Name: extraction of high molecular weight genomic dna from soils and sediments
Uploaded: 2009-11-10T20:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Extraction of High Molecular Weight Genomic DNA from Soils and Sediments at JoVE.com

我们要感谢为加拿大创新，基因组不列颠哥伦比亚省，不列颠哥伦比亚省知识发展基金和不列颠哥伦比亚省森林部和范围基金会，用于支持正在进行的研究森林的土壤生产力。 SL是由微生物多样性和进化图拉基金会资助中心的奖学金支持。

第一部分：DNA的提取 程序 1。 8小时是必需的，用于处理6个样品，不包括DNA定量。 在您开始之前提取，你将需要预先寒意砂浆，杵和抹刀在-20 ° C冰箱或使用液态氮。此外，前寒意50毫升20毫升氯仿异戊醇（24:1）包含在冰上管。设置杂交炉至65 ° C预热。检查CTAB溶液，如果它是结晶温暖至60 ° C至融化的晶体。完成加入，最?...

<ol>
	<li>Hurt, R. A., Qiu, X., Wu, L., Roh, Y., Palumbo, A. V., Tiedje, J. M., Zhou, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simultaneous+recovery+of+RNA+and+DNA+from+soils+and+sediments.">Simultaneous recovery of RNA and DNA from soils and sediments.</a> AEM. 67 (10), 4495-4503 (2001).</li><li>Wright, J. J., Lee, S., Zaikova, E., Walsh, D. A., Hallam, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+extraction+from+0.22+&#956;M+Sterivex+filters+and+cesium+chloride+density+gradient+centrifugation.">DNA extraction from 0.22 &#956;M Sterivex filters and cesium chloride density gradient centrifugation.</a> JoVE. , (2009).</li><li>Taupp, M., Lee, S., Hawley, A., Yang, J., Hallam, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large+insert+environmental+genomic+library+production.">Large insert environmental genomic library production.</a> J Vis Exp. , (2009).</li></ol>

配方 *变性液 4个M异硫氰酸胍 10毫米的Tris - HCl（pH值7.0） 1毫米EDTA 0.5％2 - 巯基乙醇<table border="0" style="font-size:9pt; width:400px;"><tr><td colspan="2"> 变性的解决方案：共计10毫升 </td></tr><tr><td>异硫氰酸胍（兆瓦118.16） </td><td> 4.73摹</td></tr><tr><td> 1M的Tris - HCl（pH值7.0） </td><td> 100μL </td></tr><tr><td> 0.5M EDTA </td><td> 20μL </td></tr><tr><td colspan="2">加水共9.95毫升。 </td></tr><tr><td colspan="2">高压灭菌。 </td></tr><tr><td colspan="2">使用前加入50μL的2 -巯基乙醇。 （5μL2 - 巯基乙醇，每1毫升变性液） 注：变性液保持在4 ° C。不要使用超过一个星期的缓冲。如果可能的话，请使用新鲜的缓冲。 </td></tr></table> **提取缓冲液 100毫米磷酸钠缓冲液pH值7.0] 100毫米的Tris - HCl [pH值7.0] 100毫米EDTA [pH值8.0] 1.5 M氯化钠 1％十六烷基铵（CTAB） 2％SDS <table border="0" style="font-size:9pt; width:400px;"><tr><td colspan="2"> 1 L总的提取缓冲液</td></tr><tr><td> 1M磷酸钠缓冲液pH值7.0] * </td><td> 100毫升</td></tr><tr><td> 1M的Tris - HCl [pH值7.0] </td><td> 100毫升</td></tr><tr><td> 0.5M EDTA [pH值8.0] </td><td> 200毫升</td></tr><tr><td> 5 M氯化钠</td><td> 300毫升</td></tr><tr><td colspan="2">高压灭菌，并保持在室温。 </td></tr><tr><td colspan="2">添加200毫升，5％十六烷基三甲基溴化铵（CTAB法，高压灭菌）和100毫升，20％SDS（蒸压）之前使用。如果CTAB的结晶，融于60 ° C。 * 1M钠磷酸盐缓冲液：57.7毫升，1M钠磷酸二氢（的NaH 2 PO 4）和42.3毫升，1M钠磷酸氢二钠（的NaH 2 PO 4）。调整pH值至7.0 注意：不要使用20％SDS，如果有降水。这是正常的乳白色悬浮液，当你添加SDS的解决方案。一旦你添加SDS的提取液置于60 ° C，以确保SDS是以及暂停。 </td></tr></table>

extraction of high molecular weight genomic dna from soils and sediments

土壤中微生物的基因组多样性和代谢创新是密切相关的陆地生态系统内的养分和能量流的庞大和相对未开发的的油藏。培养独立的环境基因组，也被称为宏基因组学，方针的前景前所未有的访问，这种遗传信息通路的重建和对高价值的治疗和生物转化过程中的功能筛选。然而，土壤中的微生物仍然是一个挑战，主要是由于在获得大量插入库生产质量足够高的分子量DNA的难度。在这里，我们介绍了从土壤和沉积物中提取的分子量高，微生物群落的基因组DNA的协议。分离出基因组DNA的质量是建设下游的测序和筛选应用环境大插入基因库的理想。 程序启动细胞裂解。微生物的细胞壁和膜机械（磨）和化学力（β-巯基乙醇）溶解。分离基因组DNA提取缓冲液，氯仿 - 异戊醇，异丙醇。受雇于裂解和提取步骤的缓冲区，包括异硫氰酸胍和十六烷基铵（CTAB），以保持超高分子量基因组DNA的完整性。根据您的下游应用，可进一步纯化分离出的基因组DNA，使用氯化铯（CSCL）梯度离心，从而减少杂质，包括腐殖酸。第一个程序，提取，大约需要8小时，不包括DNA定量的一步。 CsCl梯度超速离心法，是为期两天的过程。基因组DNA在整个过程中，应被视为轻轻地防止剪切，避免剧烈震荡，反复苛刻的吹打。

Watch this Scientific Journal Video about Extraction of High Molecular Weight Genomic DNA from Soils and Sediments at JoVE.com

Extraction of High Molecular Weight Genomic DNA from Soils and Sediments

一个隔离土壤微生物群落的超高分子量和高品质的基因组DNA的方法来描述。

超高分子量基因组DNA的提取土壤和沉积物

The soil microbiome is a vast and relatively unexplored reservoir of genomic diversity and metabolic innovation that is intimately associated with ...

Research

JoVE Journal

Biology

Isolation of Genomic DNA from Mouse Tails

从鼠尾基因组DNA提取

科研

生物学

DNA Extraction from 0.22 &mu;M Sterivex Filters and Cesium Chloride Density Gradient Centrifugation

DNA Extraction from 0.22 ÃƒÅ½Ã‚Â¼M Sterivex Filters and Cesium Chloride Density Gradient Centrifugation

从0.22微米Sterivex过滤器和氯化铯密度梯度离心法的DNA提取

This method is used to extract high molecular weight genomic DNA from planktonic biomass concentrated on 0.22 &mu;M Sterivex filters that have been ...

Using the GELFREE 8100 Fractionation System for Molecular Weight-Based Fractionation with Liquid Phase Recovery

液相恢复GELFREE 8100分馏系统使用基于分子量分馏

The GELFREE 8100 Fractionation System is a novel protein fractionation system designed to maximize protein recovery during molecular weight based ...

Generation of RNA/DNA Hybrids in Genomic DNA by Transformation using RNA-containing Oligonucleotides

改造使用含RNA寡核苷酸基因组DNA的RNA / DNA杂交一代

Synthetic short nucleic acid polymers, oligonucleotides (oligos), are the most functional and widespread tools of molecular biology. Oligos can be ...

Genomic MRI - a Public Resource for Studying Sequence Patterns within Genomic DNA

磁共振成像基因 - 公共资源为研究基因组DNA序列内模式

Non-coding genomic regions in complex eukaryotes, including intergenic areas, introns, and untranslated segments of exons, are profoundly non-random in ...

DNA Extraction from Paraffin Embedded Material for Genetic and Epigenetic Analyses

从石蜡包埋材料的遗传和表观遗传分析的DNA提取

Disease development and progression are characterized by frequent genetic and epigenetic aberrations including chromosomal rearrangements, copy number ...

Extraction of High Molecular Weight DNA from Microbial Mats

超高分子量DNA提取微生物席

Successful and accurate analysis and interpretation of metagenomic data is dependent upon the efficient extraction  of high-quality, high molecular weight ...

A Practical and Novel Method to Extract Genomic DNA from Blood Collection Kits for Plasma Protein Preservation

一种实用的新的方法来提取基因组DNA保存血浆蛋白从血液采集套件

Laboratory tests can be done on the cellular or  fluid portions of the blood. The use of different blood collection tubes  determines the portion of the ...

Selective Capture of 5-hydroxymethylcytosine from Genomic DNA

从基因组DNA选择性捕获的5  - 羟甲基

5-methylcytosine (5-mC) constitutes ~2-8% of the total cytosines in human genomic DNA and impacts a broad range of biological functions, including gene ...

Amplification, Next-generation Sequencing, and Genomic DNA Mapping of Retroviral Integration Sites

逆转录病毒整合位点的扩增，新一代测序和基因组DNA制图

Retroviruses exhibit signature integration preferences on both the local and global scales. Here, we present a detailed protocol for (1) generation of ...