Name: mosaic zebrafish transgenesis for evaluating enhancer sequences
Uploaded: 2010-07-16T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Mosaic Zebrafish Transgenesis for Evaluating Enhancer Sequences at JoVE.com

<p class="jove_content"> 우리는 pDB600 플라스미드의 종류 선물 우수한 수산 축산에 대한 양 폴라 로이, 그리고 스티브 Ekker 감사드립니다. 이러한 연구 NHGRI에서 SF에 부여로 투자했다. </p>

<p class="jove_title"> 1. 선택하고 테스트하기위한 보존 시퀀스의 클로닝 </p><ol><li> 하나는 첫번째 기능 테스트를 위해 잠재적인 규제 시퀀스를 식별해야합니다. 우리는 순서를 선택하는 기준으로 진화 순서 보존에 의존하고, 가장 많이 UCSC 게놈 브라우저 (http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway)에 트랙으로 액세스할 수있는 알고리즘 PhastCons를 사용합니다. 그러나, 수종에 걸쳐 순서 절약을 평가하기 위해 사용할 수있는 여러 가...

<ol>
	<li>Fisher, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluating+the+biological+relevance+of+putative+enhancers+using+Tol2+transposon-mediated+transgenesis+in+zebrafish.">Evaluating the biological relevance of putative enhancers using Tol2 transposon-mediated transgenesis in zebrafish.</a> <em style='font-style: italic'>Nat Protoc</em>. <b>1</b> (3), 1297-12 (2006).</li><li>Balciunas, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Harnessing+a+high+cargo-capacity+transposon+for+genetic+applications+in+vertebrates.">Harnessing a high cargo-capacity transposon for genetic applications in vertebrates.</a> <em style='font-style: italic'>PLoS Genet</em>. <b>2</b> (11), e169-169 (2006).</li><li>Westerfield, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>The Zebrafish Book</em>. , (1995).</li></ol>

<p class="jove_content"> 우리는 zebrafish transgenesis를 사용하여 잠재적인 그때의 효율적인 분석을 위해 저희 실험실에서 사용되는 접근 방식을 증명하고있다. 대부분의 자주, 우리는 인간의 유전자와 연관된 조직 고유의 강화를 찾는이 방법을 사용합니다. 명백한 순서 상동의 부족에도 불구하고 인간과 물고기가 아닌 코딩 순서를, 우리가이 접근 방식이 우리에게 관심의 유전자에 대한 강화를 식별 보통 성공 것을 발견했?...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Takara LA Taq</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Takara Bio Inc</td>
<td>RR02M</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>pCR8/GW/TOPO TA Cloning Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>K2500-20</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Gateway LR Clonase II enzyme Mix</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>11791-100</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Library efficiency competent cells DH5&alpha;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>12535-019</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Library efficiency competent cells DB3.1</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>11782-018</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>mMESSAGE mMACHINE Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1340</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>HiSpeed Plasmid Midi Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Qiagen</td>
<td>12643</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>QIAquick PCR Purification Kit </td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Qiagen</td>
<td>28104</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Flaming/Brown Micropipette Puller</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sutter Instrument</td>
<td>P-97</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Pneumatic PicoPump</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>World Precision Instruments</td>
<td>SYS-PV820</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

mosaic zebrafish transgenesis for evaluating enhancer sequences

<p class="jove_content">많은 다른 종류의와 함께 인간 게놈 순서의 완성, 비 코딩 시퀀스에 특정 기능을 ascribing의 도전을 강조했다. 게놈의 비 코딩 분율에 의해 실시 하나의 두드러진 기능은 유전자 전사를 조절하는 것입니다,하지만, 널리 기본 DNA 시퀀스에서 CIS - 규제 요소를 예측하는 더 효과적인 방법은 없습니다. 우리는 기능 zebrafish transgenesis을 통해 잠재적인 CIS - 규제 요소를 평가하는 효율적인 프로토콜을 개발했습니다. 그것은 공간과 시간적 유전자 조절에 대한 정보를 제공 이후 우리의 접근 방식은, 발달 중요한 유전자에 대한 세포 문화 기반 기술에 비해 상당한 장점을 제공합니다. 반대로, 그것은 빠르고 저렴 유전자 변형 생쥐와 비슷한 실험보다, 우리는 정기적으로 인간 게놈으로부터 격리 시퀀스 프로그램을 적용해야합니다. 여기 복제 시퀀스에 대한 시퀀스 보호 및 프로토콜에 기초하고 zebrafish 배아에 그들을 microinjecting 테스트를위한 요소를 선택하기 위해 방법을 보여줍니다.</p>

Watch this Scientific Journal Video about Mosaic Zebrafish Transgenesis for Evaluating Enhancer Sequences at JoVE.com

Mosaic Zebrafish Transgenesis for Evaluating Enhancer Sequences

<p class="jove_content">우리는 발달 규제 유전자의 잠재적인 확장기 요소를 찾아서 모자이크 zebrafish의 transgenesis 통해 기능을 평가하기 위해 방법을 보여줍니다.</p>

향상제 시퀀스를 평가하기위한 모자이크 Zebrafish의 Transgenesis

The completion of the human genome sequence, along with that of many other species, has highlighted the challenge of ascribing specific function to non ...

Research

JoVE Journal

Biology

Zebrafish Brain Ventricle Injection

Zebrafish의 두뇌 뇌실 주입

Proper brain ventricle formation during embryonic brain development is required for normal brain function.  Brain ventricles are the highly conserved ...

연구

생물학

RNAi Mediated Gene Knockdown and Transgenesis by Microinjection in the Necromenic Nematode <em>Pristionchus pacificus</em>

RNAi Mediated Gene Knockdown and Transgenesis by Microinjection in the Necromenic Nematode Pristionchus pacificus

RNAi는 Necromenic 선충류의 Microinjection에 의해 유전자 최저 및 Transgenesis을 중재<em> Pristionchus pacificus</em

Although it is increasingly affordable for emerging model organisms to obtain completely sequenced genomes, further in-depth gene function and expression ...

<em>In vivo</em> Electroporation of Morpholinos into the Adult Zebrafish Retina

In vivo Electroporation of Morpholinos into the Adult Zebrafish Retina

Morpholinos의 <em>생체내의 Electroporation에서</em> 성인 Zebrafish의 망막에

Many devastating inherited eye diseases result in progressive and irreversible blindness because humans cannot regenerate dying or diseased retinal ...

<em>In vivo</em> Electroporation of Morpholinos into the Regenerating Adult Zebrafish Tail Fin

In vivo Electroporation of Morpholinos into the Regenerating Adult Zebrafish Tail Fin

생성중 성인 Zebrafish 테일 핀으로 Morpholinos의 <em>생체내 Electroporation에</em>

Certain species of urodeles and teleost fish can regenerate their tissues. Zebrafish have become a widely used model to study the spontaneous regeneration ...

Blood Collection for Biochemical Analysis in Adult Zebrafish

성인 Zebrafish의 생물 화학 분석을위한 혈액 수집

The zebrafish has been used as an animal model for studies of several human diseases. It can serve as a powerful preclinical platform for studies of ...

Cell Tracking Using Photoconvertible Proteins During Zebrafish Development

Zebrafish 개발하는 동안 Photoconvertible 단백질을 사용하여 셀 추적

Embryogenesis is a dynamic process that is best studied by using techniques that allow the documentation of developmental changes in vivo. The use of ...

Laser-inflicted Injury of Zebrafish Embryonic Skeletal Muscle

Zebrafish 배아 골격근의 레이저 쏜 부상

Various experimental approaches have been used in mouse to induce muscle injury with the aim to study muscle regeneration, including myotoxin injections ...

The Tomato/GFP-FLP/FRT Method for Live Imaging of Mosaic Adult <em>Drosophila</em> Photoreceptor Cells

The Tomato/GFP-FLP/FRT Method for Live Imaging of Mosaic Adult Drosophila Photoreceptor Cells

모자이크 성인의 라이브 이미징 토마토 / GFP-FLP / FRT 방법<em&gt; 초파리</em&gt; 광 수용체 (photoreceptor)

The Drosophila eye is widely used as a model  for studies of development and neuronal degeneration. With the powerful mitotic  recombination technique, ...

Separation of Spermatogenic Cell Types Using STA-PUT Velocity Sedimentation

STA-PUT 속도의 침전을 사용하여 정자 형성 세포 유형의 분리

Mammalian spermatogenesis is a complex  differentiation process that occurs in several stages in the seminiferous  tubules of the testes. Currently, there ...

Automated Analysis of Dynamic Ca<sup>2+</sup> Signals in Image Sequences

Automated Analysis of Dynamic Ca2+ Signals in Image Sequences

동적 칼슘의 자동 분석<sup&gt; 2 +</sup이미지 시퀀스에서&gt; 신호

Intracellular Ca2+ signals are commonly studied with fluorescent Ca2+ indicator dyes and microscopy techniques. However, quantitative analysis of Ca2+ ...