Name: global gene expression analysis using a zebrafish oligonucleotide microarray platform
Uploaded: 2009-08-10T00:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Global Gene Expression Analysis Using a Zebrafish Oligonucleotide Microarray Platform at JoVE.com

<p class="jove_title"> Bölüm 1: cDNA Floresan Etiketleme </p><p class="jove_content"> Cy3 boya mikroarray deneyde kullanılan fotoğraf bozulmaya karşı hassas. Bu prosedür, bir ışık az miktarda yer almalıdır. Etiketleme protokol BioPrime Array CGH Genomik Etiketleme Sistemi Kılavuzu <sup>1</sup> uyarlanmıştır. </p><ol><li> Etiketleme reaksiyon için reaktifler -20 ° C&#39;de saklanır. BioPrime Array CGH Genomik Etiketleme Sistemi çözülme 2.5X Rastgele Primer Buffer, 10X dCTP karışımı, ve nukleaz ücretsiz su. Ayrıca Cy3 ...

<ol>
	<li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>BioPrime Array CGH Genomic Labeling System Manual</em>. , (2004).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>Roche NimbleGen Arrays User's Guide for Gene Expression Analysis</em>. , (2008).</li></ol>

<p class="jove_content"> Burada ayrıntılı dahil olmak üzere birçok mikroarray protokolleri, hibridizasyon ölçme ve nicel bir araç olarak floresan boya kullanın. Cy3 floresan boya, fotoğraf ve ozon bozulması duyarlı. Bu prosedür minimal aydınlatma yapılan olması tavsiye edilir. Buna ek olarak, küçük toz parçacıkları hibridizasyon ve tarama engelleyebilir. Çalışma alanını temiz ve tozdan arındırılmış emin olmak için özel dikkat verilmelidir. </p><p class="jove_content"> Bu prosedürde açıklanan etiketleme proto...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Array Microcentrifuge Dryer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>ISC Bioexpress</td>
<td>C-1303-T</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>BioPrime Array CGH Genomic Labeling System</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>18095-011</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Cyanine 3-dCTP</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>PerkinElmer</td>
<td>NEL576</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>GenePix 4000B</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Molecular Devices</td>
<td>GENEPIX 4000B</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Microcon YM-30</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Millipore</td>
<td>42411</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NimbleGen Array Processing Accessories</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223539001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NimbleGen Hybridization Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223474001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NimbleGen Hybridization System 4</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223652001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NimbleGen Wash Buffer Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223504001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>X1 Mixers</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223725001</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

global gene expression analysis using a zebrafish oligonucleotide microarray platform

<p class="jove_content">Roarray teknolojisi genom bazında transkript seviyeleri kantitatif ölçüm ve gen ekspresyon profil izin verir. Roarray teknolojisi uygulamaları gelişimsel aşaması ile ilgili olarak küresel bir hastalık durumu gen ekspresyon analizi de dahil olmak üzere çeşitli pek çok biyolojik disiplinlerde kullanılan ve zehirli yanıtlarında. Burada, küresel gen ekspresyon analizi kapsamlı bir zebrafish özel oligonükleotid mikroarray platformu kullanarak bir göstergesi sayılabilir. Zebrafish ifade mikroarray platformu hedef yüzde 12 problar kadar 37.157 hedefleri sorguya 385.000 probları, uzunluğu 60 baz çifti içerir. Bu platform için, Zebra balığı kullanılabilir tüm cDNA ve genomik bilgiler Ensembl (http://www.ensembl.org), VEGA (http://vega.sanger.ac.uk), UCSC (dahil olmak üzere çeşitli genomik veritabanlarından toplanmıştır. http://genome.ucsc.edu) ve ZFIN (http://www.zfin.org). Sonuç olarak bu ifadeyi dizi güncel zebrafish transcriptome tam kapsama alanı sağlar. Zebrafish ifade mikroarray Roche NimbleGen (Madison, WI) tarafından basılmıştır. Bu teknik bir gösteri floresan cDNA bir ürün etiketleme, etiketli cDNA ürün mikroarray platformu hibridizasyon, ve tek renk analizi strateji kullanarak sinyal alımı için dizi tarama içerir.</p>

Watch this Scientific Journal Video about Global Gene Expression Analysis Using a Zebrafish Oligonucleotide Microarray Platform at JoVE.com

Global Gene Expression Analysis Using a Zebrafish Oligonucleotide Microarray Platform

<p class="jove_content">Gen mikroarray&#39;ler genom düzeyinde gen ekspresyonu güçlü araçlardır. Bu teknoloji, gelişim biyolojisi ve toksikoloji de dahil olmak üzere biyolojik disiplinlerin çeşitli uygulaması vardır. Bu video zebrafish için kapsamlı bir oligonükleotid mikroarray platformunu kullanarak küresel gen ekspresyon analizi için detaylı bir protokoldür.</p>

Zebra balığı Oligonükleotid Mikroarray Platformu kullanarak Global Gen İfadesi Analizi

Gene microarray technology permits quantitative measurement and gene expression profiling of transcript levels on a genome-wide basis. Gene microarray ...

Research

JoVE Journal

Biology

Bacterial Gene Expression Analysis Using Microarrays

Bakteriyel Gen İfadesi Analizi Mikroarray&#39;ler Kullanımı

The Preparation of Primary Hematopoietic Cell Cultures From Murine Bone Marrow for Electroporation

Hazırlık Elektroporasyon murin Kemik İliği itibaren İlköğretim Hematopoetik Hücre Kültürleri

It is becoming increasingly apparent that electroporation is the most effective way to introduce plasmid DNA or siRNA into primary cells. The Gene Pulser ...

RNA Isolation from Embryonic Zebrafish and cDNA Synthesis for Gene Expression Analysis

Gen İfadesi Analizi Embriyonik Zebra balığı ve cDNA Sentezi RNA İzolasyon

Many important and complex laboratory procedures require an input of high quality, intact RNA.  A degraded sample or the presence of impurities can lead ...

Using the Gene Pulser MXcell Electroporation System to Transfect Primary Cells with High Efficiency

Yüksek Verimli Primer Hücre Transfect Gen Verici MXcell Elektroporasyon Sistemi

Using an Automated Cell Counter to Simplify Gene Expression Studies: siRNA Knockdown of IL-4 Dependent Gene Expression in Namalwa Cells

Gen İfadesi Çalışmaları basitleştirin Otomatik Hücre Sayıcı kullanma: Namalwa Hücreler IL-4 Bağımlı Gen İfadesi siRNA demonte

The use of siRNA mediated gene knockdown is continuing to be an important tool in studies of gene expression.  siRNA studies are being conducted not only ...

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer (<em>Agrilus planipennis</em>) Using Quantitative Real Time-PCR

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer Agrilus planipennis Using Quantitative Real Time-PCR

Emerald Kül Freze Gen İfade Analizi (<em> Agrilus planipennis</em>) Kullanarak Kantitatif Real Time PCR

Emerald ash borer (EAB, Agrilus planipennis) is an exotic invasive pest, which has killed millions of ash trees (Fraxinus spp) in North America. EAB ...

Microarray Analysis for <em>Saccharomyces cerevisiae</em>

Microarray Analysis for Saccharomyces cerevisiae

Mikroarray Analizi için<em> Saccharomyces cerevisiae</em

In this protocol, gene expression in yeast (Saccharomyces cerevisiae) is changed after exposure to oxidative stress induced by the addition of hydrogen ...

Determining Genetic Expression Profiles in <em>C. elegans</em> Using Microarray and Real-time PCR

Determining Genetic Expression Profiles in C. elegans Using Microarray and Real-time PCR

Genetik İfade Profilleri Belirlenmesi<em> C. elegans</em> Mikroarray ve Real-time PCR

Synapses are composed of a presynaptic active zone in the signaling cell and a postsynaptic terminal in the target cell. In the case of chemical synapses, ...

<em>In vitro</em> Reconstitution of the Active <em>T. castaneum</em> Telomerase

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

Active <em>T.</em> in <em>vitro</em> Sulandırma <em>castaneum</em> Telomeraz

Efforts to isolate the catalytic subunit of telomerase, TERT, in sufficient quantities for structural studies, have been met with limited success for more ...

Gene Trapping Using Gal4 in Zebrafish

Zebra balığı Gal4 kullanma Gene Yakalama

Large clutch size and external development of optically transparent embryos make zebrafish an exceptional vertebrate model system for in vivo insertional ...