Name: semi-automated optical heartbeat analysis of small hearts
Uploaded: 2009-09-16T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Semi-automated Optical Heartbeat Analysis of Small Hearts at JoVE.com

<p class="jove_content"> KO och AC stöds av ett bidrag och ett stipendium från American Heart Association. SIB och RB stöds av anslag från NIH. </p>

<p class="jove_content"> <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/1435/SOHA_overview.pdf">Klicka här för att se en översikt av semi automatiserade hjärtslag analys (Soha) förfarande.</a> </p><p class="jove_content"> Semi-automatisk optisk hjärtslag analys </p><p class="jove_title"> 1. Förbehandla - </p><p class="jove_content"> Detta steg ger information om diastoliskt och systoliskt hjärta diametrar. </p><p class="jove_content"> Heart kanter är identifierade och märkta under maximal diastole och systole. Optisk inspelningar kan ...

<ol>
	<li>Cammarato, A., Dambacher, C. M., Reedy, M. C., Knowles, A. F., Kronert, W. A., Bodmer, R., Ocorr, K., Bernstein, S. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Myosin+Transducer+mutations+differentially+affect+motor+function,+myofibril+structure,+and+the+performance+of+skeletal+and+cardiac+muscles.">Myosin Transducer mutations differentially affect motor function, myofibril structure, and the performance of skeletal and cardiac muscles.</a> <em style='font-style: italic'>Mol Biol Cell</em>. <b>19</b> (2), 553-562 (2008).</li><li>Ocorr, K., Reeves, N., Wessells, R. J., Fink, M., Chen, H. -. S. V., Akasaka, T., Yasuda, S., Metzger, J., Giles, W., Posakony, J. W., Bodmer, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=KCNQ+potassium+channel+mutations+cause+cardiac+arrhythmias+in+Drosophila+that+mimic+the+effects+of+aging.">KCNQ potassium channel mutations cause cardiac arrhythmias in Drosophila that mimic the effects of aging.</a> <em style='font-style: italic'>Proc Natl Acad Sci U S A</em>. <b>104</b>, 3943-3948 (2007).</li><li>Fink, M., Callol-Massot, C., Chu, A., Ruiz-Lozano, P., Izpisua Belmonte, J. C., Giles, W., Bodmer, R., Ocorr, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+method+for+the+detection+and+quantification+of+heartbeat+parameters+in+Drosophila,+zebrafish+and+embryonic+mouse+hearts.">A new method for the detection and quantification of heartbeat parameters in Drosophila, zebrafish and embryonic mouse hearts.</a> <em style='font-style: italic'>Biotechniques</em>. <b>46</b>, 101-113 (2009).</li></ol>

<p class="jove_content"> Den Drosophila modellen har visat sig vara ett kraftfullt genetiska verktyg som har använts för att ta itu med en rad olika vetenskapliga frågor sträcker sig från embryologiska utveckling till inlärning och minne. Nyligen denna mångsidiga modell organism har använts för att undersöka genetik av hjärtfunktionen. Ett antal försök att kvantifiera hjärtat fysiologi hos vuxna Drosophila har förlitat sig på observationer gjorda i intakt flyger genom buken nagelbanden. De flesta av dessa metoder är beroende av...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>MatLab software</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Math Works, Inc</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Required environment for the analysis software.</td>
</tr>
<tr>
<td>EM-CCD digital camera</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Hamamatsu Corp.</td>
<td>9100 or 9300</td>
<td>Other high speed digital cameras will also work.</td>
</tr>
<tr>
<td>HC image  data capture software</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Hamamatsu Corp.</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Other image capture software that produces movies in avi format will also work.</td>
</tr>
<tr>
<td>Light Microscope with 10x objective </td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Leica</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>A dipping lens that eliminates the air water interface greatly improves resolution</td>
</tr>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

semi-automated optical heartbeat analysis of small hearts

<p class="jove_content">Vi har utvecklat en metod för att analysera höghastighets optiska inspelningar från<em&gt; Drosophila</em&gt;, Zebrafisk och embryonala hjärtan musen (Fink, et. Al., 2009). Vår Halvautomatisk Optisk Heartbeat Analys (Soha) använder en roman algoritm för rörelsedetektering som kan upptäcka hjärtats rörelser i samband med individuella kontraktionskraft och evenemang avkoppling. Programmet ger en mängd fysiologiskt relevanta avläsning inklusive systoliska och diastoliska mellanrum, hjärtfrekvens, samt kvalitativa och kvantitativa mått på hjärtslag arrhythmicity. Programmet beräknar också mätningar hjärtat diameter under både diastole och systole som fraktionerad förkorta och fraktionerad förändringar område beräknas. Utgång tillhandahålls som en digital fil kompatibel med de flesta kalkylprogram. Mätningarna görs för varje hjärtslag i en post ökar den statistiska kraften av produktionen. Vi visar varje steg där användarens input är nödvändig och visar att tillämpa vår metodik för analys av hjärtats funktion i alla tre genetiskt fogligt hjärta modeller.</p>

Watch this Scientific Journal Video about Semi-automated Optical Heartbeat Analysis of Small Hearts at JoVE.com

Semi-automated Optical Heartbeat Analysis of Small Hearts

<p class="jove_content">Vi har utvecklat en semi-automatisk optisk metod Heartbeat Analysis (Soha) för analys av snabba optiska inspelningar från<em&gt; Drosophila</em&gt;, Zebrafisk och embryonala hjärtan mus. Vi visar att tillämpa vår metodik för analys av hjärtats funktion i bananfluga och embryonala hjärtan mus.</p>

Semi-automatisk optisk Heartbeat Analys av små hjärtan

We have developed a method for analyzing high speed optical recordings from Drosophila, zebrafish and embryonic mouse hearts (Fink, et. al., 2009). Our ...

Research

JoVE Journal

Biology

Proper Care and Cleaning of the Microscope

Korrekt vård och rengöring av mikroskopet

Keeping the microscope optics clean is important for high-quality imaging. Dust, fingerprints, excess immersion oil, or mounting medium on or in a ...

Major Components of the Light Microscope

Viktigaste komponenterna i ljusmikroskop

The light microscope is a basic tool for the cell biologist, who should have a thorough understanding of how it works, how it should be aligned for ...

Phase Contrast and Differential Interference Contrast (DIC) Microscopy

Phase Contrast and Differential Interference Contrast DIC Microscopy

Faskontrast och differentierad interferenskontrast (DIC) Mikroskopi

Phase-contrast microscopy is often used to produce contrast for transparent, non light-absorbing, biological specimens. The technique was discovered by ...

Optical Mapping of Langendorff-perfused Rat Hearts

Optisk Kartläggning av Langendorff-perfusion Rat Hearts

Optical mapping of the cardiac surface with voltage-sensitive fluorescent dyes has become an important tool to investigate electrical excitation in ...

Substrate Generation for Endonucleases of CRISPR/Cas Systems

Substrat för skapandet endonukleaser av CRISPR / CAS Systems

The  interaction of viruses and their prokaryotic hosts shaped the evolution of  bacterial and archaeal life. Prokaryotes developed several strategies to ...

LeafJ: An ImageJ Plugin for Semi-automated Leaf Shape Measurement

LeafJ: En ImageJ Plugin för halvautomatisk bladform Mätning

High throughput phenotyping (phenomics) is a powerful tool for linking genes to their functions (see review1 and recent examples2-4). Leaves are the ...

Semi-automated Imaging of Tissue-specific Fluorescence in Zebrafish Embryos

Semi-automatisk avbildning av vävnad-specifika fluorescens i Zebrafish embryon

Zebrafish embryos are a powerful tool for large-scale screening of small molecules. Transgenic zebrafish that express fluorescent reporter proteins are ...

Isolation of Cardiomyocytes from Fixed Hearts for Immunocytochemistry and Ploidy Analysis

Isolering av kardiomyocyter från fasta hjärtan för immuncytokemi och ploidyanalys

The adult mammalian heart is composed of various cell types including cardiomyocytes, endothelial cells and fibroblasts. Since it is difficult to reliably ...

Small-Scale Plasma Membrane Preparation for the Analysis of <em>Candida albicans</em> Cdr1-mGFPHis

Small-Scale Plasma Membrane Preparation for the Analysis of Candida albicans Cdr1-mGFPHis

Småskalig plasmamembranpreparat för analys av <em>Candida albicans</em> Cdr1-mGFPHis

The successful biochemical and biophysical characterization of ABC transporters depends heavily on the choice of the heterologous expression system. Over ...

Quantitative Analysis of Viscoelastic Properties of Red Blood Cells Using Optical Tweezers and Defocusing Microscopy

Kvantitativ analys av viskoelastiska egenskaper hos röda blodkroppar med hjälp av optisk pincett och defokuseringsmikroskopi

The viscoelastic properties of erythrocytes have been investigated by a range of techniques. However, the reported experimental data vary. This is not ...