Name: extraction of high molecular weight genomic dna from soils and sediments
Uploaded: 2009-11-10T20:30:00
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हम वन मिट्टी उत्पादकता के चल रहे अध्ययन का समर्थन करने के लिए अभिनव, ब्रिटिश कोलंबिया ज्ञान विकास कोष, जीनोम ब्रिटिश कोलंबिया और ब्रिटिश कोलंबिया के वन मंत्रालय और रेंज के लिए कनाडा फाउंडेशन धन्यवाद देना चाहूंगा. SL तुला नींव वित्त पोषित माइक्रोबियल विविधता और विकास के लिए केंद्र से एक फैलोशिप द्वारा समर्थित किया गया था.

भाग मैं: डीएनए का निष्कर्षण प्रक्रिया 1. 8 घंटे, 6 डीएनए की मात्रा का ठहराव को छोड़कर नमूने के प्रसंस्करण के लिए आवश्यक हैं. इससे पहले कि आप निकासी शुरू, तुम पूर्व सर्?...

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	<li>Hurt, R. A., Qiu, X., Wu, L., Roh, Y., Palumbo, A. V., Tiedje, J. M., Zhou, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simultaneous+recovery+of+RNA+and+DNA+from+soils+and+sediments.">Simultaneous recovery of RNA and DNA from soils and sediments.</a> AEM. 67 (10), 4495-4503 (2001).</li><li>Wright, J. J., Lee, S., Zaikova, E., Walsh, D. A., Hallam, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+extraction+from+0.22+&#956;M+Sterivex+filters+and+cesium+chloride+density+gradient+centrifugation.">DNA extraction from 0.22 &#956;M Sterivex filters and cesium chloride density gradient centrifugation.</a> JoVE. , (2009).</li><li>Taupp, M., Lee, S., Hawley, A., Yang, J., Hallam, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large+insert+environmental+genomic+library+production.">Large insert environmental genomic library production.</a> J Vis Exp. , (2009).</li></ol>

विधि * समाधान denaturing 4 एम Guanidine आइसोथियोसाइनेट 10 मिमी Tris एचसीएल (7.0 पीएच) 1 मिमी EDTA 0.5% 2 - mercaptoethanol <table border="0" style="font-size:9pt; width:400px;"><tr><td colspan="2"> Denaturing समाधान में कुल 10 मिलीलीटर </td></tr><tr><td> Guanidine आइसोथियोसाइनेट (118.16 मेगावाट) </td><td> 4.73 छ </td></tr><tr><td> 1M Tris एचसीएल (7.0 पीएच) </td><td> 100 μl </td></tr><tr><td> 0.5m EDTA </td><td> 20 μl </td></tr><tr><td colspan="2"> कुल में 9.95 मिलीलीटर पानी जोड़ें. </td></tr><tr><td colspan="2"> आटोक्लेव. </td></tr><tr><td colspan="2"> बस का उपयोग करने से पहले 50 μl दो mercaptoethanol जोड़ें. (एक मिलीलीटर denaturing समाधान 2 प्रति mercaptoethanol की 5 μl) नोट: 4 बजे denaturing समाधान रखें डिग्री सेल्सियस बफर का उपयोग नहीं एक सप्ताह से अधिक पुराने हैं. यदि संभव हो तो ताजा बफर का उपयोग करने के लिए बनाते हैं. </td></tr></table> ** निकालना बफर 100 मिमी सोडियम फॉस्फेट बफर पीएच [7.0] 100 मिमी Tris - एचसीएल [पीएच 7.0] 100 मिमी EDTA [8.0 पीएच] 1.5 एम NaCl 1% Hexadecyltrimethylammonium ब्रोमाइड (CTAB) 2% एसडीएस <table border="0" style="font-size:9pt; width:400px;"><tr><td colspan="2"> में कुल 1 एल के लिए निकालना बफर </td></tr><tr><td> 1M सोडियम फॉस्फेट बफर [पीएच 7.0] * </td><td> 100 मिलीलीटर </td></tr><tr><td> 1M Tris - एचसीएल [पीएच 7.0] </td><td> 100 मिलीलीटर </td></tr><tr><td> 0.5m EDTA [8.0 पीएच] </td><td> 200 मिलीग्राम </td></tr><tr><td> 5 एम NaCl </td><td> 300 मिलीलीटर </td></tr><tr><td colspan="2"> आटोक्लेव और यह कमरे के तापमान पर रखने के. </td></tr><tr><td colspan="2"> 200ml, 5% Hexadecyltrimethylammonium ब्रोमाइड (CTAB, autoclaved) और 100 मिलीलीटर के 20% एसडीएस (autoclaved) बस का उपयोग करने से पहले, जोड़ें. यदि CTAB सघन किया गया था, यह 60 पर पिघल डिग्री सेल्सियस * 1M सोडियम फॉस्फेट बफर: 57.7 मिलीलीटर, 1M सोडियम फास्फेट (नाह 2 4 पीओ) तनहा नींव का और 42.3 मिलीलीटर, 1M सोडियम फॉस्फेट dibasic (नाह 2 4 पीओ). 7.0 पीएच समायोजित नोट: एसडीएस 20% का उपयोग नहीं अगर यह तेज़ी है. यह सामान्य है दूधिया निलंबन देखने के लिए जब आप समाधान के लिए एसडीएस जोड़ने. एक बार जब आप एसडीएस जोड़ने के लिए, पर 60 निष्कर्षण बफर जगह ° C सुनिश्चित करने के लिए एसडीएस में अच्छी तरह से निलंबित कर दिया है. </td></tr></table>

extraction of high molecular weight genomic dna from soils and sediments

मिट्टी microbiome जीनोमिक विविधता और चयापचय नवीनता है कि परिचित पोषक तत्व और स्थलीय पारितंत्रों के भीतर ऊर्जा का प्रवाह के साथ जुड़ा हुआ है की एक विशाल और अपेक्षाकृत बेरोज़गार जलाशय है. खेती स्वतंत्र पर्यावरण जीनोमिक metagenomic रूप में भी जाना जाता है, दृष्टिकोण मार्ग और उच्च मूल्य चिकित्सीय और बायोमास रूपांतरण की प्रक्रिया के लिए कार्यात्मक स्क्रीनिंग पुनर्निर्माण करने के लिए सम्मान के साथ इस आनुवंशिक जानकारी के लिए अभूतपूर्व पहुँच वादा करता हूँ. हालांकि, मिट्टी microbiome अभी भी काफी हद तक बड़े डालने पुस्तकालय उत्पादन के लिए पर्याप्त गुणवत्ता की उच्च आणविक भार डीएनए प्राप्त करने में कठिनाई के कारण चुनौती बनी हुई है. यहाँ हम मिट्टी और अवसादों से उच्च आणविक भार है, माइक्रोबियल समुदाय जीनोमिक डीएनए निकालने के लिए एक प्रोटोकॉल परिचय. अलग जीनोमिक डीएनए की गुणवत्ता बहाव के अनुक्रमण और स्क्रीनिंग अनुप्रयोगों के लिए बड़े डालने पर्यावरण जीनोमिक पुस्तकालयों के निर्माण के लिए आदर्श है. प्रक्रिया सेल lysis के साथ शुरू होता है. सेल दीवारों और रोगाणुओं की झिल्ली (पीस) यांत्रिक और रासायनिक दोनों बलों (β-mercaptoethanol) द्वारा lysed हैं. जीनोमिक डीएनए तो निष्कर्षण बफर, क्लोरोफॉर्म - isoamyl शराब और isopropyl शराब का उपयोग करने के लिए अलग है. lysis और निष्कर्षण कदम के लिए कार्यरत बफ़र्स guanidine आइसोथियोसाइनेट और hexadecyltrimethylammonium (CTAB) ब्रोमाइड उच्च आणविक भार जीनोमिक डीएनए की अखंडता की रक्षा शामिल हैं. अपने बहाव के आवेदन पर निर्भर करता है, अलग जीनोमिक डीएनए आगे सीज़ियम (CSCL) क्लोराइड ढाल ultracentrifugation है, जो कम कर देता है दोष humic एसिड सहित का उपयोग कर शुद्ध कर सकते हैं. पहली प्रक्रिया है, निकासी, डीएनए की मात्रा का ठहराव कदम को छोड़कर लगभग 8 घंटे लगते हैं. CSCL ढाल ultracentrifugation, एक दो दिन की प्रक्रिया है. पूरी प्रक्रिया के दौरान जीनोमिक डीएनए धीरे इलाज किया जाना चाहिए करने के लिए बाल काटना को रोकने के लिए, गंभीर vortexing बचने के लिए, और दोहराव कठोर pipetting.

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Extraction of High Molecular Weight Genomic DNA from Soils and Sediments

मिट्टी माइक्रोबियल समुदाय से उच्च आणविक भार और उच्च गुणवत्ता जीनोमिक डीएनए अलग पद्धति में वर्णित है.

उच्च आण्विक वजन जीनोमिक डीएनए के मृदा और निक्षेपों से निकालना

The soil microbiome is a vast and relatively unexplored reservoir of genomic diversity and metabolic innovation that is intimately associated with ...

Research

JoVE Journal

Biology

Isolation of Genomic DNA from Mouse Tails

जीनोमिक डीएनए के माउस पूंछ से अलगाव

DNA Extraction from 0.22 &mu;M Sterivex Filters and Cesium Chloride Density Gradient Centrifugation

DNA Extraction from 0.22 ÃƒÅ½Ã‚Â¼M Sterivex Filters and Cesium Chloride Density Gradient Centrifugation

0.22 सुक्ष्ममापी Sterivex फ़िल्टर और सीज़ियम क्लोराइड घनत्व ढाल centrifugation से डीएनए निष्कर्षण

This method is used to extract high molecular weight genomic DNA from planktonic biomass concentrated on 0.22 &mu;M Sterivex filters that have been ...

Using the GELFREE 8100 Fractionation System for Molecular Weight-Based Fractionation with Liquid Phase Recovery

आण्विक Fractionation वजन के आधार के लिए तरल चरण रिकवरी के साथ GELFREE 8100 Fractionation प्रणाली का उपयोग

The GELFREE 8100 Fractionation System is a novel protein fractionation system designed to maximize protein recovery during molecular weight based ...

Generation of RNA/DNA Hybrids in Genomic DNA by Transformation using RNA-containing Oligonucleotides

जीनोमिक डीएनए / आरएनए और डीएनए संकर की शाही सेना युक्त परिवर्तन का उपयोग कर oligonucleotides द्वारा जनरेशन

Synthetic short nucleic acid polymers, oligonucleotides (oligos), are the most functional and widespread tools of molecular biology. Oligos can be ...

Genomic MRI - a Public Resource for Studying Sequence Patterns within Genomic DNA

जीनोमिक एमआरआई - जीनोमिक डीएनए के भीतर अनुक्रम पैटर्न के अध्ययन के लिए एक सार्वजनिक संसाधन

Non-coding genomic regions in complex eukaryotes, including intergenic areas, introns, and untranslated segments of exons, are profoundly non-random in ...

DNA Extraction from Paraffin Embedded Material for Genetic and Epigenetic Analyses

जेनेटिक और Epigenetic विश्लेषण के लिए आयल एंबेडेड सामग्री से डीएनए निष्कर्षण

Disease development and progression are characterized by frequent genetic and epigenetic aberrations including chromosomal rearrangements, copy number ...

Extraction of High Molecular Weight DNA from Microbial Mats

उच्च आण्विक वजन डीएनए के माइक्रोबियल मैट से निकालना

Successful and accurate analysis and interpretation of metagenomic data is dependent upon the efficient extraction  of high-quality, high molecular weight ...

A Practical and Novel Method to Extract Genomic DNA from Blood Collection Kits for Plasma Protein Preservation

प्लाज्मा प्रोटीन संरक्षण के लिए रक्त संग्रह किट से जीनोमिक डीएनए निकालने के लिए एक व्यावहारिक और उपन्यास विधि

Laboratory tests can be done on the cellular or  fluid portions of the blood. The use of different blood collection tubes  determines the portion of the ...

Selective Capture of 5-hydroxymethylcytosine from Genomic DNA

जीनोमिक डीएनए से 5-hydroxymethylcytosine के चुनिंदा कब्जा

5-methylcytosine (5-mC) constitutes ~2-8% of the total cytosines in human genomic DNA and impacts a broad range of biological functions, including gene ...

Amplification, Next-generation Sequencing, and Genomic DNA Mapping of Retroviral Integration Sites

रेट्रोवायरल एकता स्थलों की प्रवर्धन, अगली पीढ़ी के अनुक्रमण, और जीनोमिक डीएनए का मिलान

Retroviruses exhibit signature integration preferences on both the local and global scales. Here, we present a detailed protocol for (1) generation of ...