Name: visualizing rna localization in xenopus oocytes
Uploaded: 2010-01-14T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Visualizing RNA Localization in Xenopus Oocytes at JoVE.com

Nuestro trabajo en la localización del ARN es apoyado por una subvención del NIH (R01GM071049) de KLM.

Parte 1: La transcripción de ARNm marcado con fluorescencia. <ol><li> Linealizar el plásmido de ADN que contiene el elemento de localización del ARN o la secuencia pertinente y resuspender en 1 mg / l con DEPC tratados con H 2 O. La plantilla de ADN debe tener sitios aguas arriba promotor de la transcripción T7, SP6, T3 o ARN polimerasa. </li><li> Añadir los siguientes reactivos a un tubo de 1,5 ml estéril: <table><tbody><tr><td> a. 10X buffer Tx (ver M &amp; M) </td><td> 2 l </td></tr><tr><td> b. 20X...

<ol>
	<li>Cohen, S., Au, S., Pant, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microinjection+of+Xenopus+laevis+oocytes.">Microinjection of Xenopus laevis oocytes.</a> JoVE. 24, (2009).</li><li>Dumont, J. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oogenesis+in+Xenopus+laevis+(Daudin).+I.+Stages+of+oocyte+development+in+laboratory+maintained+animals.">Oogenesis in Xenopus laevis (Daudin). I. Stages of oocyte development in laboratory maintained animals.</a> J. Morphol. 136, 153-179 (1972).</li><li>Gagnon, J. A., Mowry, K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+transport+in+ovo:+Simultaneous+visualization+of+two+RNAs.">RNA transport in ovo: Simultaneous visualization of two RNAs.</a> Mol Reprod Dev. 76, 1115-1115 (2009).</li><li>Gautreau, D., Cote, C. A., Mowry, K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two+copies+of+a+subelement+from+the+Vg1+RNA+localization+sequence+are+sufficient+to+direct+vegetal+localization+in+Xenopus+oocytes.">Two copies of a subelement from the Vg1 RNA localization sequence are sufficient to direct vegetal localization in Xenopus oocytes.</a> Development. 124, 5013-5020 (1997).</li><li>Lewis, R. A., Gagnon, J. A., Mowry, K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PTB/hnRNP+I+is+required+for+RNP+remodeling+during+RNA+localization+in+Xenopus+oocytes.">PTB/hnRNP I is required for RNP remodeling during RNA localization in Xenopus oocytes.</a> Mol Cell Biol. 28, 678-6786 (2008).</li><li>Messitt, T. J., Gagnon, J. A., Kreiling, J. A., Pratt, C. A., Yoon, Y. J., Mowry, K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiple+kinesin+motors+coordinate+cytoplasmic+RNA+transport+on+a+subpopulation+of+microtubules+in+Xenopus+oocytes.">Multiple kinesin motors coordinate cytoplasmic RNA transport on a subpopulation of microtubules in Xenopus oocytes.</a> Dev Cell. 15, 426-436 (2008).</li><li>Mowry, K. L., Melton, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Vegetal+messenger+RNA+localization+directed+by+a+340-nt+RNA+sequence+element+in+Xenopus+oocytes.">Vegetal messenger RNA localization directed by a 340-nt RNA sequence element in Xenopus oocytes.</a> Science. 255, 991-994 (1992).</li><li>Yoon, Y. J., Mowry, K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Xenopus+Staufen+is+a+component+of+a+ribonucleoprotein+complex+containing+Vg1+RNA+and+kinesin.">Xenopus Staufen is a component of a ribonucleoprotein complex containing Vg1 RNA and kinesin.</a> Development. 131, 3035-3045 (2004).</li></ol>

Aquí hemos presentado un protocolo para visualizar la localización del mRNA en ovocitos de Xenopus. Este método, usando la etiqueta fluorescente transcripciones de ARN tiene una mayor relación señal-ruido de lo que se obtiene con la marcada con digoxigenina transcripciones y es más sencillo y más rápido de lo in-situ los enfoques basados ​​en (Mowry y Melton, 1992, Gautreau et al., 1997). Usando este método, podemos diseñar ARN secuencia de mutaciones y rápida prueba para la función in ...

A correction to the step 2 of Part 1 for article Visualizing RNA Localization in Xenopus Oocytes.

Erratum: Visualizing RNA Localization in Xenopus Oocytes

10X buffer Tx <ul><li class="none"> 60 mM MgCl 2 </li><li class="none"> 400 mM Tris-HCl (pH 7,5) </li><li class="none"> 20 mM espermidina-HCl </li></ul> 20x tapa / NTP mezcla <ul><li class="none"> 10 mM CTP </li><li class="none"> 10 mM ATP </li><li class="none"> 9 mM UTP </li><li class="none"> 2 mM GTP </li><li class="none"> 20 mM G (ppp) G Cap analógica (New England Biolabs) </li></ul> G-50 columna <ul><li class="none"> 5 g de hidratos de Sephadex G-50 cuentas (Sigma Aldrich) en 100 mL de agua desionizada H 2 O. DEPC de tratar durante 30 minutos. y autoclave. Tienda de archivo incompleto a temperatura ambiente. Antes de usar, agregar lo siguiente RNasa libre de las soluciones: </li><li class="none"> 0,5 ml de 0,2 M EDTA </li><li class="none"> 1 ml 1 M Tris pH 8,0 </li><li class="none"> 0,5 ml de 20% SDS </li><li class="none"> Tienda completa G-50 la solución a 4 ° C. </li><li class="none"> Retire y deseche el émbolo de una jeringa de 3 ml (BD Biosciences) y colocar el cilindro de la jeringa en un tubo cónico de 15 ml (Corning). Conecte la jeringa con una pequeña cantidad de lana de vidrio (un enchufe cerca de la mitad del tamaño de un centavo). </li><li class="none"> Remolino completa solución de G-50 para volver a suspender cuentas. </li><li class="none"> Añadir 2 ml de solución de G-50 a la columna vacía. </li><li class="none"> Giro de 1 minuto a 1000 x g en centrífuga de mesa. </li><li class="none"> Añadir 200 l tratada con DEPC H2O desionizada a cada columna. Spin. </li><li class="none"> Repetir el lavado dos veces más para un total de tres lavados. </li><li class="none"> Retire el cuerpo de la jeringa a un nuevo tubo de 15 ml cónicos. </li></ul> Colagenasa solución <ul><li class="none"> 75 mg de colagenasa de Clostridium histolyticum (Sigma Aldrich) </li><li class="none"> 25 ml 0,1 M KPO 3 + (pH 7,4) </li></ul> MBSH buffer <ul><li class="none"> 88 mM NaCl </li><li class="none"> 1 mM KCl </li><li class="none"> 2,4 mM de NaHCO3 </li><li class="none"> 0,82 mM MgSO 4 7H 2 O X </li><li class="none"> 0,33 mM Ca (NO 3) 2 X 4 H 2 O </li><li class="none"> 0,41 mM CaCl 2 X 6 H 2 O </li><li class="none"> HEPES 10 mM (pH 7,6) </li></ul> Ovocito medio de cultivo <ul><li class="none"> 50% L15 </li><li class="none"> 15 mM HEPES (pH 7,6) </li><li class="none"> 1 mg / ml de insulina </li><li class="none"> 100 mg / ml de gentamicina </li><li class="none"> 50 U / ml de nistatina </li><li class="none"> 50 U / ml de penicilina </li><li class="none"> 50 mg / ml de estreptomicina </li></ul> MEMFA solución <ul><li class="none"> 0,1 M MOPS (pH 7,4) </li><li class="none"> 2 mM EGTA </li><li class="none"> 1 mM MgSO 4 </li><li class="none"> 3,7% de formaldehído </li></ul> Informática ARN rendimiento <ul><li class="none"> Determinar CPM en la &quot;entrada&quot; y &quot;incorporado&quot; las muestras usando un contador de centelleo estándar. </li><li class="none"> incorporación = (&quot;incorporados&quot;) / (10 x &quot;de entrada&quot;) </li><li class="none"> Los valores típicos de la incorporación rango entre ~ 0,03 y 0,10. </li><li class="none"> El rendimiento máximo teórico de diferentes polimerasas: T7, T3, SP6 - 2,64 mg </li><li class="none"> Reacción de rendimiento en mg = (rendimiento máximo de la polimerasa utilizada) X (incorporación) </li><li class="none"> Diluir el ARN de 50 nm = (ug RNA) / 320 / (longitud del ARN en las bases) / (5X10 -8) </li><li class="none"> La reacción suele producir ~ 50 a 100 l de ARN de 50 nm. </li></ul>

visualizing rna localization in xenopus oocytes

Localización del ARN es un mecanismo conservado del establecimiento de la polaridad celular. Vg1 ARNm se localiza en el polo vegetal de ovocitos de Xenopus laevis y actúa para restringir el espacio de expresión génica de la proteína Vg1. El control estricto de Vg1 distribución de esta forma es necesaria para la especificación adecuada capa germinal en el embrión en desarrollo. Elementos de la secuencia de ARN en el 3 &#39;UTR del ARNm, el elemento de localización Vg1 (VLE) son necesarios y suficientes para el transporte directo. Para estudiar el reconocimiento y el transporte de Vg1 ARNm in vivo, hemos desarrollado una técnica que permite un amplio análisis de trans-factor de los mecanismos de transporte dirigido a través de una lectura visual simple. Para visualizar la localización del ARN, que sintetiza la etiqueta fluorescente del ARN VLE y microinject esta transcripción en oocitos individual. Después del cultivo de ovocitos para permitir el transporte del ARN se inyecta, los ovocitos son fijos y deshidratado antes de la imagen por microscopía confocal. Visualización de patrones de localización del ARNm proporciona una lectura para el control de la vía completa de ARN de transporte y para la identificación de los roles en la dirección de ARN de transporte para el cis-elementos que actúan en la transcripción y factores de trans-acción que se unen a los VLE (Lewis et al., 2008, Messitt et al., 2008). Hemos ampliado esta técnica a través de co-localización con ARN y las proteínas adicionales (Gagnon y Mowry, 2009, Messitt et al., 2008), y en combinación con la interrupción de las proteínas motoras y el citoesqueleto (Messitt et al., 2008) de la sonda de mecanismos que subyacen a la localización del ARNm.

Watch this Scientific Journal Video about Visualizing RNA Localization in Xenopus Oocytes at JoVE.com

Visualizing RNA Localization in Xenopus Oocytes

La visualización de<em&gt; In vivo</em&gt; ARN de transporte se realiza mediante la microinyección de la etiqueta fluorescente en las transcripciones de ARN<em&gt; Xenopus</em&gt; Ovocitos, seguido por microscopía confocal.

Visualizar la localización del ARN en Xenopus Los ovocitos

RNA localization is a conserved mechanism of establishing cell polarity.  Vg1 mRNA localizes to the vegetal pole of Xenopus laevis oocytes and acts to ...

Research

JoVE Journal

Biology

Visualizing RNA Localization in Xenopus Oocytes

Patch Clamp Recording of Ion Channels Expressed in  Xenopus Oocytes

Parche de grabación Clamp de canales iónicos expresados ​​en ovocitos de Xenopus

Since its development by Sakmann and Neher 1, 2, the patch clamp has become established as an extremely useful technique for electrophysiological ...

Investigación

Biología

Microinjection of Xenopus Laevis Oocytes

Microinyección de oocitos de Xenopus laevis

Microinjection of Xenopus laevis oocytes followed by thin-sectioning electron microscopy (EM) is an excellent system for studying nucleocytoplasmic ...

Fertilization of Xenopus oocytes using the Host Transfer Method

Fertilization of Xenopus oocytes using the Host Transfer Method

La fertilización de Oocitos de Xenopus Utilizando el método de transferencia de acogida

Studying the contribution of maternally inherited molecules to vertebrate early development is often hampered by the time and expense necessary to ...

Patch Clamp and Perfusion Techniques for Studying Ion Channels Expressed in Xenopus oocytes

Patch Clamp and Perfusion Techniques for Studying Ion Channels Expressed in Xenopus oocytes

Patch clamp y técnicas de perfusión para el estudio de los canales iónicos expresados ​​en Xenopus Ovocitos

The protocol presented here is designed to study the activation of the large conductance, voltage- and Ca2+-activated K+ (BK) channels. The protocol may ...

In vitro Transcription and Capping of Gaussia Luciferase mRNA Followed by HeLa Cell Transfection

In vitro Transcription and Capping of Gaussia Luciferase mRNA Followed by HeLa Cell Transfection

En la transcripción in vitro y la nivelación de mRNA de luciferasa Gaussia Seguido por transfección de células HeLa

In vitro transcription is the synthesis of RNA transcripts by RNA polymerase from a linear DNA template containing the corresponding promoter sequence ...

Measuring Cation Transport by Na,K- and H,K-ATPase in Xenopus Oocytes by Atomic Absorption Spectrophotometry: An Alternative to Radioisotope Assays

Measuring Cation Transport by Na,K- and H,K-ATPase in Xenopus Oocytes by Atomic Absorption Spectrophotometry: An Alternative to Radioisotope Assays

Medición de transporte de cationes por Na, K y H, K-ATPasa en<em&gt; Xenopus</em&gt; Los ovocitos mediante espectrofotometría de absorción atómica: una alternativa a ensayos de radioisótopos

Whereas cation transport by the electrogenic membrane transporter Na+,K+-ATPase can be measured by electrophysiology, the electroneutrally operating ...

Facial Transplants in Xenopus laevis Embryos

Facial Transplants in Xenopus laevis Embryos

Los trasplantes faciales en<em&gt; Xenopus laevis</em&gt; Los embriones

Craniofacial birth defects occur in 1 out of every 700 live births, but etiology is rarely known due to limited understanding of craniofacial development. ...

Xenopus Oocytes: Optimized Methods for Microinjection, Removal of Follicular Cell Layers, and Fast Solution Changes in Electrophysiological Experiments

Xenopus Oocytes: Optimized Methods for Microinjection, Removal of Follicular Cell Layers, and Fast Solution Changes in Electrophysiological Experiments

Los oocitos de Xenopus: Métodos optimizados para la microinyección, la eliminación de las capas de células foliculares y Cambios solución rápida en experimentos electrofisiológicos

The Xenopus oocyte as a heterologous expression system for proteins, was first described by Gurdon et al.1 and has been widely used since its discovery ...

Visualizing Genetic Variants, Short Targets, and Point Mutations in the Morphological Tissue Context with an RNA In Situ Hybridization Assay

Visualizing Genetic Variants, Short Targets, and Point Mutations in the Morphological Tissue Context with an RNA In Situ Hybridization Assay

Visualización de variantes genéticas, metas cortas y mutaciones puntuales en el contexto morfológico del tejido con un ensayo de ARN In Situ hibridación

Because precision medicine is highly dependent on the accurate detection of biomarkers, there is an increasing need for standardized and robust ...

TChIP-Seq: Cell-Type-Specific Epigenome Profiling

TChIP-Seq: Perfiles de celular-tipo-específico epigenoma

Epigenetic regulation plays central roles in gene expression. Since histone modification was discovered in the 1960s, its physiological and pathological ...