Name: split-ubiquitin based membrane yeast two-hybrid (myth) system: a powerful tool for identifying protein-protein interactions
Uploaded: 2010-02-01T16:25:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Split-Ubiquitin Based Membrane Yeast Two-Hybrid MYTH System: A Powerful Tool For Identifying Protein-Protein Interactions at JoVE.com

हम इस पांडुलिपि की एक महत्वपूर्ण पढ़ने के लिए डॉन एडमंड्स को धन्यवाद देना चाहूंगा. Stagljar प्रयोगशाला अभिनव (CFI), स्वास्थ्य अनुसंधान (CIHR) के लिए कनाडा संस्थान, दिल और स्ट्रोक फाउंडेशन, कनाडा के कैंसर सोसायटी, और नोवार्टिस के लिए कनाडा फाउंडेशन से धन के द्वारा समर्थित है.

1. पृष्ठभूमि जानकारी प्रोटीन, प्रोटीन बातचीत (PPIs) सभी सेलुलर प्रक्रियाओं गवर्निंग में शामिल मौलिक निर्माण ब्लॉकों हैं. नतीजतन, यह आवश्यक है कि सभी बातचीत कसकर क्रम में सेलुलर homeostasis को बनाए रखने ...

<ol>
	<li>Stagljar, I., Fields, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+membrane+protein+interactions+using+yeast-based+technologies.">Analysis of membrane protein interactions using yeast-based technologies.</a> Trends Biochem Sci. 27 (11), 559-563 (2002).</li><li>Iyer, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Utilizing+the+split-ubiquitin+membrane+yeast+two-hybrid+system+to+identify+protein-protein+interactions+of+integral+membrane+proteins.">Utilizing the split-ubiquitin membrane yeast two-hybrid system to identify protein-protein interactions of integral membrane proteins.</a> Sci STKE. 275, pl3-pl3 (2005).</li><li>Paumi, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mapping+protein-protein+interactions+for+the+yeast+ABC+transporter+Ycf1p+by+integrated+split-ubiquitin+membrane+yeast+two-hybrid+analysis.">Mapping protein-protein interactions for the yeast ABC transporter Ycf1p by integrated split-ubiquitin membrane yeast two-hybrid analysis.</a> Mol Cell. 26 (1), 15-25 (2007).</li><li>Stagljar, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genetic+system+based+on+split-ubiquitin+for+the+analysis+of+interactions+between+membrane+proteins+in+vivo.">A genetic system based on split-ubiquitin for the analysis of interactions between membrane proteins in vivo.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 95 (9), 5187-5192 (1998).</li><li>Gisler, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Monitoring+protein-protein+interactions+between+the+mammalian+integral+membrane+transporters+and+PDZ-interacting+partners+using+a+modified+split-ubiquitin+membrane+yeast+two-hybrid+system.">Monitoring protein-protein interactions between the mammalian integral membrane transporters and PDZ-interacting partners using a modified split-ubiquitin membrane yeast two-hybrid system.</a> Mol Cell Proteomics. 7 (7), 1362-1377 (2008).</li><li>Scheper, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Coordination+of+N-glycosylation+and+protein+translocation+across+the+endoplasmic+reticulum+membrane+by+Sss1+protein.">Coordination of N-glycosylation and protein translocation across the endoplasmic reticulum membrane by Sss1 protein.</a> J Biol Chem. 278 (39), 37998-38003 (2003).</li><li>Thaminy, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+novel+ErbB3-interacting+factors+using+the+split-ubiquitin+membrane+yeast+two-hybrid+system.">Identification of novel ErbB3-interacting factors using the split-ubiquitin membrane yeast two-hybrid system.</a> Genome Res. 13 (7), 1744-1753 (2003).</li><li>Johnsson, N., Varshavsky, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Split+ubiquitin+as+a+sensor+of+protein+interactions+in+vivo.">Split ubiquitin as a sensor of protein interactions in vivo.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 91 (22), 10340-10344 (1994).</li><li>Kelleher, D. J., Gilmore, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Saccharomyces+cerevisiae+oligosaccharyltransferase+is+a+protein+complex+composed+of+Wbp1p,+Swp1p,+and+four+additional+polypeptides.">The Saccharomyces cerevisiae oligosaccharyltransferase is a protein complex composed of Wbp1p, Swp1p, and four additional polypeptides.</a> J Biol Chem. 269 (17), 12908-12917 (1994).</li><li>Chevallier, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cloning+and+transcriptional+control+of+a+eucaryotic+permease+gene.">Cloning and transcriptional control of a eucaryotic permease gene.</a> Mol Cell Biol. 2 (8), 977-984 (1982).</li></ol>

मिथक पहली उच्च throughput सिस्टम है कि पूरी लंबाई झिल्ली प्रोटीन और साइटोसोलिक या झिल्ली ही सीमित भागीदारों के बीच बातचीत की पहचान की अनुमति देता है. [3-7] जीवों की एक सीमा से झिल्ली प्रोटीन का अध्ययन करने के लि?...

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		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Polyethenlene Glycol (PEG3350)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Bioshop</td>
<td>PEG335</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Lithium Acetate Bihydrate</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Bioshop</td>
<td>LIA001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>X-Gal (5-Bromo-4-Chloro-3-Indolyl-b-D-galactopyranoside)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Bioshop</td>
<td>XGA001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>N`,N-dimethyl formamide</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Bioshop</td>
<td>DMF 451</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>3-amino-1,2,4-triazole (3-AT)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Bioshop</td>
<td>ATT124</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sodium phosphate dibasic</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Bioshop</td>
<td>SPD307</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sodium phosphate monobasic</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>FisherBiotech</td>
<td>BP329-500</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Salmon Sperm DNA</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>VWR</td>
<td>CA80601-120</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>D-Glucose</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Bioshop</td>
<td>GLU501</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>LB Broth LENOX</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Bioshop</td>
<td>LBL405</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Yeast Nitrogen Base</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Bioshop</td>
<td>YNB406</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Yeast Extract</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Bioshop</td>
<td>YEX401</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Peptone</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Beckton Dickinson</td>
<td>211677</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Bio-Tryptone</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Bioshop</td>
<td>TRP402</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Adenine Sulphate</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Bioshop</td>
<td>ADS201</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>L-Uracil</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Bioshop</td>
<td>URA241</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>L-Threonine</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Bioshop</td>
<td>THR002</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>L-Histidine</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Bioshop</td>
<td>HIS200</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>L-Methionine</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Bioshop</td>
<td>MET222</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>L-Valine</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Bioshop</td>
<td>VAL201</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>L-Phenylalanine</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Bioshop</td>
<td>PHA302</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>L-Isoleucine</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Bioshop</td>
<td>ISO910</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>L-Tyrosine</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Bioshop</td>
<td>TYR333</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>L-Leucine</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Bioshop</td>
<td>LEU222</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>L-Arginine</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Bioshop</td>
<td>ARG006</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>L-Tryptophane</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>FisherBiotech</td>
<td>BP395-100</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>L-Lysine</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Bioshop</td>
<td>LYS101</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>L-Alanine</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>FisherBiotech</td>
<td>BP369-100</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Agar</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Bioshop</td>
<td>AGR001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Soda Lime Galss Beads</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>BioSpec Product</td>
<td>11079105</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sodium Chloride</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Bioshop</td>
<td>SLD002</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

split-ubiquitin based membrane yeast two-hybrid (myth) system: a powerful tool for identifying protein-protein interactions

अभिन्न झिल्ली प्रोटीन के मौलिक जैविक और नैदानिक ​​महत्व पूर्ण लंबाई transmembrane प्रोटीन के लिए प्रोटीन, प्रोटीन बातचीत (पीपीआई) के उच्च throughput पहचान के लिए एक खमीर आधारित प्रणाली के विकास को प्रेरित किया. यह अंत करने के लिए, हमारी प्रयोगशाला विभाजन ubiquitin आधारित झिल्ली (मिथक) खमीर दो संकर प्रणाली विकसित की है. इस तकनीक क्षणिक और स्थिर प्रोटीन का उपयोग कर बातचीत के संवेदनशील पता लगाने के लिए अनुमति देता है<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em&gt; एक मेजबान जीव के रूप में. मिथक अवलोकन है कि दो स्थिर moieties में ubiquitin अलग किया जा सकता का लाभ लेता है: खमीर के आधे सी टर्मिनल (ubiquitin सी<sub&gt; यूबी</sub&gt;) और एन टर्मिनल ubiquitin आधा भाग के आधे (एन<sub&gt; यूबी</sub&gt;). मिथक में, इस सिद्धांत का उपयोग करने के लिए प्रोटीन, प्रोटीन बातचीत का एक &#39;सेंसर&#39; के रूप में अनुकूलित है. संक्षेप में, अभिन्न झिल्ली चारा प्रोटीन सी जुड़े हुए है<sub&gt; यूबी</sub&gt; जो एक कृत्रिम प्रतिलेखन कारक के लिए जुड़ा हुआ है. शिकार, प्रोटीन, या तो व्यक्तिगत या लायब्रेरी के प्रारूप में, एन के लिए जुड़े हुए हैं<sub&gt; यूबी</sub&gt; आधा भाग. चारा और शिकार के बीच बातचीत प्रोटीन ubiquitin moieties के पुनर्गठन की ओर जाता है है, एक पूर्ण लंबाई &#39;छद्म&#39; ubiquitin अणु बनाने. इस अणु साइटोसोलिक deubiquitinating एंजाइमों द्वारा मान्यता प्राप्त बारी में है, प्रतिलेखन कारक है, और रिपोर्टर जीन की अभिव्यक्ति के बाद प्रेरण की दरार में जिसके परिणामस्वरूप. उच्च अनुकूलनीय प्रणाली है, और विशेष रूप से उच्च throughput प्रदर्शन के लिए अच्छी तरह से अनुकूल है. यह सफलतापूर्वक दोनों खमीर और अन्य जीवों से अभिन्न झिल्ली प्रोटीन का उपयोग कर बातचीत की जांच करने के लिए नियोजित किया गया है.

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Split-Ubiquitin Based Membrane Yeast Two-Hybrid MYTH System: A Powerful Tool For Identifying Protein-Protein Interactions

मिथकः क्षणिक और स्थिर मॉडल जीव Saccharomyces cerevisiae में व्यक्त कर रहे हैं कि प्रोटीन के बीच बातचीत के संवेदनशील पता लगाने की अनुमति देता है. यह सफलतापूर्वक किया गया है exogenous और खमीर अभिन्न झिल्ली प्रोटीन के अध्ययन के क्रम में एक उच्च throughput ढंग से उनकी बातचीत भागीदारों की पहचान करने के लिए लागू है.

भाजित Ubiquitin आधार झिल्ली खमीर (मिथक) दो - हाइब्रिड सिस्टम: प्रोटीन, प्रोटीन बातचीत की पहचान करने के लिए एक शक्तिशाली उपकरण

The fundamental biological and clinical importance of integral membrane proteins prompted the development of a yeast-based system for the high-throughput ...

Research

JoVE Journal

Biology

Split-Ubiquitin Based Membrane Yeast Two-Hybrid (MYTH) System: A Powerful Tool For Identifying Protein-Protein Interactions

Imaging Protein-protein Interactions in vivo

Imaging Protein-protein Interactions in vivo

इमेजिंग प्रोटीन - प्रोटीन सहभागिता Vivo में</em

Protein-protein interactions are a hallmark of all essential cellular processes. However, many of these interactions are transient, or energetically weak, ...

Associated Chromosome Trap for Identifying Long-range DNA Interactions

लंबी दूरी की डीएनए सहभागिता की पहचान के लिए एसोसिएटेड क्रोमोजोम जाल

Genetic information encoded by DNA is organized in a complex and highly regulated chromatin structure.  Each chromosome occupies a specific territory, ...

Modified Yeast-Two-Hybrid System to Identify Proteins Interacting with the Growth Factor Progranulin

संशोधित खमीर दो हाइब्रिड ग्रोथ फैक्टर progranulin के साथ बातचीत प्रोटीन की पहचान प्रणाली

Progranulin (PGRN), also known as granulin epithelin precursor (GEP), is a 593-amino-acid autocrine growth factor. PGRN is known to play a critical role ...

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

प्रोटीन, प्रोटीन बातचीत की पहचान के लिए एक प्रोटोकॉल के आधार पर<sup&gt; 15</sup&gt; एन मेटाबोलिक लेबलिंग, immunoprecipitation, मात्रात्मक मास स्पेक्ट्रोमेट्री और आत्मीयता मॉडुलन

Protein-protein interactions are fundamental for many biological processes in the cell. Therefore, their characterization plays an important role in ...

Identifying Protein-protein Interaction in Drosophila Adult Heads by Tandem Affinity Purification (TAP)

Identifying Protein-protein Interaction in Drosophila Adult Heads by Tandem Affinity Purification TAP

में प्रोटीन, प्रोटीन बातचीत की पहचान<em&gt; ड्रोसोफिला</emअग्रानुक्रम आत्मीयता शुद्धि द्वारा&gt; वयस्क प्रमुखों (नल)

Genetic screens conducted using Drosophila melanogaster (fruit fly) have made numerous milestone discoveries in the advance of biological sciences. ...

Reverse Yeast Two-hybrid System to Identify Mammalian Nuclear Receptor Residues that Interact with Ligands and/or Antagonists

स्तनधारी परमाणु रिसेप्टर अवशेष की पहचान के लिए खमीर दो संकर प्रणाली है कि रिवर्स ligands और / या गरम के साथ बातचीत

As a critical regulator of drug metabolism and inflammation, Pregnane X Receptor (PXR), plays an important role in disease pathophysiology linking ...

Capture Compound Mass Spectrometry - A Powerful Tool to Identify Novel c-di-GMP Effector Proteins

कैद यौगिक मास स्पेक्ट्रोमेट्री - उपन्यास सी-डि-जीएमपी effector के प्रोटीन की पहचान के लिए एक शक्तिशाली उपकरण

Considerable progress has been made during the last decade towards the identification and characterization of enzymes involved in the synthesis ...

Investigating Protein-protein Interactions in Live Cells Using Bioluminescence Resonance Energy Transfer

Bioluminescence प्रतिध्वनि ऊर्जा हस्तांतरण का प्रयोग जीवित कोशिकाओं में प्रोटीन, प्रोटीन बातचीत की जांच कर

Assays based on Bioluminescence Resonance Energy Transfer (BRET) provide a sensitive and reliable means to monitor protein-protein interactions in live ...

Probing High-density Functional Protein Microarrays to Detect Protein-protein Interactions

उच्च घनत्व कार्यात्मक प्रोटीन जांच प्रोटीन, प्रोटीन बातचीत का पता लगाने के लिए

High-density functional protein microarrays containing ~4,200 recombinant yeast proteins are examined for kinase protein-protein interactions using an ...

Identifying Protein-protein Interaction Sites Using Peptide Arrays

पेप्टाइड arrays का उपयोग प्रोटीन-प्रोटीन सहभागिता वाली साइटों की पहचान

Protein-protein interactions mediate most of the processes in the living cell and control homeostasis of the organism. Impaired protein interactions may ...