Name: global gene expression analysis using a zebrafish oligonucleotide microarray platform
Uploaded: 2009-08-10T00:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Global Gene Expression Analysis Using a Zebrafish Oligonucleotide Microarray Platform at JoVE.com

<p class="jove_title"> Partie 1: marquage fluorescent de l&#39;ADNc </p><p class="jove_content"> Le colorant Cy3 utilisés dans l&#39;expérience microarray est sensible à la photo-dégradation. La procédure devrait avoir lieu en un minimum de lumière. Le protocole de marquage a été adapté à partir du système d&#39;étiquetage CGH array BioPrime génomique manuelle <sup>1.</sup> </p><ol><li> Les réactifs pour la réaction de marquage sont stockés à -20 ° C. De la CGH-array génomique BioPrime système d&#39;étiquetage de dégel 2.5...

<ol>
	<li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>BioPrime Array CGH Genomic Labeling System Manual</em>. , (2004).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>Roche NimbleGen Arrays User's Guide for Gene Expression Analysis</em>. , (2008).</li></ol>

<p class="jove_content"> Protocoles microarray Beaucoup, y compris celui détaillé ici, l&#39;utilisation de colorants fluorescents comme un moyen de mesurer et de quantifier l&#39;hybridation. Le colorant fluorescent Cy3 est sensible à la dégradation de la photo et l&#39;ozone. Il est recommandé que la procédure soit menée dans un minimum d&#39;éclairage. En outre, les petites particules de poussière peuvent interférer avec l&#39;hybridation et la numérisation. Une attention particulière devrait être accordée à s&#39;assurer que ...

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		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Array Microcentrifuge Dryer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>ISC Bioexpress</td>
<td>C-1303-T</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>BioPrime Array CGH Genomic Labeling System</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>18095-011</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Cyanine 3-dCTP</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>PerkinElmer</td>
<td>NEL576</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>GenePix 4000B</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Molecular Devices</td>
<td>GENEPIX 4000B</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Microcon YM-30</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Millipore</td>
<td>42411</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NimbleGen Array Processing Accessories</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223539001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NimbleGen Hybridization Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223474001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NimbleGen Hybridization System 4</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223652001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NimbleGen Wash Buffer Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223504001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>X1 Mixers</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223725001</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

global gene expression analysis using a zebrafish oligonucleotide microarray platform

<p class="jove_content">Gene la technologie des microréseaux permet la mesure quantitative et le profilage d&#39;expression génique des niveaux de transcription sur une base du génome entier. Gene la technologie des puces est utilisée dans de nombreuses disciplines biologiques dans une variété d&#39;applications incluant l&#39;analyse d&#39;expression génique globale par rapport au stade de développement, à un état de maladie, et dans les réponses toxiques. Ici, nous incluons une démonstration de l&#39;analyse de l&#39;expression des gènes en utilisant une échelle mondiale complète zebrafish spécifiques plateforme biopuces oligonucléotides. La plate-forme de poisson zèbre microréseaux d&#39;expression contient 385 000 sondes, 60 paires de base de longueur, interrogeant 37 157 cibles avec jusqu&#39;à 12 sondes par cible. Pour cette plateforme, toutes les informations d&#39;ADNc et génomiques disponibles pour le poisson zèbre ont été recueillies auprès de divers y compris les bases de données génomiques Ensembl (http://www.ensembl.org), VEGA (http://vega.sanger.ac.uk), UCSC ( http://genome.ucsc.edu), et ZFIN (http://www.zfin.org). En conséquence, cette gamme offre une couverture complète d&#39;expression du transcriptome zèbre actuel. Les microréseaux d&#39;expression poisson zèbre a été imprimé par Roche NimbleGen (Madison, WI). Cette démonstration technique comprend le marquage fluorescent d&#39;un produit d&#39;ADNc, l&#39;hybridation de l&#39;ADNc produit étiqueté à la plateforme biopuces, et la numérisation de tableau pour l&#39;acquisition du signal en utilisant la stratégie d&#39;une couleur d&#39;analyse.</p>

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Global Gene Expression Analysis Using a Zebrafish Oligonucleotide Microarray Platform

<p class="jove_content">Microarrays Gene sont des outils puissants en matière de profilage d&#39;expression génique au niveau du génome entier. Cette technologie a des applications dans une variété de disciplines biologiques, y compris la biologie du développement et de la toxicologie. Dans cette vidéo, nous détaillons un protocole d&#39;analyse d&#39;expression génique globale à l&#39;aide d&#39;une plateforme complète d&#39;oligonucléotides biopuces pour le poisson zèbre.</p>

Mondial Analyse expression génique utilisant une plateforme biopuces oligonucléotidiques Zebrafish

Gene microarray technology permits quantitative measurement and gene expression profiling of transcript levels on a genome-wide basis. Gene microarray ...

Research

JoVE Journal

Biology

Bacterial Gene Expression Analysis Using Microarrays

Analyse bactérienne expression génique par puces à ADN

Recherche

Biologie

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La préparation des cultures primaires de cellules hématopoïétiques de la moelle osseuse murine pour l&#39;électroporation

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RNA Isolation from Embryonic Zebrafish and cDNA Synthesis for Gene Expression Analysis

Isolement d&#39;ARN à partir de synthèse d&#39;ADNc embryonnaires Zebrafish et pour analyser l&#39;expression génique

Many important and complex laboratory procedures require an input of high quality, intact RNA.  A degraded sample or the presence of impurities can lead ...

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Utilisation du système d&#39;électroporation Gene Pulser MXcell à transfecter des cellules primaires à haut rendement

Using an Automated Cell Counter to Simplify Gene Expression Studies: siRNA Knockdown of IL-4 Dependent Gene Expression in Namalwa Cells

Aide d&#39;un compteur de cellules automatisé pour simplifier les études d&#39;expression génique: Knockdown siRNA de l&#39;IL-4 dans l&#39;expression des gènes dépendant cellules Namalwa

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Analyse de l&#39;expression génique dans l&#39;agrile du frêne (<em> Agrilus planipennis</em>) En utilisant quantitative en temps réel-PCR

Emerald ash borer (EAB, Agrilus planipennis) is an exotic invasive pest, which has killed millions of ash trees (Fraxinus spp) in North America. EAB ...

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Analyse de Microarray pour<em> Saccharomyces cerevisiae</em

In this protocol, gene expression in yeast (Saccharomyces cerevisiae) is changed after exposure to oxidative stress induced by the addition of hydrogen ...

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Détermination des profils d&#39;expression génétique dans les<em> C. elegans</em> Utilisation microréseaux et PCR en temps réel

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