Name: a quantitative assessment of the yeast lipidome using electrospray ionization mass spectrometry
Uploaded: 2009-08-21T12:45:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Quantitative Assessment of The Yeast Lipidome using Electrospray Ionization Mass Spectrometry at JoVE.com

אנו מודים אלן טסייה עבור לייעץ, דיונים חשובים, ותמיכה טכנית. אנו מכירים את מרכז עבור יישומים ביולוגיים של ספקטרומטריית מסה ב אוניברסיטת קונקורדיה עבור שירותי מצטיינים. עבודה זו נתמכה על ידי מענקי CIHR לבין NSERC של קנדה. ויט הוא חוקר חדש CIHR ו קונקורדיה יו&quot;ר אוניברסיטת מחקר Genomics, ביולוגיה של התא והזדקנות.

חומרים ושיטות <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שמרים זנים ותנאי גידול זן wild-type BY4742 (MATα his3Δ1 leu2Δ0 lys2Δ0 ura3Δ0) היה גדל בינוני YEPD עשיר (1% תמצית שמרים, peptone 2%, גלוקוז 2%). היו תאים בתרבית בשעה 30 ° C עם הסיבוב רועד בסל&quot;ד 200 ב צלוחיות Erlenmeyer על יחס &quot;נפח / ב...

<ol>
	<li>Cao, H., Gerhold, K., Mayers, J. R., Wiest, M. M., Watkins, S. M., Hotamisligil, G. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+a+lipokine,+a+lipid+hormone+linking+adipose+tissue+to+systemic+metabolism.">Identification of a lipokine, a lipid hormone linking adipose tissue to systemic metabolism.</a> Cell. 134, 933-944 (2008).</li><li>Claypool, S. M., Oktay, Y., Boontheung, P., Loo, J. A., Koehler, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cardiolipin+defines+the+interactome+of+the+major+ADP/ATP+carrier+protein+of+the+mitochondrial+inner+membrane.">Cardiolipin defines the interactome of the major ADP/ATP carrier protein of the mitochondrial inner membrane.</a> J. Cell Biol. 182, 937-950 (2008).</li><li>Guo, T., Gregg, C., Boukh-Viner, T., Kyryakov, P., Goldberg, A., Bourque, S., Banu, F., Haile, S., Milijevic, S., San, K. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+signal+from+inside+the+peroxisome+initiates+its+division+by+promoting+the+remodeling+of+the+peroxisomal+membrane.">A signal from inside the peroxisome initiates its division by promoting the remodeling of the peroxisomal membrane.</a> J. Cell Biol. 177, 289-303 (2007).</li><li>Russell, S. J., Kahn, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Endocrine+regulation+of+ageing.">Endocrine regulation of ageing.</a> Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 8, 681-691 (2007).</li><li>Czabany, T., Athenstaedt, K., Daum, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthesis,+storage+and+degradation+of+neutral+lipids+in+yeast.">Synthesis, storage and degradation of neutral lipids in yeast.</a> Biochim. Biophys. Acta. 1771, 299-309 (2007).</li><li>Br&amp;uuml, g. g. e. r., Erben, B., Sandhoff, G., Wieland, R., &amp;amp, F. T., Lehmann, W. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+analysis+of+biological+membrane+lipids+at+the+low+picomole+level+by+nano-electrospray+ionization+tandem+mass+spectroscopy.">Quantitative analysis of biological membrane lipids at the low picomole level by nano-electrospray ionization tandem mass spectroscopy.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 94, 2339-2344 (1997).</li><li>Schneiter, R., Br&#252;gger, B., Sandhoff, R., Zellnig, G., Leber, A., Lampl, M., Athenstaedt, K., Hrastnik, C., Eder, S., Daum, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Electrospray+ionization+tandem+mass+spectrometry+(ESI-MS/MS)+analysis+of+the+lipid+molecular+species+composition+of+yeast+subcellular+membranes+reveals+acyl+chain-based+sorting/remodeling+of+distinct+molecular+species+en+route+to+the+plasma+membrane.">Electrospray ionization tandem mass spectrometry (ESI-MS/MS) analysis of the lipid molecular species composition of yeast subcellular membranes reveals acyl chain-based sorting/remodeling of distinct molecular species en route to the plasma membrane.</a> J. Cell Biol. 146, 741-754 (1999).</li><li>Bligh, E. G., Dyer, W. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+rapid+method+of+total+lipid+extraction+and+purification.">A rapid method of total lipid extraction and purification.</a> Can. J. Biochem. Physiol. 37, 911-917 (1959).</li></ol>

שיטה זו מאפשרת הערכה כמותית מהירה של lipidome את השמרים באמצעות זמינים, חומרים זולים. השיטה מאפשרת זיהוי של מרבית המינים השומנים המצוי בתאי שמרים למעט diacylglycerols, ergosterols ו אסטרים ergosteryl, למרות שומנים אלה ניתן לזהות על ידי החלפת הידרוקסיד עם אמוניום הידרוקסיד ליתיום. השיטה המ...

a quantitative assessment of the yeast lipidome using electrospray ionization mass spectrometry

ליפידים הם אחד השיעורים הגדולים של ביומולקולות ולשחק בתפקידים חשובים הדינמיקה קרום, אחסון אנרגיה, איתות<sup&gt; 1-4</sup&gt;. שמרים ניצני<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em&gt;, Eukaryote גנטית ביוכימית unicellular manipulable עם הגנום המבואר ו lipidome פשוט מאוד, הוא מודל יקר ערך לחקר תפקודים ביולוגיים של מינים השומנים השונים תאיים אאוקריוטים<sup&gt; 2,3,5</sup&gt;.<em&gt; ס cerevisiae</em&gt; יש 10 סוגים עיקריים של שומנים עם אורכי שרשרת בעיקר של 16 או 18 אטומי פחמן או אפס או אחד מידת unsaturation<sup&gt; 6,7</sup&gt;. השיטות הקיימות לזיהוי שומנים וכימות - כגון כרומטוגרפיה נוזלית ביצועים גבוהים, רזה שכבת כרומטוגרפיה, מיקרוסקופ פלואורסצנטי, וכן גז כרומטוגרפיה ואחריו MS - מבוססים היטב, אבל יש רגישות נמוכה, נפרד מספיק צורות מולקולריות שונים של שומנים, שומנים derivitization דורשים מראש לניתוח, או יכול להיות די זמן רב. כאן אנו מציגים תיאור מפורט של גישה ניסויית שלנו כדי לפתור את המגבלות הטמונות באמצעות סקר סריקה ESI / MS לזיהוי וכימות להשלים את כולו של שומנים בתאי שמרים. השיטה המתוארת אינה דורשת הפרדה chromatographic של תערובות השומנים מורכבים התאושש מתאי השמרים, ובכך מאיץ מאוד את תהליך רכישת הנתונים. שיטה זו מאפשרת זיהוי שומנים וכימות על ריכוזים נמוך כמו גרם / מ&quot;ל ​​ו - יושם בהצלחה להערכת lipidomes בתאי שמרים שלם האברונים מטוהרים שלהם. ליפידים מיצוי מתאי שמרים שלם באמצעות שיטה זו של ניתוח השומנים לוקח שעתיים עד שלוש שעות. זה לוקח רק חמש עד עשר דקות לרוץ כל מדגם של שומנים חילוץ מיובשים על ספקטרומטר Q-TOF המוני מצויד מקור ננו electrospray.

Watch this Scientific Journal Video about A Quantitative Assessment of The Yeast Lipidome using Electrospray Ionization Mass Spectrometry at JoVE.com

A Quantitative Assessment of The Yeast Lipidome using Electrospray Ionization Mass Spectrometry

אנו מתארים שיטה חדשה lipidomics כמותי לזיהוי שומנים מינים רבים שמרים באמצעות סקר סריקה יינון electrospray ספקטרומטריית מסה (ESI / MS). שיטה זו עולה כיום השיטות הזמינות לזיהוי שומנים וכימות ביכולת לפתור צורות מולקולריות שונים של שומנים, רגישות, ומהירות.

הערכה כמותית של Lipidome שמרים באמצעות Ionization electrospray ספקטרומטריית מסה

Lipids are one of the major classes of biomolecules and play important roles membrane dynamics, energy storage, and signalling1-4. The budding yeast ...

Research

JoVE Journal

Biology

MALDI Sample Preparation: the Ultra Thin Layer Method

MALDI הכנה לדוגמא: שיטת אולטרה שכבה דקה

This video demonstrates the preparation of an ultra-thin matrix/analyte layer for analyzing peptides and proteins by Matrix-Assisted Laser Desorption ...

Quantification of Proteins Using Peptide Immunoaffinity Enrichment Coupled with Mass Spectrometry

כימות של חלבונים באמצעות העשרה Immunoaffinity פפטיד יחד עם ספקטרומטריית מסה

There is a great need for quantitative assays in measuring proteins. Traditional sandwich immunoassays, largely considered the gold standard in ...

Amide Hydrogen/Deuterium Exchange &amp; MALDI-TOF Mass Spectrometry Analysis of Pak2 Activation

Amide Hydrogen/Deuterium Exchange & MALDI-TOF Mass Spectrometry Analysis of Pak2 Activation

אמיד מימן / דאוטריום Exchange &amp; MALDI-TOF המוני ספקטרומטריית ניתוח של הפעלת Pak2

Amide hydrogen/deuterium exchange (H/D exchange) coupled with mass spectrometry has been widely used to analyze the interface of protein-protein ...

Profiling Thiol Redox Proteome Using Isotope Tagging Mass Spectrometry

פרופיל Proteome חיזור תיאול באמצעות תיוג איזוטופ ספקטרומטריית מסה

Pseudomonas syringae pv. tomato strain DC3000 not only causes bacterial speck disease in Solanum lycopersicum but also on Brassica species, as well as on ...

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

פרוטוקול לזיהוי של אינטראקציות בין חלבונים על הסמך<sup&gt; 15</sup&gt; תיוג N מטבולית, immunoprecipitation, כמותית המונית ספקטרומטריית וזיקת ​​אפנון

Protein-protein interactions are fundamental for many biological processes in the cell. Therefore, their characterization plays an important role in ...

A New Approach for the Comparative Analysis of Multiprotein Complexes Based on 15N Metabolic Labeling and Quantitative Mass Spectrometry

A New Approach for the Comparative Analysis of Multiprotein Complexes Based on 15N Metabolic Labeling and Quantitative Mass Spectrometry

גישה חדשה לניתוח השוואתי של multiprotein מכלולים בהתבסס על<sup&gt; 15</sup&gt; N מטבולית תיוג וכמותי ספקטרומטריית המסה

The introduced protocol provides a tool for the analysis of multiprotein complexes in the thylakoid membrane, by revealing insights into complex ...

Capture Compound Mass Spectrometry - A Powerful Tool to Identify Novel c-di-GMP Effector Proteins

ספקטרומטריית מתחם מיסת לכידה - כלי רב עוצמה לזיהוי הרומן ג-di-GMP חלבונים מפעיל

Considerable progress has been made during the last decade towards the identification and characterization of enzymes involved in the synthesis ...

Identification of MyoD Interactome Using Tandem Affinity Purification Coupled to Mass Spectrometry

זיהוי של Myod Interactome שימוש טיהור טנדם זיקה מצמידים ספקטרומטריית מסה

Skeletal muscle terminal differentiation starts with the commitment of pluripotent mesodermal precursor cells to myoblasts. These cells have still the ...

Using Microfluidic Devices to Measure Lifespan and Cellular Phenotypes in Single Budding Yeast Cells

באמצעות מכשירים microfluidic למדוד פנוטיפים תוחלת החיים סלולר בתאי שמרים ניצני יחיד

Budding yeast Saccharomyces cerevisiae is an important model organism in aging research. Genetic studies have revealed many genes with conserved effects ...

Sample Preparation for Mass-spectrometry-based Proteomics Analysis of Ocular Microvessels

הכנת הדוגמא מסה ספקטרומטר מבוססת על ניתוח פרוטאומיקס של עינית Microvessels

The use of isolated ocular blood vessels in vitro to decipher the pathophysiological state of the eye using advanced technological approaches has greatly ...