Name: extraction of high molecular weight genomic dna from soils and sediments
Uploaded: 2009-11-10T20:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Extraction of High Molecular Weight Genomic DNA from Soils and Sediments at JoVE.com

Yenilik, British Columbia Bilgi Kalkınma Fonu, Genom British Columbia ve British Columbia Orman Bakanlığı ve Range Kanada Vakfı orman toprak verimliliğini devam eden çalışmaları desteklemek için teşekkür etmek istiyorum. SL Mikrobiyal Çeşitlilik ve Evrim TULA vakıf tarafından finanse edilen Merkezi bir burs ile desteklenmiştir.

Bölüm I: DNA çıkarımı Prosedür 1. 8 saat 6 örnekleri DNA ölçümü hariç işlenmesi için gereklidir. Çıkarma başlamadan önce, ön-chill harç, havaneli ve -20 ° C derin dondurucu içinde spatula veya sıvı azot kullanılarak gerekecektir. Ayrıca, 20 ml kloroform izoamil alkol (24:1) buz üzerinde içeren ön-chill 50 ml tüpler. 65 hibridizasyon fırın ayarlayın ° C ön ısıtma için. ° C kristall...

<ol>
	<li>Hurt, R. A., Qiu, X., Wu, L., Roh, Y., Palumbo, A. V., Tiedje, J. M., Zhou, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simultaneous+recovery+of+RNA+and+DNA+from+soils+and+sediments.">Simultaneous recovery of RNA and DNA from soils and sediments.</a> AEM. 67 (10), 4495-4503 (2001).</li><li>Wright, J. J., Lee, S., Zaikova, E., Walsh, D. A., Hallam, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+extraction+from+0.22+&#956;M+Sterivex+filters+and+cesium+chloride+density+gradient+centrifugation.">DNA extraction from 0.22 &#956;M Sterivex filters and cesium chloride density gradient centrifugation.</a> JoVE. , (2009).</li><li>Taupp, M., Lee, S., Hawley, A., Yang, J., Hallam, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large+insert+environmental+genomic+library+production.">Large insert environmental genomic library production.</a> J Vis Exp. , (2009).</li></ol>

Reçete * Çözüm denatüre 4 M Guanidin izotiyosiyanat 10 mM Tris-HCl (pH 7.0) 1 mM EDTA 0.5% 2-mercaptoethanol <table border="0" style="font-size:9pt; width:400px;"><tr><td colspan="2"> Denatüre çözüm: toplam 10 ml </td></tr><tr><td> Guanidin izotiyosiyanat (MW 118,16) </td><td> 4.73 g </td></tr><tr><td> 1M Tris-HCl (pH 7.0) </td><td> 100 ul </td></tr><tr><td> 0,5 M EDTA </td><td> 20 ul </td></tr><tr><td colspan="2"> Toplam 9.95 ml su ekleyin. </td></tr><tr><td colspan="2"> Otoklav. </td></tr><tr><td colspan="2"> Kullanmadan önce 50 ul 2-mercaptoethanol ekleyin. (1 ml denatüre Çözüm başına 2-mercaptoethanol 5 ul) Not: 4 denatüre çözüm tutun ° C Bir hafta daha büyük bir tampon kullanmayın. Mümkünse, taze tampon kullanımı yapmak. </td></tr></table> ** Ekstraksiyon Tampon 100 mM sodyum fosfat tamponu pH 7,0] 100 mM Tris-HCl pH 7,0] 100 mM EDTA pH 8.0] 1.5 M NaCl % 1 hekzadesiltrimetilamonyum bromür (STAB) % 2 SDS <table border="0" style="font-size:9pt; width:400px;"><tr><td colspan="2"> Toplam 1 L Ekstraksiyon Tampon </td></tr><tr><td> 1M sodyum fosfat tamponu pH 7.0] * </td><td> 100 ml. </td></tr><tr><td> 1M Tris-HCl pH 7,0] </td><td> 100 ml. </td></tr><tr><td> 0,5 M EDTA pH 8,0] </td><td> 200 ml </td></tr><tr><td> 5 M NaCl </td><td> 300 ml </td></tr><tr><td colspan="2"> Otoklav ve oda sıcaklığında saklayın. </td></tr><tr><td colspan="2"> 200ml,% 5 hekzadesiltrimetilamonyum bromür (STAB, otoklava) ve 100 ml,% 20 SDS (otoklava) kullanmadan hemen önce ekleyin. CTAB kristalize ise, 60 eritebilir ° C * 1M sodyum fosfat tamponu: 57.7 ml 1M sodyum fosfat tekbazlı (NaH 2 PO 4) ve 42.3 ml, 1M sodyum fosfat dibazik (NaH 2 PO 4). PH 7.0 &#39;a ayarlayın Not: 20% SDS yağış varsa kullanmayın. Çözüm için SDS eklediğinizde sütlü süspansiyon görmek normaldir. Bir kere, SDS eklemek ekstraksiyon tamponu yere 60 ° C SDS iyi askıya sağlamak için. </td></tr></table>

extraction of high molecular weight genomic dna from soils and sediments

Toprak mikrobiyomları, karasal ekosistemler içinde besin ve enerji akışı ile yakından ilişkili genomik çeşitlilik ve metabolik yenilik ve nispeten keşfedilmemiş geniş bir rezervuar. Metagenomic olarak da bilinen Yetiştiriciliği bağımsız çevre genomik yaklaşımlar, bu genetik bilginin değeri yüksek tedavi ve biyokütle dönüşüm süreçleri için yolağı yeniden yapılanma ve fonksiyonel taraması ile ilgili benzeri görülmemiş bir erişim söz veriyorum. Ancak, toprak mikrobiyomları, hala büyük ekleme kütüphane üretimi için yeterli kalitede yüksek molekül ağırlıklı DNA temininde zorluk büyük ölçüde bir sorun olmaya devam etmektedir. Burada toprak ve tortular yüksek molekül ağırlıklı, mikrobiyal topluluk genomik DNA ayıklamak için bir protokol tanıtmak. Izole genomik DNA kalitesi downstream sıralama ve tarama uygulamaları için büyük ekleme çevre genomik kütüphaneler oluşturmak için idealdir. Bu prosedür, hücre parçalama ile başlar. Mikropların hücre duvarlarını ve membranlar (β-mercaptoethanol) hem mekanik (taşlama) ve kimyasal güçleri tarafından parçalanmış. Genomik DNA ekstraksiyon tamponu, kloroform-izoamil alkol ve izopropil alkol kullanarak izole edilmiştir. Parçalama ve çıkarma adımları istihdam tamponlar guanidin izotiyosiyanat ve yüksek molekül ağırlıklı genomik DNA bütünlüğünü korumak için hekzadesiltrimetilamonyum bromür (STAB) içerir. Alt uygulanmasına ilişkin olarak, izole genomik DNA sezyum klorür (CSCL) hümik asitler de dahil olmak üzere kirleri azaltır degrade Ultrasantrifügasyon kullanarak saflaştırılmış olabilir. Ilk yordamı, ekstraksiyon, DNA sayısallaması adım hariç, yaklaşık 8 saat sürer. CSCL degrade Ultrasantrifügasyon, iki gün bir süreçtir. Bütün bu prosedür sırasında, genomik DNA kesme önlemek için nazikçe tedavi edilmelidir, ciddi vorteks önlemek ve tekrarlayan ağır pipetleme.

Watch this Scientific Journal Video about Extraction of High Molecular Weight Genomic DNA from Soils and Sediments at JoVE.com

Extraction of High Molecular Weight Genomic DNA from Soils and Sediments

Mikrobiyal topluluk yüksek molekül ağırlıklı ve yüksek kalitede genomik DNA izole etmek için bir metodoloji tarif edilir.

Topraklar ve tortulları Yüksek Moleküler Ağırlık Genomik DNA çıkarımı

The soil microbiome is a vast and relatively unexplored reservoir of genomic diversity and metabolic innovation that is intimately associated with ...

Research

JoVE Journal

Biology

Isolation of Genomic DNA from Mouse Tails

Fare Tails Genomik DNA izolasyonu

DNA Extraction from 0.22 &mu;M Sterivex Filters and Cesium Chloride Density Gradient Centrifugation

DNA Extraction from 0.22 ÃƒÅ½Ã‚Â¼M Sterivex Filters and Cesium Chloride Density Gradient Centrifugation

0.22 mcM Sterivex Filtreler ve Sezyum Klorür Yoğunluk Gradient Santrifüj DNA Ekstraksiyon

This method is used to extract high molecular weight genomic DNA from planktonic biomass concentrated on 0.22 &mu;M Sterivex filters that have been ...

Using the GELFREE 8100 Fractionation System for Molecular Weight-Based Fractionation with Liquid Phase Recovery

Sıvı Faz Kurtarma Moleküler Ağırlık Tabanlı Fraksiyonu GELFREE 8100 Fraksiyonu Sisteminin Kullanılması

The GELFREE 8100 Fractionation System is a novel protein fractionation system designed to maximize protein recovery during molecular weight based ...

Generation of RNA/DNA Hybrids in Genomic DNA by Transformation using RNA-containing Oligonucleotides

RNA içeren Oligonükleotidler kullanarak Dönüşüm Genomik DNA, RNA / DNA Hibritlerin Üretimi

Synthetic short nucleic acid polymers, oligonucleotides (oligos), are the most functional and widespread tools of molecular biology. Oligos can be ...

Genomic MRI - a Public Resource for Studying Sequence Patterns within Genomic DNA

MR Genomik - Sıra Desenler Genomik DNA içinde incelenmesi için Kamu Kaynak

Non-coding genomic regions in complex eukaryotes, including intergenic areas, introns, and untranslated segments of exons, are profoundly non-random in ...

DNA Extraction from Paraffin Embedded Material for Genetic and Epigenetic Analyses

Genetik ve epigenetik Analizleri Parafin Gömülü Malzeme DNA Ekstraksiyon

Disease development and progression are characterized by frequent genetic and epigenetic aberrations including chromosomal rearrangements, copy number ...

Extraction of High Molecular Weight DNA from Microbial Mats

Mikrobiyal Paspas Yüksek Moleküler Ağırlıklı DNA çıkarımı

Successful and accurate analysis and interpretation of metagenomic data is dependent upon the efficient extraction  of high-quality, high molecular weight ...

A Practical and Novel Method to Extract Genomic DNA from Blood Collection Kits for Plasma Protein Preservation

Plazma Protein Koruma Kan Alma Kitleri Genomik DNA Ayıklama Pratik ve Yeni Bir Yöntem

Laboratory tests can be done on the cellular or  fluid portions of the blood. The use of different blood collection tubes  determines the portion of the ...

Selective Capture of 5-hydroxymethylcytosine from Genomic DNA

Genomik DNA 5-hydroxymethylcytosine seçici Yakalama

5-methylcytosine (5-mC) constitutes ~2-8% of the total cytosines in human genomic DNA and impacts a broad range of biological functions, including gene ...

Amplification, Next-generation Sequencing, and Genomic DNA Mapping of Retroviral Integration Sites

Retroviral Entegrasyon Siteleri Amplifikasyon, Yeni Nesil Sıralama ve Genomik DNA Haritalama

Retroviruses exhibit signature integration preferences on both the local and global scales. Here, we present a detailed protocol for (1) generation of ...