Name: a quantitative assessment of the yeast lipidome using electrospray ionization mass spectrometry
Uploaded: 2009-08-21T12:45:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Quantitative Assessment of The Yeast Lipidome using Electrospray Ionization Mass Spectrometry at JoVE.com

ونحن ممتنون لتيسييه آلان لتقديم المشورة القيمة والمناقشات ، والدعم التقني. نعترف مركز للتطبيقات البيولوجية للالطيف الكتلي في جامعة كونكورديا للخدمات متميزة. وأيد هذا العمل من المنح المقدمة من CIHR NSERC وكندا. فيتامين هو محقق جديد CIHR وكرسي أبحاث جامعة كونكورديا في علم الجينوم ، بيولوجيا الخلية والشيخوخة.

المواد والأساليب <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> سلالات الخميرة وظروف النمو كانت تزرع سلالة من النوع البري BY4742 (MATα his3Δ1 leu2Δ0 lys2Δ0 ura3Δ0) في المتوسط ​​YEPD الغنية (1 ٪ خلاصة الخميرة ، ببتون 2 ٪ ، السكر بنسبة 2 ٪). والخلايا المستزرعة في 30 درجة مئوية م...

<ol>
	<li>Cao, H., Gerhold, K., Mayers, J. R., Wiest, M. M., Watkins, S. M., Hotamisligil, G. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+a+lipokine,+a+lipid+hormone+linking+adipose+tissue+to+systemic+metabolism.">Identification of a lipokine, a lipid hormone linking adipose tissue to systemic metabolism.</a> Cell. 134, 933-944 (2008).</li><li>Claypool, S. M., Oktay, Y., Boontheung, P., Loo, J. A., Koehler, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cardiolipin+defines+the+interactome+of+the+major+ADP/ATP+carrier+protein+of+the+mitochondrial+inner+membrane.">Cardiolipin defines the interactome of the major ADP/ATP carrier protein of the mitochondrial inner membrane.</a> J. Cell Biol. 182, 937-950 (2008).</li><li>Guo, T., Gregg, C., Boukh-Viner, T., Kyryakov, P., Goldberg, A., Bourque, S., Banu, F., Haile, S., Milijevic, S., San, K. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+signal+from+inside+the+peroxisome+initiates+its+division+by+promoting+the+remodeling+of+the+peroxisomal+membrane.">A signal from inside the peroxisome initiates its division by promoting the remodeling of the peroxisomal membrane.</a> J. Cell Biol. 177, 289-303 (2007).</li><li>Russell, S. J., Kahn, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Endocrine+regulation+of+ageing.">Endocrine regulation of ageing.</a> Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 8, 681-691 (2007).</li><li>Czabany, T., Athenstaedt, K., Daum, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthesis,+storage+and+degradation+of+neutral+lipids+in+yeast.">Synthesis, storage and degradation of neutral lipids in yeast.</a> Biochim. Biophys. Acta. 1771, 299-309 (2007).</li><li>Br&amp;uuml, g. g. e. r., Erben, B., Sandhoff, G., Wieland, R., &amp;amp, F. T., Lehmann, W. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+analysis+of+biological+membrane+lipids+at+the+low+picomole+level+by+nano-electrospray+ionization+tandem+mass+spectroscopy.">Quantitative analysis of biological membrane lipids at the low picomole level by nano-electrospray ionization tandem mass spectroscopy.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 94, 2339-2344 (1997).</li><li>Schneiter, R., Br&#252;gger, B., Sandhoff, R., Zellnig, G., Leber, A., Lampl, M., Athenstaedt, K., Hrastnik, C., Eder, S., Daum, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Electrospray+ionization+tandem+mass+spectrometry+(ESI-MS/MS)+analysis+of+the+lipid+molecular+species+composition+of+yeast+subcellular+membranes+reveals+acyl+chain-based+sorting/remodeling+of+distinct+molecular+species+en+route+to+the+plasma+membrane.">Electrospray ionization tandem mass spectrometry (ESI-MS/MS) analysis of the lipid molecular species composition of yeast subcellular membranes reveals acyl chain-based sorting/remodeling of distinct molecular species en route to the plasma membrane.</a> J. Cell Biol. 146, 741-754 (1999).</li><li>Bligh, E. G., Dyer, W. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+rapid+method+of+total+lipid+extraction+and+purification.">A rapid method of total lipid extraction and purification.</a> Can. J. Biochem. Physiol. 37, 911-917 (1959).</li></ol>

هذا الأسلوب يتيح تقييم سريع الكمي للlipidome باستخدام الخميرة متاحة بسهولة ، ومواد غير مكلفة. الأسلوب يسمح تحديد معظم أنواع الدهون الموجودة في خلايا الخميرة باستثناء diacylglycerols ، واسترات ergosterols ergosteryl ، وإن كان يمكن تحديد هذه الدهون عن طريق استبدال هيدروكسيد الأمونيوم مع ه...

a quantitative assessment of the yeast lipidome using electrospray ionization mass spectrometry

الدهون هي واحدة من الفئات الكبرى من الجزيئات الحيوية والديناميكية أدوارا الغشاء ، وتخزين الطاقة ، والإشارات<sup&gt; 1-4</sup&gt;. الخميرة في مهدها<em&gt; السكيراء الجعوية</em&gt; وراثيا وكيميائيا حقيقي النواة وحيدة الخلية تلاعب مع الجينوم المشروح وlipidome بسيط جدا ، هو نموذج لدراسة قيمة الوظائف البيولوجية للأنواع الدهون المختلفة في حقيقيات النوى متعددة الخلايا<sup&gt; 2،3،5</sup&gt;.<em&gt; س. خميرة</em&gt; لديه 10 فئات رئيسية من الدهون مع أطوال سلسلة من ذرات الكربون اساسا 16 أو 18 وإما صفر أو واحد من درجة التشبع<sup&gt; 6،7</sup&gt;. وراسخة ولكن حساسية منخفضة ، منفصلة كاف أشكال مختلفة من الدهون الجزيئية ، تتطلب derivitization الدهون السابقة -- الأساليب القائمة لتحديد وتقدير الدهن -- مثل ارتفاع الأداء اللوني السائل ، اللوني رقيقة الطبقة ، المجهري مضان ، واللوني للغاز تليها MS للتحليل ، أو يمكن أن تستهلك الوقت تماما. هنا نقدم وصفا مفصلا لنهجنا التجريبية لحل هذه القيود المتأصلة باستخدام المسح المسح ESI / MS لتحديد النوعي والكمي لتكملة كاملة من الدهون في خلايا الخميرة. وصف الأسلوب لا يتطلب الفصل الكروماتوغرافي مخاليط معقدة الدهون المستخرجة من خلايا الخميرة ، وبالتالي تسارع إلى حد كبير عملية جمع البيانات. هذا الأسلوب يتيح تحديد وتقدير الدهون في تركيزات منخفضة بقدر مل / غ وأنها طبقت بنجاح لتقييم lipidomes من خلايا الخميرة كلها وعلى تنقية العضيات. استخراج الدهون من خلايا الخميرة كلها لاستخدام هذا الأسلوب من تحليل الدهون تستغرق ساعتين الى ثلاث ساعات. يستغرق سوى خمس إلى عشر دقائق لتشغيل كل عينة من الدهون المستخرجة ويجفف على مطياف الكتلة Q - TOF مجهزة مصدر نانو electrospray.

Watch this Scientific Journal Video about A Quantitative Assessment of The Yeast Lipidome using Electrospray Ionization Mass Spectrometry at JoVE.com

A Quantitative Assessment of The Yeast Lipidome using Electrospray Ionization Mass Spectrometry

نحن تصف طريقة جديدة lipidomics كمي لتحديد الأنواع الدهنية عديدة في الخميرة باستخدام المسح المسح الشامل التأين مطياف electrospray (ESI / MS). هذا الأسلوب يتجاوز حاليا الأساليب المتاحة لتحديد وتقدير الدهون في القدرة على حل مختلف أشكال الجزيئية من الدهون ، والحساسية ، والسرعة.

والتقييم الكمي لاستخدام الطيف Lipidome الخميرة Electrospray قداس التأين

Lipids are one of the major classes of biomolecules and play important roles membrane dynamics, energy storage, and signalling1-4. The budding yeast ...

Research

JoVE Journal

Biology

MALDI Sample Preparation: the Ultra Thin Layer Method

MALDI تحضير العينة : الترا أسلوب طبقة رقيقة

This video demonstrates the preparation of an ultra-thin matrix/analyte layer for analyzing peptides and proteins by Matrix-Assisted Laser Desorption ...

Quantification of Proteins Using Peptide Immunoaffinity Enrichment Coupled with Mass Spectrometry

الكمي من البروتينات عن طريق التخصيب الببتيد Immunoaffinity اقترن الطيف الكتلي

There is a great need for quantitative assays in measuring proteins. Traditional sandwich immunoassays, largely considered the gold standard in ...

Amide Hydrogen/Deuterium Exchange &amp; MALDI-TOF Mass Spectrometry Analysis of Pak2 Activation

Amide Hydrogen/Deuterium Exchange & MALDI-TOF Mass Spectrometry Analysis of Pak2 Activation

أميد الهيدروجينية / الديتريوم الطيف الكتلي تبادل و- TOF MALDI تحليل Pak2 التنشيط

Amide hydrogen/deuterium exchange (H/D exchange) coupled with mass spectrometry has been widely used to analyze the interface of protein-protein ...

Profiling Thiol Redox Proteome Using Isotope Tagging Mass Spectrometry

التنميط بروتيوم الأكسدة والاختزال ثيول استخدام الطيف النظائر كتلة توصيف

Pseudomonas syringae pv. tomato strain DC3000 not only causes bacterial speck disease in Solanum lycopersicum but also on Brassica species, as well as on ...

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

بروتوكول لتحديد البروتين البروتين التفاعلات على أساس<sup&gt; 15</sup&gt; N صفها الأيض، مناعي، الكمي والتحوير الطيف الكتلي الانجذاب

Protein-protein interactions are fundamental for many biological processes in the cell. Therefore, their characterization plays an important role in ...

A New Approach for the Comparative Analysis of Multiprotein Complexes Based on 15N Metabolic Labeling and Quantitative Mass Spectrometry

A New Approach for the Comparative Analysis of Multiprotein Complexes Based on 15N Metabolic Labeling and Quantitative Mass Spectrometry

نهج جديد لتحليل مقارن لMultiprotein مجمعات بناء على<sup&gt; 15</sup&gt; N الأيض وصفها والكمية الطيف الكتلي

The introduced protocol provides a tool for the analysis of multiprotein complexes in the thylakoid membrane, by revealing insights into complex ...

Capture Compound Mass Spectrometry - A Powerful Tool to Identify Novel c-di-GMP Effector Proteins

التقاط الطيف الكتلي - أداة قوية لتحديد رواية ج-دي-GMP المستجيب البروتينات

Considerable progress has been made during the last decade towards the identification and characterization of enzymes involved in the synthesis ...

Identification of MyoD Interactome Using Tandem Affinity Purification Coupled to Mass Spectrometry

تحديد MyoD Interactome عن طريق جنبا الى جنب الانجذاب تنقية جانب لقياس الطيف الكتلي

Skeletal muscle terminal differentiation starts with the commitment of pluripotent mesodermal precursor cells to myoblasts. These cells have still the ...

Using Microfluidic Devices to Measure Lifespan and Cellular Phenotypes in Single Budding Yeast Cells

استخدام أجهزة ميكروفلويديك لقياس عمر والخلوية الظواهر في خلايا الخميرة في مهدها واحدة

Budding yeast Saccharomyces cerevisiae is an important model organism in aging research. Genetic studies have revealed many genes with conserved effects ...

Sample Preparation for Mass-spectrometry-based Proteomics Analysis of Ocular Microvessels

إعداد نموذج للإعلام-قياس الطيف الكتلي المستندة البروتيوميات تحليل ميكروفيسيلس العين

The use of isolated ocular blood vessels in vitro to decipher the pathophysiological state of the eye using advanced technological approaches has greatly ...