, miljö transkriptomik (metatranscriptomics) hämtar och sekvenser miljö mRNA från en mikrobiell samling, utan kunskap om vilka gener samhället kan uttrycka. Således ger den mest objektiva perspektiv på samhället genuttryck<em&gt; På plats</em&gt;. Miljö transkriptomik protokoll är tekniskt svårt eftersom prokaryota mRNA allmänhet saknar poly (A) svans som gör att isolering av eukaryota meddelanden relativt enkel<sup&gt; 1</sup&gt; Och på grund av den relativt korta halveringstider av mRNA<sup&gt; 2</sup&gt;. Dessutom mRNA är mycket mindre förekommande än rRNAs totalt RNA extrakt, och därmed en rRNA bakgrunden överväldigar ofta mRNA signaler. Dock har tekniker för att övervinna några av dessa svårigheter nyligen utvecklats. Ett förfarande för analys av miljö-transcriptomes genom att skapa klon bibliotek med slumpmässiga primers till omvänd transkribera och förstärka miljö-mRNA har nyligen beskrivit var framgångsrik i två olika naturliga miljöer, men resultaten var partiska genom att välja det slumpmässiga primers som används för att initiera cDNA syntes<sup&gt; 3</sup&gt;. Framsteg inom linjär förstärkning av mRNA undanröja behovet av slumpmässiga primers i amplifieringssteg och göra det möjligt att använda mindre utgångsmaterial minska insamling och bearbetning tid av prover och därmed minimera RNA degradering<sup&gt; 4</sup&gt;.<em&gt; In vitro</em&gt; Transkription metoder för förstärkning mRNA innebära polyadenylating mRNA och utrustad med en T7 promotorn på 3 slutet av utskriften. Amplified RNA (ARNA) kan sedan omvandlas till dubbla strandsatta cDNA med hjälp av slumpmässiga hexamerer och direkt sekvenseras med Pyrosequencing<sup&gt; 5</sup&gt;. En första användning av denna metod på Station ALOHA visat sitt verktyg för att karakterisera mikrobiell uttryck gemenskap genen<sup&gt; 6</sup&gt;.

Watch this Scientific Journal Video about Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics at JoVE.com

Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics

Vi presenterar en metod för att generera cDNA från miljö-mRNA. I allmänhet är total RNA först samlades från omgivningen, är rRNA selektivt avlägsnas, mRNA är selektivt förstärks, och cDNA syntetiseras från anrikat mRNA poolen är kartlagt. Återvunna sekvenser kan förses med standard bioinformatiska metoder för att identifiera uttryck gener.

Analysera Gene Expression från Marine mikrobiella samhällen med Miljö transkriptomik

Analogous to metagenomics, environmental transcriptomics (metatranscriptomics) retrieves and sequences environmental mRNAs from a microbial assemblage ...

Research

JoVE Journal

Biology

Microbial Communities in Nature and Laboratory - Interview

Mikrobiella samhällen i naturen och Laboratory - Intervju

Biology of Microbial Communities  - Interview

Biologi mikrobiella samhällen - Intervju

Bacterial Gene Expression Analysis Using Microarrays

Bakteriell Gene Expression Analysis Använda Microarrays

The Preparation of Primary Hematopoietic Cell Cultures From Murine Bone Marrow for Electroporation

Beredningen av primära hematopoietisk cell kulturer från Murine Bone Marrow för elektroporation

It is becoming increasingly apparent that electroporation is the most effective way to introduce plasmid DNA or siRNA into primary cells. The Gene Pulser ...

Using the Gene Pulser MXcell Electroporation System to Transfect Primary Cells with High Efficiency

Använda Gene Pulser MXcell elektroporation System till transfektera primärceller med hög verkningsgrad

Using an Automated Cell Counter to Simplify Gene Expression Studies: siRNA Knockdown of IL-4 Dependent Gene Expression in Namalwa Cells

Hjälp av ett automatiserat celltalsräknare att förenkla Studier Gene Expression: siRNA Knockdown av IL-4 beroende genuttryck i Namalwa Cells

The use of siRNA mediated gene knockdown is continuing to be an important tool in studies of gene expression.  siRNA studies are being conducted not only ...

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

In vitro Beredning av Active T. castaneum Telomeras

Efforts to isolate the catalytic subunit of telomerase, TERT, in sufficient quantities for structural studies, have been met with limited success for more ...

Extraction of High Molecular Weight DNA from Microbial Mats

Utvinning av hög molekylvikt DNA från Microbial Mats

Successful and accurate analysis and interpretation of metagenomic data is dependent upon the efficient extraction  of high-quality, high molecular weight ...

Concentration of Metabolites from Low-density Planktonic Communities for Environmental Metabolomics using Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy

Koncentration av metaboliter från låg densitet Planktoniska gemenskapernas Miljö Metabolomics med Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy

Environmental metabolomics is an emerging field that is promoting new understanding in how organisms respond to and interact with the environment and each ...

Using SecM Arrest Sequence as a Tool to Isolate Ribosome Bound Polypeptides

Använda SecM Arrest sekvens som ett verktyg för Isolera ribosom Bundna Polypeptider

Extensive research has provided ample evidences suggesting that protein folding in the cell is a co-translational process1-5. However, the exact pathway ...