Name: extraction of high molecular weight genomic dna from soils and sediments
Uploaded: 2009-11-10T20:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Extraction of High Molecular Weight Genomic DNA from Soils and Sediments at JoVE.com

우리는 산림 토양의 생산성의 지속적인 연구를 지원하기위한 혁신, 브리티시 컬럼비아 기술 개발 기금, 게놈 브리티시 컬럼비아과 숲의 브리티시 컬럼비아 교육부와 범위에 대한 캐나다 재단 감사드립니다. SL은 미생물 다양성과 발전을위한 기초 자금 툴라 센터에서 화목에 의해 지원되었다.

부품 I : DNA의 추출 절차 1. 8시간는 DNA의 양을 정함을 제외한 6 샘플 처리를 위해, 필요합니다. 당신이 추출을 시작하기 전에, 당신은 사전 진정 박격포, 유봉 및 -20 ° C의 냉동고에 주걱이나 액체 질소를 사용해야합니다. 또한, 얼음 20 ML 클로로포름 isoamyl 알콜 (24:1)를 포함하는 사전 진정 50 ML 튜브. 65 하이브 리다이 제이?...

<ol>
	<li>Hurt, R. A., Qiu, X., Wu, L., Roh, Y., Palumbo, A. V., Tiedje, J. M., Zhou, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simultaneous+recovery+of+RNA+and+DNA+from+soils+and+sediments.">Simultaneous recovery of RNA and DNA from soils and sediments.</a> AEM. 67 (10), 4495-4503 (2001).</li><li>Wright, J. J., Lee, S., Zaikova, E., Walsh, D. A., Hallam, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+extraction+from+0.22+&#956;M+Sterivex+filters+and+cesium+chloride+density+gradient+centrifugation.">DNA extraction from 0.22 &#956;M Sterivex filters and cesium chloride density gradient centrifugation.</a> JoVE. , (2009).</li><li>Taupp, M., Lee, S., Hawley, A., Yang, J., Hallam, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large+insert+environmental+genomic+library+production.">Large insert environmental genomic library production.</a> J Vis Exp. , (2009).</li></ol>

조리법 * 솔루션을 Denaturing 4 M 구아니딘의 isothiocyanate 10 MM 트리스 - HCL (산도 7.0) 1 ㎜ EDTA (에틸렌 다이아 민 테트라 초산) 0.5 % 2 - 메르 캅 토 에탄올 <table border="0" style="font-size:9pt; width:400px;"><tr><td colspan="2"> Denaturing 솔루션 : 총 10 ML </td></tr><tr><td> 구아니딘의 isothiocyanate (MW 118.16) </td><td> 4.73 g </td></tr><tr><td> 1M 트리스 - HCL (산도 7.0) </td><td> 100 μl </td></tr><tr><td> 0.5M EDTA (에틸렌 다이아 민 테트라 초산) </td><td> 20 μl </td></tr><tr><td colspan="2"> 총 9.95 ML 물을 추가합니다. </td></tr><tr><td colspan="2"> 압력솥. </td></tr><tr><td colspan="2"> 바로 사용하기 전에 50 μl 2 - 메르 캅 토 에탄올을 추가합니다. (1 ML Denaturing 솔루션 당 2 - 메르 캅 토 에탄올 5 μl) 참고 : 4 Denaturing 솔루션을 유지 ° C. 일주 이상의 버퍼가 이상 사용하지 마십시오. 가능하면 신선한 버퍼 사용합니다. </td></tr></table> ** 추출 버퍼 100 MM 나트륨 인산염 버퍼 [산도 7.0] 100 MM 트리스 - HCL [산도 7.0] 100 MM EDTA (에틸렌 다이아 민 테트라 초산) [산도 8.0] 1.5 M NaCl 1 % Hexadecyltrimethylammonium의 브로마이드 (CTAB) 2퍼센트 SDS <table border="0" style="font-size:9pt; width:400px;"><tr><td colspan="2"> 총 1 L에 대한 추출 버퍼 </td></tr><tr><td> 1M 나트륨 인산염 버퍼 [산도 7.0] * </td><td> 100 ML </td></tr><tr><td> 1M 트리스 - HCL [산도 7.0] </td><td> 100 ML </td></tr><tr><td> 0.5M EDTA (에틸렌 다이아 민 테트라 초산) [산도 8.0] </td><td> 200 ML </td></tr><tr><td> 5 M NaCl </td><td> 300 ML </td></tr><tr><td colspan="2"> 압력솥과 실온에서 보관. </td></tr><tr><td colspan="2"> 200ml, 5 % Hexadecyltrimethylammonium의 브로마이드 (CTAB, autoclaved) 100 ML, 20 % SDS (autoclaved) 바로 사용하기 전에를 추가합니다. CTAB가 크리스털 경우, 60을 용융 ° C. * 1M 인산 나트륨 완충액 : 57.7 ML, 1M 인산 나트륨 일염기의 (아니 2 PO 4) 42.3 ML, 1M 인산 나트륨 이염 (아니 2 PO 4). 7.0 산도를 조정 참고 :이 석출이있다면 20% SDS를 사용하지 마십시오. 당신이 솔루션에 SDS를 추가할 때 밀키 정학을 볼 정상입니다. 일단, SDS를 추가 60 추출 버퍼를 배치 ° C는 SDS가 잘 일시 중지되도록합니다. </td></tr></table>

extraction of high molecular weight genomic dna from soils and sediments

토양 microbiome이 속속들이 지상파 생태계 내에서 영양과 에너지 흐름과 관련된 게놈 다양성과 신진 대사 혁신의 광대한 상대적으로 미개척 저수지입니다. 또한 metagenomic로 알려진 육성 독립 환경 게놈, 접근 방식은 높은 가치 치료 및 바이오 매스 변환 프로세스에 대한 경로 재건 및 기능 검사와 관련이 유전 정보에 대한 전례없는 접근을 약속드립니다. 그러나, 토양 microbiome은 여전히​​ 큰 삽입 라이브러리 생산을위한 충분한 품질의 높은 분자량의 DNA를 얻는의 어려움으로 인해 크게 도전 남아있다. 여기 우리는 토양과 퇴적물에서 높은 분자량, 미생물 지역 사회 게놈 DNA를 추출하기위한 프로토콜을 소개합니다. 절연 게놈의 DNA의 품질은 하류 시퀀싱 및 심사 애플 리케이션을위한 대형 삽입 환경 게놈 라이브러리를 구축에 이상적입니다. 절차는 세포 용해와 함께 시작합니다. 세포 벽 및 미생물의 세포막은 두 기계 (연삭)와 화학 세력 (β - 메르 캅 토 에탄올)에 의해 lysed 있습니다. 게놈 DNA는 다음 추출 버퍼, 클로로포름 - isoamyl 알콜과 이소 프로필 알코올을 사용하여 격리됩니다. 용해와 추출 단계에 대한 고용 버퍼는 구아니딘의 isothiocyanate 및 높은 분자량의 게놈의 DNA의 무결성을 유지 hexadecyltrimethylammonium의 브로마이드 (CTAB)를 포함합니다. 귀하의 다운 스트림 응용 프로그램에 따라 분리된 게놈의 DNA가 더 세슘 염화물 (CsCl) humic 지방산을 포함하여 불순물을 감소 기울기 ultracentrifugation을 사용하여 정화 수 있습니다. 첫 번째 절차, 추출, DNA의 양을 정함 단계 제외한 약 8 시간 정도 소요됩니다. CsCl ultracentrifugation 기울기는 이틀 과정입니다. 전체 절차를 수행하는 동안, 게놈 DNA는 전단을 방지하기 위해 부드럽게 다루어야하는, 심각한 vortexing을 방지하고, 거칠 반복적인 pipetting.

Watch this Scientific Journal Video about Extraction of High Molecular Weight Genomic DNA from Soils and Sediments at JoVE.com

Extraction of High Molecular Weight Genomic DNA from Soils and Sediments

토양 미생물 커뮤니티의 높은 분자량과 높은 품질의 게놈 DNA를 분리하는 방법이 설명되어 있습니다.

소일스 및 세디먼츠에서 높은 분자량의 게놈의 DNA의 추출

The soil microbiome is a vast and relatively unexplored reservoir of genomic diversity and metabolic innovation that is intimately associated with ...

Research

JoVE Journal

Biology

Isolation of Genomic DNA from Mouse Tails

마우스 뒷면에서 게놈 DNA의 분리

연구

생물학

DNA Extraction from 0.22 &mu;M Sterivex Filters and Cesium Chloride Density Gradient Centrifugation

DNA Extraction from 0.22 ÃƒÅ½Ã‚Â¼M Sterivex Filters and Cesium Chloride Density Gradient Centrifugation

0.22 μm의 Sterivex 필터 및 세슘 클로라이드 밀​​도 기울기 원심 분리 장치에서 DNA 추출

This method is used to extract high molecular weight genomic DNA from planktonic biomass concentrated on 0.22 &mu;M Sterivex filters that have been ...

Using the GELFREE 8100 Fractionation System for Molecular Weight-Based Fractionation with Liquid Phase Recovery

액상 복구와 분자량 기반 분류에 대한 GELFREE 8100 분획화 시스템을 사용하여

The GELFREE 8100 Fractionation System is a novel protein fractionation system designed to maximize protein recovery during molecular weight based ...

Generation of RNA/DNA Hybrids in Genomic DNA by Transformation using RNA-containing Oligonucleotides

RNA 함유 Oligonucleotides를 사용하여 변환하여 게놈 DNA에서 RNA / DNA 하이브리드의 생성

Synthetic short nucleic acid polymers, oligonucleotides (oligos), are the most functional and widespread tools of molecular biology. Oligos can be ...

Genomic MRI - a Public Resource for Studying Sequence Patterns within Genomic DNA

게놈 MRI - 게놈 DNA 시퀀스 내의 패턴을 학습에 대한 공개 자료

Non-coding genomic regions in complex eukaryotes, including intergenic areas, introns, and untranslated segments of exons, are profoundly non-random in ...

DNA Extraction from Paraffin Embedded Material for Genetic and Epigenetic Analyses

유전과 Epigenetic 분석을위한 파라핀 임베디드 재료에서 DNA 추출

Disease development and progression are characterized by frequent genetic and epigenetic aberrations including chromosomal rearrangements, copy number ...

Extraction of High Molecular Weight DNA from Microbial Mats

미생물 매트에서 높은 분자량의 DNA의 추출

Successful and accurate analysis and interpretation of metagenomic data is dependent upon the efficient extraction  of high-quality, high molecular weight ...

A Practical and Novel Method to Extract Genomic DNA from Blood Collection Kits for Plasma Protein Preservation

플라즈마 단백질 보존을위한 혈액 수집 장비로부터 게놈 DNA를 추출하는 실제적이고 새로운 방법

Laboratory tests can be done on the cellular or  fluid portions of the blood. The use of different blood collection tubes  determines the portion of the ...

Selective Capture of 5-hydroxymethylcytosine from Genomic DNA

게놈 DNA에서 도보로 5 hydroxymethylcytosine의 선택적 캡처

5-methylcytosine (5-mC) constitutes ~2-8% of the total cytosines in human genomic DNA and impacts a broad range of biological functions, including gene ...

Amplification, Next-generation Sequencing, and Genomic DNA Mapping of Retroviral Integration Sites

레트로 바이러스 통합 사이트의 증폭, 차세대 시퀀싱 및 게놈 DNA 매핑

Retroviruses exhibit signature integration preferences on both the local and global scales. Here, we present a detailed protocol for (1) generation of ...