Name: analyzing gene expression from marine microbial communities using environmental transcriptomics
Uploaded: 2009-02-18T00:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics at JoVE.com

Finansman Gordon ve Betty Moore Vakfı hibe ve Ulusal Bilim Vakfı Hibe MCB-0702125 tarafından sağlanmıştır.

RNA ile Çalışmak RNases her yerde ve mRNA&#39;ların takip edilmeli ve örnekleri işleme ya da kısa sürede mümkün aşağıdaki topluluğu olarak korunması gereken bir Ribonükleaz ortamda çalışmak için, standart önlemlerin hızla düşmeye Çünkü. Bölüm 1: Çevre RNA Collection (0.2-3.0 mikron boyut fraksiyonunda biyokütle toplamak için tasarlanmış) Malzemeleri gerekli: Masterflex boru <br /...

<ol>
	<li>Liang, P., Pardee, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Science. 257 (5072), 967-967 (1992).</li><li>Belasco, J. G., Belasco, J. G., Brawerman, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+messenger+RNA+stability.">Control of messenger RNA stability.</a> , 3-11 (1993).</li><li>Poretsky, R. S., Bano, N., Buchan, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> 71 (7), 4121-4121 (2005).</li><li>Gelder, R. N. V., von Zastrow, M. E., Yool, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Natl. Acad. Sci. USA. 87 (5), 1663-1663 (1990).</li><li>Margulies, M., Egholm, M., Altman, W. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Nature. 437 (7057), 376-376 (2005).</li><li>Frias-Lopez, J., Shi, Y., Tyson, G. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Natl. Acad. Sci. USA. 105 (10), 3805-3805 (2008).</li><li>Poretsky, R. S., Hewson, I., Sun, S., Allen, A. E., Zehr, J. P., Moran, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Environ Microbiol. 11 (6), 1358-1375 (2009).</li></ol>

Gen ekspresyonu doğal mikrobiyal topluluklar tarafından soruşturma mikroorganizmaların ekolojik rolleri ve fonksiyonları keşfetmek için bir araç olarak son yıllarda yaygın hale gelmiştir. Deniz mikroorganizmaların tespiti, ölçme ve karakterizasyonu ile birlikte kullanıldığında, gen ekspresyon analizi, doğal mikrobiyal topluluklar fonksiyonu filogeni bağlantı kullanılabilir. Fonksiyonel gen ekspresyonu hedefleyen için pek çok teknikler dizisi bilinen genler için tasarlanmış spesifik problar vey...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>PowerSoil Bead Tubes</td>
<td>kit</td>
<td>MoBio</td>
<td>12866-25-PBT</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNeasy Mini Kit</td>
<td>kit</td>
<td>QIAGEN</td>
<td>74104</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>TURBO DNA-free</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1907</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>mRNA-ONLY Prokaryotic mRNA Isolation Kit</td>
<td>kit</td>
<td>Epicentre</td>
<td>MOP51010/MOP51024</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MICROBExpress Bacterial mRNA Enrichment Kit</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1905</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MICROBEnrich kit</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1901</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MessageAmp II-Bacteria RNA Amplification Kit</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1790</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Universal RiboClone cDNA Synthesis System</td>
<td>kit</td>
<td>Promega</td>
<td>C4360</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Wizard DNA Clean-Up System</td>
<td>kit</td>
<td>Promega</td>
<td>A7280</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

analyzing gene expression from marine microbial communities using environmental transcriptomics

Metagenomics benzer, çevre transkriptomik (metatranscriptomics) alır ve topluluk ifade ne olabilir genler hakkında önceden bilgi sahibi olmadan bir mikrobiyal birleşmesi dizileri çevre mRNA&#39;ların. Böylece toplum gen ekspresyonu en tarafsız bir bakış açısı sağlar<em&gt; In situ</em&gt;. Çevre transkriptomik protokolleri prokaryotik mRNA&#39;ların genellikle oldukça basit bir ökaryotik mesajları izolasyonu poli (A) kuyrukları eksikliği bu yana teknik olarak zor<sup&gt; 1</sup&gt; Çünkü mRNA&#39;ların nispeten kısa yarım hayatımızın<sup&gt; 2</sup&gt;. Buna ek olarak, mRNA&#39;ların toplam RNA özleri rRNA göre çok daha az bol, böylece bir rRNA arka plan genellikle mRNA sinyalleri bunaltıyor. Ancak, bu zorlukların üstesinden gelmek için teknikleri geliştirilmiştir. Ters yazıya ve çevresel mRNA&#39;ların yükseltmek için rastgele primerler kullanılarak klon kütüphaneler oluşturarak çevresel transcriptomes analiz için bir prosedür son zamanlarda iki farklı doğal ortamlarda başarılı oldu tarif edilmiştir, ancak sonuçları cDNA sentezi başlatmak için kullanılan rastgele primerler seçimi önyargılı<sup&gt; 3</sup&gt;. MRNA doğrusal amplifikasyon gelişmeler amplifikasyon adımda rastgele primerler için ihtiyaç bırakmayacak ve mümkün numune toplama ve işleme süresini azaltarak ve böylece RNA bozulması en aza indirerek daha az başlangıç ​​materyali kullanmak<sup&gt; 4</sup&gt;.<em&gt; In vitro</em&gt; Yükseltme mRNA transkripsiyon yöntemleri mRNA polyadenylating ve transkript, 3 ucuna bir T7 organizatörü içeren içerir. Amplifiye RNA (Arna) pyrosequencing sonra rastgele hekzamer kullanarak mahsur cDNA çift dönüştürülecek ve doğrudan sıralı.<sup&gt; 5</sup&gt;. Bu yöntemin ilk kullanımı İstasyonu ALOHA mikrobiyal topluluğun gen ekspresyonu tanımlamak için kendi programını gösterdi<sup&gt; 6</sup&gt;.

Watch this Scientific Journal Video about Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics at JoVE.com

Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics

Biz çevre mRNA cDNA üreten için bir yöntem sunuyoruz. Genel olarak, toplam RNA ilk çevreden toplanan, rRNA seçici kaldırılır mRNA seçici yükseltilir ve zenginleştirilmiş mRNA havuzu sentezlenen cDNA dizisi. Kurtarılan dizileri ifade genleri tanımlamak için standart biyoinformatik teknikleri kullanarak açıklamalı olabilir.

Çevre transkriptomik kullanarak Deniz Mikrobiyal Toplulukları Gen İfade Analizi

Analogous to metagenomics, environmental transcriptomics (metatranscriptomics) retrieves and sequences environmental mRNAs from a microbial assemblage ...

Research

JoVE Journal

Biology

Microbial Communities in Nature and Laboratory - Interview

Doğa ve Laboratuvar Mikrobiyal Toplulukları - Röportaj

Biology of Microbial Communities  - Interview

Mikrobiyal Toplulukları Biyoloji - Röportaj

Bacterial Gene Expression Analysis Using Microarrays

Bakteriyel Gen İfadesi Analizi Mikroarray&#39;ler Kullanımı

The Preparation of Primary Hematopoietic Cell Cultures From Murine Bone Marrow for Electroporation

Hazırlık Elektroporasyon murin Kemik İliği itibaren İlköğretim Hematopoetik Hücre Kültürleri

It is becoming increasingly apparent that electroporation is the most effective way to introduce plasmid DNA or siRNA into primary cells. The Gene Pulser ...

Using the Gene Pulser MXcell Electroporation System to Transfect Primary Cells with High Efficiency

Yüksek Verimli Primer Hücre Transfect Gen Verici MXcell Elektroporasyon Sistemi

Using an Automated Cell Counter to Simplify Gene Expression Studies: siRNA Knockdown of IL-4 Dependent Gene Expression in Namalwa Cells

Gen İfadesi Çalışmaları basitleştirin Otomatik Hücre Sayıcı kullanma: Namalwa Hücreler IL-4 Bağımlı Gen İfadesi siRNA demonte

The use of siRNA mediated gene knockdown is continuing to be an important tool in studies of gene expression.  siRNA studies are being conducted not only ...

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

Active T. in vitro Sulandırma castaneum Telomeraz

Efforts to isolate the catalytic subunit of telomerase, TERT, in sufficient quantities for structural studies, have been met with limited success for more ...

Extraction of High Molecular Weight DNA from Microbial Mats

Mikrobiyal Paspas Yüksek Moleküler Ağırlıklı DNA çıkarımı

Successful and accurate analysis and interpretation of metagenomic data is dependent upon the efficient extraction  of high-quality, high molecular weight ...

Concentration of Metabolites from Low-density Planktonic Communities for Environmental Metabolomics using Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy

Nükleer Manyetik Rezonans Spektroskopisi ile Çevre metabolomik için düşük yoğunluklu Planktonik topluluklardan Metabolitlerinin Konsantrasyon

Environmental metabolomics is an emerging field that is promoting new understanding in how organisms respond to and interact with the environment and each ...

Using SecM Arrest Sequence as a Tool to Isolate Ribosome Bound Polypeptides

Ribozom Ciltli Polipeptitler izole bir aracı olarak SECM Tutuklanma sırası kullanılarak

Extensive research has provided ample evidences suggesting that protein folding in the cell is a co-translational process1-5. However, the exact pathway ...