Name: processing the loblolly pine ptgen2 cdna microarray
Uploaded: 2009-03-20T00:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Processing the Loblolly Pine PtGen2 cDNA Microarray at JoVE.com

תיוג, הכלאה, ופרוטוקולים כביסה בזאת להכיל כמה שינויים אלה פיתחה בעבר ואילו במכון לחקר הגנום (TIGR), ד&quot;ר שון לוי ב microarray ונדרבילט משאבים משותפים (VMSR) על ידי ד&quot;ר י Quackenbush, וד&quot;ר רוב אלבה תוך תומפסון בויס המכון, (BTI) מאוניברסיטת קורנל.

(הערה סעיפים 1-4 לא הפגינו וידאו) הכנת סיי שכותרתו יעד cDNA להלן פרוטוקול אנו משתמשים לסינתזה cDNA של אורן loblolly RNA סך תיוג עקיף cDNA microarray לפני הכלאות. למרות כמה לא טריוויאלי שינויים נעשו, להלן פרוטוקול...

<ol>
	<li>Lorenz, W. W., Sun, F., Liang, C., Kolychev, D., Wang, H., Zhao, X., Cordonnier-Pratt, M. M., Pratt, L. H., Dean, J. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Water+stress-responsive+genes+in+loblolly+pine+(Pinus+taeda)+roots+identified+by+analyses+of+expressed+sequence+tag+libraries.">Water stress-responsive genes in loblolly pine (Pinus taeda) roots identified by analyses of expressed sequence tag libraries.</a> Tree Physiol. 26, 1-16 (2006).</li><li>Lorenz, W. W., Dean, J. F. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> unpublished data. , .</li><li>Hegde, P., Qi, R., Abernathy, K., Gay, C., Dharap, S., Gaspard, R., Hughes, J. E., Snesrud, E., Lee, N., Quackenbush, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+concise+guide+to+cDNA+microarray+analysis.">A concise guide to cDNA microarray analysis.</a> Biotechniques. 29, 548-562 (2000).</li><li>Alba, R., Fei, Z., Payton, P., Liu, Y., Moore, S. L., Debbie, P., Cohn, J., D'Ascenzo, M., Gordon, J. S., Rose, J. K. C., Martin, G., Tanksley, S. D., Bouzayen, M., Molly, M., Jahn, M. M., Giovannoni, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ESTs,+cDNA+microarrays,+and+gene+expression+profiling:+tools+for+dissecting+plant+physiology+and+development.">ESTs, cDNA microarrays, and gene expression profiling: tools for dissecting plant physiology and development.</a> The Plant Journal. 39, 697-714 (2004).</li><li>Lorenz, W. W., Simões, M., Miguel, C., Dean, J. F. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+Gene+Expression+changes+in+Pinus+species+using+a+Loblolly+pine+cDNA+microarray.">Analysis of Gene Expression changes in Pinus species using a Loblolly pine cDNA microarray.</a> IUFRO-CTIA 2008 Joint Conference. , (2008).</li><li>Simões, M., Lorenz, W. W., Alba, A., Gonçalves, S., Dean, J., Miguel, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+gene+expression+analysis+during+P.+pinaster+embryo+development.">Global gene expression analysis during P. pinaster embryo development.</a> 7th Plant Genomics European Meeting. , (2008).</li></ol>

PtGen2 היא פיתחה לאחרונה, cDNA microarray מותאם אישית נועד לשמש בעיקר על ידי הקהילה אורן loblolly מחקר. תוצאות ראשוניות שנוצר עד כה הראו את מערך להיות כלי חשוב בהערכת תעתיק אירועים המתרחשים בתגובה ללחץ בצורת, כמו גם ניטור השינויים המתרחשים במהלך התפתחות העובר בתוך הימי אורן, Pinus p...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Pre-hybridization Buffer</td>
<td>Buffer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>5X SSC, 0.1% SDS, 1% BSA</td>
</tr>
<tr>
<td>Hybridization Buffer</td>
<td>Buffer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>30% formamide, 5X SSC, 5X Denhardt&#x2019;s, 1% PolyA RNA (Invitrogen, POLYA.GF), 0.1% SDS</td>
</tr>
<tr>
<td>Wash Solution #1</td>
<td>Buffer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>1X SSC, 0.2% SDS, preheat to 43&deg;C</td>
</tr>
<tr>
<td>Wash Solution #2</td>
<td>Buffer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>0.1X SSC, 0.2% SDS</td>
</tr>
<tr>
<td>Wash Solution #3</td>
<td>Buffer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>0.1X SSC</td>
</tr>
<tr>
<td>Isopropyl Alcohol</td>
<td>Reagent</td>
<td>Sigma Aldrich</td>
<td>34959-2.5L</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>50mL Conical Tubes</td>
<td>Other</td>
<td>Falcon&#x2122;</td>
<td>352070</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>15mL Conical Tubes</td>
<td>Other</td>
<td>Falcon&#x2122;</td>
<td>352196</td>
<td>Use this or a similar cap placed at the bottom of each 50mL conical tube during centrifugation</td>
</tr>
<tr>
<td>Coplin Jar</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Wheaton&#x2122;</td>
<td>900520</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Staining Dish & Rack </td>
<td>Other</td>
<td>Wheaton&#x2122;</td>
<td>900200</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Albumin from bovine serum (BSA)</td>
<td>Other</td>
<td>Sigma&#x2122;</td>
<td>A-9418</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>PolyA RNA</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen&#x2122;</td>
<td>POLYA.GF</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>SuperScriptTM Indirect cDNA Labeling </td>
<td>Kit</td>
<td>Invitrogen&#x2122;</td>
<td>L1014-02</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Turbo DNase</td>
<td>Kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1907</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>System</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Cy-5 Dye</td>
<td>Reagent</td>
<td>GE&#x2122;</td>
<td>PA25001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Cy-3 Dye</td>
<td>Reagent</td>
<td>GE&#x2122;</td>
<td>PA23001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>LifterSlips&trade;</td>
<td>Other</td>
<td>Erie Scientific Company&#x2122; </td>
<td>25X601</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>HybChambers</td>
<td>Equipment</td>
<td>GeneMachines</td>
<td>JHYB200003</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

processing the loblolly pine ptgen2 cdna microarray

PtGen2 הוא cDNA microarray 26,496 תכונה המכיל מוגבר אורן ESTs loblolly. מערך מיוצר במעבדה שלנו לשימוש על ידי חוקרים לומד ביטוי גנים במינים כוניפאר אורן אחרים. PtGen2 פותחה בעקבות גילוי הגן שלנו מאמצים אורן loblolly, והוא מורכב רצפים מזוהים בעיקר לרקמות השורש, אלא גם מן המחט גזע. 1,2 PtGen2 נבדק על ידי והכלאה שונים סיי-צבע שכותרתו cDNAs כוניפאר היעד , הן באמצעות מוגבר ולא מוגבר בשיטות תיוג עקיף, נבדק גם עם מספר תנאים הכלאה ושטיפת. וידאו זה מתמקד בטיפול ועיבוד של שקופיות לפני ואחרי הכלאה מראש, כמו גם לאחר הכלאה, בעזרת כמה שינויים הנהלים שפותחו בעבר. 3,4 כמו כן, בצורת טקסט בלבד, הם הפרוטוקולים המשמשים הדור, תיוג ולנקות של cDNA של היעד, כמו גם מידע על תוכנה המשמשת לעיבוד נתונים במורד הזרם. PtGen2 מודפס עם חיץ להדפיס קניינית המכילה ריכוזים גבוהים של מלח זה יכול להיות קשה להסיר לחלוטין. השקופיות נשטפים הראשון לפתרון SDS חמים לפני הכלאה מראש. לאחר הכלאה מראש, השקופיות נשטפים במרץ כמה שינויים של מים כדי להשלים את הסרת מלחים הנותרים. LifterSlips ™ מנקים אז וממוקמים על השקופיות ומסומן cDNA נטען בזהירות בדרך של פעולה נימי המספק להפצה גם של המדגם על פני השקופית על microarray, ומקטין את הסיכוי ההתאגדות בועה. הכלאה של מטרות למערך נעשית על 48 מעלות צלזיוס בתנאי לחות גבוהה. לאחר ההכלאה, בסדרה של שוטף רגיל נעשים על 53 מעלות צלזיוס בטמפרטורת החדר במשך פעמים המורחבת. עיבוד PtGen2 שקופיות באמצעות טכניקה זו מפחיתה מלח SDS-derived חפצים נראים לעתים קרובות כאשר מערך מעובד פחות קפדני. והכלאה מטרות הנגזרות מספר מקורות שונים כוניפאר RNA, פרוטוקול זה הניב ממצאים פחות עיבוד, רקע מופחת, ובלבד עקביות טוב יותר בין קבוצות הניסוי שונים של מערכים.

Watch this Scientific Journal Video about Processing the Loblolly Pine PtGen2 cDNA Microarray at JoVE.com

Processing the Loblolly Pine PtGen2 cDNA Microarray

CDNA microarray PtGen2 פותחה ללימודי ביטוי גנים אורן loblolly,<em&gt; פ &#39; taeda</em&gt;, כוניפאר ומינים אחרים. כאן, אנו מציגים טרום ופוסט הכלאה הטיפול כביסה טכניקות שיכולות לשמש עם מערך זה להניב יותר עקביות, חפצים מופחת, ועל רקע נמוך.

עיבוד פיין Loblolly PtGen2 cDNA microarray

PtGen2 is a 26,496 feature cDNA microarray containing amplified loblolly pine ESTs.  The array is produced in our laboratory for use by researchers ...

Research

JoVE Journal

Biology

Gibberella zeae Ascospore Production and Collection for Microarray Experiments.

Gibberella zeae Ascospore ייצור אוסף לניסויים microarray.

Fusarium graminearum Schwabe (teleomorph Gibberella zeae) is a plant pathogen causing scab disease on wheat and barley that reduces crop yield and grain ...

The Microfluidic Probe: Operation and Use for Localized Surface Processing

בדיקה Microfluidic: מבצע ושימוש לעיבוד Surface לוקליזציה

Microfluidic devices allow assays to be performed using minute amounts of sample and have recently been used to control the microenvironment of cells. ...

RNA Isolation from Embryonic Zebrafish and cDNA Synthesis for Gene Expression Analysis

RNA סינתזה ניתוק מן דג הזברה cDNA עובריים עבור ניתוח ביטוי גנים

Many important and complex laboratory procedures require an input of high quality, intact RNA.  A degraded sample or the presence of impurities can lead ...

Global Gene Expression Analysis Using a Zebrafish Oligonucleotide Microarray Platform

Gene Expression גלובל ניתוח באמצעות פלטפורמה דג הזברה microarray oligonucleotide

Gene microarray technology permits quantitative measurement and gene expression profiling of transcript levels on a genome-wide basis. Gene microarray ...

Digital Microfluidics for Automated Proteomic Processing

מיקרופלואידיקה דיגיטלי עבור עיבוד אוטומטי proteomic

Clinical proteomics has emerged as an important new discipline, promising the discovery of biomarkers that will be useful for early diagnosis and ...

An Improved Method of RNA Isolation from Loblolly Pine (P. taeda L.) and Other Conifer Species

An Improved Method of RNA Isolation from Loblolly Pine P. taeda L. and Other Conifer Species

שיטה משופרת של בידוד RNA מן אורן Loblolly ( פ &#39; taeda ל) ומינים אחרים Conifer

Tissues isolated from conifer species, particularly those belonging to the Pinaceae family, such as loblolly pine (Pinus taeda L.), contain high ...

Microarray Analysis for Saccharomyces cerevisiae

Microarray Analysis for Saccharomyces cerevisiae

Microarray ניתוח עבור Saccharomyces cerevisiae</em

In this protocol, gene expression in yeast (Saccharomyces cerevisiae) is changed after exposure to oxidative stress induced by the addition of hydrogen ...

Performing Custom MicroRNA Microarray Experiments

ביצוע ניסויים אישית microarray MicroRNA

microRNAs (miRNAs) are a large family of &tilde; 22 nucleotides (nt) long RNA molecules that are widely expressed in eukaryotes 1.  Complex genomes encode ...

Analysis of RNA Processing Reactions Using Cell Free Systems: 3' End Cleavage of Pre-mRNA Substrates in vitro

Analysis of RNA Processing Reactions Using Cell Free Systems: 3' End Cleavage of Pre-mRNA Substrates in vitro

ניתוח של תגובות RNA עיבוד באמצעות מערכות חינם ניידים: 3 &#39;סוף המחשוף של Pre-mRNA מצעים<em&gt; במבחנה</em

The 3&#8217; end of mammalian mRNAs is not formed by abrupt termination of transcription by RNA polymerase II (RNPII). Instead, RNPII synthesizes ...

A Sectioning, Coring, and Image Processing Guide for High-Throughput Cortical Bone Sample Procurement and Analysis for Synchrotron Micro-CT

מדריך מקטעים, קורינג ועיבוד תמונה לרכש וניתוח מדגם עצם קליפת המוח בעל תפוקה גבוהה עבור מיקרו-CT של Synchrotron

Bone is a dynamic and mechanically active tissue that changes in structure over the human lifespan. The products of the bone remodeling process have been ...