Name: rna isolation from embryonic zebrafish and cdna synthesis for gene expression analysis
Uploaded: 2009-08-07T16:40:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about RNA Isolation from Embryonic Zebrafish and cDNA Synthesis for Gene Expression Analysis at JoVE.com

<p class="jove_title"> Teil 1: Extraktion von Gesamt-RNA mit Trizolreagenz </p><p class="jove_content"> Beim Arbeiten mit RNA ist es sehr wichtig, um in einem Umfeld, das frei von RNasen ist die Arbeit. Einfache Vorsichtsmaßnahmen wie mit reservierten Pipetten für die Verwendung nur mit RNA Verfahren und Besprühen der Arbeitsbereich mit einem Dekontaminationsmittel Reagenz (zB RNAse Away) vor Beginn des Verfahrens sind sehr hilfreich. </p><ol><li> Um eine ausreichende Menge an RNA Becken 50 Zebrafischembryonen in einem 1,5 ml Mikrozentrifuge...

<ol>
	<li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>TRIzol Reagent Manual</em>. , (2007).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>RNEasy Mini Handbook</em>. , (2006).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>SuperScript First-Strand Synthesis System for RT-PCR</em>. , (2003).</li></ol>

<p class="jove_content"> Die Fragilität des RNA-Moleküls ist die kritische Betrachtung, die in diesem Protokoll darf nicht vergessen werden. Sterile Geräte, RNAse-frei ist, sollte immer in einem RNAse-freien Zone des Labors eingesetzt werden. Es ist hilfreich, ein Teil des Labors für RNA Verfahren nur verwendet werden, behalten. Dieser Bereich sollte häufig mit einer RNAse Entfernen Produkt, wie RNase AWAY gesprüht werden. Die RNA-Proben sollten immer mit Handschuhen angefasst werden und auf Eis gehalten, um den Abbau zu verhindern. </p><...

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		<div>
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		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Glycogen (5 mg/ml)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Ambion</td>
<td>9510</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NanoDrop ND-100</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Thermo Scientific </td>
<td>ND-1000</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Pellet Pestles with Microfuge Tube</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>VWR</td>
<td>KT749520-0090</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Phase Lock Gel Light, 1.5 ml</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Eppendorf</td>
<td>2302800</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Phenol, Tris-saturated</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche Diagnostics</td>
<td>3117944001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNAse Away</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>VWR</td>
<td>17810-491</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNAse-Free DNase Set</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Qiagen</td>
<td>79254</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNEasy Mini Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Qiagen</td>
<td>74104</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>SuperScript&reg; First-Strand Synthesis System for RT-PCR</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>11904-018</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>TRIzol</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>15596-026</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

rna isolation from embryonic zebrafish and cdna synthesis for gene expression analysis

<p class="jove_content">Viele wichtige und komplexe Labor-Verfahren erfordern eine Eingabe von hoher Qualität, intakte RNA. A abgebaut Probe oder das Vorhandensein von Verunreinigungen können zu katastrophalen Ergebnissen in nachgelagerten experimentelle Anwendungen führen. Es ist daher von größter Bedeutung, solide Technik mit zahlreichen Sicherheitsvorkehrungen und Qualitätskontrollen zu verwenden, um ein überlegenes Probe zu gewährleisten. Hier berichten wir ausführlich ein Protokoll zur Gesamt-RNA aus ganzen Zebrafisch-Embryos mit einem handelsüblichen chemischen Denaturierungsmittel und anschließender Bereinigung um Spuren von DNA und Verunreinigungen unter Verwendung eines handelsüblichen RNA Isolation Kit entfernen zu isolieren. Als RNA ist relativ instabil und leicht anfällig für Spaltung durch RNAsen, mit den meisten Protokollen Assay Genexpression einer cDNA-Produkt, das direkt von einer RNA-Matrize synthetisiert wird. Wir Detail ein Verfahren zur RNA in die stabilere cDNA-Produkt mit einem kommerziell erhältlichen Kit zu konvertieren. Während diese Verfahren gibt es zahlreiche Qualitätskontrollen, um sicherzustellen, dass die Probe nicht abgebaut wird oder verschmutzt. Das Endprodukt dieser Protokolle cDNA, die für Microarray-Analyse, RT-PCR oder langfristige Lagerung ist.</p>

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RNA Isolation from Embryonic Zebrafish and cDNA Synthesis for Gene Expression Analysis

<p class="jove_content">Die Isolierung von hoher Qualität, ist intakte RNA ein wesentlicher Schritt in vielen Labor-Protokolle. Hier zeigen wir, die RNA-Extraktion aus ganzen Zebrafisch-Embryos und cDNA-Synthese für die spätere Anwendung in verschiedenen experimentellen Verfahren, einschließlich Genexpression Microarray-Analyse.</p>

RNA Isolation aus embryonalen Zebrafisch und cDNA-Synthese für die Genexpressionsanalyse

Many important and complex laboratory procedures require an input of high quality, intact RNA.  A degraded sample or the presence of impurities can lead ...

Research

JoVE Journal

Biology

The Preparation of Primary Hematopoietic Cell Cultures From Murine Bone Marrow for Electroporation

Die Herstellung von primären hämatopoetischen Zellkulturen aus Knochenmark der Maus für die Elektroporation

It is becoming increasingly apparent that electroporation is the most effective way to introduce plasmid DNA or siRNA into primary cells. The Gene Pulser ...

Forschung

Biologie

Global Gene Expression Analysis Using a Zebrafish Oligonucleotide Microarray Platform

Globale Genexpressionsanalyse Mit einem Zebrafisch Oligonukleotid-Microarray-Plattform

Gene microarray technology permits quantitative measurement and gene expression profiling of transcript levels on a genome-wide basis. Gene microarray ...

Using the Gene Pulser MXcell Electroporation System to Transfect Primary Cells with High Efficiency

Mit dem Gene Pulser MXcell Elektroporation System zur Primary Cells mit hohem Wirkungsgrad zu transfizieren

Using an Automated Cell Counter to Simplify Gene Expression Studies: siRNA Knockdown of IL-4 Dependent Gene Expression in Namalwa Cells

Verwendung eines automatisierten Cell Counter zu Genexpressionsstudien Simplify: siRNA Knockdown von IL-4 abhängige Genexpression in Namalwalzellen

The use of siRNA mediated gene knockdown is continuing to be an important tool in studies of gene expression.  siRNA studies are being conducted not only ...

Isolation and Culture of Cells from the Nephrogenic Zone of the Embryonic Mouse Kidney

Isolierung und Kultivierung von Zellen aus dem Nephrogene Zone der embryonalen Maus Niere

Embryonic development of the kidney has been extensively studied both as a model for epithelial-mesenchymal interaction in organogenesis and  to gain ...

Metabolic Labeling of Newly Transcribed RNA for High Resolution Gene Expression Profiling of RNA Synthesis, Processing and Decay in Cell Culture

Metabolische Markierung der neu transkribierten RNA für High Resolution Gene Expression Profiling von RNA Synthese, Verarbeitung und Decay in Zellkultur

The development of whole-transcriptome microarrays and next-generation sequencing has revolutionized our understanding of the complexity of cellular gene ...

Analysis of Embryonic and Larval Zebrafish Skeletal Myofibers from Dissociated Preparations

Analyse der embryonalen Zebrafisch-Larven-und Skelett Muskelfasern aus Dissoziierte Vorbereitungen

The zebrafish has  proven to be a valuable model system for exploring skeletal muscle function and  for studying human muscle diseases. Despite  the many ...

Affinity-based Isolation of Tagged Nuclei from <em>Drosophila</em> Tissues for Gene Expression Analysis

Affinity-based Isolation of Tagged Nuclei from Drosophila Tissues for Gene Expression Analysis

Affinity-basierte Isolierung von Tagged Kerne aus<em&gt; Drosophila</em&gt; Tücher für Genexpressionsanalyse

Drosophila melanogaster embryonic and larval tissues often contain a highly heterogeneous mixture of cell types, which can complicate the analysis of gene ...

Analysis of Global RNA Synthesis at the Single Cell Level following Hypoxia

Analyse der globalen RNA-Synthese auf der Einzelzellebene folgende Hypoxie

Hypoxia or lowering of the oxygen availability is involved in many physiological and pathological processes. At the molecular level, cells initiate a ...

Targeted RNA Sequencing Assay to Characterize Gene Expression and Genomic Alterations

RNA-Sequenzierung Assay Gezieltes Genexpression und Genomic Änderungen an Charakterisieren

RNA sequencing (RNAseq) is a versatile method that can be utilized to detect and characterize gene expression, mutations, gene fusions, and noncoding ...