Name: a quantitative assessment of the yeast lipidome using electrospray ionization mass spectrometry
Uploaded: 2009-08-21T12:45:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Quantitative Assessment of The Yeast Lipidome using Electrospray Ionization Mass Spectrometry at JoVE.com

我々は、貴重なアドバイス、ディスカッション、および技術サポートのためにアランテッシェに感謝しています。私たちは、優れたサービスのためのコンコルディア大学の質量分析の生物学的応用のためのセンターを認めます。この作品は、CIHRとカナダのNSERCからの補助金によって支えられている。 VITはCIHR新調査官とゲノミクスのコンコルディア大学のリサーチチェア、細胞生物学と高齢化です。

材料および方法<ol><li>酵母菌株及び成長条件 野生型株BY4742（MATαhis3Δ1leu2Δ0lys2Δ0ura3Δ0が ）豊富なYEPD培地（1％酵母エキス、2％ペプトン、2％グルコース）で増殖させた。細胞を30℃で回転が5:1の&quot;フラスコの体積/培地体積&quot;比での三角フラスコで200 rpmで振盪しながら培養した。 </li><li>脂質の抽出のための酵母細胞の貯蔵 <ol><li>細胞の50 mlの培養液で5分間3000 × gで遠心分離...

<ol>
	<li>Cao, H., Gerhold, K., Mayers, J. R., Wiest, M. M., Watkins, S. M., Hotamisligil, G. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+a+lipokine,+a+lipid+hormone+linking+adipose+tissue+to+systemic+metabolism.">Identification of a lipokine, a lipid hormone linking adipose tissue to systemic metabolism.</a> Cell. 134, 933-944 (2008).</li><li>Claypool, S. M., Oktay, Y., Boontheung, P., Loo, J. A., Koehler, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cardiolipin+defines+the+interactome+of+the+major+ADP/ATP+carrier+protein+of+the+mitochondrial+inner+membrane.">Cardiolipin defines the interactome of the major ADP/ATP carrier protein of the mitochondrial inner membrane.</a> J. Cell Biol. 182, 937-950 (2008).</li><li>Guo, T., Gregg, C., Boukh-Viner, T., Kyryakov, P., Goldberg, A., Bourque, S., Banu, F., Haile, S., Milijevic, S., San, K. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+signal+from+inside+the+peroxisome+initiates+its+division+by+promoting+the+remodeling+of+the+peroxisomal+membrane.">A signal from inside the peroxisome initiates its division by promoting the remodeling of the peroxisomal membrane.</a> J. Cell Biol. 177, 289-303 (2007).</li><li>Russell, S. J., Kahn, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Endocrine+regulation+of+ageing.">Endocrine regulation of ageing.</a> Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 8, 681-691 (2007).</li><li>Czabany, T., Athenstaedt, K., Daum, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthesis,+storage+and+degradation+of+neutral+lipids+in+yeast.">Synthesis, storage and degradation of neutral lipids in yeast.</a> Biochim. Biophys. Acta. 1771, 299-309 (2007).</li><li>Br&amp;uuml, g. g. e. r., Erben, B., Sandhoff, G., Wieland, R., &amp;amp, F. T., Lehmann, W. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+analysis+of+biological+membrane+lipids+at+the+low+picomole+level+by+nano-electrospray+ionization+tandem+mass+spectroscopy.">Quantitative analysis of biological membrane lipids at the low picomole level by nano-electrospray ionization tandem mass spectroscopy.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 94, 2339-2344 (1997).</li><li>Schneiter, R., Br&#252;gger, B., Sandhoff, R., Zellnig, G., Leber, A., Lampl, M., Athenstaedt, K., Hrastnik, C., Eder, S., Daum, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Electrospray+ionization+tandem+mass+spectrometry+(ESI-MS/MS)+analysis+of+the+lipid+molecular+species+composition+of+yeast+subcellular+membranes+reveals+acyl+chain-based+sorting/remodeling+of+distinct+molecular+species+en+route+to+the+plasma+membrane.">Electrospray ionization tandem mass spectrometry (ESI-MS/MS) analysis of the lipid molecular species composition of yeast subcellular membranes reveals acyl chain-based sorting/remodeling of distinct molecular species en route to the plasma membrane.</a> J. Cell Biol. 146, 741-754 (1999).</li><li>Bligh, E. G., Dyer, W. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+rapid+method+of+total+lipid+extraction+and+purification.">A rapid method of total lipid extraction and purification.</a> Can. J. Biochem. Physiol. 37, 911-917 (1959).</li></ol>

このメソッドは、容易に入手できる、安価な材料を使用して酵母のlipidomeの迅速な定量的評価が可能になります。これらの脂質は、水酸化リチウムと水酸化アンモニウムを置き換えることによって識別することができるが方法は、ジアシルグリセロール、ergosterolsとergosterylエステルを除いて、酵母細胞にある脂質の種のほとんどの同定が可能になります。説明する方法は、大きさの2〜3桁（脂...

a quantitative assessment of the yeast lipidome using electrospray ionization mass spectrometry

脂質は、生体分子の主要なクラスの一つであり、重要な役割の膜の力学、エネルギー貯蔵、およびシグナリングを再生<sup&gt; 1月4日</sup&gt;。出芽酵母<em&gt;サッカロマイセスセレビシエ</em&gt;、注釈付きのゲノムと非常にシンプルなlipidomeと遺伝的および生化学的に操作可能な単細胞真核生物は、多細胞真核生物の様々な脂質の種の生物学的機能を研究するための貴重なモデルです。<sup&gt; 2,3,5</sup&gt;。<em&gt; S.出芽酵母</em&gt;主に16または18個の炭素原子と不飽和のゼロまたは1度の鎖長を持つ脂質の10の主要なクラスがあります<sup&gt; 6,7</sup&gt;。脂質の同定と定量のための既存の方法 - そのような高速液体クロマトグラフィー、薄層クロマトグラフィー、蛍光顕微鏡、およびMSに続いてガスクロマトグラフィーとしては - 十分に確立が低感度、脂質の不十分別の様々な分子形式は、前の脂質誘導体化を必要と持っています分析に、または非常に時間がかかる可能性があります。ここでは、酵母細胞内の脂質の全体補数の同定および定量化のために調査スキャンESI / MSを使用して、これらの固有の限界を解決するために我々の実験手法の詳細な説明を提示する。記載されている方法は、それによって大幅にデータ収集のプロセスを加速し、酵母細胞から回収した複合脂質の混合物のクロマトグラフ分離を必要としません。このメソッドはg / mlとして低濃度で脂質の同定と定量を可能にし、成功した全酵母細胞およびそれらの精製された細胞小器官のlipidomesを評価するために適用されています。脂質の分析のこの方法を使用するための全体の酵母細胞からの脂質の抽出は、2〜3時間かかります。それは、ナノエレクトロスプレー源を装備したQ - TOF質量分析計で抽出、乾燥脂質の各サンプルを実行するためにわずか5〜10分かかります。

Watch this Scientific Journal Video about A Quantitative Assessment of The Yeast Lipidome using Electrospray Ionization Mass Spectrometry at JoVE.com

A Quantitative Assessment of The Yeast Lipidome using Electrospray Ionization Mass Spectrometry

我々は調査 - スキャンエレクトロスプレーイオン化質量分析（ESI / MS）を用いて酵母で数々の脂質の種を識別するための新しい定量的な脂質メタボロームの手法を説明します。このメソッドは、現在、脂質の同定と定量脂質の様々な分子形態を解決する能力で、感度、およびスピードで利用できるメソッドを超えています。

エレクトロスプレーイオン化質量分析法を用いて酵母Lipidomeの定量評価

Lipids are one of the major classes of biomolecules and play important roles membrane dynamics, energy storage, and signalling1-4. The budding yeast ...

Research

JoVE Journal

Biology

MALDI Sample Preparation: the Ultra Thin Layer Method

MALDIサンプル調製：超薄層法

This video demonstrates the preparation of an ultra-thin matrix/analyte layer for analyzing peptides and proteins by Matrix-Assisted Laser Desorption ...

Quantification of Proteins Using Peptide Immunoaffinity Enrichment Coupled with Mass Spectrometry

質量分析法とあいまってペプチドイムノエンリッチメントを使用したタンパク質の定量化

There is a great need for quantitative assays in measuring proteins. Traditional sandwich immunoassays, largely considered the gold standard in ...

Amide Hydrogen/Deuterium Exchange &amp; MALDI-TOF Mass Spectrometry Analysis of Pak2 Activation

Amide Hydrogen/Deuterium Exchange & MALDI-TOF Mass Spectrometry Analysis of Pak2 Activation

PAK2活性化のアミド水素/重水素交換とMALDI - TOF質量分析

Amide hydrogen/deuterium exchange (H/D exchange) coupled with mass spectrometry has been widely used to analyze the interface of protein-protein ...

Profiling Thiol Redox Proteome Using Isotope Tagging Mass Spectrometry

同位体タグ質量分析法を用いたチオールレドックスプロテオームのプロファイリング

Pseudomonas syringae pv. tomato strain DC3000 not only causes bacterial speck disease in Solanum lycopersicum but also on Brassica species, as well as on ...

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

に基づいて、タンパク質 - タンパク質相互作用の同定のためのプロトコル<sup&gt; 15</sup&gt; Nの代謝標識、免疫沈降法、定量的質量分析法と親和性調節

Protein-protein interactions are fundamental for many biological processes in the cell. Therefore, their characterization plays an important role in ...

A New Approach for the Comparative Analysis of Multiprotein Complexes Based on 15N Metabolic Labeling and Quantitative Mass Spectrometry

A New Approach for the Comparative Analysis of Multiprotein Complexes Based on 15N Metabolic Labeling and Quantitative Mass Spectrometry

に基づいた多タンパク質複合体の比較分析のための新たなアプローチ<sup&gt; 15</sup&gt; N代謝標識および定量的質量分析

The introduced protocol provides a tool for the analysis of multiprotein complexes in the thylakoid membrane, by revealing insights into complex ...

Capture Compound Mass Spectrometry - A Powerful Tool to Identify Novel c-di-GMP Effector Proteins

捕獲化合物質量分析 - 小説のc-ジ-GMPエフェクタータンパク質を同定するための強力なツール

Considerable progress has been made during the last decade towards the identification and characterization of enzymes involved in the synthesis ...

Identification of MyoD Interactome Using Tandem Affinity Purification Coupled to Mass Spectrometry

タンデムアフィニティー精製を使用してのMyoDインタラクトームの同定は、質量分析に結合します

Skeletal muscle terminal differentiation starts with the commitment of pluripotent mesodermal precursor cells to myoblasts. These cells have still the ...

Using Microfluidic Devices to Measure Lifespan and Cellular Phenotypes in Single Budding Yeast Cells

シングル出芽酵母細胞での寿命と細胞表現型を測定するためのマイクロ流体デバイスを使用しました

Budding yeast Saccharomyces cerevisiae is an important model organism in aging research. Genetic studies have revealed many genes with conserved effects ...

Sample Preparation for Mass-spectrometry-based Proteomics Analysis of Ocular Microvessels

眼微小循環の質量分析法を用いたプロテオミクス解析の前処理

The use of isolated ocular blood vessels in vitro to decipher the pathophysiological state of the eye using advanced technological approaches has greatly ...