Name: vaccinia virus infection &amp; temporal analysis of virus gene expression: part 2
Uploaded: 2009-04-10T00:00:00
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व्हाइटहेड संस्थान अध्येता फंड

भाग 1: शाही सेना से सीडीएनए संश्लेषण <ol><li> Ambion एमिनो एलिल MessageAmp द्वितीय किट का उपयोग करने से पहले, धोने बफ़र्स के लिए की सिफारिश की मात्रा 100% इथेनॉल जोड़ें. </li><li> पीसीआर प्रतिक्रिया ट्यूब में 100ng बीच T7 oligo प्राइमर (...

<ol>
	<li>Rubins, K. H., Hensley, L. E., Bell, G. W., Wang, C., Lefkowitz, E. J., Brown, P. O., Relman, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+analysis+of+viral+gene+expression+programs+during+poxvirus+infection:+a+transcriptional+map+of+the+vaccinia+and+monkeypox+genomes.">Comparative analysis of viral gene expression programs during poxvirus infection: a transcriptional map of the vaccinia and monkeypox genomes.</a> PLoS ONE. 3 (7), e2628-e2628 (2008).</li><li>Assarsson, E., Greenbaum, J. A., Sundstr&#246;m, M., Schaffer, L., Hammond, J. A., Pasquetto, V., Oseroff, C., Hendrickson, R. C., Lefkowitz, E. J., Tscharke, D. C., Sidney, J., Grey, H. M., Head, S. R., Peters, B., Sette, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Kinetic+analysis+of+a+complete+poxvirus+transcriptome+reveals+an+immediate-early+class+of+genes.">Kinetic analysis of a complete poxvirus transcriptome reveals an immediate-early class of genes.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. 105 (6), 2140-2145 (2008).</li><li>Satheshkumar, P. S., Moss, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Poxvirus+transcriptome+analysis.">Poxvirus transcriptome analysis.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105, E62-E62 (2008).</li><li>Assarsson, E., Greenbaum, J. A., Sundstr&#246;m, M., Schaffer, L., Hammond, J. A., Pasquetto, V., Oseroff, C., Hendrickson, R. C., Lefkowitz, E. J., Tscharke, D. C., Sidney, J., Grey, H. M., Head, S. R., Peters, B., Sette, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A.+Reply+to+Satheshkumar+and+Moss:+Poxvirus+transcriptome+analysis.">A. Reply to Satheshkumar and Moss: Poxvirus transcriptome analysis.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105, E63-E64 (2008).</li><li>Guerra, S., L&#243;pez-Fern&#225;ndez, L. A., Pascual-Montano, A., Mu&#241;oz, M., Harshman, K., Esteban, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cellular+gene+expression+survey+of+vaccinia+virus+infection+of+human+HeLa+cells.">Cellular gene expression survey of vaccinia virus infection of human HeLa cells.</a> J Virol. 77 (11), 6493-6506 (2003).</li><li>Guerra, S., L&#243;pez-Fern&#225;ndez, L. A., Conde, R., Pascual-Montano, A., Harshman, K., Esteban, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microarray+analysis+reveals+characteristic+changes+of+host+cell+gene+expression+in+response+to+attenuated+modified+vaccinia+virus+Ankara+infection+of+human+HeLa+cells.">Microarray analysis reveals characteristic changes of host cell gene expression in response to attenuated modified vaccinia virus Ankara infection of human HeLa cells.</a> J Virol. 78 (11), 5820-5824 (2004).</li><li>Guerra, S., L&#243;pez-Fern&#225;ndez, L. A., Pascual-Montano, A., N&#225;jera, J. L., Zaballos, A., Esteban, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Host+response+to+the+attenuated+poxvirus+vector+NYVAC:+upregulation+of+apoptotic+genes+and+NF-kappaB-responsive+genes+in+infected+HeLa+cells.">Host response to the attenuated poxvirus vector NYVAC: upregulation of apoptotic genes and NF-kappaB-responsive genes in infected HeLa cells.</a> J Virol. 80 (2), 985-998 (2006).</li><li>Guerra, S., N&#225;jera, J. L., Gonz&#225;lez, J. M., L&#243;pez-Fern&#225;ndez, L. A., Climent, N., Gatell, J. M., Gallart, T., Esteban, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinct+gene+expression+profiling+after+infection+of+immature+human+monocyte-derived+dendritic+cells+by+the+attenuated+poxvirus+vectors+MVA+and+NYVAC.">Distinct gene expression profiling after infection of immature human monocyte-derived dendritic cells by the attenuated poxvirus vectors MVA and NYVAC.</a> 81 (16), 8707-8721 (2007).</li></ol>

गंभीर कदम प्रवर्धन के एक दूसरे दौर सरणी डेटा में biases के रूप में देखा गया है की सलाह नहीं दी है. प्रत्येक enzymatic कदम (1 सेंट और 2 एन डी कतरा सीडीएनए संश्लेषण, IVT) पर ध्यान मिश्रण अच्छा प्रवर्धन प?...

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		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
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		<tbody>
		
<tr>
<td>Amino Allyl MessageAmp II aRNA amplification kit</td>
<td>Reagent</td>
<td>Applied Biosystems</td>
<td>AM1753</td>
<td>For 20 reactions</td>
</tr>
<tr>
<td>Amino Allyl MessageAmp II aRNA amplification kit</td>
<td>Reagent</td>
<td>Applied Biosystems</td>
<td>AM1821</td>
<td>For 100 reactions, in a 96-well format</td>
</tr>
<tr>
<td>NanoDrop ND-1000 UV-VIS spectrophotometer</td>
<td>Other</td>
<td>NanoDrop</td>
<td>ND-1000</td>
<td>Or equivalent spectrophotometer</td>
</tr>		</tbody>
		</table>
		</div>

vaccinia virus infection &amp; temporal analysis of virus gene expression: part 2

परिवार<em&gt; Poxviridae</em&gt; बड़े डबल असहाय डीएनए वायरस है कि संक्रमित कोशिकाओं के cytoplasm में विशेष रूप से को दोहराने वाले होते हैं. के सदस्य<em&gt; Orthopox</em&gt; जीनस शामिल शीतला, मानव चेचक की प्रेरणा का एजेंट, monkeypox, और चेचक (VAC), वायरस परिवार के prototypic सदस्य. अपेक्षाकृत बड़े (~ 200 केबी) चेचक जीनोम के भीतर जीनों के तीन वर्गों में इनकोड किया गया है: जल्दी, मध्यवर्ती, और देर. जबकि सभी तीन वर्गों virally इनकोडिंग शाही सेना पोलिमेरासिज़ द्वारा लिखित हैं, प्रत्येक वर्ग वायरस के जीवन चक्र में एक अलग समारोह में कार्य करता है. Poxviruses संक्रमण के दौरान मेजबान सेलुलर पर्यावरण के मॉडुलन के लिए कई रणनीतियों का उपयोग. आदेश में समझने के लिए दोनों मेजबान और वायरस के जीन अभिव्यक्ति के विनियमन के लिए, हम जीनोम चौड़ा दृष्टिकोण का उपयोग किया है दोनों वायरस और मेजबान कोशिकाओं से प्रतिलेख बहुतायत का विश्लेषण. यहाँ, हम समय चेचक वायरस और नमूने शाही सेना के साथ कई बार के बाद संक्रमण बिंदुओं पर HELA कोशिकाओं के पाठ्यक्रम संक्रमण प्रदर्शित करता है. दोनों मेजबान और वायरल कुल शाही सेना और अलग है और जीन अभिव्यक्ति के विश्लेषण के लिए प्रोटीन के संकरण के लिए प्रवर्धित.

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Vaccinia Virus Infection & Temporal Analysis of Virus Gene Expression: Part 2

चेचक संक्रमण और कोशिकाओं मेजबान और वायरल जीन की अभिव्यक्ति के HeLa के विश्लेषण के लिए प्रोटोकॉल. 3 के भाग 2.

चेचक वायरस के संक्रमण और वायरस जीन एक्सप्रेशन के टेम्पोरल विश्लेषण: भाग 2

The family Poxviridae consists of large double-stranded DNA containing viruses that replicate exclusively in the cytoplasm of infected cells.  Members of ...

Research

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Biology

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It is becoming increasingly apparent that electroporation is the most effective way to introduce plasmid DNA or siRNA into primary cells. The Gene Pulser ...

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Using the Gene Pulser MXcell Electroporation System to Transfect Primary Cells with High Efficiency

जीन Pulser MXcell electroporation प्रणाली का उपयोग करने के लिए उच्च क्षमता के साथ प्राथमिक कोशिकाओं transfect

Using an Automated Cell Counter to Simplify Gene Expression Studies: siRNA Knockdown of IL-4 Dependent Gene Expression in Namalwa Cells

एक स्वचालित सेल काउंटर का उपयोग करने के लिए जीन एक्सप्रेशन अध्ययन सरल: आईएल-4 निर्भर जीन एक्सप्रेशन के Namalwa कक्ष में siRNA नॉकडाउन

The use of siRNA mediated gene knockdown is continuing to be an important tool in studies of gene expression.  siRNA studies are being conducted not only ...

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

सक्रिय टी. के पुनर्गठन इन विट्रो में castaneum टेलोमिरेज

Efforts to isolate the catalytic subunit of telomerase, TERT, in sufficient quantities for structural studies, have been met with limited success for more ...

Agrobacterium-Mediated Virus-Induced Gene Silencing Assay In Cotton

Agrobacterium की मध्यस्थता वायरस प्रेरित कपास जीन का मुंह बंद परख

Cotton (Gossypium hirsutum) is one of the most important crops worldwide. Considerable efforts have been made on molecular breeding of new varieties.  The ...

Chemically-blocked Antibody Microarray for Multiplexed High-throughput Profiling of Specific Protein Glycosylation in Complex Samples

रासायनिक अवरुद्ध जटिल नमूने में मल्टिप्लेक्स उच्च throughput विशिष्ट प्रोटीन ग्लाइकोसिलेशन की रूपरेखा के लिए एंटीबॉडी माइक्रोएरे

 In this study, we describe an effective protocol for use in a multiplexed high-throughput antibody microarray with glycan binding protein detection that ...

The MultiBac Protein Complex Production Platform at the EMBL

EMBL में MultiBac प्रोटीन परिसर उत्पादन प्लेटफार्म

Proteomics  research revealed the impressive complexity of eukaryotic proteomes in  unprecedented detail. It is now a commonly accepted notion that ...