Name: global gene expression analysis using a zebrafish oligonucleotide microarray platform
Uploaded: 2009-08-10T00:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Global Gene Expression Analysis Using a Zebrafish Oligonucleotide Microarray Platform at JoVE.com

<p class="jove_title" style=";text-align:right;direction:rtl"> الجزء 1 : وصفها نيون من [كدنا] </p><p class="jove_content" style=";text-align:right;direction:rtl"> Cy3 الصبغة التي استخدمت في التجربة ميكروأري حساسة للتدهور ، الصورة. وينبغي إجراء تجري في كمية ضئيلة من الضوء. تم تعديل بروتوكول وضع العلامات من CGH صفيف BioPrime نظام وضع العلامات الجينية المختصر <sup>1.</sup> </p><ol st...

<ol>
	<li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>BioPrime Array CGH Genomic Labeling System Manual</em>. , (2004).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>Roche NimbleGen Arrays User's Guide for Gene Expression Analysis</em>. , (2008).</li></ol>

<p class="jove_content" style=";text-align:right;direction:rtl"> بروتوكولات [ميكروأري كثيرة ، منها واحدة مفصلة هنا ، واستخدام الأصباغ الفلورية كوسيلة للقياس الكمي والتهجين. صبغة الفلورسنت Cy3 حساس للصور وتدهور طبقة الأوزون. فمن المستحسن أن يجري الإجراء في الحد الأدنى من الإضاءة. بالإضافة إلى ذلك ، يمكن للجزيئات الغبار الصغيرة تتدا...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Array Microcentrifuge Dryer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>ISC Bioexpress</td>
<td>C-1303-T</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>BioPrime Array CGH Genomic Labeling System</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>18095-011</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Cyanine 3-dCTP</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>PerkinElmer</td>
<td>NEL576</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>GenePix 4000B</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Molecular Devices</td>
<td>GENEPIX 4000B</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Microcon YM-30</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Millipore</td>
<td>42411</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NimbleGen Array Processing Accessories</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223539001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NimbleGen Hybridization Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223474001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NimbleGen Hybridization System 4</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223652001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NimbleGen Wash Buffer Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223504001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>X1 Mixers</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223725001</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

global gene expression analysis using a zebrafish oligonucleotide microarray platform

<p class="jove_content">تكنولوجيا الجينات ميكروأري تصاريح قياس الكمي والتنميط الجيني التعبير عن مستويات النص على أساس الجينوم واسعة. وتستخدم تكنولوجيا الجينات ميكروأري في تخصصات عديدة البيولوجية في مجموعة متنوعة من التطبيقات بما في ذلك تحليل الجينات التعبير العالمي فيما يتعلق المرحلة التنموية ، إلى حالة المرض ، وسامة في الاستجابات هنا ، ونحن وتشمل التظاهرة العالمية باستخدام تعبير الجين تحليل شامل ميكروأري قليل النوكليوتيد الزرد منصة محددة. وميكروأري التعبير الزرد منصة تحتوي على 385000 تحقيقات ، أزواج قاعدة 60 في الطول ، واستجواب 37157 الأهداف مع ما يصل الى 12 في تحقيقات الهدف. لهذه المنصة ، تم جمع كل المعلومات المتاحة [كدنا] والجينومية لالزرد من قواعد بيانات مختلفة بما في ذلك الجينومية Ensembl (http://www.ensembl.org) ، فيغا (http://vega.sanger.ac.uk) ، UCSC ( http://genome.ucsc.edu) ، وZFIN (http://www.zfin.org). نتيجة هذا الصفيف التعبير يوفر تغطية كاملة لtranscriptome الزرد الحالي. تم طباعة ميكروأري التعبير الزرد التي NimbleGen روش (ماديسون ، ويسكونسن). هذه التظاهرة الفنية تشمل العلامات الفلورية منتج [كدنا] ، التهجين من الناتج المسمى [كدنا] [ميكروأري إلى المنصة ، والمسح الضوئي لاقتناء مجموعة إشارة باستخدام تحليل اللون استراتيجية واحدة.</p>

Watch this Scientific Journal Video about Global Gene Expression Analysis Using a Zebrafish Oligonucleotide Microarray Platform at JoVE.com

Global Gene Expression Analysis Using a Zebrafish Oligonucleotide Microarray Platform

<p class="jove_content">ميكروأرس الجينات هي أدوات قوية في التعبير الجيني التنميط على مستوى الجينوم واسعة. هذه التكنولوجيا وتطبيقها في مجموعة متنوعة من التخصصات بما في ذلك البيولوجيا التطورية البيولوجية والسمية. في هذا الفيديو ، ونحن بالتفصيل بروتوكولا لتحليل الجينات العالمية باستخدام تعبير ميكروأري قليل النوكليوتيد شاملة منصة لالزرد.</p>

تحليل التعبير الجيني العالمي باستخدام ميكروأري قليل النوكليوتيد منهاج اسماك الزرد

Gene microarray technology permits quantitative measurement and gene expression profiling of transcript levels on a genome-wide basis. Gene microarray ...

Research

JoVE Journal

Biology

Bacterial Gene Expression Analysis Using Microarrays

التحليل الجرثومي التعبير الجيني عن طريق ميكروأرس]

The Preparation of Primary Hematopoietic Cell Cultures From Murine Bone Marrow for Electroporation

التحضير لزراعة الخلايا المكونة للدم الابتدائية من نخاع عظام الفئران لElectroporation

It is becoming increasingly apparent that electroporation is the most effective way to introduce plasmid DNA or siRNA into primary cells. The Gene Pulser ...

RNA Isolation from Embryonic Zebrafish and cDNA Synthesis for Gene Expression Analysis

عزل الحمض النووي الريبي من الجنينية التجميعي واسماك الزرد [كدنا] لتحليل الجينات

Many important and complex laboratory procedures require an input of high quality, intact RNA.  A degraded sample or the presence of impurities can lead ...

Using the Gene Pulser MXcell Electroporation System to Transfect Primary Cells with High Efficiency

باستخدام الجينات Electroporation MXcell بولسير النظام لTransfect الخلايا الأولية ذات الكفاءة العالية

Using an Automated Cell Counter to Simplify Gene Expression Studies: siRNA Knockdown of IL-4 Dependent Gene Expression in Namalwa Cells

باستخدام خلية مكافحة الآلي لتبسيط دراسات التعبير الجيني : ضربة قاضية سيرنا من IL - 4 التعبير الجيني في الخلايا التابعة Namalwa

The use of siRNA mediated gene knockdown is continuing to be an important tool in studies of gene expression.  siRNA studies are being conducted not only ...

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer (<em>Agrilus planipennis</em>) Using Quantitative Real Time-PCR

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer Agrilus planipennis Using Quantitative Real Time-PCR

تحليل التعبير الجيني في الحفار الرماد الزمرد (<em> Agrilus planipennis</em>) عن طريق ريال الكمية من الزمن - PCR

Emerald ash borer (EAB, Agrilus planipennis) is an exotic invasive pest, which has killed millions of ash trees (Fraxinus spp) in North America. EAB ...

Microarray Analysis for <em>Saccharomyces cerevisiae</em>

Microarray Analysis for Saccharomyces cerevisiae

تحليل لميكروأري<em> السكيراء الجعوية</em

In this protocol, gene expression in yeast (Saccharomyces cerevisiae) is changed after exposure to oxidative stress induced by the addition of hydrogen ...

Determining Genetic Expression Profiles in <em>C. elegans</em> Using Microarray and Real-time PCR

Determining Genetic Expression Profiles in C. elegans Using Microarray and Real-time PCR

تحديد ملامح التعبير الجيني في<em> C. ايليجانس</em> استخدام ميكروأري وPCR الوقت الحقيقي

Synapses are composed of a presynaptic active zone in the signaling cell and a postsynaptic terminal in the target cell. In the case of chemical synapses, ...

<em>In vitro</em> Reconstitution of the Active <em>T. castaneum</em> Telomerase

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

إعادة إعماره <em>في المختبر</em> من أحدث <em>T. castaneum</em> تيلوميراز

Efforts to isolate the catalytic subunit of telomerase, TERT, in sufficient quantities for structural studies, have been met with limited success for more ...

Gene Trapping Using Gal4 in Zebrafish

الجينات الاصطياد عن طريق GAL4 في الزرد

Large clutch size and external development of optically transparent embryos make zebrafish an exceptional vertebrate model system for in vivo insertional ...