Name: mosaic zebrafish transgenesis for evaluating enhancer sequences
Uploaded: 2010-07-16T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Mosaic Zebrafish Transgenesis for Evaluating Enhancer Sequences at JoVE.com

<p class="jove_content" style=";text-align:right;direction:rtl"> אנו מודים לגב &#39;פאולה רועי עבור בעלי דגים מעולה, סטיב Ekker מתנה סוג של pDB600 פלסמיד. מחקרים אלו מומנו על ידי מענק של עד מד&quot;ב מ NHGRI. </p>

<p class="jove_title" style=";text-align:right;direction:rtl"> 1. בחירה שיבוט של רצפים שימור לבדיקה </p><ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> צריך קודם כל לזהות רצפים רגולטוריים פוטנציאל בדיקה פונקציונלית. אנו מסתמכים על שימור רצף אבולוציוני כקריטריון לבחור רצפים, ולרוב השימוש PhastCons אלגוריתם, אשר נגיש כמו מסלול בדפדפן הג...

<ol>
	<li>Fisher, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluating+the+biological+relevance+of+putative+enhancers+using+Tol2+transposon-mediated+transgenesis+in+zebrafish.">Evaluating the biological relevance of putative enhancers using Tol2 transposon-mediated transgenesis in zebrafish.</a> <em style='font-style: italic'>Nat Protoc</em>. <b>1</b> (3), 1297-12 (2006).</li><li>Balciunas, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Harnessing+a+high+cargo-capacity+transposon+for+genetic+applications+in+vertebrates.">Harnessing a high cargo-capacity transposon for genetic applications in vertebrates.</a> <em style='font-style: italic'>PLoS Genet</em>. <b>2</b> (11), e169-169 (2006).</li><li>Westerfield, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>The Zebrafish Book</em>. , (1995).</li></ol>

<p class="jove_content" style=";text-align:right;direction:rtl"> אנחנו הוכיחו את הגישה בשימוש במעבדה שלנו לניתוח יעיל של משפרי פוטנציאליים באמצעות transgenesis דג הזברה. לרוב, אנו משתמשים בגישה זו כדי לחפש רקמות ספציפיות משפרי הקשורים הגנים האנושיים. למרות חוסר הומולוגיה רצף ברור רוב הזמן בין אדם ודגים ללא קידוד רצפים, אנו מוצאים כי גיש...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Takara LA Taq</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Takara Bio Inc</td>
<td>RR02M</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>pCR8/GW/TOPO TA Cloning Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>K2500-20</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Gateway LR Clonase II enzyme Mix</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>11791-100</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Library efficiency competent cells DH5&alpha;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>12535-019</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Library efficiency competent cells DB3.1</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>11782-018</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>mMESSAGE mMACHINE Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1340</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>HiSpeed Plasmid Midi Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Qiagen</td>
<td>12643</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>QIAquick PCR Purification Kit </td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Qiagen</td>
<td>28104</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Flaming/Brown Micropipette Puller</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sutter Instrument</td>
<td>P-97</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Pneumatic PicoPump</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>World Precision Instruments</td>
<td>SYS-PV820</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

mosaic zebrafish transgenesis for evaluating enhancer sequences

<p class="jove_content">השלמת רצף הגנום האנושי, יחד עם זה של מינים רבים אחרים, הדגיש את האתגר של ייחוס תפקיד ספציפי רצפים שאינם קידוד. פונקציה אחת הבולטות שביצעה השבר ללא קידוד של הגנום הוא לווסת את שעתוק הגנים, אולם אין שיטות יעילות רחב לחזות cis-הרגולציה אלמנטים רצף הדנ&quot;א העיקרי. פיתחנו פרוטוקול יעילה מבחינה תפקודית להעריך את הפוטנציאל cis-הרגולציה אלמנטים דרך transgenesis דג הזברה. הגישה שלנו מציעה יתרונות משמעותיים על פני תרבית תאים טכניקות המבוססות על הגנים החשובים מבחינה התפתחותית, שכן הוא מספק מידע על ויסות הגנים במרחב ובזמן. לעומת זאת, הוא מהיר יותר ופחות יקר מאשר ניסויים דומים העכברים הטרנסגניים, ואנחנו שגרתי להחיל אותה על רצפים מבודדים מן הגנום האנושי. כאן אנו מדגימים את הגישה שלנו בחירת האלמנטים לבדיקה המבוססת על שימור רצף פרוטוקול שלנו רצפים שיבוט microinjecting אותם עוברי דג הזברה.</p>

Watch this Scientific Journal Video about Mosaic Zebrafish Transgenesis for Evaluating Enhancer Sequences at JoVE.com

Mosaic Zebrafish Transgenesis for Evaluating Enhancer Sequences

<p class="jove_content">אנו מדגימים את הגישה שלנו למציאת פוטנציאל משפר אלמנטים מן הגנים מוסדר מבחינה התפתחותית והערכה תפקידם דרך transgenesis דג הזברה פסיפס.</p>

דג הזברה פסיפס Transgenesis להערכת רצפים Enhancer

The completion of the human genome sequence, along with that of many other species, has highlighted the challenge of ascribing specific function to non ...

Research

JoVE Journal

Biology

Zebrafish Brain Ventricle Injection

החדר דג הזברה המוח Injection

Proper brain ventricle formation during embryonic brain development is required for normal brain function.  Brain ventricles are the highly conserved ...

RNAi Mediated Gene Knockdown and Transgenesis by Microinjection in the Necromenic Nematode <em>Pristionchus pacificus</em>

RNAi Mediated Gene Knockdown and Transgenesis by Microinjection in the Necromenic Nematode Pristionchus pacificus

RNAi מתווכת מציאה ין Transgenesis ידי Microinjection ב נמטודות Necromenic<em> Pristionchus פקיפיקוס</em

Although it is increasingly affordable for emerging model organisms to obtain completely sequenced genomes, further in-depth gene function and expression ...

<em>In vivo</em> Electroporation of Morpholinos into the Adult Zebrafish Retina

In vivo Electroporation of Morpholinos into the Adult Zebrafish Retina

<em>ב</em> electroporation <em>vivo</em> של Morpholinos לתוך הרשתית דג הזברה למבוגרים

Many devastating inherited eye diseases result in progressive and irreversible blindness because humans cannot regenerate dying or diseased retinal ...

<em>In vivo</em> Electroporation of Morpholinos into the Regenerating Adult Zebrafish Tail Fin

In vivo Electroporation of Morpholinos into the Regenerating Adult Zebrafish Tail Fin

<em>ב</em> electroporation <em>vivo</em> של Morpholinos לתוך למבוגרים התחדשות זנב סנפיר דג הזברה

Certain species of urodeles and teleost fish can regenerate their tissues. Zebrafish have become a widely used model to study the spontaneous regeneration ...

Blood Collection for Biochemical Analysis in Adult Zebrafish

הדם אוסף של ניתוח ביוכימי דג הזברה למבוגרים בלבד

The zebrafish has been used as an animal model for studies of several human diseases. It can serve as a powerful preclinical platform for studies of ...

Cell Tracking Using Photoconvertible Proteins During Zebrafish Development

מעקב נייד באמצעות חלבוני Photoconvertible במהלך פיתוח דג זברה

Embryogenesis is a dynamic process that is best studied by using techniques that allow the documentation of developmental changes in vivo. The use of ...

Laser-inflicted Injury of Zebrafish Embryonic Skeletal Muscle

פגיעת הליזר הביא על שריר שלד עוברי דג זברה

Various experimental approaches have been used in mouse to induce muscle injury with the aim to study muscle regeneration, including myotoxin injections ...

The Tomato/GFP-FLP/FRT Method for Live Imaging of Mosaic Adult <em>Drosophila</em> Photoreceptor Cells

The Tomato/GFP-FLP/FRT Method for Live Imaging of Mosaic Adult Drosophila Photoreceptor Cells

העגבניות / GFP-FLP / FRT שיטת ההדמיה חיה של פסיפס למבוגרים בלבד<em&gt; דרוזופילה</em&gt; תאי קולטי אור

The Drosophila eye is widely used as a model  for studies of development and neuronal degeneration. With the powerful mitotic  recombination technique, ...

Separation of Spermatogenic Cell Types Using STA-PUT Velocity Sedimentation

הפרדה של סוגי תאי Spermatogenic שימוש בשקיעה מהירות STA-PUT

Mammalian spermatogenesis is a complex  differentiation process that occurs in several stages in the seminiferous  tubules of the testes. Currently, there ...

Automated Analysis of Dynamic Ca<sup>2+</sup> Signals in Image Sequences

Automated Analysis of Dynamic Ca2+ Signals in Image Sequences

ניתוח האוטומטי של דינמי Ca<sup&gt; 2 +</sup&gt; אותות ברצפי תמונות

Intracellular Ca2+ signals are commonly studied with fluorescent Ca2+ indicator dyes and microscopy techniques. However, quantitative analysis of Ca2+ ...