Name: global gene expression analysis using a zebrafish oligonucleotide microarray platform
Uploaded: 2009-08-10T00:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Global Gene Expression Analysis Using a Zebrafish Oligonucleotide Microarray Platform at JoVE.com

<p class="jove_title"> Teil 1: Fluoreszenzmarkierung von cDNA </p><p class="jove_content"> Der Cy3-Farbstoff in der Microarray-Experiment verwendet wird sensibel auf Foto-Abbau. Das Verfahren soll in einer minimalen Menge an Licht zu nehmen. Die Kennzeichnung Protokoll wurde von der BioPrime Array-CGH Genomic Labeling System Manual <sup>1</sup> angepasst. </p><ol><li> Die Reagenzien für die Kennzeichnung Reaktion bei -20 ° C gelagert Von der BioPrime Array-CGH Genomic Labeling System Tauwetter 2.5X Random Primer Buffer, 10X dCTP-Mix und Nukle...

<ol>
	<li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>BioPrime Array CGH Genomic Labeling System Manual</em>. , (2004).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>Roche NimbleGen Arrays User's Guide for Gene Expression Analysis</em>. , (2008).</li></ol>

<p class="jove_content"> Viele Microarray-Protokolle, darunter auch die hier detailliert, verwenden fluoreszierende Farbstoffe als ein Mittel zur Messung und Quantifizierung Hybridisierung. Die Cy3 Fluoreszenzfarbstoff ist empfindlich auf ein Foto, und Ozonabbau. Es wird empfohlen, dass das Verfahren in minimal-Beleuchtung durchgeführt werden. Darüber hinaus können kleine Staubpartikel mit Hybridisierung und Scannen stören. Besondere Aufmerksamkeit sollte sicherstellen, dass die Arbeit ist sauber und frei von Staub sein. </p><p class="jove_...

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		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Array Microcentrifuge Dryer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>ISC Bioexpress</td>
<td>C-1303-T</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>BioPrime Array CGH Genomic Labeling System</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>18095-011</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Cyanine 3-dCTP</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>PerkinElmer</td>
<td>NEL576</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>GenePix 4000B</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Molecular Devices</td>
<td>GENEPIX 4000B</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Microcon YM-30</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Millipore</td>
<td>42411</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NimbleGen Array Processing Accessories</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223539001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NimbleGen Hybridization Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223474001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NimbleGen Hybridization System 4</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223652001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NimbleGen Wash Buffer Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223504001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>X1 Mixers</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223725001</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

global gene expression analysis using a zebrafish oligonucleotide microarray platform

<p class="jove_content">Gene Microarray-Technologie erlaubt die quantitative Messung und Genexpressions-Profiling von Transkripten auf einer genomweiten Basis. Gene Microarray-Technologie wird in zahlreichen biologischen Disziplinen in einer Vielzahl von Anwendungen, darunter globale Genexpressionsanalyse in Bezug auf Entwicklungsstadium, einer Krankheit Zustand verwendet, und in toxischen Reaktionen. Hierin sind wir eine Demonstration der globalen Genexpressionsanalyse mit einem umfassenden Zebrafisch-spezifischen Oligonukleotid-Microarray-Plattform. Der Zebrafisch Ausdruck Microarray-Plattform enthält 385.000 Sonden, 60 Basenpaaren Länge, verhören 37.157 Ziele mit bis zu 12 Sonden pro Target. Für diese Plattform wurden alle cDNA und genomischer Informationen für die Zebrafisch aus verschiedenen genomischen Datenbanken einschließlich Ensembl (http://www.ensembl.org), VEGA (http://vega.sanger.ac.uk), UCSC gesammelt ( http://genome.ucsc.edu) und ZFIN (http://www.zfin.org). Als Ergebnis dieses Ausdrucks-Array bietet eine vollständige Abdeckung des aktuellen Zebrafisch Transkriptom. Der Zebrafisch Ausdruck Microarray wurde von Roche NimbleGen (Madison, WI) gedruckt. Diese technische Demonstration umfasst die Fluoreszenzmarkierung der cDNA-Produkt, die Hybridisierung der markierten cDNA-Produkt an den Microarray-Plattform und Array-Scanning für die Signalerfassung mit dem eine Farbe Analyse-Strategie.</p>

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Global Gene Expression Analysis Using a Zebrafish Oligonucleotide Microarray Platform

<p class="jove_content">Gene Microarrays sind mächtige Werkzeuge in Genexpressions-Profiling bei einer genomweiten Ebene. Diese Technologie findet Anwendung in einer Vielzahl von biologischen Disziplinen Entwicklungsbiologie und Toxikologie. In diesem Video-, Detail haben wir ein Protokoll für die globale Genexpressionsanalyse mit einem umfassenden Oligonukleotid-Microarray-Plattform für die Zebrafisch.</p>

Globale Genexpressionsanalyse Mit einem Zebrafisch Oligonukleotid-Microarray-Plattform

Gene microarray technology permits quantitative measurement and gene expression profiling of transcript levels on a genome-wide basis. Gene microarray ...

Research

JoVE Journal

Biology

Bacterial Gene Expression Analysis Using Microarrays

Bakterielle Gene Expression Analysis Using Microarrays

Forschung

Biologie

The Preparation of Primary Hematopoietic Cell Cultures From Murine Bone Marrow for Electroporation

Die Herstellung von primären hämatopoetischen Zellkulturen aus Knochenmark der Maus für die Elektroporation

It is becoming increasingly apparent that electroporation is the most effective way to introduce plasmid DNA or siRNA into primary cells. The Gene Pulser ...

RNA Isolation from Embryonic Zebrafish and cDNA Synthesis for Gene Expression Analysis

RNA Isolation aus embryonalen Zebrafisch und cDNA-Synthese für die Genexpressionsanalyse

Many important and complex laboratory procedures require an input of high quality, intact RNA.  A degraded sample or the presence of impurities can lead ...

Using the Gene Pulser MXcell Electroporation System to Transfect Primary Cells with High Efficiency

Mit dem Gene Pulser MXcell Elektroporation System zur Primary Cells mit hohem Wirkungsgrad zu transfizieren

Using an Automated Cell Counter to Simplify Gene Expression Studies: siRNA Knockdown of IL-4 Dependent Gene Expression in Namalwa Cells

Verwendung eines automatisierten Cell Counter zu Genexpressionsstudien Simplify: siRNA Knockdown von IL-4 abhängige Genexpression in Namalwalzellen

The use of siRNA mediated gene knockdown is continuing to be an important tool in studies of gene expression.  siRNA studies are being conducted not only ...

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer (<em>Agrilus planipennis</em>) Using Quantitative Real Time-PCR

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer Agrilus planipennis Using Quantitative Real Time-PCR

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer (<em> Agrilus planipennis</em>) Mittels quantitativer Real Time-PCR

Emerald ash borer (EAB, Agrilus planipennis) is an exotic invasive pest, which has killed millions of ash trees (Fraxinus spp) in North America. EAB ...

Microarray Analysis for <em>Saccharomyces cerevisiae</em>

Microarray Analysis for Saccharomyces cerevisiae

Microarray-Analyse für<em> Saccharomyces cerevisiae</em

In this protocol, gene expression in yeast (Saccharomyces cerevisiae) is changed after exposure to oxidative stress induced by the addition of hydrogen ...

Determining Genetic Expression Profiles in <em>C. elegans</em> Using Microarray and Real-time PCR

Determining Genetic Expression Profiles in C. elegans Using Microarray and Real-time PCR

Bestimmung genetischer Expressionsprofile in<em> C. elegans</em> Verwenden Microarray-und Real-time PCR

Synapses are composed of a presynaptic active zone in the signaling cell and a postsynaptic terminal in the target cell. In the case of chemical synapses, ...

<em>In vitro</em> Reconstitution of the Active <em>T. castaneum</em> Telomerase

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

<em>In vitro</em> Rekonstitution der Active <em>T. castaneum</em> Telomerase

Efforts to isolate the catalytic subunit of telomerase, TERT, in sufficient quantities for structural studies, have been met with limited success for more ...

Gene Trapping Using Gal4 in Zebrafish

Gene Trapping Mit Gal4 in Zebrafisch

Large clutch size and external development of optically transparent embryos make zebrafish an exceptional vertebrate model system for in vivo insertional ...