Name: extraction of high molecular weight genomic dna from soils and sediments
Uploaded: 2009-11-10T20:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Extraction of High Molecular Weight Genomic DNA from Soils and Sediments at JoVE.com

Vi vill tacka det kanadensiska institutet för innovation, British Columbia Kunskap utvecklingsfonden, Genome British Columbia och British Columbia ministeriet för skog och räckvidd för att stödja pågående studier av skogsmark produktivitet. SL fick stöd av ett stipendium från Tula stiftelsen finansierade Centrum för Mikrobiell diversitet och evolution.

Del I: Extraktion av DNA Förfarande 1. 8 timmar behövs, för beredning 6 prover utom kvantifiering av DNA. Innan du börjar utvinning, måste du pre-chill murbruk, mortel och stekspade i -20 ° C frys eller med hjälp av flytande kväve. Även pre-chill 50 ml rör som innehåller 20 ml kloroform Isoamyl alkohol (24:1) på is. Sätt hybridisering ugnen till 65 ° C till förvärmning. Kontrollera CTAB lösning, om det ...

<ol>
	<li>Hurt, R. A., Qiu, X., Wu, L., Roh, Y., Palumbo, A. V., Tiedje, J. M., Zhou, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simultaneous+recovery+of+RNA+and+DNA+from+soils+and+sediments.">Simultaneous recovery of RNA and DNA from soils and sediments.</a> AEM. 67 (10), 4495-4503 (2001).</li><li>Wright, J. J., Lee, S., Zaikova, E., Walsh, D. A., Hallam, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+extraction+from+0.22+&#956;M+Sterivex+filters+and+cesium+chloride+density+gradient+centrifugation.">DNA extraction from 0.22 &#956;M Sterivex filters and cesium chloride density gradient centrifugation.</a> JoVE. , (2009).</li><li>Taupp, M., Lee, S., Hawley, A., Yang, J., Hallam, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large+insert+environmental+genomic+library+production.">Large insert environmental genomic library production.</a> J Vis Exp. , (2009).</li></ol>

Recept * Denaturering lösning 4 M Guanidine isothiocyanat 10 mM Tris-HCl (pH 7,0) 1 mM EDTA 0,5% 2-merkaptoetanol <table border="0" style="font-size:9pt; width:400px;"><tr><td colspan="2"> Denaturering lösning: 10 ml totalt </td></tr><tr><td> Guanidine isotiocyanat (MW 118,16) </td><td> 4,73 g </td></tr><tr><td> 1M Tris-HCl (pH 7,0) </td><td> 100 l </td></tr><tr><td> 0,5 M EDTA </td><td> 20 l </td></tr><tr><td colspan="2"> Tillsätt vatten 9,95 ml totalt. </td></tr><tr><td colspan="2"> Autoklav. </td></tr><tr><td colspan="2"> Tillsätt 50 l 2-merkaptoetanol strax före användning. (5 ìl av 2-merkaptoetanol per 1 ml Denaturering lösning) Anmärkning: Behåll Denaturering lösningen vid 4 ° C. Använd inte buffert äldre än en vecka. Om möjligt, gör färsk buffert att använda. </td></tr></table> ** Extraktionsbuffert 100 mM natriumfosfat buffert [pH 7,0] 100 mM Tris-HCl [pH 7,0] 100 mM EDTA [pH 8,0] 1,5 M NaCl 1% Hexadecyltrimethylammonium bromid (CTAB) 2% SDS <table border="0" style="font-size:9pt; width:400px;"><tr><td colspan="2"> Extraktionsbuffert för 1 L totalt </td></tr><tr><td> 1M Natrium fosfatbuffert [pH 7,0] * </td><td> 100 ml </td></tr><tr><td> 1M Tris-HCl [pH 7,0] </td><td> 100 ml </td></tr><tr><td> 0,5 M EDTA [pH 8,0] </td><td> 200 ml </td></tr><tr><td> 5 M NaCl </td><td> 300 ml </td></tr><tr><td colspan="2"> Autoklav och förvara det i rumstemperatur. </td></tr><tr><td colspan="2"> Tillsätt 200ml, 5% Hexadecyltrimethylammonium bromid (CTAB, autoklaveras) och 100 ml, 20% SDS (autoklaveras) strax före användning. Om CTAB var kristalliserad, smälta det i 60 ° C. * 1M natriumfosfat buffert: 57,7 ml 1M Natrium monobasiskt (NaH 2 PO 4) och 42,3 ml 1M Dinatriumvätefosfat (NaH 2 PO 4). Justera pH till 7,0 Obs: Använd inte 20% SDS om det har nederbörd. Det är normalt att se mjölkaktig suspension när du lägger SDS till lösningen. När du lägger till SDS, placerar extraktionsbuffert vid 60 ° C för att säkerställa SDS väl är indragen. </td></tr></table>

extraction of high molecular weight genomic dna from soils and sediments

Marken microbiome är en stor och relativt outforskad reservoar av genomiska mångfald och metabola innovation som är intimt förknippad med närings-och energiflödet i terrestra ekosystem. Odling-oberoende miljö genomisk, även känd som metagenomic närmar lovar oöverträffad tillgång till denna genetisk information med avseende på väg återuppbyggnad och funktionell screening för högt värde terapeutiskt och biomassa omvandlingsprocesser. Dock fortfarande jorden microbiome fortfarande en utmaning stor del beror på svårigheten att få hög molekylvikt DNA av tillräckligt hög kvalitet för stora in-biblioteket produktion. Här presenterar vi ett protokoll för att utvinna hög molekylvikt, mikrobiella genomisk DNA från mark och sediment. Kvaliteten på isolerade arvsmassans DNA är idealisk för att bygga stora sätter miljö-genomiska bibliotek för nedströms sekvensering och screening program. Förfarandet inleds med cell-lys. Cellväggar och membran av mikrober lyseras av både mekanisk (slipning) och kemiska krafter (β-merkaptoetanol). Genomisk DNA är då isoleras med hjälp av extraktionsbuffert, kloroform-Isoamyl alkohol och isopropylalkohol. De buffertar som används för lys och steg utvinning inkluderar guanidin isothiocyanat och hexadecyltrimethylammonium bromid (CTAB) för att bevara integriteten i hög molekylvikt arvsmassans DNA. Beroende på din nedströms ansökan kan de isolerade genomiska DNA renas ytterligare med hjälp av cesiumklorid (CsCl) gradient ultracentrifugering, som minskar föroreningar, särskilt humus. Det första förfarandet, extraktion, tar ca 8 timmar, med undantag av DNA-kvantifiering steg. Den CsCl lutning ultracentrifugering, är en två dagars process. Under hela förfarandet bör genomisk DNA behandlas varsamt för att förhindra klippning, undvika allvarliga vortexa och repetitiva hårda pipettering.

Watch this Scientific Journal Video about Extraction of High Molecular Weight Genomic DNA from Soils and Sediments at JoVE.com

Extraction of High Molecular Weight Genomic DNA from Soils and Sediments

En metod för att isolera med hög molekylvikt och hög kvalitet genomisk DNA från mark mikrobiella beskrivs.

Utvinning av hög molekylvikt Genomiskt DNA från mark och sediment

The soil microbiome is a vast and relatively unexplored reservoir of genomic diversity and metabolic innovation that is intimately associated with ...

Research

JoVE Journal

Biology

Isolation of Genomic DNA from Mouse Tails

Isolering av genomisk DNA från mus Tails

DNA Extraction from 0.22 &mu;M Sterivex Filters and Cesium Chloride Density Gradient Centrifugation

DNA Extraction from 0.22 ÃƒÅ½Ã‚Â¼M Sterivex Filters and Cesium Chloride Density Gradient Centrifugation

DNA-extraktion från 0,22 mikroM Sterivex Filter och cesiumklorid densitetsgradient Centrifugering

This method is used to extract high molecular weight genomic DNA from planktonic biomass concentrated on 0.22 &mu;M Sterivex filters that have been ...

Using the GELFREE 8100 Fractionation System for Molecular Weight-Based Fractionation with Liquid Phase Recovery

Använda GELFREE 8100 Fraktionering System för Molekylär viktbaserad fraktionering med vätskefasen Recovery

The GELFREE 8100 Fractionation System is a novel protein fractionation system designed to maximize protein recovery during molecular weight based ...

Generation of RNA/DNA Hybrids in Genomic DNA by Transformation using RNA-containing Oligonucleotides

Generering av RNA / DNA-hybrider i Genomiskt DNA genom omvandling med hjälp av RNA-innehållande oligonukleotider

Synthetic short nucleic acid polymers, oligonucleotides (oligos), are the most functional and widespread tools of molecular biology. Oligos can be ...

Genomic MRI - a Public Resource for Studying Sequence Patterns within Genomic DNA

Genomic MR - en allmän resurs för att studera Sequence Patterns inom Genomiskt DNA

Non-coding genomic regions in complex eukaryotes, including intergenic areas, introns, and untranslated segments of exons, are profoundly non-random in ...

DNA Extraction from Paraffin Embedded Material for Genetic and Epigenetic Analyses

DNA-extraktion från paraffininbäddad Material för genetiska och epigenetiska Analyser

Disease development and progression are characterized by frequent genetic and epigenetic aberrations including chromosomal rearrangements, copy number ...

Extraction of High Molecular Weight DNA from Microbial Mats

Utvinning av hög molekylvikt DNA från Microbial Mats

Successful and accurate analysis and interpretation of metagenomic data is dependent upon the efficient extraction  of high-quality, high molecular weight ...

A Practical and Novel Method to Extract Genomic DNA from Blood Collection Kits for Plasma Protein Preservation

En praktisk och ny metod att extrahera genomisk DNA från Kits blodinsamling för Plasma Protein Preservation

Laboratory tests can be done on the cellular or  fluid portions of the blood. The use of different blood collection tubes  determines the portion of the ...

Selective Capture of 5-hydroxymethylcytosine from Genomic DNA

Selektiv fångst av 5-hydroxymethylcytosine från genomisk DNA

5-methylcytosine (5-mC) constitutes ~2-8% of the total cytosines in human genomic DNA and impacts a broad range of biological functions, including gene ...

Amplification, Next-generation Sequencing, and Genomic DNA Mapping of Retroviral Integration Sites

Förstärkning, Nästa generations sekvensering, och Genomic DNA Kartläggning av retroviral integration webbplatser

Retroviruses exhibit signature integration preferences on both the local and global scales. Here, we present a detailed protocol for (1) generation of ...