Name: global gene expression analysis using a zebrafish oligonucleotide microarray platform
Uploaded: 2009-08-10T00:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Global Gene Expression Analysis Using a Zebrafish Oligonucleotide Microarray Platform at JoVE.com

<p class="jove_title"> Parte 1: marcatura fluorescente di cDNA </p><p class="jove_content"> Il Cy3 colorante utilizzato nell&#39;esperimento microarray è sensibile alla fotodegradazione. La procedura dovrebbe svolgersi in una minima quantità di luce. Il protocollo di etichettatura è stato adattato dalla BioPrime sistema di etichettatura CGH Array Genomic manuale <sup>1.</sup> </p><ol><li> I reagenti per la reazione di marcatura sono conservati a -20 ° C. Dal BioPrime CGH Array Buffer Genomic sistema di etichettatura Primer disgelo 2.5X casu...

<ol>
	<li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>BioPrime Array CGH Genomic Labeling System Manual</em>. , (2004).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>Roche NimbleGen Arrays User's Guide for Gene Expression Analysis</em>. , (2008).</li></ol>

<p class="jove_content"> Protocolli di microarray molti, compreso quello dettagliato qui, usare tinture fluorescenti come un mezzo per misurare e quantificare l&#39;ibridazione. Il Cy3 colorante fluorescente è sensibile alle foto e degradazione dell&#39;ozono. Si raccomanda che la procedura sia condotta in illuminazione minima. Inoltre, piccole particelle di polvere possono interferire con l&#39;ibridazione e la scansione. Particolare attenzione dovrebbe essere data per assicurarsi che l&#39;area di lavoro è pulito e privo di polvere. </p><p ...

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		<div>
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		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Array Microcentrifuge Dryer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>ISC Bioexpress</td>
<td>C-1303-T</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>BioPrime Array CGH Genomic Labeling System</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>18095-011</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Cyanine 3-dCTP</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>PerkinElmer</td>
<td>NEL576</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>GenePix 4000B</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Molecular Devices</td>
<td>GENEPIX 4000B</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Microcon YM-30</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Millipore</td>
<td>42411</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NimbleGen Array Processing Accessories</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223539001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NimbleGen Hybridization Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223474001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NimbleGen Hybridization System 4</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223652001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NimbleGen Wash Buffer Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223504001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>X1 Mixers</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223725001</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

global gene expression analysis using a zebrafish oligonucleotide microarray platform

<p class="jove_content">Gene microarray tecnologia permette la misurazione quantitativa e profili di espressione genica dei livelli di trascrizione su un genoma base. Gene microarray tecnologia è utilizzata in numerose discipline biologiche in una varietà di applicazioni, tra cui analisi globale dell&#39;espressione genica in relazione alla fase di sviluppo, ad uno stato di malattia, e nelle risposte tossici. Qui, ci sono una dimostrazione di analisi globale dell&#39;espressione genica utilizzando una completa zebrafish specifica piattaforma microarray di oligonucleotidi. La piattaforma microarray di espressione zebrafish contiene 385.000 sonde, 60 paia di basi di lunghezza, interrogando 37.157 con target fino a 12 sonde per ogni destinazione. Per questa piattaforma, tutte le informazioni cDNA e genomiche disponibili per il pesce zebra è stato raccolto da banche dati genomiche diverse tra cui Ensembl (http://www.ensembl.org), VEGA (http://vega.sanger.ac.uk), UCSC ( http://genome.ucsc.edu), e ZFIN (http://www.zfin.org). Di conseguenza questo array espressione fornisce una copertura completa del trascrittoma zebrafish corrente. I microarray di espressione zebrafish è stato stampato da Roche NimbleGen (Madison, WI). Questa dimostrazione tecnica comprende la marcatura fluorescente di un prodotto di cDNA, l&#39;ibridazione del prodotto etichettato cDNA alla piattaforma microarray e la scansione di array per l&#39;acquisizione del segnale utilizzando la strategia di analisi del colore.</p>

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Global Gene Expression Analysis Using a Zebrafish Oligonucleotide Microarray Platform

<p class="jove_content">Microarray gene sono strumenti potenti in profili di espressione genica a livello di genoma. Questa tecnologia ha applicazioni in una varietà di discipline biologiche tra cui la biologia dello sviluppo e tossicologia. In questo video, abbiamo dettaglio un protocollo per l&#39;analisi globale dell&#39;espressione genica utilizzando una completa piattaforma microarray di oligonucleotidi per il pesce zebra.</p>

Analisi di espressione genica globale Utilizzando un Zebrafish piattaforma Microarray oligonucleotidi

Gene microarray technology permits quantitative measurement and gene expression profiling of transcript levels on a genome-wide basis. Gene microarray ...

Research

JoVE Journal

Biology

Bacterial Gene Expression Analysis Using Microarrays

Batterica analisi di espressione genica mediante microarray

Ricerca

Biologia

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La preparazione di colture primarie di cellule emopoietiche dal midollo osseo murino per elettroporazione

It is becoming increasingly apparent that electroporation is the most effective way to introduce plasmid DNA or siRNA into primary cells. The Gene Pulser ...

RNA Isolation from Embryonic Zebrafish and cDNA Synthesis for Gene Expression Analysis

Isolamento RNA da embrionali Sintesi Zebrafish e cDNA per l&#39;analisi di espressione genica

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Using the Gene Pulser MXcell Electroporation System to Transfect Primary Cells with High Efficiency

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