Name: a high-throughput method to globally study the organelle morphology in s. cerevisiae
Uploaded: 2009-03-02T00:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A high-throughput method to globally study the organelle morphology in S. cerevisiae at JoVE.com

<p class="jove_content"> Dit werk werd ondersteund door de biotechnologie en biologische wetenschappen Research Council (subsidie ​​31/C15982), de Canadese Institutes of Health Research, de Canada Foundation for Innovation, de British Columbia Kennis Ontwikkeling, het Michael Smith Foundation for Health Research (te verlenen aan CJR Loewen) en Fight For Sight. </p>

<p class="jove_title"> Materialen en methoden: </p><ol><li> Giststammen: <ul><li> Acp1-GFP (GFP:: Zijn): C-terminale GFP-tagging van Acp1 werd gegenereerd door een PCR-gemedieerde homologe recombinatie met behulp van plasmide pKT128 (bevat GFP en <em>HIS5).</em> Positieve transformanten werden bevestigd door confocale microscopie en kolonie PCR. De stam achtergrond was BY7043 (MAT alpha can1Δ:: STE2pr-lue2 lyp1Δ his3Δ1 leu2Δ0 ura3Δ0 met15Δ0) uit Boone lab (Tong en Boone, 2006). </li><li> Deletiemutant Array (DMA) (xxx:: KanR): het is een ...

<ol>
	<li>Amberg, D. C., Burke, D., Strathern, J. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>Methods in yeast genetics : a Cold Spring Harbor Laboratory course manual</em>. , (2005).</li><li>Tong, A. H., Boone, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthetic+genetic+array+analysis+in+Saccharomyces+cerevisiae.">Synthetic genetic array analysis in Saccharomyces cerevisiae.</a> <em style='font-style: italic'>Methods Mol Biol</em>. <b>313</b>, 171-192 (2006).</li></ol>

<p class="jove_content"> Deze methode kan efficiënt te voorzien van een mitochondriale marker, Acp1-GFP in verschillende mutant achtergronden. Zij baseert zich op het gebruik van een robotsysteem, en kan gemakkelijk aangenomen voor gebruik met een robotsysteem. Deze procedure kan ook worden gebruikt voor het opnemen van andere soorten markers. Bijvoorbeeld, om te visualiseren ER, we regelmatig gebruik maken van de marker ERG11-GFP. In onze representatieve beelden, een mutant en een wild-type met de Acp1-GFP maker werden visualiz ed door confoc...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>SGA media</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>The growth media (YPD) and synthetic dropout media (SD) including LRK and LHRK, and enriched sporulation media used in this protocol is routinely used in yeast molecular biology. Please refer to Methods in Yeast (Amberg et al., 2005) for detailed descriptions.</td>
</tr>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

a high-throughput method to globally study the organelle morphology in s. cerevisiae

<p class="jove_content">High-throughput methoden voor het eiwit lokalisatie of organel morfologie te onderzoeken is een effectief instrument voor het bestuderen van eiwit-interacties en kan helpen om een ​​uitgebreide kennis van de moleculaire pathways. In Saccharomyces cerevisiae, met de ontwikkeling van de niet-essentiële gendeletie array, kunnen we wereldwijd de studie van de morfologie van de verschillende organellen zoals het endoplasmatisch reticulum (ER) en de mitochondriën met behulp van GFP (of variant)-merkers in de verschillende genen achtergronden. Echter, waarin GFP markers in elke afzonderlijke mutant is individueel een arbeidsintensief proces. We beschrijven hier een procedure die routinematig gebruikt wordt in ons laboratorium. Door het gebruik van een robotsysteem voor high-density gist arrays en drugs selectie technieken te behandelen, kunnen we aanzienlijk verkorten van de tijd die nodig is en de verbetering van de reproduceerbaarheid. Kortom, steken we een GFP-gelabelde mitochondriale marker (Apc1-GFP) om een ​​hoge dichtheid array van 4672 niet-essentiële genen deletiemutanten door robotachtige replica pinnen. Door middel van diploïde selectie, sporulatie, kiemkracht en dubbele marker selectie, we herstellen beide allelen. Als gevolg daarvan, elk haploïde enkele mutant bevat Apc1-GFP opgenomen in zijn genomische locus. Nu kunnen we de studie van de morfologie van de mitochondria in alle niet-essentiële mutant achtergrond. Met behulp van deze high-throughput benadering, kunnen we gemakkelijk bestuderen en af ​​te bakenen van de paden en genen die betrokken zijn bij de erfenis en de vorming van organellen in een genoom-brede setting.</p>

Watch this Scientific Journal Video about A high-throughput method to globally study the organelle morphology in S. cerevisiae at JoVE.com

A high-throughput method to globally study the organelle morphology in S. cerevisiae

<p class="jove_content">GFP-fusie-eiwitten worden op grote schaal gebruikt om de organellen visualiseren door confocale microscopie. Echter, screening voor mutaties die de morfologie van organellen invloed vereist in het algemeen individueel mutagenese en is tijdrovend. Hier tonen we een methode om simultaan te nemen organel-GFP markers in bijna 5.000 niet-essentiële genen in gist.</p>

Een high-throughput methode om wereldwijd de studie van de morfologie organel in S. cerevisiae

High-throughput methods to examine protein localization or organelle morphology is an effective tool for studying protein interactions and can help ...

Research

JoVE Journal

Biology

Assay for Adhesion and Agar Invasion in S. cerevisiae

Test voor Adhesie en Agar invasie in S. cerevisiae

Yeasts are found in natural biofilms, where many microorganisms colonize surfaces. In artificial environments, such as surfaces of man-made objects, ...

Testing Visual Sensitivity to the Speed and Direction of Motion in Lizards

Het testen van visuele gevoeligheid voor de snelheid en richting van de beweging in Lizards

Testing visual sensitivity in any species provides basic information regarding behaviour, evolution, and ecology. However, testing specific features of ...

Identification of protein complexes with quantitative proteomics in S. cerevisiae

Identificatie van eiwit-complexen met kwantitatieve proteomics in S. cerevisiae

Lipids are the building blocks of cellular membranes that function as barriers and in compartmentalization of cellular processes, and recently, as ...

Hi-C: A Method to Study the Three-dimensional Architecture of Genomes.

Hi-C: een methode om de driedimensionale architectuur van genoom-onderzoek.

The three-dimensional folding of chromosomes compartmentalizes the genome and and can bring distant functional elements, such as promoters and enhancers, ...

A High Throughput <em>in situ</em> Hybridization Method to Characterize mRNA Expression Patterns in the Fetal Mouse Lower Urogenital Tract

A High Throughput in situ Hybridization Method to Characterize mRNA Expression Patterns in the Fetal Mouse Lower Urogenital Tract

Een High Throughput<em> In situ</em> Hybridisatie Methode om mRNA expressie patronen karakteriseren in de Fetal Mouse lagere urogenitale tractus

Development of the lower urogenital tract (LUT) is an intricate process. This complexity is evidenced during formation of the prostate from the fetal male ...

Studying Age-dependent Genomic Instability using the <em>S. cerevisiae</em> Chronological Lifespan Model

Studying Age-dependent Genomic Instability using the S. cerevisiae Chronological Lifespan Model

Studeren Age-afhankelijke genomische instabiliteit met behulp van de<em> S. cerevisiae</em> Chronologische levensduur Model

Studies using the Saccharomyces cerevisiae aging model have uncovered life span regulatory pathways that are partially conserved in higher eukaryotes1-2. ...

Flow Cytometry-based Purification of <em>S. cerevisiae</em> Zygotes

Flow Cytometry-based Purification of S. cerevisiae Zygotes

Flowcytometrie gebaseerde Zuivering van<em&gt; S. cerevisiae</em&gt; Zygoten

Zygotes are essential intermediates between haploid and diploid states in the life cycle of many organisms, including yeast (Figure 1) 1. S. cerevisiae ...

Flow Cytometric Analysis of Bimolecular Fluorescence Complementation: A High Throughput Quantitative Method to Study Protein-protein Interaction

Flowcytometrische analyse van Bimoleculaire Fluorescentie Complementatie: Een High Throughput kwantitatieve methode om eiwit-eiwit interactie Studie

Among methods to study protein-protein interaction inside cells, Bimolecular Fluorescence Complementation (BiFC) is relatively simple and sensitive. BiFC ...

High-throughput Image Analysis of Tumor Spheroids: A User-friendly Software Application to Measure the Size of Spheroids Automatically and Accurately

High-throughput beeldanalyse van bolvormige tumoren: Een gebruiksvriendelijke software Toepassing op de Grootte van Sferoïden Meet automatisch en nauwkeurig

The increasing number of applications of three-dimensional (3D) tumor spheroids as an in vitro model for drug discovery requires their adaptation to ...

High-throughput Screening for Chemical Modulators of Post-transcriptionally Regulated Genes

High-throughput screening voor Chemische Modulators van Post-transcriptioneel gereguleerde genen

Both transcriptional and post-transcriptional regulation have a profound impact on genes expression. However, commonly adopted cell-based screening assays ...