Name: a high-throughput method to globally study the organelle morphology in s. cerevisiae
Uploaded: 2009-03-02T00:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A high-throughput method to globally study the organelle morphology in S. cerevisiae at JoVE.com

<p class="jove_content"> Detta arbete stöddes av bioteknik och Biological Sciences Research Council (bidrag 31/C15982), den kanadensiska Institutes of Health Research, Canada Foundation for Innovation, British Columbia Kunskap utvecklingsfonden, Michael Smith Stiftelsen för hälsoforskning (bidrag till CJR Loewen), och kämpa för Sight. </p>

<p class="jove_title"> Material och metoder: </p><ol><li> Jäststammar: <ul><li> Acp1-GFP (GFP:: Hans): C-terminal GFP-märkning av Acp1 genererades av en PCR-medierad homolog rekombination med hjälp av plasmid pKT128 (innehåller GFP och <em>HIS5).</em> Positiva transformants bekräftades av konfokalmikroskopi och koloni PCR. Stammen Bakgrunden var BY7043 (MAT alpha can1Δ:: STE2pr-lue2 lyp1Δ his3Δ1 leu2Δ0 ura3Δ0 met15Δ0) från Boone lab (Tong och Boone, 2006). </li><li> Borttagande Mutant Array (DMA) (xxx:: KanR): Det är en samling av ...

<ol>
	<li>Amberg, D. C., Burke, D., Strathern, J. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>Methods in yeast genetics : a Cold Spring Harbor Laboratory course manual</em>. , (2005).</li><li>Tong, A. H., Boone, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthetic+genetic+array+analysis+in+Saccharomyces+cerevisiae.">Synthetic genetic array analysis in Saccharomyces cerevisiae.</a> <em style='font-style: italic'>Methods Mol Biol</em>. <b>313</b>, 171-192 (2006).</li></ol>

<p class="jove_content"> Denna metod kan hjälpa effektivt införliva en mitokondriell markör, Acp1-GFP i olika muterade bakgrunder. Det bygger på användning av ett robotsystem, och kan enkelt antagits för användning med någon robotsystem. Detta förfarande kan även användas för att införa andra typer av markörer. Till exempel att visualisera ER använder vi rutinmässigt markören Erg11-GFP. I vår representativa bilder, en mutant och en vild typ med Acp1-GFP skapare var visualiz ed av konfokalmikroskopi att studera mitokondrier mor...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>SGA media</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>The growth media (YPD) and synthetic dropout media (SD) including LRK and LHRK, and enriched sporulation media used in this protocol is routinely used in yeast molecular biology. Please refer to Methods in Yeast (Amberg et al., 2005) for detailed descriptions.</td>
</tr>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

a high-throughput method to globally study the organelle morphology in s. cerevisiae

<p class="jove_content">Hög kapacitet metoder för att undersöka protein lokalisering eller organell morfologi är ett effektivt verktyg för att studera protein interaktioner och kan bidra till att uppnå en övergripande förståelse av molekylära vägar. I Saccharomyces cerevisiae, med utvecklingen av den icke-väsentliga gendeletion array, kan vi studera globalt morfologi av olika organeller såsom det endoplasmatiska retiklet (ER) och mitokondrier med GFP (eller variant)-markörer i olika gen bakgrund. Är dock att införliva GFP markörer i varje enskild mutant sig en arbetsintensiv process. Här beskriver vi en procedur som rutinmässigt används i vårt laboratorium. Genom att använda ett robotsystem för att hantera hög densitet jäst arrayer och droger tekniker urval, kan vi förkorta avsevärt den tid som krävs och förbättra reproducerbarhet. I korthet, korsar vi en GFP-märkta mitokondriella markör (Apc1-GFP) till en hög densitet rad 4672 onödiga mutanter gendeletion av robotliknande kopia nåla. Genom diploid urval, sporulering, groning och dubbla markör val återhämta vi båda alleler. Som ett resultat, innehåller varje haploida enda mutant Apc1-GFP införlivas på sin genomiska locus. Nu kan vi studera morfologi av mitokondrier i alla icke-väsentliga mutant bakgrund. Med denna hög genomströmning arbetssätt kan vi studera bekvämt och avgränsa vägar och gener inblandade i arv och bildandet av organeller i en genomet hela inställningen.</p>

Watch this Scientific Journal Video about A high-throughput method to globally study the organelle morphology in S. cerevisiae at JoVE.com

A high-throughput method to globally study the organelle morphology in S. cerevisiae

<p class="jove_content">GFP-fusionsproteiner används ofta för att visualisera organeller av konfokalmikroskopi. Kräver dock screening för mutationer som påverkar morfologi av organeller i allmänhet enskilda mutagenes och är tidskrävande. Här visar vi en metod att samtidigt införliva organell-GFP markörer i nästan 5000 icke väsentliga gener i jäst.</p>

En hög genomströmning metod för att globalt studera organell morfologi i S. cerevisiae

High-throughput methods to examine protein localization or organelle morphology is an effective tool for studying protein interactions and can help ...

Research

JoVE Journal

Biology

Assay for Adhesion and Agar Invasion in S. cerevisiae

Analys för vidhäftningsförmåga och agar Invasion i S. cerevisiae

Yeasts are found in natural biofilms, where many microorganisms colonize surfaces. In artificial environments, such as surfaces of man-made objects, ...

Testing Visual Sensitivity to the Speed and Direction of Motion in Lizards

Testa Visual Känsligheten för hastighet och rörelseriktning i Ödlor

Testing visual sensitivity in any species provides basic information regarding behaviour, evolution, and ecology. However, testing specific features of ...

Identification of protein complexes with quantitative proteomics in S. cerevisiae

Kartläggning av protein komplex med kvantitativa proteomik i S. cerevisiae

Lipids are the building blocks of cellular membranes that function as barriers and in compartmentalization of cellular processes, and recently, as ...

Hi-C: A Method to Study the Three-dimensional Architecture of Genomes.

Hi-C: En metod för att studera den tredimensionella arkitektur för ledare.

The three-dimensional folding of chromosomes compartmentalizes the genome and and can bring distant functional elements, such as promoters and enhancers, ...

A High Throughput <em>in situ</em> Hybridization Method to Characterize mRNA Expression Patterns in the Fetal Mouse Lower Urogenital Tract

A High Throughput in situ Hybridization Method to Characterize mRNA Expression Patterns in the Fetal Mouse Lower Urogenital Tract

En hög genomströmning<em> På plats</em> Hybridisering metod för att karaktärisera mönster mRNA uttryck i fostrets Mouse Lägre urogenitalsystemet

Development of the lower urogenital tract (LUT) is an intricate process. This complexity is evidenced during formation of the prostate from the fetal male ...

Studying Age-dependent Genomic Instability using the <em>S. cerevisiae</em> Chronological Lifespan Model

Studying Age-dependent Genomic Instability using the S. cerevisiae Chronological Lifespan Model

Studera age-dependent genomisk instabilitet med<em> S. cerevisiae</em> Kronologisk Livslängd Modell

Studies using the Saccharomyces cerevisiae aging model have uncovered life span regulatory pathways that are partially conserved in higher eukaryotes1-2. ...

Flow Cytometry-based Purification of <em>S. cerevisiae</em> Zygotes

Flow Cytometry-based Purification of S. cerevisiae Zygotes

Flödescytometri-baserad rening av<em&gt; S. cerevisiae</em&gt; Zygoter

Zygotes are essential intermediates between haploid and diploid states in the life cycle of many organisms, including yeast (Figure 1) 1. S. cerevisiae ...

Flow Cytometric Analysis of Bimolecular Fluorescence Complementation: A High Throughput Quantitative Method to Study Protein-protein Interaction

Flödescytometrianalyser av Bimolecular Fluorescens Komplettering: En hög genomströmning kvantitativ metod för att studera protein-protein interaktion

Among methods to study protein-protein interaction inside cells, Bimolecular Fluorescence Complementation (BiFC) is relatively simple and sensitive. BiFC ...

High-throughput Image Analysis of Tumor Spheroids: A User-friendly Software Application to Measure the Size of Spheroids Automatically and Accurately

Hög kapacitet bildanalys av tumör spheroids: Ett användarvänligt program för att mäta storleken på sfäroider automatiskt och korrekt

The increasing number of applications of three-dimensional (3D) tumor spheroids as an in vitro model for drug discovery requires their adaptation to ...

High-throughput Screening for Chemical Modulators of Post-transcriptionally Regulated Genes

Hög kapacitet Screening för kemiska modulatorer av Post-transkription Reglerade Gener

Both transcriptional and post-transcriptional regulation have a profound impact on genes expression. However, commonly adopted cell-based screening assays ...