Name: a quantitative assessment of the yeast lipidome using electrospray ionization mass spectrometry
Uploaded: 2009-08-21T12:45:00
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우리는 귀중한 조언, 토론 및 기술 지원 알랭 테시어에 감사하고 있습니다. 우리는 뛰어난 서비스 콩코디아 대학에서 질량 분석법의 생물 학적 응용 프로그램을위한 센터를 인정합니다. 이 작품은 CIHR과 캐나다의 NSERC에서 보조금에 의해 지원되었다. VIT는 CIHR 새로운 인베스티게이터와 게놈의 콩코디아 대학 연​​구 위원장, 세포 생물학 및 노화입니다.

재료 및 방법 <ol><li> 효모 변종과 성장 조건 야생 형 변형 BY4742는 (MATα his3Δ1 leu2Δ0 lys2Δ0 ura3Δ0) (1 % 효모 추출물, 펩톤 2 %, 2 % 포도당) 풍부한 YEPD 매체에서 재배되었다. 전지는 30 ° C 회전이 5시 1분의 &quot;플라스크 볼륨 / 볼륨 매체&quot;비율 Erlenmeyer flasks의 200 rpm으로 잡고 교양되었습니다. </li><li> 지질 추출을위한 효모 세포의 스토리지 <ol><li> 세포의 50 ML 문화 5 분 동안 3,000 XG에?...

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	<li>Cao, H., Gerhold, K., Mayers, J. R., Wiest, M. M., Watkins, S. M., Hotamisligil, G. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+a+lipokine,+a+lipid+hormone+linking+adipose+tissue+to+systemic+metabolism.">Identification of a lipokine, a lipid hormone linking adipose tissue to systemic metabolism.</a> Cell. 134, 933-944 (2008).</li><li>Claypool, S. M., Oktay, Y., Boontheung, P., Loo, J. A., Koehler, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cardiolipin+defines+the+interactome+of+the+major+ADP/ATP+carrier+protein+of+the+mitochondrial+inner+membrane.">Cardiolipin defines the interactome of the major ADP/ATP carrier protein of the mitochondrial inner membrane.</a> J. Cell Biol. 182, 937-950 (2008).</li><li>Guo, T., Gregg, C., Boukh-Viner, T., Kyryakov, P., Goldberg, A., Bourque, S., Banu, F., Haile, S., Milijevic, S., San, K. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+signal+from+inside+the+peroxisome+initiates+its+division+by+promoting+the+remodeling+of+the+peroxisomal+membrane.">A signal from inside the peroxisome initiates its division by promoting the remodeling of the peroxisomal membrane.</a> J. Cell Biol. 177, 289-303 (2007).</li><li>Russell, S. J., Kahn, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Endocrine+regulation+of+ageing.">Endocrine regulation of ageing.</a> Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 8, 681-691 (2007).</li><li>Czabany, T., Athenstaedt, K., Daum, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthesis,+storage+and+degradation+of+neutral+lipids+in+yeast.">Synthesis, storage and degradation of neutral lipids in yeast.</a> Biochim. Biophys. Acta. 1771, 299-309 (2007).</li><li>Br&amp;uuml, g. g. e. r., Erben, B., Sandhoff, G., Wieland, R., &amp;amp, F. T., Lehmann, W. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+analysis+of+biological+membrane+lipids+at+the+low+picomole+level+by+nano-electrospray+ionization+tandem+mass+spectroscopy.">Quantitative analysis of biological membrane lipids at the low picomole level by nano-electrospray ionization tandem mass spectroscopy.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 94, 2339-2344 (1997).</li><li>Schneiter, R., Br&#252;gger, B., Sandhoff, R., Zellnig, G., Leber, A., Lampl, M., Athenstaedt, K., Hrastnik, C., Eder, S., Daum, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Electrospray+ionization+tandem+mass+spectrometry+(ESI-MS/MS)+analysis+of+the+lipid+molecular+species+composition+of+yeast+subcellular+membranes+reveals+acyl+chain-based+sorting/remodeling+of+distinct+molecular+species+en+route+to+the+plasma+membrane.">Electrospray ionization tandem mass spectrometry (ESI-MS/MS) analysis of the lipid molecular species composition of yeast subcellular membranes reveals acyl chain-based sorting/remodeling of distinct molecular species en route to the plasma membrane.</a> J. Cell Biol. 146, 741-754 (1999).</li><li>Bligh, E. G., Dyer, W. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+rapid+method+of+total+lipid+extraction+and+purification.">A rapid method of total lipid extraction and purification.</a> Can. J. Biochem. Physiol. 37, 911-917 (1959).</li></ol>

이 방법은 쉽게 사용할 수, 저렴한 재료를 사용하여 효모 lipidome의 급속한 양적 평가를 수 있습니다. 이러한 lipids가 수산화 리튬과 수산화 암모늄을 대체하여 확인할 수 있지만이 방법은, diacylglycerols, ergosterols 및 ergosteryl 에스테르를 제외한 효모 세포에있는 지질의 종류 대부분의 신분증을 수 있습니다. 설명한 방법은 농도 선형성은 진​​도 2 ~ 3 주문 (지질 종류에 따라 다름) 이상의 확산과 함?...

a quantitative assessment of the yeast lipidome using electrospray ionization mass spectrometry

Lipids은 biomolecules의 주요 클래스 중 하나이며 중요한 역할 막 역학, 에너지 저장을 재생하고, 신호<sup&gt; 1-4</sup&gt;. 신진 효모<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em&gt; 주석 게놈 매우 간단한 lipidome있는 유전자와 화학적으로 manipulable 단세포 진핵세포 생물은 다세포 eukaryotes 다양한 지질 종류의 생물 학적 기능을 연구를위한 귀중한 모델입니다<sup&gt; 2,3,5</sup&gt;.<em&gt; S. cerevisiae</em&gt; 체인 주로 16 또는 18 탄소 원자와 하나 영 길이 또는 unsaturation 중 하나 학위 lipids 10 주요 클래스를 가지고<sup&gt; 6,7</sup&gt;. 지질 식별 및 부량에 대한 기존 방법 - 같은 고성능 액체 크로마 토그래피, 박막 크로마 토그래피, 형광 현미경, 그리고 MS의 다음 기체 크로마 토그래피로이 - 잘 설립하지만, 낮은 감성, lipids의 충분 별도의 다양한 분자 형태가 이전의 지질 derivitization를 필요로 가지고 있습니다 분석하거나, 꽤 시간이 소요될 수 있습니다. 여기 우리는 효모 세포에서 lipids의 전체 보완의 식별 및 부량에 대한 조사 스캔 ESI / MS를 사용하여 이러한 고유의 한계를 해결하기 위해 실험적인 접근 방법에 대한 자세한 설명을 제시한다. 설명한 방법은 크게함으로써 데이터 수집 과정을 가속, 효모 세포에서 발견한 복잡한 지질 혼합물의 분리 색층을 필요로하지 않습니다. 이 방법은 G / ML로 낮은 농도에서 지질 식별 및 부량을 활성화하고 성공적으로 전체 효모 세포 및 정화 organelles의 lipidomes를 평가에 적용되었습니다. 지질 분석이 방법을 사용하기위한 전체 효모 세포에서 Lipids 추출 두세 시간 정도 소요됩니다. 이것은 나노 전기 분무 소스 갖춘 Q - TOF 질량 분석기를 추출하여 건조 lipids 각각의 예제를 실행하기 위해 다섯 10 분 걸립니다.

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A Quantitative Assessment of The Yeast Lipidome using Electrospray Ionization Mass Spectrometry

우리는 조사 스캔 전기 분무 이온화 질량 분광법 (ESI / MS)를 사용하여 효모의 수많은 지질 수종을 식별하기위한 새로운 양적 lipidomics 방법을 설명합니다. 이 방법은 현재 lipids, 감도 및 속도의 다양한 분자 형태를 해결하는 능력 지질 식별 및 부량 사용할 방법을 초과했습니다.

전기 분무 이온화 질량 분광법을 사용하여 효모 Lipidome의 양적 평가

Lipids are one of the major classes of biomolecules and play important roles membrane dynamics, energy storage, and signalling1-4. The budding yeast ...

Research

JoVE Journal

Biology

MALDI Sample Preparation: the Ultra Thin Layer Method

든 샘플 준비 : 울트라 씬 레이어 방법

This video demonstrates the preparation of an ultra-thin matrix/analyte layer for analyzing peptides and proteins by Matrix-Assisted Laser Desorption ...

연구

생물학

Quantification of Proteins Using Peptide Immunoaffinity Enrichment Coupled with Mass Spectrometry

펩타이드 면역 친 화성 농축을 사용하여 단백질의 양을 정함은 질량 분광법과 함께

There is a great need for quantitative assays in measuring proteins. Traditional sandwich immunoassays, largely considered the gold standard in ...

Amide Hydrogen/Deuterium Exchange &amp; MALDI-TOF Mass Spectrometry Analysis of Pak2 Activation

Amide Hydrogen/Deuterium Exchange & MALDI-TOF Mass Spectrometry Analysis of Pak2 Activation

Pak2 활성화의 아미드 수소 / 중수소 교환 및 든 - TOF 질량 분광법 분석

Amide hydrogen/deuterium exchange (H/D exchange) coupled with mass spectrometry has been widely used to analyze the interface of protein-protein ...

Profiling Thiol Redox Proteome Using Isotope Tagging Mass Spectrometry

동위 원소 태그 질량 분광법을 사용하여 Thiol 산화 환원 프로테옴 프로 파일링

Pseudomonas syringae pv. tomato strain DC3000 not only causes bacterial speck disease in Solanum lycopersicum but also on Brassica species, as well as on ...

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

을 바탕으로 단백질 - 단백질 상호 작용의 확인에 프로토콜<sup&gt; 15</sup&gt; N 신진 대사 라벨링, Immunoprecipitation, 수량 질량 분석법 및 선호도 변조

Protein-protein interactions are fundamental for many biological processes in the cell. Therefore, their characterization plays an important role in ...

A New Approach for the Comparative Analysis of Multiprotein Complexes Based on 15N Metabolic Labeling and Quantitative Mass Spectrometry

A New Approach for the Comparative Analysis of Multiprotein Complexes Based on 15N Metabolic Labeling and Quantitative Mass Spectrometry

multiprotein의 단지의 비교 분석을위한 새로운 접근 방식을 기반으로<sup&gt; 15</sup&gt; N 대사 라벨링 및 정량 질량 분석

The introduced protocol provides a tool for the analysis of multiprotein complexes in the thylakoid membrane, by revealing insights into complex ...

Capture Compound Mass Spectrometry - A Powerful Tool to Identify Novel c-di-GMP Effector Proteins

캡처 복합 질량 분석 - 소설의 C 디 GMP 이펙터 단백질을 식별 할 수있는 강력한 도구

Considerable progress has been made during the last decade towards the identification and characterization of enzymes involved in the synthesis ...

Identification of MyoD Interactome Using Tandem Affinity Purification Coupled to Mass Spectrometry

탠덤 선호도 정화를 사용하여 MyoD 상호 작용 체의 식별 질량 분석에 결합

Skeletal muscle terminal differentiation starts with the commitment of pluripotent mesodermal precursor cells to myoblasts. These cells have still the ...

Using Microfluidic Devices to Measure Lifespan and Cellular Phenotypes in Single Budding Yeast Cells

마이크로 유체 장치를 사용하면 단일 신진 효모 세포의 수명과 세포 표현형을 측정하는

Budding yeast Saccharomyces cerevisiae is an important model organism in aging research. Genetic studies have revealed many genes with conserved effects ...

Sample Preparation for Mass-spectrometry-based Proteomics Analysis of Ocular Microvessels

눈 Microvessels의 질량 분석 기반 Proteomics 분석을 위한 시료 준비

The use of isolated ocular blood vessels in vitro to decipher the pathophysiological state of the eye using advanced technological approaches has greatly ...