Name: extraction of high molecular weight genomic dna from soils and sediments
Uploaded: 2009-11-10T20:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Extraction of High Molecular Weight Genomic DNA from Soils and Sediments at JoVE.com

Мы хотели бы поблагодарить Канадский фонд инноваций, знаний британской Колумбии Фонд развития, Геном Британской Колумбии и Британской Колумбии Министерства лесного хозяйства и диапазон для поддержки текущих исследований продуктивности лесов почвы. SL была поддержана общение с ТУЛА основу финансируемого Центром микробного разнообразия и эволюции.

Часть I: Добыча ДНК Процедура 1. 8 часов не требуется, для обработки 6 образцов, исключая количественную ДНК. Прежде чем приступить к добыче, вам необходимо предварительно холод раствор, пестик и шпатель в морозильной камере -20 ° C или ?...

<ol>
	<li>Hurt, R. A., Qiu, X., Wu, L., Roh, Y., Palumbo, A. V., Tiedje, J. M., Zhou, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simultaneous+recovery+of+RNA+and+DNA+from+soils+and+sediments.">Simultaneous recovery of RNA and DNA from soils and sediments.</a> AEM. 67 (10), 4495-4503 (2001).</li><li>Wright, J. J., Lee, S., Zaikova, E., Walsh, D. A., Hallam, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+extraction+from+0.22+&#956;M+Sterivex+filters+and+cesium+chloride+density+gradient+centrifugation.">DNA extraction from 0.22 &#956;M Sterivex filters and cesium chloride density gradient centrifugation.</a> JoVE. , (2009).</li><li>Taupp, M., Lee, S., Hawley, A., Yang, J., Hallam, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large+insert+environmental+genomic+library+production.">Large insert environmental genomic library production.</a> J Vis Exp. , (2009).</li></ol>

Рецепт * Денатурирующих решение 4 М гуанидин изотиоцианата 10 мМ Трис-HCl (рН 7,0) 1 мМ ЭДТА 0,5% 2-меркаптоэтанола <table border="0" style="font-size:9pt; width:400px;"><tr><td colspan="2"> Денатурирующих решение: 10 мл в общей сложности </td></tr><tr><td> Гуанидин изотиоцианат (118,16 МВт) </td><td> 4,73 г </td></tr><tr><td> 1М Трис-HCl (рН 7,0) </td><td> 100 мкл </td></tr><tr><td> 0,5 М ЭДТА </td><td> 20 мкл </td></tr><tr><td colspan="2"> Добавить воды до 9,95 мл в общей сложности. </td></tr><tr><td colspan="2"> Автоклав. </td></tr><tr><td colspan="2"> Добавить 50 мкл 2-меркаптоэтанол непосредственно перед употреблением. (5 мкл 2-меркаптоэтанол на 1 мл денатурирующих Solution) Примечание: Следует денатурирующих решение при 4 ° C. Не используйте буфер старше одной недели. Если это возможно, сделать новые буфера в использовании. </td></tr></table> ** Буфера для экстракции 100 мМ натрий фосфатного буфера [рН 7,0] 100 мМ Трис-HCl [рН 7,0] 100 мМ ЭДТА [рН 8,0] 1,5 М NaCl 1% Hexadecyltrimethylammonium бромида (СТАВ) 2% SDS <table border="0" style="font-size:9pt; width:400px;"><tr><td colspan="2"> Добыча буфер для 1 л в общей сложности </td></tr><tr><td> 1M натрия фосфатного буфера [рН 7,0] * </td><td> 100 мл </td></tr><tr><td> 1М Трис-HCl [рН 7,0] </td><td> 100 мл </td></tr><tr><td> 0,5 М ЭДТА [рН 8,0] </td><td> 200 мл </td></tr><tr><td> 5 М NaCl </td><td> 300 мл </td></tr><tr><td colspan="2"> Автоклавы и хранить его при комнатной температуре. </td></tr><tr><td colspan="2"> Добавить 200 мл, 5% Hexadecyltrimethylammonium бромида (ЦТАБ, автоклавного) и 100 мл, 20% SDS (автоклавного) непосредственно перед употреблением. Если ЦТАБ кристаллизовался, растопить его на 60 ° C. * 1М фосфатного буфера натрия: 57,7 мл, 1M натрия фосфат однозамещенный (NaH 2 PO 4) и 42,3 мл, 1M натрия фосфат двузамещенный (NaH 2 PO 4). Отрегулируйте рН до 7,0 Примечание: Не использовать 20% SDS, если он осадков. Это нормально, чтобы увидеть молочно подвески при добавлении SDS к решению. После добавления SDS, место буфера для экстракции при температуре 60 ° С для обеспечения SDS хорошо подвешен. </td></tr></table>

extraction of high molecular weight genomic dna from soils and sediments

Почвы микробиомом является обширной и относительно неисследованными резервуар геномного разнообразия и метаболических инноваций, которые тесно связаны с питательных веществ и поток энергии в наземных экосистемах. Выращивание-независимой экологической геномной, также известный как метагеномных, подходы обещания беспрецедентный доступ к этой генетической информации в отношении реконструкции пути и функциональные обследования на высокую терапевтическую ценность и процессов конверсии биомассы. Тем не менее, почва микробиомом все еще остается проблемой в значительной степени из-за трудностей в получении высокого молекулярного веса ДНК достаточного качества для крупносерийного производства библиотеке вставки. Здесь мы вводим протокол для извлечения высокой молекулярной массой, микробного сообщества геномной ДНК из почв и донных отложений. Качество изолированной геномной ДНК идеально подходит для создания больших вставить экологические геномных библиотек для последующих применений последовательности и скрининга. Процедура начинается с лизиса клеток. Клеточные стенки и мембран микробов лизируются как механическое (измельчение) и химической силы (β-меркаптоэтанол). Геномная ДНК затем выделяли с использованием буфера для экстракции, хлороформ-изоамиловый спирт и изопропиловый спирт. Буферы используются для лизиса и добычи шаги включают в себя изотиоцианата гуанидина и hexadecyltrimethylammonium бромида (СТАВ), чтобы сохранить целостность высоким молекулярным весом геномной ДНК. В зависимости от вашего вниз по течению приложений, изолированных геномной ДНК может быть дополнительно очищают, используя хлорид цезия (CsCl) градиент ультрацентрифугирования, что снижает примесей в том числе гуминовых кислот. Первая процедура, добыча, занимает около 8 часов, за исключением ДНК шагом количественной оценке. CsCl ультрацентрифугирования градиент, является два дня процесса. Во время всей процедуры, геномной ДНК, следует относиться осторожно, чтобы предотвратить стрижки, избегайте тяжелой вортексе, и повторяющиеся суровые пипетки.

Watch this Scientific Journal Video about Extraction of High Molecular Weight Genomic DNA from Soils and Sediments at JoVE.com

Extraction of High Molecular Weight Genomic DNA from Soils and Sediments

Методология, чтобы изолировать высокой молекулярной массой и высокой геномной ДНК качества из почвы микробного сообщества описывается.

Добыча высокомолекулярных ДНК Геномная Вес от почвы и осадков

The soil microbiome is a vast and relatively unexplored reservoir of genomic diversity and metabolic innovation that is intimately associated with ...

Research

JoVE Journal

Biology

Isolation of Genomic DNA from Mouse Tails

Выделение геномной ДНК из хвостов мышей

DNA Extraction from 0.22 &mu;M Sterivex Filters and Cesium Chloride Density Gradient Centrifugation

DNA Extraction from 0.22 ÃƒÅ½Ã‚Â¼M Sterivex Filters and Cesium Chloride Density Gradient Centrifugation

Экстракции ДНК из 0,22 мкм Фильтры Sterivex и цезия хлорид центрифугирования в градиенте плотности

This method is used to extract high molecular weight genomic DNA from planktonic biomass concentrated on 0.22 &mu;M Sterivex filters that have been ...

Using the GELFREE 8100 Fractionation System for Molecular Weight-Based Fractionation with Liquid Phase Recovery

Использование GELFREE 8100 Фракционирование Система Молекулярный вес основе фракционирования с жидким этапе восстановления

The GELFREE 8100 Fractionation System is a novel protein fractionation system designed to maximize protein recovery during molecular weight based ...

Generation of RNA/DNA Hybrids in Genomic DNA by Transformation using RNA-containing Oligonucleotides

Генерация РНК / ДНК гибридов в геномной ДНК с помощью преобразования с помощью РНК-содержащих олигонуклеотидов

Synthetic short nucleic acid polymers, oligonucleotides (oligos), are the most functional and widespread tools of molecular biology. Oligos can be ...

Genomic MRI - a Public Resource for Studying Sequence Patterns within Genomic DNA

Геномная МРТ - общественный ресурс для изучения последовательности Шаблоны в геномной ДНК

Non-coding genomic regions in complex eukaryotes, including intergenic areas, introns, and untranslated segments of exons, are profoundly non-random in ...

DNA Extraction from Paraffin Embedded Material for Genetic and Epigenetic Analyses

Экстракции ДНК из парафин материала для генетических и эпигенетических Анализы

Disease development and progression are characterized by frequent genetic and epigenetic aberrations including chromosomal rearrangements, copy number ...

Extraction of High Molecular Weight DNA from Microbial Mats

Добыча высокомолекулярных ДНК Вес от микробных матах

Successful and accurate analysis and interpretation of metagenomic data is dependent upon the efficient extraction  of high-quality, high molecular weight ...

A Practical and Novel Method to Extract Genomic DNA from Blood Collection Kits for Plasma Protein Preservation

Практические и новый метод для извлечения геномной ДНК из крови Комплекты Коллекция по сохранению белков плазмы

Laboratory tests can be done on the cellular or  fluid portions of the blood. The use of different blood collection tubes  determines the portion of the ...

Selective Capture of 5-hydroxymethylcytosine from Genomic DNA

Селективный захват 5-hydroxymethylcytosine из геномной ДНК

5-methylcytosine (5-mC) constitutes ~2-8% of the total cytosines in human genomic DNA and impacts a broad range of biological functions, including gene ...

Amplification, Next-generation Sequencing, and Genomic DNA Mapping of Retroviral Integration Sites

Amplification, следующего поколения Секвенирование и геномную ДНК Mapping ретровирусных интеграции сайты

Retroviruses exhibit signature integration preferences on both the local and global scales. Here, we present a detailed protocol for (1) generation of ...