Name: rna isolation from embryonic zebrafish and cdna synthesis for gene expression analysis
Uploaded: 2009-08-07T16:40:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about RNA Isolation from Embryonic Zebrafish and cDNA Synthesis for Gene Expression Analysis at JoVE.com

<p class="jove_title"> Del 1: Utvinning av Total RNA med hjälp TRIzol Reagent </p><p class="jove_content"> När du arbetar med RNA är det mycket viktigt att arbeta i en miljö som är fri från RNaser. Enkla försiktighetsåtgärder som att ha reserverat pipetter endast för användning med RNA förfaranden och sprutning arbetsområdet med ett saneringsmedel reagens (t.ex. RNAse Borta) innan proceduren är mycket hjälpsam. </p><ol><li> För att uppnå en tillräcklig mängd RNA pool 50 zebrafisk embryon i ett 1,5 ml mikrofugrör och ta bort ...

<ol>
	<li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>TRIzol Reagent Manual</em>. , (2007).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>RNEasy Mini Handbook</em>. , (2006).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>SuperScript First-Strand Synthesis System for RT-PCR</em>. , (2003).</li></ol>

<p class="jove_content"> Bräckligheten i RNA-molekylen är den mest kritiska ersättning som bör komma ihåg i hela detta protokoll. Steril utrustning som är RNAse utan ska alltid användas i en RNAse zon av laboratoriet. Det är bra att reservera en del av laboratoriet som ska användas för RNA rutiner bara. Detta område bör ofta besprutas med en RNAse ta bort produkten, såsom RNAse bort. RNA-prover bör alltid hanteras med handskar och förvaras på is för att förhindra nedbrytning. </p><p class="jove_content"> Detta protokoll drog f...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Glycogen (5 mg/ml)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Ambion</td>
<td>9510</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NanoDrop ND-100</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Thermo Scientific </td>
<td>ND-1000</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Pellet Pestles with Microfuge Tube</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>VWR</td>
<td>KT749520-0090</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Phase Lock Gel Light, 1.5 ml</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Eppendorf</td>
<td>2302800</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Phenol, Tris-saturated</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche Diagnostics</td>
<td>3117944001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNAse Away</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>VWR</td>
<td>17810-491</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNAse-Free DNase Set</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Qiagen</td>
<td>79254</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNEasy Mini Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Qiagen</td>
<td>74104</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>SuperScript&reg; First-Strand Synthesis System for RT-PCR</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>11904-018</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>TRIzol</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>15596-026</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

rna isolation from embryonic zebrafish and cdna synthesis for gene expression analysis

<p class="jove_content">Många viktiga och komplexa laboratorie procedurer kräver en insats av hög kvalitet, intakt RNA. En försämrad prov eller förekomsten av föroreningar kan leda till katastrofala resultat i senare experimentella applikationer. Det är därför av yttersta vikt att använda fasta tekniker med många skyddsmekanismer och kvalitetskontroller kontroll för att garantera en överlägsen prov. Häri har vi detaljerat ett protokoll för att isolera totala RNA från hela zebrafisk embryon med ett kommersiellt tillgängligt kemiskt denatureringsmedel och efterföljande sanering för att avlägsna spår av DNA och föroreningar med ett kommersiellt RNA isolering kit. Eftersom RNA är relativt instabil och lätt utsatt för klyvning av RNaser, de flesta protokoll analys genuttryck med hjälp av ett cDNA produkt som är direkt syntetiseras från en RNA-mall. Vi detalj ett förfarande för att omvandla RNA till den mer stabila cDNA produkten med en kommersiellt tillgänglig kit. Under dessa förfaranden finns det många kvalitetskontroller för att säkerställa att provet inte är ned eller förorenats. Slutprodukten av dessa protokoll är cDNA som är lämplig för microarray analys, RT-PCR eller långvarig lagring.</p>

Watch this Scientific Journal Video about RNA Isolation from Embryonic Zebrafish and cDNA Synthesis for Gene Expression Analysis at JoVE.com

RNA Isolation from Embryonic Zebrafish and cDNA Synthesis for Gene Expression Analysis

<p class="jove_content">Isolering av hög kvalitet, är intakt RNA ett viktigt steg i många laboratorium protokoll. Här visar vi RNA-extraktion från hela zebrafisk embryon och cDNA syntes för senare tillämpning i olika experimentella procedurer inklusive genuttryck microarray analys.</p>

RNA Isolering från embryonala Zebrafish och cDNA syntes för Gene Expression Analysis

Many important and complex laboratory procedures require an input of high quality, intact RNA.  A degraded sample or the presence of impurities can lead ...

Research

JoVE Journal

Biology

The Preparation of Primary Hematopoietic Cell Cultures From Murine Bone Marrow for Electroporation

Beredningen av primära hematopoietisk cell kulturer från Murine Bone Marrow för elektroporation

It is becoming increasingly apparent that electroporation is the most effective way to introduce plasmid DNA or siRNA into primary cells. The Gene Pulser ...

Global Gene Expression Analysis Using a Zebrafish Oligonucleotide Microarray Platform

Global Gene Expression analys med en Zebrafish plattform Oligonucleotide microarray

Gene microarray technology permits quantitative measurement and gene expression profiling of transcript levels on a genome-wide basis. Gene microarray ...

Using the Gene Pulser MXcell Electroporation System to Transfect Primary Cells with High Efficiency

Använda Gene Pulser MXcell elektroporation System till transfektera primärceller med hög verkningsgrad

Using an Automated Cell Counter to Simplify Gene Expression Studies: siRNA Knockdown of IL-4 Dependent Gene Expression in Namalwa Cells

Hjälp av ett automatiserat celltalsräknare att förenkla Studier Gene Expression: siRNA Knockdown av IL-4 beroende genuttryck i Namalwa Cells

The use of siRNA mediated gene knockdown is continuing to be an important tool in studies of gene expression.  siRNA studies are being conducted not only ...

Isolation and Culture of Cells from the Nephrogenic Zone of the Embryonic Mouse Kidney

Isolering och odling av celler från Nefrogen Zonen av embryonala Mouse Kidney

Embryonic development of the kidney has been extensively studied both as a model for epithelial-mesenchymal interaction in organogenesis and  to gain ...

Metabolic Labeling of Newly Transcribed RNA for High Resolution Gene Expression Profiling of RNA Synthesis, Processing and Decay in Cell Culture

Metabolisk märkning av nyligen transkriberade RNA för högupplöst profilering av genuttryck för RNA syntes, bearbetning och förfall i cellkultur

The development of whole-transcriptome microarrays and next-generation sequencing has revolutionized our understanding of the complexity of cellular gene ...

Analysis of Embryonic and Larval Zebrafish Skeletal Myofibers from Dissociated Preparations

Analys av embryonala och Larvernas Zebrafish Skelett myofibers från Dissocierade Förberedelser

The zebrafish has  proven to be a valuable model system for exploring skeletal muscle function and  for studying human muscle diseases. Despite  the many ...

Affinity-based Isolation of Tagged Nuclei from <em>Drosophila</em> Tissues for Gene Expression Analysis

Affinity-based Isolation of Tagged Nuclei from Drosophila Tissues for Gene Expression Analysis

Affinitetsbaserade Isolering av Tagged Kärnor från<em&gt; Drosophila</em&gt; Vävnader för Gene Expression Analysis

Drosophila melanogaster embryonic and larval tissues often contain a highly heterogeneous mixture of cell types, which can complicate the analysis of gene ...

Analysis of Global RNA Synthesis at the Single Cell Level following Hypoxia

Analys av global RNA syntes vid den inre cellnivå efter Hypoxi

Hypoxia or lowering of the oxygen availability is involved in many physiological and pathological processes. At the molecular level, cells initiate a ...

Targeted RNA Sequencing Assay to Characterize Gene Expression and Genomic Alterations

Riktade RNA Sequencing analys för att karaktärisera Gene Expression och Genomic Ändringar

RNA sequencing (RNAseq) is a versatile method that can be utilized to detect and characterize gene expression, mutations, gene fusions, and noncoding ...