Name: semi-automated optical heartbeat analysis of small hearts
Uploaded: 2009-09-16T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Semi-automated Optical Heartbeat Analysis of Small Hearts at JoVE.com

<p class="jove_content" style=";text-align:right;direction:rtl"> ק.א. ו-AC נתמכים על ידי מענק ו מלגה מאיגוד הלב האמריקני. SIB ו RB הם נתמך על ידי מענקים NIH. </p>

<p class="jove_content" style=";text-align:right;direction:rtl"> <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/1435/SOHA_overview.pdf">לחץ כאן כדי להציג סקירה של ההליך חצי אוטומטיות ניתוח (סוהא) דופק.</a> </p><p class="jove_content" style=";text-align:right;direction:rtl"> חצי אוטומטיות דופק אופטי ניתוח </p><p class="jove_title" style=";text-align:right;direction:rtl"> 1. Preprocess - </p><p class="jove_content" style=";text-align:right;direction:rtl"> צעד זה מ?...

<ol>
	<li>Cammarato, A., Dambacher, C. M., Reedy, M. C., Knowles, A. F., Kronert, W. A., Bodmer, R., Ocorr, K., Bernstein, S. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Myosin+Transducer+mutations+differentially+affect+motor+function,+myofibril+structure,+and+the+performance+of+skeletal+and+cardiac+muscles.">Myosin Transducer mutations differentially affect motor function, myofibril structure, and the performance of skeletal and cardiac muscles.</a> <em style='font-style: italic'>Mol Biol Cell</em>. <b>19</b> (2), 553-562 (2008).</li><li>Ocorr, K., Reeves, N., Wessells, R. J., Fink, M., Chen, H. -. S. V., Akasaka, T., Yasuda, S., Metzger, J., Giles, W., Posakony, J. W., Bodmer, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=KCNQ+potassium+channel+mutations+cause+cardiac+arrhythmias+in+Drosophila+that+mimic+the+effects+of+aging.">KCNQ potassium channel mutations cause cardiac arrhythmias in Drosophila that mimic the effects of aging.</a> <em style='font-style: italic'>Proc Natl Acad Sci U S A</em>. <b>104</b>, 3943-3948 (2007).</li><li>Fink, M., Callol-Massot, C., Chu, A., Ruiz-Lozano, P., Izpisua Belmonte, J. C., Giles, W., Bodmer, R., Ocorr, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+method+for+the+detection+and+quantification+of+heartbeat+parameters+in+Drosophila,+zebrafish+and+embryonic+mouse+hearts.">A new method for the detection and quantification of heartbeat parameters in Drosophila, zebrafish and embryonic mouse hearts.</a> <em style='font-style: italic'>Biotechniques</em>. <b>46</b>, 101-113 (2009).</li></ol>

<p class="jove_content" style=";text-align:right;direction:rtl"> המודל תסיסנית הוכיחה להיות כלי רב עוצמה גנטי, שבו נעשה שימוש כדי לענות על מגוון שאלות מדעיות החל ההתפתחות העוברית על למידה וזיכרון. לאחרונה אורגניזם מודל זה צדדי נעשה שימוש כדי לחקור את הגנטיקה של תפקוד הלב. מספר נסיונות לכמת הפיזיולוגיה הלב המבוגר תסיסנית הסתמכו על ...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>MatLab software</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Math Works, Inc</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Required environment for the analysis software.</td>
</tr>
<tr>
<td>EM-CCD digital camera</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Hamamatsu Corp.</td>
<td>9100 or 9300</td>
<td>Other high speed digital cameras will also work.</td>
</tr>
<tr>
<td>HC image  data capture software</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Hamamatsu Corp.</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Other image capture software that produces movies in avi format will also work.</td>
</tr>
<tr>
<td>Light Microscope with 10x objective </td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Leica</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>A dipping lens that eliminates the air water interface greatly improves resolution</td>
</tr>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

semi-automated optical heartbeat analysis of small hearts

<p class="jove_content">פיתחנו שיטה לניתוח הקלטות מהירות גבוהה אופטי מ<em&gt; תסיסנית</em&gt;, דג הזברה ולבבות עובריים בעכבר (פינק, et. Al. 2009). ניתוח חצי אוטומטי שלנו Heartbeat אופטי (סוהא) משתמשת התנועה רומן איתור אלגוריתם זה מסוגל לזהות תנועות הלב הקשורים כויץ בודדים ואירועים הרפיה. התוכנית מספקת מגוון רחב של פיזיולוגית readouts הרלוונטיים כולל סיסטולי ודיאסטולי במרווחים, קצב הלב, כמו גם צעדים איכותי וכמותי של arrhythmicity דופק. התוכנית גם מחשבת קוטר מדידות לב במהלך תרויח וגם התכווצות שממנו קיצור השבר ושינויים אזור השבר מחושבים. פלט מסופק כקובץ דיגיטלי תואם תוכניות גיליון אלקטרוני ביותר. המדידות נעשות עבור כל פעימת לב ברשומה הגדלת כוח סטטיסטיות של התפוקה. אנו מדגימים כל הצעדים שבהם קלט משתמש נדרש להראות את היישום של המתודולוגיה שלנו כדי ניתוח של תפקוד הלב בכל שלושת הדגמים לב ממושמע מבחינה גנטית.</p>

Watch this Scientific Journal Video about Semi-automated Optical Heartbeat Analysis of Small Hearts at JoVE.com

Semi-automated Optical Heartbeat Analysis of Small Hearts

<p class="jove_content">פיתחנו חצי אוטומטיות Heartbeat אופטי ניתוח בשיטה (סוהא) לניתוח הקלטות מהירות גבוהה אופטי מ<em&gt; תסיסנית</em&gt;, דג הזברה ולבבות עובריים בעכבר. אנו להדגים את היישום של המתודולוגיה שלנו לניתוח של תפקוד הלב זבוב הפירות ולבבות עכבר עובריים.</p>

חצי אוטומטיות Heartbeat ניתוח אופטי של לבבות קטנים

We have developed a method for analyzing high speed optical recordings from Drosophila, zebrafish and embryonic mouse hearts (Fink, et. al., 2009). Our ...

Research

JoVE Journal

Biology

Proper Care and Cleaning of the Microscope

טיפול ניקוי נאות של המיקרוסקופ

Keeping the microscope optics clean is important for high-quality imaging. Dust, fingerprints, excess immersion oil, or mounting medium on or in a ...

Major Components of the Light Microscope

הרכיבים העיקריים של מיקרוסקופ אור

The light microscope is a basic tool for the cell biologist, who should have a thorough understanding of how it works, how it should be aligned for ...

Phase Contrast and Differential Interference Contrast (DIC) Microscopy

Phase Contrast and Differential Interference Contrast DIC Microscopy

שלב ניגודיות הפרעות דיפרנציאלי ניגודיות (DIC) מיקרוסקופית

Phase-contrast microscopy is often used to produce contrast for transparent, non light-absorbing, biological specimens. The technique was discovered by ...

Optical Mapping of Langendorff-perfused Rat Hearts

מיפוי אופטי של Langendorff-perfused לבבות עכברוש

Optical mapping of the cardiac surface with voltage-sensitive fluorescent dyes has become an important tool to investigate electrical excitation in ...

Substrate Generation for Endonucleases of CRISPR/Cas Systems

דור מצע לEndonucleases של מערכות CRISPR / קאש

The  interaction of viruses and their prokaryotic hosts shaped the evolution of  bacterial and archaeal life. Prokaryotes developed several strategies to ...

LeafJ: An ImageJ Plugin for Semi-automated Leaf Shape Measurement

LeafJ: תוסף ImageJ למדידת צורת עלה חצי אוטומטית

High throughput phenotyping (phenomics) is a powerful tool for linking genes to their functions (see review1 and recent examples2-4). Leaves are the ...

Semi-automated Imaging of Tissue-specific Fluorescence in Zebrafish Embryos

הדמיה חצי אוטומטית של הקרינה רקמות ספציפיות בעוברי דג הזברה

Zebrafish embryos are a powerful tool for large-scale screening of small molecules. Transgenic zebrafish that express fluorescent reporter proteins are ...

Isolation of Cardiomyocytes from Fixed Hearts for Immunocytochemistry and Ploidy Analysis

בידוד של קרדיומיוציטים מלבבות קבועים עבור אימונוציטוכימיה וניתוח פלוידי

The adult mammalian heart is composed of various cell types including cardiomyocytes, endothelial cells and fibroblasts. Since it is difficult to reliably ...

Small-Scale Plasma Membrane Preparation for the Analysis of <em>Candida albicans</em> Cdr1-mGFPHis

Small-Scale Plasma Membrane Preparation for the Analysis of Candida albicans Cdr1-mGFPHis

הכנת קרום פלזמה בקנה מידה קטן לניתוח <em>קנדידה אלביקנס</em> CDR1-mGFPHis

The successful biochemical and biophysical characterization of ABC transporters depends heavily on the choice of the heterologous expression system. Over ...

Quantitative Analysis of Viscoelastic Properties of Red Blood Cells Using Optical Tweezers and Defocusing Microscopy

ניתוח כמותי של תכונות ויסקו-אלסטיות של תאי דם אדומים באמצעות פינצטה אופטית ומיקרוסקופ defocus

The viscoelastic properties of erythrocytes have been investigated by a range of techniques. However, the reported experimental data vary. This is not ...