Name: mosaic zebrafish transgenesis for evaluating enhancer sequences
Uploaded: 2010-07-16T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Mosaic Zebrafish Transgenesis for Evaluating Enhancer Sequences at JoVE.com

<p class="jove_content"> Wij danken mevrouw Paula Roy voor uitstekende vis veeteelt, en Steve Ekker voor het soort geschenk van de pDB600 plasmide. Deze studies werden gefinancierd door een subsidie ​​aan SF van NHGRI. </p>

<p class="jove_title"> 1. Selectie en klonen van geconserveerde sequenties voor het testen van </p><ol><li> Men moet eerst identificeren van potentiële regulerende sequenties voor functionele testen. Wij vertrouwen op evolutionaire opeenvolging behoud als een criterium om sequenties te selecteren, en het meest gebruikt het algoritme PhastCons, die toegankelijk is als een track op de UCSC Genome browser (http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway). Echter, er zijn vele andere algoritmes beschikbaar om de sequentie van het behoud te evalueren tuss...

<ol>
	<li>Fisher, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluating+the+biological+relevance+of+putative+enhancers+using+Tol2+transposon-mediated+transgenesis+in+zebrafish.">Evaluating the biological relevance of putative enhancers using Tol2 transposon-mediated transgenesis in zebrafish.</a> <em style='font-style: italic'>Nat Protoc</em>. <b>1</b> (3), 1297-12 (2006).</li><li>Balciunas, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Harnessing+a+high+cargo-capacity+transposon+for+genetic+applications+in+vertebrates.">Harnessing a high cargo-capacity transposon for genetic applications in vertebrates.</a> <em style='font-style: italic'>PLoS Genet</em>. <b>2</b> (11), e169-169 (2006).</li><li>Westerfield, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>The Zebrafish Book</em>. , (1995).</li></ol>

<p class="jove_content"> We hebben aangetoond dat de aanpak die in ons laboratorium voor de efficiënte analyse van de potentiële versterkers met behulp van zebravis transgenese. Meestal gebruiken we deze benadering te zoeken naar weefsel-specifieke enhancers geassocieerd met menselijke genen. Ondanks het ontbreken van voor de hand liggende sequentiehomologie de meeste van de tijd tussen mens en vis niet-coderende sequenties, vinden we dat deze aanpak succesvol is meestal bij het identificeren van versterkers voor de genen die voor ons van bel...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Takara LA Taq</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Takara Bio Inc</td>
<td>RR02M</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>pCR8/GW/TOPO TA Cloning Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>K2500-20</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Gateway LR Clonase II enzyme Mix</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>11791-100</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Library efficiency competent cells DH5&alpha;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>12535-019</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Library efficiency competent cells DB3.1</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>11782-018</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>mMESSAGE mMACHINE Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1340</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>HiSpeed Plasmid Midi Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Qiagen</td>
<td>12643</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>QIAquick PCR Purification Kit </td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Qiagen</td>
<td>28104</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Flaming/Brown Micropipette Puller</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sutter Instrument</td>
<td>P-97</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Pneumatic PicoPump</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>World Precision Instruments</td>
<td>SYS-PV820</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

mosaic zebrafish transgenesis for evaluating enhancer sequences

<p class="jove_content">De voltooiing van het menselijk genoom sequentie, samen met die van vele andere soorten, heeft gewezen op de uitdaging van het toeschrijven van specifieke functie niet coderende sequenties. Een prominente functie uitgevoerd door de niet-coderende deel van het genoom is te regelen gentranscriptie, maar er zijn geen effectieve methoden om in grote lijnen te voorspellen cis-regulatorische elementen van primaire DNA-sequentie. We hebben een efficiënt protocol om functioneel beoordelen van mogelijke cis-regulatorische elementen door middel van zebravis transgenese. Onze aanpak biedt aanzienlijke voordelen ten opzichte van cel-cultuur op basis van technieken voor ontwikkelings belangrijk genen, want het geeft informatie over de ruimtelijke en temporele genregulatie. Omgekeerd, is het sneller en goedkoper dan vergelijkbare experimenten in transgene muizen, en we routinematig toe te passen op sequenties van het menselijk genoom. Hier laten we zien onze benadering van het selecteren van elementen voor het testen op basis van volgorde behoud en onze protocol voor het klonen van sequenties en microinjecting ze in zebravis embryo&#39;s.</p>

Watch this Scientific Journal Video about Mosaic Zebrafish Transgenesis for Evaluating Enhancer Sequences at JoVE.com

Mosaic Zebrafish Transgenesis for Evaluating Enhancer Sequences

<p class="jove_content">We tonen onze aanpak voor het vinden van potentiële enhancer elementen uit de op ontwikkelingsgebied gereguleerde genen en evalueren van hun functie door middel van mozaïek zebravis transgenese.</p>

Mozaïek zebravis Transgenese voor het evalueren van Enhancer Sequences

The completion of the human genome sequence, along with that of many other species, has highlighted the challenge of ascribing specific function to non ...

Research

JoVE Journal

Biology

Zebrafish Brain Ventricle Injection

Zebravis hersenventrikel Injection

Proper brain ventricle formation during embryonic brain development is required for normal brain function.  Brain ventricles are the highly conserved ...

RNAi Mediated Gene Knockdown and Transgenesis by Microinjection in the Necromenic Nematode <em>Pristionchus pacificus</em>

RNAi Mediated Gene Knockdown and Transgenesis by Microinjection in the Necromenic Nematode Pristionchus pacificus

RNAi Mediated Gene Knockdown en Transgenese door micro-injectie in de Necromenic Nematode<em> Pristionchus pacificus</em

Although it is increasingly affordable for emerging model organisms to obtain completely sequenced genomes, further in-depth gene function and expression ...

<em>In vivo</em> Electroporation of Morpholinos into the Adult Zebrafish Retina

In vivo Electroporation of Morpholinos into the Adult Zebrafish Retina

<em>In vivo</em> Elektroporatie van Morpholinos in de Adult zebravis Retina

Many devastating inherited eye diseases result in progressive and irreversible blindness because humans cannot regenerate dying or diseased retinal ...

<em>In vivo</em> Electroporation of Morpholinos into the Regenerating Adult Zebrafish Tail Fin

In vivo Electroporation of Morpholinos into the Regenerating Adult Zebrafish Tail Fin

<em>In vivo</em> Elektroporatie van Morpholinos in het regenereren van Adult Zebravissen Tail Fin

Certain species of urodeles and teleost fish can regenerate their tissues. Zebrafish have become a widely used model to study the spontaneous regeneration ...

Blood Collection for Biochemical Analysis in Adult Zebrafish

Bloedafname voor biochemische analyse bij volwassen zebravis

The zebrafish has been used as an animal model for studies of several human diseases. It can serve as a powerful preclinical platform for studies of ...

Cell Tracking Using Photoconvertible Proteins During Zebrafish Development

Mobiele Tracking Met behulp van Photoconvertible eiwitten tijdens ontwikkeling van de zebravis

Embryogenesis is a dynamic process that is best studied by using techniques that allow the documentation of developmental changes in vivo. The use of ...

Laser-inflicted Injury of Zebrafish Embryonic Skeletal Muscle

Laser toegebrachte schade van zebravis Embryonale skeletspier

Various experimental approaches have been used in mouse to induce muscle injury with the aim to study muscle regeneration, including myotoxin injections ...

The Tomato/GFP-FLP/FRT Method for Live Imaging of Mosaic Adult <em>Drosophila</em> Photoreceptor Cells

The Tomato/GFP-FLP/FRT Method for Live Imaging of Mosaic Adult Drosophila Photoreceptor Cells

De Tomaat / GFP-FLP / FRT Methode voor Live Imaging van Mozaïek Adult<em&gt; Drosophila</em&gt; Fotoreceptorcellen

The Drosophila eye is widely used as a model  for studies of development and neuronal degeneration. With the powerful mitotic  recombination technique, ...

Separation of Spermatogenic Cell Types Using STA-PUT Velocity Sedimentation

Scheiding van spermatogene Cell typen met behulp van STA-PUT Velocity Sedimentatie

Mammalian spermatogenesis is a complex  differentiation process that occurs in several stages in the seminiferous  tubules of the testes. Currently, there ...

Automated Analysis of Dynamic Ca<sup>2+</sup> Signals in Image Sequences

Automated Analysis of Dynamic Ca2+ Signals in Image Sequences

Geautomatiseerde analyse van Dynamic Ca<sup&gt; 2 +</sup&gt; Signalen in reeksen afbeeldingen

Intracellular Ca2+ signals are commonly studied with fluorescent Ca2+ indicator dyes and microscopy techniques. However, quantitative analysis of Ca2+ ...