Name: mosaic zebrafish transgenesis for evaluating enhancer sequences
Uploaded: 2010-07-16T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Mosaic Zebrafish Transgenesis for Evaluating Enhancer Sequences at JoVE.com

<p class="jove_content" style=";text-align:right;direction:rtl"> نشكر السيدة باولا لتربية الأسماك روي ممتازة ، وEkker ستيف لهدية كريمة من البلازميد pDB600. وتم تمويل هذه الدراسات من جانب منحة لسادس من NHGRI. </p>

<p class="jove_title" style=";text-align:right;direction:rtl"> 1. اختيار واستنساخ تسلسل حفظها للاختبار </p><ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يجب على المرء أولا تحديد متواليات التنظيمية المحتملة لاختبار وظيفية. نحن نعتمد على الحفاظ على التسلسل التطوري كمعيار لتحديد متواليات ، وغالبا ما تستخدم PhastCons الخوارزمية ، الذي ...

<ol>
	<li>Fisher, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluating+the+biological+relevance+of+putative+enhancers+using+Tol2+transposon-mediated+transgenesis+in+zebrafish.">Evaluating the biological relevance of putative enhancers using Tol2 transposon-mediated transgenesis in zebrafish.</a> <em style='font-style: italic'>Nat Protoc</em>. <b>1</b> (3), 1297-12 (2006).</li><li>Balciunas, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Harnessing+a+high+cargo-capacity+transposon+for+genetic+applications+in+vertebrates.">Harnessing a high cargo-capacity transposon for genetic applications in vertebrates.</a> <em style='font-style: italic'>PLoS Genet</em>. <b>2</b> (11), e169-169 (2006).</li><li>Westerfield, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>The Zebrafish Book</em>. , (1995).</li></ol>

<p class="jove_content" style=";text-align:right;direction:rtl"> وقد برهنا على النهج المستخدمة في المختبر لدينا لتحليل كفاءة القدرة على احتمال استخدام transgenesis الزرد. في معظم الأحيان ، ونحن نستخدم هذا النهج للبحث عن الأنسجة الخاصة والقدرة على الجينات البشرية المرتبطة. على الرغم من عدم وجود تسلسل واضح تناظر معظم الوقت بين الإنسان وا...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Takara LA Taq</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Takara Bio Inc</td>
<td>RR02M</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>pCR8/GW/TOPO TA Cloning Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>K2500-20</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Gateway LR Clonase II enzyme Mix</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>11791-100</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Library efficiency competent cells DH5&alpha;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>12535-019</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Library efficiency competent cells DB3.1</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>11782-018</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>mMESSAGE mMACHINE Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1340</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>HiSpeed Plasmid Midi Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Qiagen</td>
<td>12643</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>QIAquick PCR Purification Kit </td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Qiagen</td>
<td>28104</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Flaming/Brown Micropipette Puller</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sutter Instrument</td>
<td>P-97</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Pneumatic PicoPump</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>World Precision Instruments</td>
<td>SYS-PV820</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

mosaic zebrafish transgenesis for evaluating enhancer sequences

<p class="jove_content">وقد سلط الضوء على الانتهاء من تسلسل الجينوم البشري ، مع أن الكثير من الأنواع الأخرى ، والتحدي المتمثل في وظيفة محددة يرجع إلى عدم تسلسل الترميز. وظيفة واحدة بارزة نفذتها الكسر غير الترميز من الجينوم هو تنظيم النسخ الجيني ، ولكن لا توجد وسائل فعالة للتنبؤ على نطاق واسع مقرون التنظيم عناصر من تسلسل الحمض النووي الرئيسي. قمنا بتطوير بروتوكول لتقييم كفاءة من الناحية الوظيفية المحتملة مقرون عناصر التنظيم من خلال transgenesis الزرد. نهجنا يقدم مزايا هامة على خلية ثقافة تقنيات استنادا للجينات هامة تنمويا ، نظرا لأنه يقدم معلومات عن تنظيم الجينات المكانية والزمانية. على العكس ، هو أسرع وأقل تكلفة من التجارب المماثلة في الفئران المعدلة وراثيا ، ونحن نطبق بشكل روتيني لمتواليات معزولة عن الجينوم البشري. هنا نظهر نهجنا في اختيار عناصر لاختبار القائمة على الحفاظ على تسلسل وبروتوكول لدينا تسلسل الاستنساخ وmicroinjecting لهم في الأجنة الزرد.</p>

Watch this Scientific Journal Video about Mosaic Zebrafish Transgenesis for Evaluating Enhancer Sequences at JoVE.com

Mosaic Zebrafish Transgenesis for Evaluating Enhancer Sequences

<p class="jove_content">نظهر نهجنا لإيجاد العناصر المحتملة محسن من الجينات تنظم تنمويا وتقييمها من خلال وظيفتها transgenesis الزرد الفسيفساء.</p>

فسيفساء Transgenesis اسماك الزرد لتقييم متواليات محسن

The completion of the human genome sequence, along with that of many other species, has highlighted the challenge of ascribing specific function to non ...

Research

JoVE Journal

Biology

Zebrafish Brain Ventricle Injection

الزرد حقن الدماغ البطين

Proper brain ventricle formation during embryonic brain development is required for normal brain function.  Brain ventricles are the highly conserved ...

RNAi Mediated Gene Knockdown and Transgenesis by Microinjection in the Necromenic Nematode <em>Pristionchus pacificus</em>

RNAi Mediated Gene Knockdown and Transgenesis by Microinjection in the Necromenic Nematode Pristionchus pacificus

وساطة رني ضربة قاضية بواسطة الجينات وTransgenesis Microinjection في نيماتودا Necromenic<em> Pristionchus pacificus</em

Although it is increasingly affordable for emerging model organisms to obtain completely sequenced genomes, further in-depth gene function and expression ...

<em>In vivo</em> Electroporation of Morpholinos into the Adult Zebrafish Retina

In vivo Electroporation of Morpholinos into the Adult Zebrafish Retina

<em>في الجسم الحي</em> من Electroporation Morpholinos في شبكية العين اسماك الزرد الكبار

Many devastating inherited eye diseases result in progressive and irreversible blindness because humans cannot regenerate dying or diseased retinal ...

<em>In vivo</em> Electroporation of Morpholinos into the Regenerating Adult Zebrafish Tail Fin

In vivo Electroporation of Morpholinos into the Regenerating Adult Zebrafish Tail Fin

<em>في</em> Electroporation <em>المجراة</em> من Morpholinos في الكبار التجديد زعنفة الذيل الزرد

Certain species of urodeles and teleost fish can regenerate their tissues. Zebrafish have become a widely used model to study the spontaneous regeneration ...

Blood Collection for Biochemical Analysis in Adult Zebrafish

جمع الدم لتحليل الكيمياء الحيوية في الزرد الكبار

The zebrafish has been used as an animal model for studies of several human diseases. It can serve as a powerful preclinical platform for studies of ...

Cell Tracking Using Photoconvertible Proteins During Zebrafish Development

تتبع الخلية عن طريق البروتينات Photoconvertible خلال التنمية اسماك الزرد

Embryogenesis is a dynamic process that is best studied by using techniques that allow the documentation of developmental changes in vivo. The use of ...

Laser-inflicted Injury of Zebrafish Embryonic Skeletal Muscle

الليزر بإلحاق الضرر من العضلات الهيكلية اسماك الزرد الجنينية

Various experimental approaches have been used in mouse to induce muscle injury with the aim to study muscle regeneration, including myotoxin injections ...

The Tomato/GFP-FLP/FRT Method for Live Imaging of Mosaic Adult <em>Drosophila</em> Photoreceptor Cells

The Tomato/GFP-FLP/FRT Method for Live Imaging of Mosaic Adult Drosophila Photoreceptor Cells

والطماطم / GFP-FLP / FRT الطريقة للتصوير لايف من الفسيفساء الكبار<em&gt; ذبابة الفاكهة</em&gt; خلايا مستقبلة للضوء

The Drosophila eye is widely used as a model  for studies of development and neuronal degeneration. With the powerful mitotic  recombination technique, ...

Separation of Spermatogenic Cell Types Using STA-PUT Velocity Sedimentation

الفصل بين أنواع الخلايا المنوية عن طريق STA-PUT سرعة الترسيب

Mammalian spermatogenesis is a complex  differentiation process that occurs in several stages in the seminiferous  tubules of the testes. Currently, there ...

Automated Analysis of Dynamic Ca<sup>2+</sup> Signals in Image Sequences

Automated Analysis of Dynamic Ca2+ Signals in Image Sequences

التحليل الآلي من ديناميك كا<sup&gt; 2 +</sup&gt; إشارات في تسلسلات الصور

Intracellular Ca2+ signals are commonly studied with fluorescent Ca2+ indicator dyes and microscopy techniques. However, quantitative analysis of Ca2+ ...