Name: extraction of high molecular weight genomic dna from soils and sediments
Uploaded: 2009-11-10T20:30:00
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我々は、イノベーションのためのカナダの財団、ブリティッシュコロンビア州ナレッジ開発基金、ゲノムブリティッシュコロンビア州と森林土壌の生産性の継続的な研究をサポートするための森林との範囲のブリティッシュコロンビア州省に感謝します。 SLは、微生物の多様性と進化のためのトゥーラ基礎資金センターからのフェローシップでサポートされていました。

パートI：DNAの抽出 手順 1。 8時間は、DNAの定量を除く6つのサンプルを処理するために、必要とされています。 もし抽出を開始する前に、プレチル乳鉢、乳棒と-20℃の冷凍庫でへらまたは液体窒素を使用してする必要があります。また、氷上で20 mlのクロロホルムイソアミルアルコール（24:1）を含むプレチル50mlチュー...

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	<li>Hurt, R. A., Qiu, X., Wu, L., Roh, Y., Palumbo, A. V., Tiedje, J. M., Zhou, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simultaneous+recovery+of+RNA+and+DNA+from+soils+and+sediments.">Simultaneous recovery of RNA and DNA from soils and sediments.</a> AEM. 67 (10), 4495-4503 (2001).</li><li>Wright, J. J., Lee, S., Zaikova, E., Walsh, D. A., Hallam, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+extraction+from+0.22+&#956;M+Sterivex+filters+and+cesium+chloride+density+gradient+centrifugation.">DNA extraction from 0.22 &#956;M Sterivex filters and cesium chloride density gradient centrifugation.</a> JoVE. , (2009).</li><li>Taupp, M., Lee, S., Hawley, A., Yang, J., Hallam, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large+insert+environmental+genomic+library+production.">Large insert environmental genomic library production.</a> J Vis Exp. , (2009).</li></ol>

レシピ *変性溶液 4 Mグアニジンイソチオシアネート 10mMトリス- HCl（pH7.0）で 1mMのEDTA 0.5パーセント2 - メルカプトエタノール<table border="0" style="font-size:9pt; width:400px;"><tr><td colspan="2"> 変性溶液：合計で10ミリリットル </td></tr><tr><td>グアニジンイソチオシアネート（MW 118.16） </td><td> 4.73グラム</td></tr><tr><td> 1Mトリス- HCl（pH 7.0） </td><td> 100μlの</td></tr><tr><td> 0.5M EDTA </td><td> 20μlの</td></tr><tr><td colspan="2">合計で9.95ミリリットルに水を追加。 </td></tr><tr><td colspan="2">オートクレーブ。 </td></tr><tr><td colspan="2">使用直前に50μlの2 - メルカプトエタノールを追加。 （1ミリリットル変性溶液ごとに2 - メルカプトエタノールを5μl） 注：4で変性溶液℃以下でご使用ください。 1週間以上前のバッファを使用しないでください。可能であれば、新鮮なバッファーを使用すること。 </td></tr></table> **のExtraction Buffer 100mMリン酸ナトリウムリン酸緩衝液[pH 7.0の] 100mMトリス- HCl [pH7.0の] 100mMのEDTA [pH8.0の] 1.5 M NaClを 1％の臭化ヘキサデシルトリメチルアンモニウム（CTAB） 2％SDS <table border="0" style="font-size:9pt; width:400px;"><tr><td colspan="2"> 合計で1 Lの抽出バッファー </td></tr><tr><td> 1Mリン酸ナトリウム緩衝液[pH 7.0の] * </td><td> 100ミリリットル</td></tr><tr><td>の1M Tris - HCl [pH7.0の] </td><td> 100ミリリットル</td></tr><tr><td> 0.5M EDTA [pH8.0の] </td><td> 200ミリリットル</td></tr><tr><td> 5 M NaClを</td><td> 300ミリリットル</td></tr><tr><td colspan="2">オートクレーブ、室温で保管してください。 </td></tr><tr><td colspan="2"> 200ミリリットル、5％の臭化ヘキサデシルトリメチルアンモニウム（CTAB、オートクレーブ）し、100ml、20％SDS（オートクレーブ）は使用直前に追加します。 CTABが結晶化した場合、60でそれを溶かす℃に * 1Mリン酸ナトリウム緩衝液：57.7ミリリットル、1Mリン酸ナトリウム一塩基性（のNaH 2 PO 4）と42.3ミリリットル、1Mリン酸ナトリウム二塩基（のNaH 2 PO 4）。 pHを7.0に調整する 注：それが降水量を持っている場合は、20％SDSを使用しないでください。あなたが解決策にSDSを追加するときには、乳白色の懸濁液をするのは正常です。一度° CでSDSがよく中断されるように、SDSを追加して60℃、抽出バッファーを置きます。 </td></tr></table>

extraction of high molecular weight genomic dna from soils and sediments

土壌のmicrobiomeは密接に陸域生態系内の栄養とエネルギーフローに関連付けられているゲノムの多様性と代謝革新の広大な、比較的未踏の貯水池です。また、メタゲノムとして知られている耕作に依存しない環境ゲノム、、​​アプローチは、価値の高い治療とバイオマスの変換プロセスのための経路の再構築と機能的スクリーニングに関してこの遺伝情報への前例のないアクセスをお約束します。しかし、土壌のmicrobiomeは、まだ大規模な挿入ライブラリの生産のための十分な品質の高分子量のDNAを得ることが困難が主な原因課題である。ここでは、土壌や堆積物から高分子、微生物群集のゲノムDNAを抽出するためのプロトコルを導入する。単離したゲノムDNAの品質は、下流のシーケンシングとスクリーニングのアプリケーションに挿入する大規模な環境ゲノムライブラリーを構築するために最適です。 手順は、細胞溶解から始まります。微生物の細胞壁と膜は機械的（研磨）と化学力（β-メルカプトエタノール）の両方によって溶解されています。ゲノムDNAを抽出用緩衝液、クロロホルム - イソアミルアルコールとイソプロピルアルコールを用いて単離されている。溶解および抽出工程に用いる緩衝液は、高分子量のゲノムDNAの完全性を維持するためにグアニジンイソチオシアネートと臭化ヘキサデシルトリメチルアンモニウム（CTAB）などがあります。ダウンストリームアプリケーションに応じて、単離されたゲノムDNAをさらに塩化セシウム（CsCl密度）フミン酸を含む不純物を減少させる勾配超遠心を用いて精製することができる。最初の手順で、抽出は、DNAの定量化のステップを除く、約8時間かかります。 CsCl密度勾配超遠心分離、二日間のプロセスです。全体の手順の実行中に、ゲノムDNAが剪断を防ぐために優しく扱われるべき、重大なボルテックス、および反復的な過酷なピペッティングを避ける。

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Extraction of High Molecular Weight Genomic DNA from Soils and Sediments

土壌微生物群集から、高分子量、高品質のゲノムDNAを単離する方法論が説明されています。

土壌と堆積物から高分子量のゲノムDNAの抽出

The soil microbiome is a vast and relatively unexplored reservoir of genomic diversity and metabolic innovation that is intimately associated with ...

Research

JoVE Journal

Biology

Isolation of Genomic DNA from Mouse Tails

マウスの尾からのゲノムDNAの単離

DNA Extraction from 0.22 &mu;M Sterivex Filters and Cesium Chloride Density Gradient Centrifugation

DNA Extraction from 0.22 ÃƒÅ½Ã‚Â¼M Sterivex Filters and Cesium Chloride Density Gradient Centrifugation

0.22μmのSterivexフィルタおよび塩化セシウム密度勾配遠心分離からのDNA抽出

This method is used to extract high molecular weight genomic DNA from planktonic biomass concentrated on 0.22 &mu;M Sterivex filters that have been ...

Using the GELFREE 8100 Fractionation System for Molecular Weight-Based Fractionation with Liquid Phase Recovery

液相の回復と分子量ベース画用GELFREE 8100分別システムの使用

The GELFREE 8100 Fractionation System is a novel protein fractionation system designed to maximize protein recovery during molecular weight based ...

Generation of RNA/DNA Hybrids in Genomic DNA by Transformation using RNA-containing Oligonucleotides

RNAを含むオリゴヌクレオチドを​​使用して変換によるゲノムDNAのRNA / DNAハイブリッドの世代

Synthetic short nucleic acid polymers, oligonucleotides (oligos), are the most functional and widespread tools of molecular biology. Oligos can be ...

Genomic MRI - a Public Resource for Studying Sequence Patterns within Genomic DNA

ゲノムMRI - ゲノムDNA内の配列パターンを研究するためのパブリックリソース

Non-coding genomic regions in complex eukaryotes, including intergenic areas, introns, and untranslated segments of exons, are profoundly non-random in ...

DNA Extraction from Paraffin Embedded Material for Genetic and Epigenetic Analyses

遺伝学的およびエピジェネティクス解析のためのパラフィン包埋材料からのDNA抽出

Disease development and progression are characterized by frequent genetic and epigenetic aberrations including chromosomal rearrangements, copy number ...

Extraction of High Molecular Weight DNA from Microbial Mats

バイオマットから高分子量DNAの抽出

Successful and accurate analysis and interpretation of metagenomic data is dependent upon the efficient extraction  of high-quality, high molecular weight ...

A Practical and Novel Method to Extract Genomic DNA from Blood Collection Kits for Plasma Protein Preservation

血漿タンパク保存用採血キットからゲノムDNAを抽出するために実用的で新手法

Laboratory tests can be done on the cellular or  fluid portions of the blood. The use of different blood collection tubes  determines the portion of the ...

Selective Capture of 5-hydroxymethylcytosine from Genomic DNA

ゲノムDNAから5  - ヒドロキシの選択的捕獲

5-methylcytosine (5-mC) constitutes ~2-8% of the total cytosines in human genomic DNA and impacts a broad range of biological functions, including gene ...

Amplification, Next-generation Sequencing, and Genomic DNA Mapping of Retroviral Integration Sites

レトロウイルス統合サイトの増幅、次世代シーケンシング、およびゲノムDNAのマッピング

Retroviruses exhibit signature integration preferences on both the local and global scales. Here, we present a detailed protocol for (1) generation of ...